✖


Jump to content

Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики

Это список компьютерных программ, которые преимущественно используются для расчетов по молекулярной механике .

Имя Посмотреть 3D Конструктор моделей Мин доктор медицинских наук МК быстрый сон МК Бес графический процессор Комментарии Лицензия Веб-сайт
ЯНТАРЬ [1] Нет Да Да Да Да Да я Да Да High Performance MD, комплексные инструменты анализа Собственный , Бесплатный с открытым исходным кодом ЯНТАРНЫЙ MD
Морское ушко Да Да Да Да Да Да я Да Да Биомолекулярное моделирование, сворачивание белков. Собственный , бесплатный, коммерческий Гибкая молекула
АПД Да Да Да Да Да Нет Да Да Да Пакет моделирования: ReaxFF , UFF, QM-MM с силовыми полями Янтаря и Трипоса, DFT и полуэмпирические методы , конформационный анализ с помощью RDKit; частично с графическим ускорением Собственная , коммерческая , бесплатная пробная версия СКМ
Аскалаф Дизайнер Да Да Да Да Да Да я Да Да Молекулярное построение (ДНК, белки, углеводороды, нанотрубки), молекулярная динамика, ускорение на графическом процессоре Смешанный: бесплатный с открытым исходным кодом ( GNU GPL ) и коммерческий. Проект Аскалаф
Авогадро Да Да Да Нет Нет Нет я Нет Нет Построение молекул, редактирование (пептиды, малые молекулы, кристаллы), конформационный анализ, преобразование 2D/3D; расширяемые интерфейсы к другим инструментам Бесплатная с открытым исходным кодом GNU GPL Авогадро
БОСС Нет Нет Да Нет Да Нет Да Нет Нет ОПЛС Собственный Йельский университет
ШАРММ Нет Да Да Да Да я я Да Да Коммерческая версия с несколькими графическими интерфейсами продается компанией BIOVIA (как CHARMm), ранее Accelrys. Собственный , коммерческий charmm.org
ЧЕМКИН Нет Нет Нет Нет Нет Нет Нет Нет Нет Кинетика химических реакций. Собственный ЧЕМКИН
CP2K Нет Нет Да Да Да Нет Да Да Да CP2K может выполнять атомистическое и молекулярное моделирование твердотельных, жидких и биологических систем. Бесплатная с открытым исходным кодом версия GNU GPLv2 или более поздняя версия. CP2K
Десмонд Да Да Да Да Нет Да Нет Нет Да Высокая производительность MD; имеет комплексный графический интерфейс для создания, визуализации и просмотра результатов, а также настройки и запуска вычислений. Собственный , коммерческий или бесплатный DE Shaw Research Шрёдингер
Дискавери Студия Да Да Да Да Да Нет Да Да Да Комплексный набор приложений для моделирования и моделирования биологических наук, ориентированный на оптимизацию процесса открытия лекарств: моделирование малых молекул, QM-MM, моделирование фармафоров, QSAR, стыковка белков с лигандами, моделирование гомологии белков, анализ последовательностей, стыковка белков с белками, моделирование антител и т. д. . Собственная версия , доступна пробная версия Дассо Системс БИОВИА
(ранее Аксельрис)
fold.it Да/Нет Да Да Да Да Да я Нет Нет Вашингтонский университет и лаборатория Бейкера; предсказание структуры, сворачивание белков Собственный , коммерческий или бесплатный Страница загрузкиfold.it. Архивировано 4 апреля 2011 г. на Wayback Machine.
FoldX я Да Да Нет Нет Нет Нет Нет Нет Энергетические расчеты, дизайн белков Собственный , коммерческий или бесплатный КРГ
ГРОМАКС Нет Нет Да Да Нет [2] Да я Да [3] Да Высокопроизводительный MD Бесплатная с открытым исходным кодом GNU GPL gromacs.org
ГРОМОС Нет Нет Да Да Да Да Да Да Да Предназначен для биомолекул. Собственный , коммерческий Сайт ГРОМОС
ЛАММПС Да Да Да Да Да Да я Да Да Имеет потенциал для мягких и твердотельных материалов и крупнозернистых систем. Бесплатный открытый исходный код , GNU GPLv2. Сандия
Макромодель Да Да Да Да Да Нет я Да Нет OPLS-AA, MMFF, модель растворителя GBSA, конформационная выборка, минимизация, МД. Включает графический интерфейс Maestro, который обеспечивает визуализацию, построение молекул, настройку вычислений, запуск заданий и мониторинг, организацию результатов на уровне проекта, доступ к набору других программ моделирования. Собственный Шрёдингер
КАРТЫ [4] Да Да Да Да Да Да Да Нет Да Инструменты создания, визуализации и анализа в одном пользовательском интерфейсе с доступом к нескольким механизмам моделирования. Собственная версия , доступна пробная версия Сайеномика
