РасМол

РасМол
	RasMol Рендеринг ленточной диаграммы тримера TRAF2 PDB: 1DOA
Оригинальный автор(ы)	Роджер А. Сэйл
Разработчик(и)	Герберт Дж. Бернштейн
Первоначальный выпуск	1992 год ; 32 года назад
Стабильная версия	2.7.5.1 / 17 июля 2009 г .; 15 лет назад
Репозиторий	исходная кузня .сеть /п /опенрасмол /код-0 /ГОЛОВА /дерево / ;
Написано в	С
Операционная система	Юникс , Винда
Платформа	ИА-32 , x86-64
Доступно в	Английский
Тип	Молекулярная графика
Лицензия	лицензия GPL
Веб-сайт	www .расмол .org

RasMol — это компьютерная программа, написанная для визуализации молекулярной графики , предназначенная и используемая в основном для изображения и исследования биологических структур макромолекул , таких как те, которые найдены в банке данных белков (PDB).

История

Первоначально он был разработан Роджером Сэйлом в начале 1990-х годов. ^[1]

Исторически это был важный инструмент для молекулярных биологов, поскольку чрезвычайно оптимизированная программа позволяла ей работать на (тогда) умеренно мощных персональных компьютерах . До появления RasMol программное обеспечение для визуализации работало на графических рабочих станциях, которые из-за своей стоимости были менее доступны для ученых. RasMol по-прежнему важен для исследований в области структурной биологии и стал важным в образовании.

RasMol имеет сложную историю версий лицензирования . Начиная с серии версии 2.7, ^[2] RasMol Исходный код имеет двойную лицензию GNU General Public License (GPL) или специальную лицензию RASLIC . ^[3] Начиная с версии 2.7.5, GPL является единственной лицензией, действительной для двоичных дистрибутивов.

RasMol включает в себя язык сценариев для выполнения множества функций, таких как выбор определенных белковых цепей, изменение цвета и т. д. Программное обеспечение Jmol и Sirius включило этот язык в свои команды.

Файлы банка данных белков (PDB) можно загрузить для визуализации у членов Всемирного банка данных белков (wwPDB). Они были загружены исследователями, которые охарактеризовали структуру молекул обычно с помощью рентгеновской кристаллографии , ЯМР-спектроскопии белков или криогенной электронной микроскопии .

Межпроцессное взаимодействие

Rasmol может взаимодействовать с другими программами через Tcl / Tk на платформах Unix и через динамический обмен данными (DDE) на Microsoft Windows .

Благодаря программе множественного выравнивания последовательностей ответственный класс Java можно свободно использовать в других приложениях. ^[4]

См. также

Ссылки

^ Роджер Сэйл и Э. Джеймс Милнер-Уайт. «RasMol: Биомолекулярная графика для всех», Тенденции в биохимических науках (TIBS), сентябрь 1995 г., Vol. 20, № 9, с. 374
^ Герберт Дж. Бернштейн, «Недавние изменения в RasMol, рекомбинация вариантов», «Тенденции в биохимических науках (TIBS), сентябрь 2000 г., том 25, № 9, стр. 453-455».
^ Лицензия РАСЛИК
^ Программа множественного выравнивания

Внешние ссылки

Официальный сайт
Скачать RasMol (производственные версии)
Репозиторий исходного кода (стабильный)
Репозиторий исходного кода (в разработке)
Рано
Позже

[1] Роджер Сэйл и Э. Джеймс Милнер-Уайт. «RasMol: Биомолекулярная графика для всех», Тенденции в биохимических науках (TIBS), сентябрь 1995 г., Vol. 20, № 9, с. 374

[2] Герберт Дж. Бернштейн, «Недавние изменения в RasMol, рекомбинация вариантов», «Тенденции в биохимических науках (TIBS), сентябрь 2000 г., том 25, № 9, стр. 453-455».

[3] Лицензия РАСЛИК

[4] Программа множественного выравнивания

[1]

[2]

[3]

[4]