Список программного обеспечения для молекулярного моделирования Монте-Карло
Это список компьютерных программ, использующих методы Монте-Карло для молекулярного моделирования .
- Abalone классический гибридный MC
- БОСС классический
- казино сколько [1]
- Кассандра классическая [2]
- CP2K
- ПРАЗДНИК классика [3]
- ГОМК классический [4]
- Внутренняя_координатная_механика ICM от MolSoft classic [5]
- Макромодель классическая
- Материалы Студия классика
- мс 2 [6] [7] [8] [9] классический
- РАСПА классическая [10]
- QMCPACK квант [11]
- спартанская классика
- Тинкер классический
- ТрансРот классический [12]
- Тауи классический [13]
См. также
[ редактировать ]- Список программного обеспечения для квантовой химии и физики твердого тела
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Сравнение программного обеспечения для моделирования нуклеиновых кислот
- Программное обеспечение для молекулярного дизайна
- Редактор молекул
- www.molsoft.com
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Потребности, Р.Дж.; Таулер, доктор медицины; Драммонд, Северная Дакота; Риос, П. Лопес (20 января 2010 г.). «Континуальные вариационные и диффузионные квантовые расчеты Монте-Карло». J. Phys.: Condens. Иметь значение . 22 (2): 023201. arXiv : 1002.2127 . дои : 10.1088/0953-8984/22/2/023201 .
- ^ Шах, Джиндал К.; Марин-Римольди, Элисео; Маллен, Райан Готчи; Кин, Брайан П.; Хан, Сандип; Палух, Эндрю С.; Рай, Нирадж; Романьело, Люсьен Л.; Рош, Томас В.; Йоу, Брайан; Магинн, Эдвард Дж. (15 июля 2017 г.). «Кассандра: пакет Монте-Карло с открытым исходным кодом для молекулярного моделирования» . Журнал вычислительной химии . 38 (19): 1727–1739. дои : 10.1002/jcc.24807 . ПМИД 28436594 .
- ^ Хэтч, Гарольд; Махинский, Натан; Шен, Винсент (1 марта 2018 г.). «FEASST: Набор инструментов для моделирования свободной энергии и расширенного отбора проб» . Журнал исследований Национального института стандартов и технологий . 123 : 1–3. дои : 10.6028/jres.123.004 . ПМЦ 7339717 . ПМИД 34877133 .
- ^ Неджахи, Юнес; Соруш Бархаги, Мохаммед; Мик, Джейсон; Джекман, Брок; Рушайдат, Камель; Ли, Юаньчжэ; Швиберт, Лорен; Потофф, Джеффри (28 ноября 2018 г.). «GOMC: метод Монте-Карло, оптимизированный для графического процессора, для моделирования фазового равновесия и физических свойств сложных жидкостей» . Программное обеспечениеX . 9 : 20–27. дои : 10.1016/j.softx.2018.11.005 .
- ^ Абагян, Рубен; Тотров, Максим (28 января 2004 г.). «Смещенная вероятность конформационного поиска Монте-Карло и электростатические расчеты пептидов и белков» . Дж. Мол. Биол . 21, 235 (3) (3): 983–1002. дои : 10.1006/jmbi.1994.1052 .
- ^ Гласс, Колин В.; Райзер, Штеффен; Руткай, Габор; Дюблен, Стефан; Кестер, Андреас; Гевара-Каррион, Габриэла; Вафай, амер; Хорш, Мартин; Бернройтер, Мартин; Виндманн, Торстен; Хассе, Ганс (декабрь 2014 г.). «ms2: инструмент молекулярного моделирования термодинамических свойств, выпуск новой версии» . Компьютерная физика. Коммуникации . 185 (12): 3302–3306. arXiv : 1507.07548 . Бибкод : 2014CoPhC.185.3302G . дои : 10.1016/j.cpc.2014.07.012 . ISSN 0010-4655 . S2CID 31816838 .
- ^ Дюблен, Стефан; Экль, Бернхард; Столл, Юрген; Лищук Сергей В.; Гевара-Каррион, Габриэла; Гласс, Колин В.; Меркер, Торстен; Бернройтер, Мартин; Хассе, Ганс; Врабец, Ядран (ноябрь 2011 г.). «ms2: инструмент молекулярного моделирования термодинамических свойств» . Компьютерная физика. Коммуникации . 182 (11): 2350–2367. Бибкод : 2011CoPhC.182.2350D . дои : 10.1016/j.cpc.2011.04.026 . ISSN 0010-4655 .
- ^ Фингерхат, Робин; Гевара-Каррион, Габриэла; Нитцке, Изабель; Шарич, Денис; Маркс, Джошуа; Лангенбах, Кай; Прокопьев Сергей; Целны, Давид; Бернройтер, Мартин; Стефан, Саймон; Конс, Максимилиан (май 2021 г.). «ms2: инструмент молекулярного моделирования термодинамических свойств, версия 4.0» . Компьютерная физика. Коммуникации . 262 : 107860. Бибкод : 2021CoPhC.26207860F . дои : 10.1016/j.cpc.2021.107860 . ISSN 0010-4655 . S2CID 232283889 .
- ^ Руткай, Габор; Кестер, Андреас; Гевара-Каррион, Габриэла; Янзен, Татьяна; Шаппалс, Майкл; Гласс, Колин В.; Бернройтер, Мартин; Вафай, амер; Стефан, Саймон; Конс, Максимилиан; Райзер, Штеффен (декабрь 2017 г.). «ms2: инструмент молекулярного моделирования термодинамических свойств, версия 3.0» . Компьютерная физика. Коммуникации . 221 : 343–351. Бибкод : 2017CoPhC.221..343R . дои : 10.1016/j.cpc.2017.07.025 . ISSN 0010-4655 .
- ^ Дуббельдам, Дэвид; Калеро, София ; Эллис, Дональд Э.; Снурр, Рэндалл К. (26 февраля 2015 г.). «RASPA: программное обеспечение для молекулярного моделирования адсорбции и диффузии в гибких нанопористых материалах» . Молекулярное моделирование . 42 (2): 81–101. дои : 10.1080/08927022.2015.1010082 . ISSN 0892-7022 . S2CID 53077055 . Викиданные Q60395799 .
- ^ Ким, Дж.; и др. (QMCPACK) (27 марта 2018 г.). «QMCPACK: пакет ab initio Quantum Monte Carlo с открытым исходным кодом для изучения электронной структуры атомов, молекул и твердых тел». Физический журнал: конденсированное вещество . 30 (19): 195901. arXiv : 1802.06922 . Бибкод : 2018JPCM...30s5901K . дои : 10.1088/1361-648X/aab9c3 . ПМИД 29582782 . S2CID 4913347 .
- ^ Топпер, Роберт К.; Топпер, Стивен Л.; Ли, Санджун (21 ноября 2022 г.), Пэриш, Кэрол А.; Хопкинс, Тодд А. (ред.), «TransRot: портативный пакет программного обеспечения для моделирования отжига, оптимизации геометрии атомных и молекулярных кластеров методом Монте-Карло» , серия симпозиумов ACS , том. 1428, Вашингтон, округ Колумбия: Американское химическое общество, стр. 19–38, doi : 10.1021/bk-2022-1428.ch002 , ISBN. 978-0-8412-9743-2
- ^ Мартин, Маркус Г.; и др. (Тови) (16 сентября 2013 г.). «MCCCS Towhee: инструмент для молекулярного моделирования Монте-Карло». Молекулярное моделирование . 39 (14–15): 1212–1222. дои : 10.1080/08927022.2013.828208 . S2CID 97160184 .