Меркурий (кристаллография)
 Меркурий 4. 2. 0. скриншот | |
| Оригинальный автор(ы) | Ф. Х. Аллен |
|---|---|
| Разработчик(и) | Кембриджский центр кристаллографических данных |
| Первоначальный выпуск | 2001 год |
| Стабильная версия | Меркурий 4.2.0
/ 2019 |
| Предварительный выпуск | Меркурий 4.2.0
|
| Операционная система | Windows , Linux 64-бит, MacOS |
| Лицензия | Бесплатная загрузка программного обеспечения |
| Веб-сайт | www |
Mercury — это бесплатное программное обеспечение, разработанное Кембриджским центром кристаллографических данных и изначально разработанное как инструмент визуализации кристаллической структуры . Ртуть помогает трехмерной визуализации кристаллической структуры , а также помогает в рисовании и анализе упаковки кристаллов и межмолекулярных взаимодействий . [1] Текущая версия Mercury может читать « cif », « .mol », «.mol2», « .pdb файлы типов », «.res», «.sd» и «.xyz». Mercury имеет собственный формат файлов с расширением имени файла «.mryx». [2]
История
[ редактировать ]Кембриджский центр кристаллографических данных (CCDC) разработал и запустил две программы: ConQuest и Mercury. [3] которые работают под Windows и различными типами Unix , включая Linux. ConQuest как интерфейс поиска к Кембриджской базе данных структурных данных (CSD) с кодом на Фортране , который выполняет широкий спектр задач, таких как двухмерный и трехмерный поиск подструктур. Меркурий представлен как визуализатор кристаллической структуры, обладающий возможностями исследования межмолекулярных контактов. Программа Mercury полностью написана на объектно-ориентированном C++ . Библиотека C++ Qt используется для создания графического интерфейса и OpenGL для рендеринга трехмерной графики. Основной задачей Mercury первого поколения является обеспечение трехмерного просмотра кристаллических структур в форматах файлов .MOL2, .PDB, .CIF, .MOL. [4] В первой версии около 2800 пользователей подписались на список объявлений по электронной почте Mercury. [5] Mercury 2.0, запущенный в 2008 году, с дополнительными инструментами для интерпретации и сравнения тенденций упаковки в кристаллических структурах. Версия Mercury, выпущенная в 2015 году и позже, предоставляет дополнительные функции для создания 3D-печати . [6] Текущая версия Mercury 4.0 усовершенствовала свой визуальный интерфейс в большей степени по сравнению со старыми версиями. [2]
Лицензия
[ редактировать ]Программное обеспечение Mercury доступно для бесплатного скачивания, а полная версия Mercury с более расширенными функциями доступна при наличии лицензии CSD; при отсутствии такой лицензии расширенные функции отключаются. Кембриджский центр кристаллографических данных (CCDC) предоставляет лицензию CSD академическим учреждениям. [2]
См. также
[ редактировать ]- Кембриджский центр кристаллографических данных
- Кристаллографический информационный файл
- Международный союз кристаллографии
- Банк данных белков (формат файла)
- Кристалл Эксплорер
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Клэр Ф., Макрэ (28 февраля 2006 г.). «Ртуть: визуализация и анализ кристаллических структур» (PDF) . Журнал прикладной кристаллографии . 39 : 453. дои : 10.1107/S002188980600731X .
- ^ Jump up to: а б с «Руководство пользователя и учебные пособия Mercury» (PDF) . ccdc.cam.ac.uk.
- ^ Аллен, Фрэнк Х. (29 мая 2002 г.). «Кембриджская структурная база данных: четверть миллиона кристаллических структур и их рост». Acta Crystallographica Раздел B: Структурная наука . 58 (3). Международный союз кристаллографии (IUCr): 380–388. дои : 10.1107/s0108768102003890 . ISSN 0108-7681 .
- ^ Бруно, И.Дж. «Новое программное обеспечение для поиска в Кембриджской базе данных структурных данных и визуализации кристаллических структур» . Acta Crystallographica Раздел B. B58 : 389. doi : 10.1107/S0108768102003324 .
- ^ И. Соваго, К.Ф. Макрэ. «Меркурий 4.0: от визуализации к анализу, проектированию и прогнозированию» (PDF) . Журнал прикладной кристаллографии . 53 : 226. дои : 10.1107/S1600576719014092 . ПМЦ 6998782 .
- ^ «3D-печать: просто, как раз, два, три!» . Кембриджский центр кристаллографических данных (CCDC) . 19 августа 2015 года . Проверено 18 мая 2019 г.