БОСС (молекулярная механика)
| Оригинальный автор(ы) | Уильям Л. Йоргенсен |
|---|---|
| Разработчик(и) | Исследовательская группа Йоргенсена, Йельский университет |
| Первоначальный выпуск | 1987 год |
| Стабильная версия | 4,9 / Январь 2013 г |
| Написано в | Фортран |
| Операционная система | Юникс , Линукс , Windows |
| Платформа | х86 , х86-64 |
| Доступно в | Английский |
| Тип | Молекулярное моделирование |
| Лицензия | Собственный |
| Веб-сайт | татуировка |
 | Эта статья в значительной степени или полностью опирается на один источник . ( февраль 2024 г. ) |
Система биохимического и органического моделирования ( BOSS ) — это программа молекулярного моделирования общего назначения, которая выполняет молекулярной механики расчеты Metropolis Monte Carlo , статистическое моделирование и полуэмпирические Austin Model 1 (AM1), PM3 и PDDG/PM3 расчеты квантовой механики . [1] Расчеты молекулярной механики охватывают минимизацию энергии, анализ нормального режима и конформационный поиск с помощью силовых полей Optimized Potentials for Liquid Simulation ( OPLS ). BOSS разработан профессором Уильямом Л. Йоргенсеном из Йельского университета и распространяется на коммерческой основе компаниями Cemcomco, LLC и Schrödinger , Inc.
Ключевые особенности
[ редактировать ]- OPLS силового поля изобретатель
- Оптимизация геометрии
- Полуэмпирическая квантовая химия
- MC-моделирование чистых жидкостей, растворов, кластеров или газофазных систем
- Свободные энергии вычисляются на основе теории статистических возмущений ( возмущений свободной энергии (FEP))
- TIP3P, TIP4P и TIP5P. Водяные модели
См. также
[ редактировать ]- Молекулярное моделирование
- Молекулярная графика
- Редактор молекул
- Программное обеспечение для молекулярного дизайна
- Список программного обеспечения для молекулярного моделирования Монте-Карло
- Список систем молекулярной графики
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Морское ушко (молекулярная механика)
- ЯНТАРЬ
- Аскалаф Дизайнер
- ШАРМ
- ГРОМАКС
- МДынаМикс
- НАМД
- Тинкер (программное обеспечение)
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Йоргенсен, В.Л.; Тирадо-Ривс, Дж. (2005). «Молекулярное моделирование органических и биомолекулярных систем с использованием BOSS и MCPRO». Дж. Компьютер. Хим . 26 (16): 1689–1700. дои : 10.1002/jcc.20297 . ПМИД 16200637 .