Всемирный банк данных по белкам
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | |
| Доступ | |
| Формат данных | ммCIF , ВВП |
| Веб-сайт | http://www.wwPDB.org/ |
Всемирный банк данных о белках , wwPDB, — это организация, которая ведет архив структуры макромолекул . Его миссия состоит в том, чтобы поддерживать единый банка данных белков архив , содержащий структурные данные макромолекул , который находится в свободном и публичном доступе для мирового сообщества. [1] [2]
В состав организации входят пять членов: [3]
- Исследовательская лаборатория базы данных структурных биоинформатических белков (RCSB PDB)
- Банк данных о белках в Европе (PDBe)
- Банк данных по белкам Японии (PDBj)
- Банк данных биологического магнитного резонанса (BMRB)
- Банк данных электронной микроскопии (EMDB).
WWPDB была основана в 2003 году компаниями RCSB PDB (США), PDBe (Европа) и PDBj (Япония). В 2006 году к wwPDB присоединилась компания BMRB (США). EMDB (Великобритания) присоединился в 2021 году.
Сайт каждого участника может принимать структурные данные и обрабатывать их. Обработанные данные передаются «хранителю архива». RCSB PDB в настоящее время действует как «хранитель архива». Это гарантирует, что существует только одна версия данных, идентичная для всех пользователей. Измененная база данных затем становится доступной другим членам wwPDB, каждый из которых делает полученные структурные файлы доступными для общественности через свои веб-сайты. (Доступ к данным с самого веб-сайта wwPDB осуществляется только через ссылки на веб-сайты-члены.) Сайты-участники — это больше, чем просто зеркала хранителя архива, поскольку участники предлагают на своих веб-сайтах различные инструменты для анализа структур базы данных.
Достижения [4]
- 2008 WWPDB теперь требует, чтобы в дополнение к координатам атомов в качестве предварительного условия для получения идентификатора PDB были указаны амплитуды и интенсивности структурных факторов (для осаждения кристаллической структуры) и ограничения ЯМР (для осаждения структур ЯМР).
- 2007 г. Развернут исправленную PDB. Исправление включало изменение номенклатуры в соответствии со стандартами IUPAC. [5]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Всемирный банк данных по белкам. URL-адрес: http://www.wwpdb.org . Доступ: 22 апреля 2009 г.
- ^ Берман Х., Хенрик К., Накамура Х. (декабрь 2003 г.). «Объявление о создании всемирного банка данных о белках» . Нат. Структура. Биол . 10 (12): 980. дои : 10.1038/nsb1203-980 . ПМИД 14634627 .
- ^ «Устав wwPDB: полноправные и ассоциированные члены | Банк данных о белках в Европе» . www.ebi.ac.uk. Проверено 24 января 2023 г.
- ^ годовые отчеты wwPDB
- ^ Х., Берман; и др. (январь 2008 г.). «Исправление архива банка данных белков» . Нуклеиновые кислоты Рез . 36 (Проблема с базой данных): D426–D433. дои : 10.1093/нар/gkm937 . ПМК 2238854 . ПМИД 18073189 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Официальный сайт
- Членские организации
- RCSB PDB , Исследовательская лаборатория банка данных структурных биоинформатических белков (США)
- PDBe , Банк данных по белкам в Европе
- PDBj , Банк данных по белкам Японии
- BMRB , Банк данных биологического магнитного резонанса (США)
- Банк данных электронной микроскопии
