ИГИЛ/Ничья
ISIS/Draw — программа для рисования химической структуры, разработанная MDL Information Systems . Он представил ряд форматов файлов для хранения химической информации, которые стали отраслевыми стандартами. [1]
История
[ редактировать ]Molecular Design Limited (MDL) была основана Стюартом Марсоном и У. Тоддом Випке в 1978 году после опыта последнего с Э. Дж. Кори в разработке программного обеспечения для планирования органического синтеза. [2] Компания разработала программное обеспечение для хранения и поиска химических структур в больших базах данных под торговой маркой MACCS (Molecular ACCess System), ориентированное на фармацевтические и агрохимические компании. [3] [4] MDL предложила свои продукты ISIS (Интегрированная научная информационная система), включая ISIS/Draw, в качестве компонентов системы MACCS, в частности, чтобы позволить химикам использовать графический интерфейс для регистрации новых соединений в корпоративных базах данных и для поиска в этих базах данных по структуре или частичной структуре. Они также представили ISIS/Base, программу химической базы данных , подходящую для хранения относительно небольшого количества структур и связанных с ними данных для личного использования независимо от корпоративных систем. Структуры ISIS/Draw можно было включать в другие документы, например, с использованием программного обеспечения текстового процессора , который стал доступен в 1980-х годах, обеспечивая тем самым полную электронную публикацию для химиков. [5] MDL выпустила множество версий программного обеспечения и сделала ISIS/Draw бесплатным для некоммерческого использования: версия 2.5 была доступна для запуска в Windows 98 . [6] К 2007 году MDL (тогда принадлежавшая Reed Elsevier ) объединилась с Symyx Technologies , которая, в свою очередь, была приобретена Accelrys в 2010 году и теперь принадлежит Dassault Systèmes . Программное обеспечение теперь называется BIOVIA Draw.
Форматы файлов
[ редактировать ]MDL представила спецификации для форматов химических файлов , включая файл molfile (.mol) и файл структуры/данных (.sdf), которые впоследствии были размещены в открытом доступе и стали стандартами для представления структур на двухмерных чертежах и для передачи такой информации. со связанными данными, например идентификаторами, химическими названиями и свойствами веществ. [1] [4] Многие общедоступные базы данных реализуют эти стандарты, и ChemSpider , например, позволяет пользователям загружать mol-файлы для содержащихся в нем структур. [7] ISIS/Draw сохранил свои собственные форматы файлов с расширением .skc (файл эскиза) и .rxn (для реакций), а из-за своей роли в подготовке запросов к базе данных он поддерживал множество специальных типов атомов и связей, используемых для поиска подструктур, таких как в качестве подстановочных атомов , ароматических связей , кольцевых связей и картографирования атомов, необходимых для поиска реакций.
Возможности программы
[ редактировать ]Хотя ISIS/Draw в основном представлял собой программу для 2D-рисования, она имела некоторые функции 3D-вращения и могла взаимодействовать с Rasmol для 3D-визуализации и рендеринга. ISIS/Draw также включал функции проверки структуры и реакций и мог рассчитывать элементарные свойства, такие как формула и молекулярная масса. У него была надстройка «AutoNom», которая позволяла создавать имена IUPAC для действительных структур и могла использовать специальный «псевдоатом» для генерации аминокислотных последовательностей белков. [6] [8]
Одной из важных особенностей системы MACCS и ISIS/Draw было то, что она обладала комплексными возможностями с использованием заштрихованных и клиновидных связей для представления относительной или абсолютной стереохимии и хиральности , а также для распознавания цис-транс-изомерии в двойных связях. В этом отношении оно превосходило линейное обозначение Висвессера. [9] который до сих пор использовался для создания баз данных с возможностью поиска. Аналогично, хотя обозначение SMILES [10] могут обрабатывать стереохимию, в некоторых реализациях неспециалистам труднее закодировать их структуры таким способом, чем рисовать их.
Текущая реализация
[ редактировать ]Текущая (2020 г.) реализация программного обеспечения называется BIOVIA Draw и имеет несколько новых функций, таких как поддержка чтения и записи международных химических идентификаторов (InChi) и преобразование названий IUPAC в структурные чертежи. Он доступен бесплатно для академического и некоммерческого использования. [11]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Далби, Артур; Нурс, Джеймс Г.; Хауншелл, В. Дуглас; Гушерст, Энн К.И.; Гриер, Дэвид Л.; Лиланд, Бертон А.; Лауфер, Джон (1992). «Описание нескольких форматов файлов химической структуры, используемых компьютерными программами, разработанными в Molecular Design Limited». Журнал химической информации и моделирования . 32 (3): 244–255. дои : 10.1021/ci00007a012 .
- ^ Кори, Э.Дж.; Випке, WT (1969). «Компьютерное проектирование сложных органических синтезов». Наука . 166 (3902): 178–192. Бибкод : 1969Sci...166..178C . дои : 10.1126/science.166.3902.178 . ПМИД 17731475 .
- ^ Эш, Джанет Э.; Уиллетт, П. (1985). Передача, хранение и поиск химической информации . ISBN 9780853125716 .
- ^ Jump up to: а б Эш, Дж. Э.; Уорр, Вашингтон (1991). Уиллетт, П. (ред.). Системы химической структуры: вычислительные методы представления, поиска и обработки структурной информации . Эллис Хорвуд. п. 250. ИСБН 9780131266995 .
- ^ Уорр, Венди А. (1991). «Некоторые наблюдения о поэтапных электронных издательских решениях в фармацевтической промышленности». Журнал химической информации и моделирования . 31 (2): 181–186. дои : 10.1021/ci00002a003 .
- ^ Jump up to: а б Пирс, Грег (08 февраля 2019 г.). «ISIS/Draw — Вводное руководство» . Проверено 15 июня 2020 г.
- ^ Брамфилд, Г. (2008). «Химики плетут паутину данных» . Природа . 453 (7192): 139. Бибкод : 2008Natur.453..139B . дои : 10.1038/453139а . ПМИД 18464701 .
- ^ Ли, З.; Ван, Х.; Ши, Ю.; Оуян, П. (2004). «Личный опыт работы с четырьмя видами программного обеспечения для рисования химической структуры: обзор ChemDraw, ChemWindow, ISIS/Draw и ChemSketch». Дж. Хим. Инф. Вычислить. наук. 44 (5): 1886–1890. дои : 10.1021/ci049794h . ПМИД 15446849 .
- ^ Висвессер, Уильям Дж. (1982). «Как WLN зародилась в 1949 году и какой она могла бы быть в 1999 году». Журнал химической информации и компьютерных наук . 22 (2): 88–93. дои : 10.1021/ci00034a005 .
- ^ Вейнингер, Дэвид (февраль 1988 г.). «SMILES, химический язык и информационная система. 1. Введение в методологию и правила кодирования». Журнал химической информации и компьютерных наук . 28 (1): 31–6. дои : 10.1021/ci00057a005 .
- ^ «Бесплатный розыгрыш BIOVIA для академического и некоммерческого использования» . Дассо Системс . Проверено 15 июня 2020 г.
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Джон Гастайгер, Томас Энджел (2003). Хемоинформатика: Учебник . Вайли-ВЧ. п. 143 . ISBN 3-527-30681-1 .
- Боуден, Дэвид; Робинсон, Лин (2011). «Фармацевтическая информация: 30-летний взгляд на литературу» (PDF) . Ежегодный обзор информационных наук и технологий . 45 : 63–119. дои : 10.1002/aris.2011.1440450109 .