Студия материалов Да Да Да Да Да Нет Да Да Да Среда, которая переносит технологию моделирования материалов на настольные компьютеры, решая ключевые проблемы в процессах исследований и разработок. Собственная версия , доступна пробная версия Дассо Системс БИОВИА
(ранее Аксельрис)
МБН Эксплорер [5] + МБН Студия Да Да Да Да Да Нет Нет Да Да Стандартные и реактивные силовые поля CHARMM; молекулярный моделлер (углеродные наноматериалы, биомолекулы, нанокристаллы); явная библиотека примеров Собственная версия , доступна бесплатная пробная версия Исследовательский центр МБН
МДынаМикс Нет Нет Нет Да Нет Нет Нет Нет Нет Параллельный МД Бесплатная с открытым исходным кодом GNU GPL Стокгольмский университет
MOE Да Да Да Да Нет Нет я Да Нет Молекулярная операционная среда (MOE) Собственный Группа химических вычислений
мс2 Да Да Да Да Да Нет Нет Нет Нет прямое вычисление большого количества теплофизических свойств на лету. Основное применение ms2 — для жидкостей. Бесплатный открытый исходный код ms-2.de
ОпенММ Нет Нет Да Да Да Да Нет Да Да Высокопроизводительный MD, очень гибкий, с поддержкой сценариев Python Бесплатный с открытым исходным кодом MIT ОпенММ
Орак Нет Нет Да Да Нет Да Нет Да Нет Программа моделирования молекулярной динамики для исследования поверхностей свободной энергии в биомолекулярных системах на атомном уровне. Бесплатный открытый исходный код Страница загрузки Orac
НАМД + ВМД Да Да Да Да Нет Да я Да Да Быстрое параллельное MD, CUDA Собственная собственность , бесплатное академическое использование, исходный код Институт Бекмана
СЗХим Нет Нет Да Да Нет Нет Да Нет Нет Высокопроизводительное программное обеспечение для вычислительной химии, включающее квантовую механику, молекулярную динамику и комбинированные методы КМ-ММ. Бесплатный открытый исходный код , лицензия образовательного сообщества, версия 2.0. СЗХим
Программа локальной оптимизации белка Нет Да Да Да Да Нет Нет Нет Нет Оптимизация спирали, петли и боковой цепи, быстрая минимизация энергии Собственный Плоп вики
вопрос Нет Нет Нет Да Нет Нет Нет Нет Нет (I) Моделирование возмущений свободной энергии (FEP), (II) эмпирическая валентная связь (EVB), расчеты свободных энергий реакции, (III) расчеты энергии линейного взаимодействия (LIE) сродства связывания рецептор-лиганд Бесплатная с открытым исходным кодом версия GNU GPLv2 или более поздняя версия. вопрос
КвантумАТК Да Да Да Да Да Нет Да Да Нет Полная платформа атомистического моделирования для материаловедения. Он включает в себя механизмы моделирования DFT (плоские волны и LCAO), полуэмпирические модели и силовые поля. Собственный , коммерческий Синопсис КвантумАТК
САМСОН Да Да Да Да Нет Нет Да Нет Нет Вычислительная нанонаука (науки о жизни, материалы и т. д.). Модульная архитектура, модули, называемые SAMSON Elements. Собственность , бесплатно САМСОН Коннект
Сигресс Да Да Да Да Нет Нет Да Да Нет ММ , ДПФ , полуэмпирические методы , параллельная МД , конформационный анализ, линейное масштабирование СКФ, стыковка белок-лиганд , пакетная обработка , виртуальный скрининг , автоматизированные построители (молекулярная динамика, белки, кристаллы) Собственный SCIGRESS.com
спартанский Да Да Да Нет Да Нет Да Да Нет Инструменты ММ и КМ для малых молекул (< 2000 а.е.м.) для определения конформации, структуры, свойств, спектров, реакционной способности и селективности. Собственная версия , доступна бесплатная пробная версия Волновая функция, Inc.
ТераХем Нет Нет Да Да Нет Нет Да Нет Да Высокопроизводительный пакет программного обеспечения с ускорением ab initio для молекулярной динамики на графическом процессоре и пакет программного обеспечения TD/ DFT для очень больших молекулярных или даже наноразмерных систем. Работает на NVIDIA графических процессорах и 64-разрядной версии Linux , имеет сильно оптимизированный CUDA код . Собственные , доступны пробные лицензии ООО «ПетаХим»
ТИНКЕР я Да Да Да Да я я Да Да Программные инструменты для молекулярного дизайна-Tinker-OpenMM [6]

