Банк данных биологического магнитного резонанса
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Хранилище данных ЯМР биологических молекул |
| Типы данных захвачен | Данные ЯМР пептидов, белков, нуклеиновых кислот и других биологически значимых молекул. |
| Доступ | |
| Формат данных | ЯМР-СТАР 3.1 |
| Веб-сайт | http://www.bmrb.wisc.edu/ |
| URL-адрес загрузки | [1] |
| Разнообразный | |
| Лицензия | Общественное достояние |
Банк данных биологического магнитного резонанса ( BioMagResBank или BMRB ) представляет собой с открытым доступом хранилище ядерного магнитного резонанса спектроскопических данных (ЯМР) пептидов , белков , нуклеиновых кислот и других биологически значимых молекул. [1] База данных управляется Университетом Висконсина-Мэдисона и поддерживается Национальной медицинской библиотекой . BMRB является частью Исследовательской лаборатории структурной биоинформатики. [2] а с 2006 года он является партнером Всемирного банка данных по белкам (wwPDB). [3] В хранилище принимаются спектральные данные ЯМР из лабораторий по всему миру, и после проверки данных они становятся доступными онлайн на веб-сайте BMRB. База данных также имеет FTP-сайт, откуда можно загрузить данные в больших объемах. [1] У BMRB есть два зеркальных сайта: один в Базе данных белков Японии (PDBj) в Университете Осаки и один в Исследовательском центре магнитного резонанса (CERM) во Флорентийском университете в Италии. Сайт в Японии принимает и обрабатывает депонирование данных. [4]
Содержание
[ редактировать ]Спектральные значения ЯМР и полученная информация
[ редактировать ]Основная часть данных, хранящихся в BMRB, состоит из более чем 11 900 записей, содержащих 1 ЧАС, 13 С, 15 Н и 31 P обозначал химические сдвиги и константы взаимодействия пептидов, белков и нуклеиновых кислот. [5] другие производные данные, такие как остаточные диполярные связи (RDC), параметры релаксации , значения NOE , параметры порядка и скорости обмена водорода Также доступны . База данных содержит также меньшее количество данных ЯМР углеводов, кофакторов и лигандов. [1] Эти данные имеют перекрестные ссылки на 3D-структуры в PDB, если они доступны. Данные ЯМР предоставляются в формате файла NMR-STAR , и на сайте доступен ряд инструментов преобразования форматов для преобразования файлов из NMR-STAR в другие форматы. [1]
Сетка ограничений ЯМР
[ редактировать ]Сетка ограничений ЯМР содержит данные ограничений ЯМР для более чем 2500 белков и нуклеиновых кислот, собранных из отложений PDB. Сетка состоит из четырех подмножеств данных: [6]
- Исходные данные ЯМР: эта подгруппа содержит данные, найденные в отложениях из PDB. Данные представлены в различных форматах файлов и содержат информацию о межатомных расстояниях, двугранных углах и ограничениях RDC .
- Проанализированные данные об ограничениях: большинство записей в исходном подмножестве данных были преобразованы в формат файла NMR-star, что облегчает его доступ и использование. Это подмножество содержит более 9400 записей.
- Преобразованные данные ограничений (DOCR): более 500 записей в проанализированном подмножестве были преобразованы, чтобы привести номенклатуру атомов в соответствие с соответствующими координатами атомов.
- Отфильтрованные данные ограничений (FRED): данные в DOCR были отфильтрованы для удаления дубликатов, избыточности, несоответствий и значений, которые не участвуют в расчетах конструкции.
Данные во временной области
[ редактировать ]BMRB заархивировал наборы необработанных данных во временной области, собранных в ходе экспериментов ЯМР, проведенных для расчета ограничений и химических сдвигов в пептидах, белках и нуклеиновых кислотах. Эта коллекция содержит более 200 записей, и во многих случаях также доступны используемые импульсные последовательности и параметры сбора данных. [1]
Спектральные данные ЯМР метаболомных соединений
[ редактировать ]В BMRB имеется база данных, содержащая спектральные данные ЯМР сотен метаболомных соединений. [1] Для большинства соединений 1 H ЯМР, 13 С ЯМР, 13 С 90 тот ОТДЕЛ , 13 С 135 тот ОТДЕЛ, 1 ЧАС- 1 H TOCSY и 1 ЧАС- 13 C HSQC доступны.
Статистика ЯМР
[ редактировать ]BMRB предоставляет коллекцию статистических данных ЯМР, включая распределения химических сдвигов для отдельных атомов в аминокислотах , рибонуклеотидах и дезоксирибонуклеотидах . Данные представлены в виде интерактивных гистограмм и графиков плотности. [7]
Поиски
[ редактировать ]Grid-интерфейс запроса BMRB
[ редактировать ]Интерфейс сетки запросов BMRB, [8] позволяет осуществлять поиск в базе данных по типу молекулы (пептид, белок, ДНК , РНК и т.д.), по типу данных ( 1 H химический сдвиг, 13 C химический сдвиг, константа взаимодействия и т. д.), по идентификационному номеру PDB и по номеру доступа BMRB.
