✖


Jump to content

Сравнение программного обеспечения для моделирования нуклеиновых кислот

Это список известных компьютерных программ, которые используются для моделирования нуклеиновых кислот .

Имя Посмотреть 3D Сборка модели Мин доктор медицинских наук МК быстрый сон ЭЛТ Int Опыт Бес Свет графический процессор Комментарии Лицензия Веб-сайт
Морское ушко Да Да Да Да Да Да Да Нет Да Да Да Да ДНК , белки , лиганды Бесплатно Гибкая молекула
ЯНТАРЬ [1] Нет Да Да Да Нет Да Да Нет Да Да Да Да [2] ЯНТАРНОЕ силовое поле Собственный ambermd.org
Аскалаф Дизайнер Да Да Да Да Нет Нет Да Нет Да Да Да Нет ЯНТАРЬ Бесплатно, лицензия GPL biomolecular-modeling.com
ШАРММ Нет Да Да Да Да Нет Да Нет Да Да Да Нет CHARMM Силовое поле Собственный charmm.org
CP2K Нет Нет Да Да Да Да Да Нет Да Нет Нет Да Бесплатно, лицензия GPL cp2k.org
Прогнозист (встроенный) [3] Да Нет Да Нет Нет Нет Да Нет Да Нет Да Нет Стыковка малых молекул с нуклеиновыми кислотами при размещении воды Бесплатно для научных кругов, собственность Молекулярный прогнозист. Архивировано 9 июля 2019 г. в Wayback Machine.
ИКМ [4] Да Да Да Нет Да Нет Нет Да Нет Да Нет Нет Глобальная оптимизация Собственный Молсофт
ДЖУМНА [5] Нет Да Да Нет Нет Нет Нет Да Нет Да Нет Нет Собственный
МДынаМикс [6] Да Да Нет Да Нет Нет Да Нет Да Нет Да Нет Общий доктор медицинских наук Бесплатно, лицензия GPL Стокгольмский университет
Молекулярная операционная среда (MOE) Да Да Да Да Нет Нет Да Нет Да Нет Да Нет Собственный Группа химических вычислений
Строитель нуклеиновых кислот (NAB) [7] Нет Да Нет Нет Нет Нет Нет Нет Нет Нет Нет Нет Создает модели необычной ДНК и РНК. Бесплатно, лицензия GPL Университет Нью-Джерси
НАномасштабная молекулярная динамика ( NAMD ) Да Нет Да Да Нет Нет Да Нет Да Нет Да Да Быстрое параллельное MD, CUDA Бесплатно Университет Иллинойса
окДНК [8] [9] Да Да Да Да Да Да Да Нет Нет Да Нет Да Грубозернистые модели ДНК, РНК Бесплатно, лицензия GPL dna.physics.ox.ac.uk

LAMMPS CG-ДНК

КРНКАС [10] Нет Нет Да Нет Нет Нет Да Нет Нет Да Нет Нет Уточнение моделей РНК , ДНК и гибридов в высоком разрешении с использованием AMBER силового поля . Бесплатно, лицензия GPL Генесилико Github
СимРНК [11] Да Да Нет Нет Да Да Да Да Нет Да Нет Нет Грубозернистое моделирование РНК Бесплатно для академических, проприетарных Генесилико
СимРНКвеб [12] Да Да Нет Нет Да Да Да Да Нет Да Нет Нет Грубозернистое моделирование РНК Бесплатно Генесилико
ОСТАЛОСЬ Да Да Да Да Нет Нет Да Нет Да Нет Да Нет Интерактивное моделирование Собственный www.YASARA.org