Программные инструменты для молекулярного дизайна-Tinker-HP [7]

Собственность , бесплатно Вашингтонский университет
UCSF Химера Да Да Да Нет Нет Нет Нет Нет Нет Визуально привлекательная программа просмотра, аминокислотные ротамеры и другие постройки, включая Antechamber и MMTK, плагины Ambertools в разработке. Собственное бесплатное академическое использование Калифорнийский университет
ОСТАЛОСЬ Да Да Да Да Нет Нет Да Нет Да Молекулярная графика, моделирование, симуляция Собственный YASARA.org

См. также [ править ]

Примечания и ссылки [ править ]

  1. ^ «Цитаты для Эмбер» . ambermd.org . Проверено 15 июня 2021 г.
  2. ^ Харрисон Э.Т., Вайднер Т., Кастнер Д.Г., Интерланди Дж. (2017). «Прогнозирование ориентации белка G B1 на гидрофобных поверхностях с помощью моделирования Монте-Карло» . Биоинтерфазы . 12 (2): 02Д401. дои : 10.1116/1.4971381 . ПМЦ   5148762 . ПМИД   27923271 .
  3. ^ Неявный растворитель - Gromacs. Архивировано 29 июля 2014 г., в Wayback Machine.
  4. ^ «КАРТЫ» . Архивировано из оригинала 28 ноября 2019 г. Проверено 14 ноября 2016 г.
  5. ^ И.А. Соловьев; А.В. Якубович; П.В. Николаев; И. Волковец; А.В. Соловьев (2012). «MesoBioNano Explorer — универсальная программа для многомасштабного компьютерного моделирования сложной молекулярной структуры и динамики». Дж. Компьютер. Хим . 33 (30): 2412–2439. дои : 10.1002/jcc.23086 . ПМИД   22965786 . S2CID   22553279 .
  6. ^ М. Харгер; Д. Ли; З. Ван; К. Долби; Л. Лагардер; Ж.-П. Пикемаль; Дж. Пондер; П. Рен (2017). «Tinker-OpenMM: Абсолютная и относительная алхимическая свободная энергия с использованием AMOEBA на графических процессорах» . Журнал вычислительной химии . 38 (23): 2047–2055. дои : 10.1002/jcc.24853 . ПМЦ   5539969 . ПМИД   28600826 .
  7. ^ Л. Лагардер; Л.-Х. Веселый; Ф. Липпарини; Ф. Авиат; Б. Штамм; Цзы Ф. Цзин; М. Харгер; Х. Торабифард; Г.А. Сиснерос; М. Дж. Шнидерс; Н. Греш; Ю. Мадей; ПЯ Рен; Дж. В. Пондер; Ж.-П. Пикемаль (2018). «Tinker-HP: пакет молекулярной динамики с массовым параллелизмом для многомасштабного моделирования больших сложных систем с усовершенствованными точечными дипольными поляризуемыми силовыми полями» . Химическая наука . 9 (4): 956–972. дои : 10.1039/C7SC04531J . ПМК   5909332 . ПМИД   29732110 .

Внешние ссылки [ править ]

Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Comparison_of_software_for_molecular_mechanics_modeling&oldid=1216762931"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 7ec94d39fdc484ec130a59bf636aab4f__1711994520
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/7e/4f/7ec94d39fdc484ec130a59bf636aab4f.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Comparison of software for molecular mechanics modeling - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)