ESyPred3D

ESyPred3D — это программа автоматического моделирования гомологии . Согласования получаются путем объединения, взвешивания и проверки результатов нескольких программ согласования. Итоговая трехмерная конструкция строится с помощью пакета моделирования MODELLER . ^{[ 1 ]}

Метод

Чтобы выполнить моделирование гомологии, программа ESyPred3D сначала ищет шаблон (подобную последовательность известной структуры), а затем выравнивает последовательности запроса и шаблона. Затем EsyPred3D создает 3D-модели, используя выравнивание и структуру шаблона, прежде чем оценивать окончательную 3D-модель.

Последовательности запроса и шаблона выравниваются с использованием метода консенсусного выравнивания. ^{[ 2 ]} Различные множественные выравнивания последовательностей создаются с использованием разных программ выравнивания для двух наборов последовательностей, включая запрос и шаблонную последовательность. Метод консенсуса использует нейронную сеть для поиска наиболее выровненных остатков и анализа всех возможных комбинаций с использованием алгоритма исключения тупиков.

Окончательная 3D-модель создается на основе выравнивания целевого шаблона и 3D-структуры шаблона с помощью MODELLER . МОДЕЛЬЕР также используется для построения недостающих петель.

См. также

Ссылки

^ Ламберт, К.; Леонард, Н.; Де Болле, X.; Депьеро, Э. (1 августа 2002 г.). «ESyPred3D: Прогнозирование 3D-структур белков» . Биоинформатика . 18 (9): 1250–1256. дои : 10.1093/биоинформатика/18.9.1250 .
^ Ли, Минхо; Чон, Чан Сок; Ким, Донсуп (декабрь 2007 г.). «Прогнозирование и улучшение качества выравнивания белковых последовательностей с помощью регрессии опорных векторов» . БМК Биоинформатика . 8 (1): 471. дои : 10.1186/1471-2105-8-471 . ПМК 2222655 .

Внешние ссылки

Веб-сервер ESyPred3D

Эта статья о обеспечении для молекулярного моделирования незавершена . программном Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[lambert-1] Ламберт, К.; Леонард, Н.; Де Болле, X.; Депьеро, Э. (1 августа 2002 г.). «ESyPred3D: Прогнозирование 3D-структур белков» . Биоинформатика . 18 (9): 1250–1256. дои : 10.1093/биоинформатика/18.9.1250 .

[2] Ли, Минхо; Чон, Чан Сок; Ким, Донсуп (декабрь 2007 г.). «Прогнозирование и улучшение качества выравнивания белковых последовательностей с помощью регрессии опорных векторов» . БМК Биоинформатика . 8 (1): 471. дои : 10.1186/1471-2105-8-471 . ПМК 2222655 .

[ 1 ]

[ 2 ]