МДынаМикс
 Моделирование ДНК на MDynaMix | |
| Оригинальный автор(ы) | Аатто Лааксонен, Александр Любарцев |
|---|---|
| Разработчик(и) | Стокгольмский университет , факультет химии материалов и окружающей среды, факультет физической химии |
| Первоначальный выпуск | 1993 год |
| Стабильная версия | 5.3.0 / 15 января 2019 г [1] |
| Написано в | Фортран 77-90 |
| Операционная система | Unix , Unix-подобные , Linux , Windows |
| Платформа | x86 , x86-64 , Крей |
| Доступно в | Английский |
| Тип | Молекулярная динамика |
| Лицензия | лицензия GPL |
| Веб-сайт | www |
Молекулярная динамика смесей ( MDynaMix ) — это пакет компьютерного программного обеспечения для молекулярной динамики общего назначения , предназначенный для моделирования смесей молекул, взаимодействующих AMBER и CHARMM типа силовыми полями в периодических граничных условиях . [2] [3] Включены алгоритмы для NVE, NVT, NPT, анизотропных ансамблей NPT и суммирования Эвальда для обработки электростатических взаимодействий.Код был написан на смеси Fortran 77 и 90 (с интерфейсом передачи сообщений (MPI) для параллельного выполнения). Пакет работает на рабочих станциях Unix и Unix-подобных ( Linux ), кластерах рабочих станций и в Windows в последовательном режиме.
MDynaMix разработан на кафедре физической химии кафедры химии материалов и химии окружающей среды Стокгольмского университета , Швеция. Он распространяется как программное обеспечение с открытым исходным кодом под лицензией GNU General Public License (GPL).
Программы
[ редактировать ]- md — основной блок MDynaMix.
- makemol — утилита, которая помогает создавать файлы, описывающие молекулярную структуру и силовое поле.
- Tranal — набор утилит для анализа траекторий
- mdee — версия программы, которая реализует метод расширенного ансамбля для вычисления свободной энергии и химического потенциала (не распараллеливается).
- mge предоставляет графический интерфейс пользователя для построения молекулярных моделей и мониторинга динамического процесса.
Область применения
[ редактировать ]- Термодинамические свойства жидкостей [4]
- Взаимодействие нуклеиновой кислоты с ионами [5]
- Моделирование липидных бислоев [6]
- Полиэлектролиты [7]
- Ионные жидкости [8] [9]
- Рентгеновские спектры жидкой воды [10]
- силового поля Развитие [11] [12]
См. также
[ редактировать ]
- Морское ушко (молекулярная механика)
- ЯНТАРЬ
- Аскалаф Дизайнер
- БОСС (молекулярная механика)
- ШАРМ
- ГРОМАКС
- Макромодель
- Редактор молекул
- Молекулярное моделирование
- Программное обеспечение для молекулярного дизайна
- НАМД
- Тинкер (программное обеспечение)
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Домашняя страница MDynaMix» . fos.su.se. Проверено 15 апреля 2021 г.
- ^ А.П.Любарцев, А.Лааксонен (2000). «MDynaMix - масштабируемый портативный пакет параллельного МД-моделирования для произвольных молекулярных смесей». Компьютерная физика. Коммуникации . 128 (3): 565–589. Бибкод : 2000CoPhC.128..565L . дои : 10.1016/S0010-4655(99)00529-9 .
- ^ А.П.Любарцев, А.Лааксонен (1998). «Параллельное молекулярно-динамическое моделирование биомолекулярных систем». Прикладные параллельные вычисления. Крупномасштабные научные и промышленные задачи . Конспекты лекций по информатике. Том. 1541. Гейдельберг: Springer Berlin. стр. 296–303. дои : 10.1007/BFb0095310 . ISBN 978-3-540-65414-8 . S2CID 26892490 .
- ^ Т. Кузнецова и Б. Квамме (2002). «Термодинамические свойства и межфазное натяжение модельной системы вода – углекислый газ». Физ. хим. хим. Физ . 4 (6): 937–941. Бибкод : 2002PCCP....4..937K . дои : 10.1039/b108726f .
- ^ Ю. Ченг, Н. Королев и Л. Норденшельд (2006). «Сходства и различия во взаимодействии K+ и Na+ с конденсированной упорядоченной ДНК. Исследование компьютерного моделирования молекулярной динамики» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (2): 686–696. дои : 10.1093/nar/gkj434 . ПМЦ 1356527 . ПМИД 16449204 .
- ^ К.-Ж. Хёгберг; А.М.Никитин, А.П.Любарцев (2008). «Модификация силового поля CHARMM для липидного бислоя DMPC». Журнал вычислительной химии . 29 (14): 2359–2369. дои : 10.1002/jcc.20974 . ПМИД 18512235 . S2CID 8599984 .
- ^ А. Вишняков, А. В. Неймарк (2008). «Особенности сольватации сульфированных полиэлектролитов в воде, диметилметилфосфонате и их смеси: исследование молекулярного моделирования». Дж. Хим. Физ . 128 (16): 164902. Бибкод : 2008JChPh.128p4902V . дои : 10.1063/1.2899327 . ПМИД 18447495 . S2CID 948639 .
- ^ Г. Раабе и Дж. Кёлер (2008). «Термодинамические и структурные свойства ионных жидкостей на основе имидазолия на основе молекулярного моделирования». Дж. Хим. Физ . 128 (15): 154509. Бибкод : 2008JChPh.128o4509R . дои : 10.1063/1.2907332 . ПМИД 18433237 .
- ^ Х. Ву; З. Лю; С. Хуан; В. Ван (2005). «Молекулярно-динамическое моделирование ионной жидкой смеси [bmim][BF 4 ] и ацетонитрила при комнатной температуре с помощью уточненного силового поля». Физ. хим. хим. Физ . 7 (14): 2771–2779. Бибкод : 2005PCCP....7.2771W . дои : 10.1039/b504681p . ПМИД 16189592 .
- ^ РЛК Ван, Х. Дж. Кройцер и М. Грунце (2006). «Теоретическое моделирование и интерпретация спектров рентгеновского поглощения жидкой воды». Физ. хим. хим. Физ . 8 (41): 4744–4751. Бибкод : 2006PCCP....8.4744W . дои : 10.1039/b607093k . ПМИД 17043717 .
- ^ А.М. Никитин, А.П. Любарцев (2007). «Новая шестиузловая модель ацетонитрила для моделирования жидкого ацетонитрила и его водной смеси». Дж. Компьютер. Хим . 28 (12): 2020–2026. дои : 10.1002/jcc.20721 . ПМИД 17450554 . S2CID 5333395 .
- ^ Э.С.Бёса; Э. Бернардия; Х. Стассена; ПФБ Гонсалвес (2008). «Сольватация одновалентных анионов в формамиде и метаноле: параметризация модели IEF-PCM». Химическая физика . 344 (1–2): 101–113. Бибкод : 2008CP....344..101B . doi : 10.1016/j.chemphys.2007.12.006 .