ФАСТА-поиск
[ редактировать ]Сайт BMRB также содержит страницу поиска FASTA , где в базе данных можно искать совпадающие нуклеотидные или пептидные последовательности. [9]
Страница поиска в архиве
[ редактировать ]На странице «Архив поиска» можно выполнять поиск по инвентарному номеру, автору, названию, названию молекулы и идентификационному номеру в других общих базах данных. Опция расширенного поиска позволяет выполнять запросы, используя различные параметры поиска, такие как: входная информация, цитаты, молекулярная сборка, описания экспериментов, параметры ЯМР и т. д. Страница также содержит ссылки на поиск ограничений и метаболомики. [10]
Поиск ограничений
[ редактировать ]Сетку ограничений ЯМР можно искать по номеру PDB или BMRB. [6] а также конкретными видами ограничений, такими как угол скручивания, расстояние, остаточная диполярная связь и т. д. [1]
Поиск по метаболомике
[ редактировать ]Через страницу поиска по метаболомике. [11] в базе данных можно искать конкретные соединения по названию, молекулярной формуле, молекулярной массе, идентификационному номеру и молекулярной структуре. Можно искать записи с конкретными условиями эксперимента (растворитель или напряженность поля). Интерфейс позволяет также искать соединения с совпадающими списками спектральных пиков 1D или 2D ЯМР. [1]
Депонирование данных
[ редактировать ]BMRB принимает показания исследовательских групп со всего мира. Нанесение данных, содержащих только спектральные данные ЯМР (без данных о координатах), осуществляется через сайт BMRB с использованием системы напыления ADIT-NMR. [12] Типы принимаемых данных включают: спектральные параметры ЯМР, данные о релаксации, а также кинетические и термодинамические данные. Данные необходимо вводить в формате NMR-STAR, конвертацию из других распространенных форматов можно осуществить с помощью конвертера файлов STARch, представленного на сайте. [13] На сайте также имеется генератор шаблонов NMR-STAR, который создает форматированные таблицы, в которые можно вводить данные ЯМР. [14] Данные ЯМР во временной области загружаются отдельно через FTP. [15] BMRB рекомендует вкладчикам проверять свои данные ЯМР перед депонированием, используя один из инструментов проверки, доступных на сайте BMRB, для проверки на наличие несоответствий и ошибок. . [16] После депонирования данных они проверяются на полноту, согласованность и аннотируются, добавляются ссылки на другие базы данных и генерируется инвентарный номер BMRB. Депонирование данных, содержащих данные ЯМР и координат, осуществляется через систему депонирования OneDep wwPDB. [17] Как только данные проверены и приняты, они получают регистрационные номера PDB и BMRB.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час Ульрих, EL; Акуцу, Х.; Дорелейерс, Дж. Ф.; Харано, Ю.; Иоаннидис, Э; Лин, Дж.; Ливны, М.; Мэдинг, С.; Мазюк Д.; Миллер, З.; Накатами, Э.; Шульте, CF; Толми, Делавэр; Венгер, РК; Яо, Х.; Маркли, Дж.Л. (2008). «БиоМагРесБанк» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (дополнение_1): Д402–Д408. дои : 10.1093/нар/gkm957 . ПМК 2238925 . ПМИД 17984079 .
- ^ Берман, HM; Уэстбрук, Дж.; Фэн, З.; Гиллиланд, Г.; Бхат, Теннесси; Вайссиг, Х.; Шиндялов И.Н.; Борн, ЧП (2006). Глава 24.5. Банк данных по белкам, 1999- . Том. Ф. стр. 675–684. дои : 10.1107/97809553602060000722 . ISBN 978-0-7923-6857-1 . Архивировано из оригинала 18 января 2018 года . Проверено 31 декабря 2017 г.
{{cite book}}:|journal=игнорируется ( помогите ) - ^ Берман, Х.; Хенрик, К.; Накамура, Х.; Маркли, Дж.Л. (2007). «Всемирный банк данных о белках (wwPDB): обеспечение единого унифицированного архива данных PDB» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (дополнение_1): D301–D303. дои : 10.1093/nar/gkl971 . ПМЦ 1669775 . ПМИД 17142228 .
- ^ Ульрих, EL; Маркли, Дж. Л. (2013). «БМРБ». В Робертсе, GCK (ред.). Энциклопедия биофизики . Берлин, Гейдельберг: Springer. стр. 195–196. дои : 10.1007/978-3-642-16712-6_315 . ISBN 978-3-642-16711-9 .
- ^ «Текущее содержимое архива BMRB» . Веб-страница БМРБ . БМРБ . Проверено 2 января 2018 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Сетка ограничений ЯМР» . Сайт БМРБ . БМРБ . Проверено 3 января 2018 г.
- ^ «Статистика химического сдвига BMRB» . Сайт БМРБ . БМРБ . Проверено 3 января 2018 г.
- ^ «Интерфейс сетки запросов BMRB» . Сайт БМРБ . БМРБ . Проверено 3 января 2018 г.
- ^ «Поиск BMRB FASTA» . Сайт БМРБ . БМРБ . Проверено 9 января 2018 г.
- ^ «Поиск БРМБ» . Сайт БМРБ . БМРБ . Проверено 9 января 2018 г.
- ^ «Поиск метаболомики BMRB» . Сайт БМРБ . БМРБ . Проверено 9 января 2018 г.
- ^ «Системы депонирования данных BMRB» . Сайт БМРБ . БМРБ . Проверено 9 января 2018 г.
- ^ «Конвертировать файл данных» . Сайт БМРБ . БМРБ . Проверено 9 января 2018 г.
- ^ «Генератор таблицы атомов BMRB» . Сайт БМРБ . БМРБ . Проверено 9 января 2018 г.
- ^ «Инструкции по загрузке данных ЯМР во временной области по FTP» . Сайт БМРБ . БМРБ . Проверено 9 января 2018 г.
- ^ «Инструменты проверки» . Сайт БМРБ . БМРБ . Проверено 10 января 2018 г.
- ^ «Экскурсия по системе осаждения OneDep» . сайт WWPDB . ПДБ . Проверено 9 января 2018 г.