Программа визуализации Сириус

Сириус
Разработчик(и)	Суперкомпьютерный центр Сан-Диего
Финальный выпуск	1.2 / 18 ноября 2008 г .; 15 лет назад
Операционная система	Кроссплатформенность : Windows , Linux , macOS.
Тип	Молекулярное моделирование
Лицензия	Проприетарное бесплатное программное обеспечение для академических и некоммерческих организаций.
Веб-сайт	сеть .архив .org /веб /20110406034756 /http: //Сириус .sdsc .edu /

Sirius — система молекулярного моделирования и анализа, разработанная в Суперкомпьютерном центре Сан-Диего . Sirius разработан с учетом требований продвинутых пользователей, выходящих за рамки простого отображения небольших молекул и белков . Sirius поддерживает высококачественную интерактивную 3D-графику , построение структур, отображение белков или ДНК первичных последовательностей , доступ к удаленным источникам данных и визуализацию молекулярной динамики траекторий . Его можно использовать для научной визуализации и анализа, а также химии и биологии обучения .

Это программное обеспечение больше не поддерживается с 2011 года.

Ключевые особенности

Sirius поддерживает множество приложений с набором функций, в том числе:

Построение и редактирование химических структур с использованием библиотеки фрагментов
Структура белка и выравнивание последовательностей
Интерпретатор командной строки и поддержка сценариев полностью совместимы с существующими RasMol . сценариями
Полная поддержка молекулярной динамики. визуализации траектории
Поиск BLAST непосредственно в Protein Data Bank и Uniprot. базе данных
Возможность перемещать части загруженных данных, замораживая остальные.
Интерактивный расчет водородных связей , стерических столкновений, графиков Рамачандрана
Поддержка всех основных форматов структур и последовательностей.
В комплекте POV-Ray для создания фотореалистичных изображений
Интегрированное выделение и раскрашивание отдельных компонентов визуализации.

Sirius основан на молекулярном графическом коде и структурах данных, разработанных как часть Molecular Biology Toolkit. ^{[ 1 ]}

RasMol-совместимые сценарии

В Sirius имеется интерпретатор командной строки, который можно использовать для быстрого управления внешним видом и ориентацией конструкции. Набор команд создан по образцу RasMol , поэтому он полностью совместим с существующими скриптами. Добавленные команды, представленные в Sirius, обеспечивают поддержку управления несколькими структурами, загружаемыми одновременно, и обеспечивают более гибкий выбор.

Существующие сценарии RasMol можно импортировать и запускать в Sirius для создания высококачественных представлений закодированных молекулярных сцен. Поскольку RasMol использует систему координат, отличную от системы Sirius, при импорте сценариев RasMol выполняется внутреннее преобразование, поэтому любые изменения ориентации отображаются правильно. Однако любые введенные вручную команды выполняются в соответствии с системой координат Сириуса. ^{[ 2 ]}

Sirius поддерживает несколько предопределенных наборов атомов-остатков и цветовых схем, позволяет редактировать сценарии с помощью интерфейса панели команд, а логические операторы и круглые скобки можно использовать для создания сложных команд выбора.

Визуализация траекторий молекулярной динамики

Sirius содержит полнофункциональный компонент визуализации молекулярной динамики. Он может читать выходные файлы моделирования AMBER и CHARMM , включая сжатые и выходные файлы AMBER. Изменения RMSD вдоль траектории можно рассчитать с использованием определяемых пользователем подмножеств атомов и отобразить на интерактивно обновляемом графике. Чтобы уменьшить требования к памяти, большие многофайловые симуляции можно загружать в буферизованном режиме. Если моделирование включает изменения в сворачивании белка , Sirius можно настроить на отслеживание и повторный расчет отображаемых особенностей вторичной структуры в реальном времени, что обеспечивает удобный способ наблюдения за трансформацией структуры. Полную траекторию или выбранные кадры можно экспортировать в виде видео QuickTime или набора снимков сцены POV-Ray , которые позже можно преобразовать в высококачественный фильм.

Доступ и загрузка

Sirius распространяется бесплатно с сайта проекта среди лиц, связанных с академическими и некоммерческими организациями. ^{[ 3 ]} Собственные установщики настольных приложений доступны для Windows , Linux и macOS .

См. также

Ссылки

^ Набор инструментов молекулярной биологии. Архивировано 14 декабря 2012 г. на archive.today.
^ Сириус, помощь
^ Загрузки Сириуса

Внешние ссылки

[1] Набор инструментов молекулярной биологии. Архивировано 14 декабря 2012 г. на archive.today.

[2] Сириус, помощь

[3] Загрузки Сириуса

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]