Список программного обеспечения для прогнозирования структуры белков
В этом списке программного обеспечения для прогнозирования структуры белков обобщены известные программные инструменты, используемые для прогнозирования структуры белков , включая моделирование гомологии , создание нитей белка , ab initio методы , прогнозирование вторичной структуры , а также прогнозирование трансмембранной спирали и сигнальных пептидов.
Список программного обеспечения [ править ]
Ниже приведен список, который разделяет программы в соответствии с методом, используемым для прогнозирования структуры.
Гомологическое моделирование
| Имя | Метод | Описание | Дата выпуска |
|---|---|---|---|
| INTFOLD | Единый интерфейс для: прогнозирования третичной структуры/3D-моделирования, оценки качества 3D-модели, прогнозирования внутренних нарушений, прогнозирования доменов, прогнозирования остатков, связывающих белок-лиганд. | Автоматизированный веб-сервер и некоторые загружаемые программы. | |
| РапторX | удаленное обнаружение гомологии, 3D-моделирование белков, предсказание сайта связывания | Автоматизированный веб-сервер и загружаемая программа | |
| Бисквит | включает внешние программы в автоматизированный рабочий процесс | BLAST Поиск , выравнивание T-Coffee и MODELLER построение | |
| ESyPred3D | Обнаружение шаблонов, выравнивание, 3D-моделирование | Автоматизированный веб-сервер | |
| FoldX | Энергетические расчеты и дизайн белка | Загружаемая программа | |
| Фира и Фира2 | Удаленное обнаружение шаблонов, выравнивание, 3D-моделирование, использование нескольких шаблонов, с самого начала | Веб-сервер с менеджером задач, автоматически обновляемой библиотекой складок, поиском по геному и другими функциями. | |
| ХХпред | Обнаружение шаблонов, выравнивание, 3D-моделирование | Интерактивный веб-сервер со справочной системой | |
| МОДЕЛИ | Удовлетворение пространственных ограничений | Автономная программа, преимущественно на Фортране и Python. | |
| СКЛАДЫВАТЬ | Удовлетворение ограничениями контакта и расстояния | Автономная программа, преимущественно на Fortran и Perl. | |
| МОЕ (Молекулярная операционная среда) | Идентификация шаблонов, использование нескольких шаблонов и учет других сред (например, исключенных объемов лигандов), моделирование петель, библиотеки ротамеров для конформаций боковой цепи, релаксация с использованием силовых полей ММ. | Собственная платформа, поддерживаемая Windows, Linux и Mac. | |
| РОБЕТТА | Моделирование гомологии Rosetta и сборка фрагментов ab initio с предсказанием домена Ginzu | Веб сервер | |
| БХАГИРАТ-Х | Сочетание методов сворачивания ab initio и гомологии. | Прогнозы третичной структуры белка | |
| ШВЕЙЦАРСКАЯ МОДЕЛЬ | Локальное сходство/сборка фрагментов | Автоматизированный веб-сервер (на базе ProModII) | |
| Это осталось | Обнаружение шаблонов, выравнивание, моделирование вкл. лиганды и олигомеры, гибридизация модельных фрагментов | Графический интерфейс или текстовый режим (кластеры) | |
| AWSEM-Suite | Моделирование молекулярной динамики на основе оптимизированных складчатых ландшафтов, управляемых шаблонами и улучшенных коэволюцией. | Автоматизированный веб-сервер |
Распознавание резьбы/сгиба [ править ]
| Имя | Метод | Описание | Дата выпуска |
|---|---|---|---|
| INTFOLD | Единый интерфейс для: прогнозирования третичной структуры/3D-моделирования, оценки качества 3D-модели, прогнозирования внутренних нарушений, прогнозирования доменов, прогнозирования остатков, связывающих белок-лиганд. | Автоматизированный веб-сервер и некоторые загружаемые программы. | |
| РапторX | Удаленное обнаружение шаблонов, одно- и многошаблонная обработка потоков, полностью отличающаяся от старой программы RAPTOR, разработанной той же группой, и намного лучше ее. | Веб-сервер с менеджером заданий и автоматически обновляемой библиотекой складок. | |
| ХХпред | Обнаружение шаблонов, выравнивание, 3D-моделирование | Интерактивный веб-сервер со справочной системой | |
| Фира и Фира2 | Удаленное обнаружение шаблонов, выравнивание, 3D-моделирование, использование нескольких шаблонов, с самого начала | Веб-сервер с менеджером задач, автоматически обновляемой библиотекой складок, поиском по геному и другими функциями. | |
| Я-ТАССЕР | Повторная сборка структуры фрагмента резьбы | Он-лайн сервер для моделирования белков |
ab initio Предсказание структуры [ править ]
| Имя | Метод | Описание | Дата выпуска |
|---|---|---|---|
| trRosetta | trRosetta — это алгоритм быстрого и точного предсказания структуры белка. Он поддерживает прогнозирование структуры одной последовательности с помощью trRosettaX-Single. | Веб-сервер и исходные коды доступны по адресу: https://yanglab.qd.sdu.edu.cn/trRosetta/. | |
| РОБЕТТА | Моделирование гомологии Rosetta и сборка фрагментов ab initio с предсказанием домена Ginzu | Веб сервер | |
| Розетта@дома | Распределенная реализация алгоритма Rosetta | Загружаемая программа | |
| Морское ушко | Молекулярная динамика складная | Программа | |
| С-КВАРК | C-QUARK — это метод ab initio предсказания структуры белка . Основано на предсказаниях карты контактов на основе глубокого обучения при моделировании сборки фрагментов. | Веб сервер |
вторичной Прогноз структуры
Подробный список программ можно найти в списке программ прогнозирования вторичной структуры белков.
См. также [ править ]
- Список программ прогнозирования вторичной структуры белков
- Сравнение программного обеспечения для моделирования нуклеиновых кислот
- Список программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Программное обеспечение для молекулярного дизайна
- Белковый дизайн
Внешние ссылки [ править ]
- bio.tools , поиск дополнительных инструментов