Банк данных ЭМ

EMDataBank.org
Содержание
Описание	Единый ресурс данных для CryoEM .
Контакт
Исследовательский центр	Европейский институт биоинформатики (сайт в Великобритании) И Университет Рутгерса (сайт в США)
Лаборатория	PDBe и RCSB PDB
Первичное цитирование	Лоусон и др. (2011)
Дата выпуска	2002
Доступ
Веб-сайт	семья .и .uk /эмдб

Банк данных ЭМ или банк данных электронной микроскопии ( EMDB ) собирает трехмерные ЭМ-карты и связанные с ними экспериментальные данные, определенные с помощью электронной микроскопии биологических образцов. Он был создан в 2002 году в группе MSD/PDBe Европейского института биоинформатики (EBI) , где расположен европейский сайт консорциума EMDataBank.org. ^[2] По состоянию на 2015 год ^[update], ресурс содержал более 2600 записей со средним разрешением 15Å. ^[3]

Первоначально депонирование данных осуществлялось через интерфейс депонирования EMdep, но с 2016 года депонирование данных было включено в интерфейс wwPDB OneDep. ^[4]

В рамках Единого ресурса данных NIH для CryoEM Исследовательское сотрудничество в области структурной биологии (RCSB) также выступает в качестве центра хранения, обработки и распространения данных EMDB, а Национальный центр макромолекулярной визуализации (NCMI) является партнером по сотрудничеству в предоставлении услуг. и инструменты, касающиеся EMDB.

EM Data Bank также предоставляет инструмент поиска EMsearch, а данные также можно запрашивать в RCSB , EMBL-EBI и PDBj.

EMDB — это архив трехмерных карт плотности всех типов биологических ансамблей, включая рибосомы, шапероны, полимеразы, многофункциональные ферменты и вирусы. Viper EMDB в Scripps — это отдельная база данных для трехмерных ЭМ-карт вирусов.

Чтобы сравнить и оценить методы нового поколения структур с более высоким разрешением (лучше 5 Å), EMDB провел первый конкурс CryoEM Map Challenge и CryoEM Model Challenge, о которых сообщалось в специальном выпуске Journal of Structural Biology. ^[5]

См. также [ править ]

Ссылки [ править ]

^ Лоусон, Кэтрин Л; Бейкер, Мэтью Л; Лучший, Кристоф; и др. (январь 2011 г.). «EMDataBank.org: единый ресурс данных для CryoEM» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (приложение 1): Д456-464. дои : 10.1093/nar/gkq880 . ПМК 3013769 . ПМИД 20935055 .
^ ЕБРР. «Банк данных электронной микроскопии» . Банк данных электронной микроскопии . Проверено 5 августа 2021 г.
^ Эскивель-Родригес, Х; Сюн, Ю; Хан, Х; и др. (30 мая 2015 г.). «Навигация по 3D-картам электронной микроскопии с помощью EM-SURFER» . БМЦ Биоинформ. 16 (181): 181. дои : 10.1186/s12859-015-0580-6 . ПМЦ 4448178 . ПМИД 26025554 .
^ Янг, JY; Уэстбрук, доктор юридических наук; Фэн, З; Сала, Р; Пейсах, Э; Олдфилд, Ти Джей; Сен, С; Гутманас, А; Армстронг, доктор медицинских наук; Беррисфорд, Дж. М.; Чен, Л; Чен, М; Ди Костанцо, Л; Димитропулос, Д; Гао, Г; Гош, С; Гор, С; Гуранович, В; Хендрикс, премьер-министр; Хадсон, BP; Игараси, Р; Икегава, Ю; Кобаяши, Н; Лоусон, CL; Лян, Ю; Мэдинг, С; Мак, Л; Мир, М.С.; Мухопадхьяй, А; Патвардхан, А; Персикова, И; Ринальди, Л; Санс-Гарсия, Э; Сехаран, MR; Шао, К; Сваминатан, Дж.Дж.; Тан, Л; Ульрих, EL; ван Гинкель, Г; Ямасита, Р; Ян, Х; Журавлева М.А.; Кесада, М; Клейвегт, Г.Дж.; Берман, HM; Маркли, Дж.Л.; Накамура, Х; Веланкар, С; Берли, СК (2017). «OneDep: унифицированная система wwPDB для депонирования, биокурирования и проверки макромолекулярных структур в архиве PDB» . Структура . 25 (3): 536–545. doi : 10.1016/j.str.2017.01.004 . ПМК 5360273 . ПМИД 28190782 .
^ Лоусон, Кэтрин; Чиу, Вау, ред. (2018). «Карта структуры CryoEM и проблемы модели» . Журнал структурной биологии . 204 (1). ISSN 1047-8477 .