См. также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Корнелл В.Д.; Цеплак П.; Бэйли CI; Гулд ИР; Мерц К.М., младший; Фергюсон DM; Спеллмейер, округ Колумбия; Фокс Т.; Колдуэлл Дж.В.; Коллман П.А. (1995). «Силовое поле второго поколения для моделирования белков, нуклеиновых кислот и органических молекул». Дж. Ам. хим. Соц . 117 (19): 5179–5197. CiteSeerX   10.1.1.323.4450 . дои : 10.1021/ja00124a002 .
  2. ^ «Реализация графического процессора pmemd.cuda» .
  3. ^ Вэй, Ванлей; Ло, Цзяин; Вальдиспюль, Жером; Муатсье, Николя (24 июня 2019 г.). «Прогнозирование положения мостиковых молекул воды в комплексах нуклеиновая кислота-лиганд» . Журнал химической информации и моделирования . 59 (6): 2941–2951. doi : 10.1021/acs.jcim.9b00163 . ISSN   1549-960X . ПМИД   30998377 . S2CID   121630416 .
  4. ^ Абагян Р.А., Тотров М.М., Кузнецов Д.А. (1994). «Icm: новый метод моделирования и дизайна белков: применение к стыковке и прогнозированию структуры на основе искаженной нативной конформации». Дж. Компьютер. Хим . 15 (5): 488–506. дои : 10.1002/jcc.540150503 . S2CID   206038130 .
  5. ^ Лавери Р., Закшевска К. и Скленар Х. (1995). «JUMNA: минимизация соединений нуклеиновых кислот». Вычислить. Физ. Коммун . 91 (1–3): 135–158. Бибкод : 1995CoPhC..91..135L . дои : 10.1016/0010-4655(95)00046-I . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  6. ^ А.П.Любарцев, А.Лааксонен (2000). «MDynaMix - масштабируемый портативный пакет параллельного МД-моделирования для произвольных молекулярных смесей». Компьютерная физика. Коммуникации . 128 (3): 565–589. Бибкод : 2000CoPhC.128..565L . дои : 10.1016/S0010-4655(99)00529-9 .
  7. ^ Маке Т. и Кейс Д.А. (1998). «Моделирование необычных структур нуклеиновых кислот». Молекулярное моделирование нуклеиновых кислот : 379–393.
  8. ^ Петр Шульц; Флавио Романо; Томас Э. Олдридж; Лоренцо Ровигатти; Джонатан П.К. Дой; Ард А. Луи (2012). «Зависящая от последовательности термодинамика крупнозернистой модели ДНК». Дж. Хим. Физ . 137 (13): 135101. arXiv : 1207.3391 . Бибкод : 2012JChPh.137m5101S . дои : 10.1063/1.4754132 . ПМИД   23039613 . S2CID   15555697 .
  9. ^ Оливер Хенрих; Яир Аугусто Гутьеррес Фосадо; Тайн Курк; Томас Э. Олдридж (2018). «Крупнозернистое моделирование ДНК с использованием LAMMPS: реализация модели oxDNA и ее приложения». Евро. Физ. Дж . Э. 41 (5): 57. arXiv : 1802.07145 . дои : 10.1140/epje/i2018-11669-8 . ПМИД   29748779 . S2CID   3431325 .
  10. ^ Стасевич, Юлиуш; Мукерджи, Сунандан; Нитин, Чандран; Буйницкий, Януш М. (21 марта 2019 г.). «QRNAS: программный инструмент для уточнения структур нуклеиновых кислот» . BMC Структурная биология . 19 (1): 5. дои : 10.1186/s12900-019-0103-1 . ISSN   1472-6807 . ПМК   6429776 . ПМИД   30898165 .
  11. ^ Бонецкий, Михал Дж.; Лах, Гжегож; Доусон, Уэйн К.; Томала, Конрад; Лукаш, Павел; Солтысинский, Томаш; Ротер, Кристиан М.; Буйницкий, Януш М. (19 декабря 2015 г.). «SimRNA: крупнозернистый метод моделирования сворачивания РНК и предсказания трехмерной структуры» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (7): е63. дои : 10.1093/nar/gkv1479 . ISSN   0305-1048 . ПМЦ   4838351 . ПМИД   26687716 .
  12. ^ Магнус, Марцин; Бонецкий, Михал Ю.; Доусон, Уэйн; Буйницкий, Януш М. (19 апреля 2016 г.). «SimRNAweb: веб-сервер для трехмерного моделирования структуры РНК с дополнительными ограничениями» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (П1): W315–W319. дои : 10.1093/nar/gkw279 . ISSN   0305-1048 . ПМЦ   4987879 . ПМИД   27095203 .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Comparison_of_nucleic_acid_simulation_software&oldid=1190746793"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: ef917ec4afe0b14b128bd9a6aa3eaa26__1702992360
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/ef/26/ef917ec4afe0b14b128bd9a6aa3eaa26.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Comparison of nucleic acid simulation software - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)