Тагари, Мохамед; Ньюман, Ричард; Чагоен, Моника; Карасо, Хосе-Мария; Хенрик, Ким (2002). «Новая база данных электронной микроскопии и система осаждения». Тенденции биохимических наук . 27 (11): 589. doi : 10.1016/s0968-0004(02)02176-x . ПМИД 12417136 .
Фуллер, Стивен Д. (2003). «Нанесение карт электронной микроскопии» . Структура . 11 (1): 11–12. дои : 10.1016/s0969-2126(02)00942-5 . ПМИД 12517335 .
Хенрик, К; Ньюман, Р; Тагари, М; Чагоенб, М (2003). «EMDep: веб-система для нанесения и проверки структурной информации макромолекул электронной микроскопии высокого разрешения». Журнал структурной биологии . 144 (1–2): 228–237. дои : 10.1016/j.jsb.2003.09.009 . ПМИД 14643225 .
Хейманн, Дж. Бернар; Чагоен, Моника; Белнап, Дэвид М. (2005). «Общие соглашения об обмене и архивировании информации трехмерной электронной микроскопии в структурной биологии». Журнал структурной биологии . 151 (2): 196–207. дои : 10.1016/j.jsb.2005.06.001 . ПМИД 16043364 .
Тагари, М.; Тейт, Дж.; Сваминатан, Дж.Дж.; и др. (2006). «E-MSD: улучшение нанесения данных и качества структуры» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (выпуск базы данных): 287–290. дои : 10.1093/нар/gkj163 . ПМЦ 1347525 . ПМИД 16381867 .

Внешние ссылки [ править ]

[pmid20935055-1] Лоусон, Кэтрин Л; Бейкер, Мэтью Л; Лучший, Кристоф; и др. (январь 2011 г.). «EMDataBank.org: единый ресурс данных для CryoEM» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (приложение 1): Д456-464. дои : 10.1093/nar/gkq880 . ПМК 3013769 . ПМИД 20935055 .

[2] ЕБРР. «Банк данных электронной микроскопии» . Банк данных электронной микроскопии . Проверено 5 августа 2021 г.

[3] Эскивель-Родригес, Х; Сюн, Ю; Хан, Х; и др. (30 мая 2015 г.). «Навигация по 3D-картам электронной микроскопии с помощью EM-SURFER» . БМЦ Биоинформ. 16 (181): 181. дои : 10.1186/s12859-015-0580-6 . ПМЦ 4448178 . ПМИД 26025554 .

[4] Янг, JY; Уэстбрук, доктор юридических наук; Фэн, З; Сала, Р; Пейсах, Э; Олдфилд, Ти Джей; Сен, С; Гутманас, А; Армстронг, доктор медицинских наук; Беррисфорд, Дж. М.; Чен, Л; Чен, М; Ди Костанцо, Л; Димитропулос, Д; Гао, Г; Гош, С; Гор, С; Гуранович, В; Хендрикс, премьер-министр; Хадсон, BP; Игараси, Р; Икегава, Ю; Кобаяши, Н; Лоусон, CL; Лян, Ю; Мэдинг, С; Мак, Л; Мир, М.С.; Мухопадхьяй, А; Патвардхан, А; Персикова, И; Ринальди, Л; Санс-Гарсия, Э; Сехаран, MR; Шао, К; Сваминатан, Дж.Дж.; Тан, Л; Ульрих, EL; ван Гинкель, Г; Ямасита, Р; Ян, Х; Журавлева М.А.; Кесада, М; Клейвегт, Г.Дж.; Берман, HM; Маркли, Дж.Л.; Накамура, Х; Веланкар, С; Берли, СК (2017). «OneDep: унифицированная система wwPDB для депонирования, биокурирования и проверки макромолекулярных структур в архиве PDB» . Структура . 25 (3): 536–545. doi : 10.1016/j.str.2017.01.004 . ПМК 5360273 . ПМИД 28190782 .

[5] Лоусон, Кэтрин; Чиу, Вау, ред. (2018). «Карта структуры CryoEM и проблемы модели» . Журнал структурной биологии . 204 (1). ISSN 1047-8477 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]