МОДЕЛИ

Модели
Оригинальный автор(ы)	Андрей Сали
Разработчик(и)	Калифорнийский университет, Сан-Франциско , Accelrys
Первоначальный выпуск	1989 год ; 35 лет назад
Стабильная версия	10.3 / 13 июля 2022 г .; 2 года назад
Операционная система	Unix , Linux , MacOS , Windows
Платформа	х86 , х86-64
Доступно в	Английский
Тип	моделирование белков гомологии
Лицензия	Частное право : бесплатное программное обеспечение для академических некоммерческих организаций , коммерческое программное обеспечение.
Веб-сайт	www .распятие .org /модели /

Modeller , часто стилизованный как MODELLER , представляет собой компьютерную программу , используемую для моделирования гомологии для создания моделей структур белков третичных и четвертичных (реже). ^[2]^[3] Он реализует метод, вдохновленный спектроскопией ядерного магнитного резонанса белков (ЯМР белка), называемый удовлетворением пространственных ограничений , с помощью которого набор геометрических критериев используется для создания функции плотности вероятности для местоположения каждого атома в белке. Метод основан на выравнивании входной последовательности между целевой аминокислотной последовательностью, подлежащей моделированию, и матричным белком, структура которого уже решена.

Программа также включает ограниченные функции для предсказания структуры ab initio областей петель белков, которые часто сильно различаются даже среди гомологичных белков и, следовательно, их трудно предсказать с помощью моделирования гомологии.

Первоначально Modeller был написан и в настоящее время поддерживается Андреем Сали из Калифорнийского университета в Сан-Франциско . ^[4] Он работает в операционных системах Unix , Linux , macOS и Windows . Это бесплатная программа для академического использования. Графические пользовательские интерфейсы (GUI) и коммерческие версии распространяются Accelrys . Веб-сервер сравнительного моделирования структуры белков ModWeb основан на Modeller и других инструментах для автоматического моделирования структуры белков с возможностью помещения полученных моделей в ModBase . Из-за популярности Modeller для MODELLER доступно несколько сторонних графических интерфейсов:

EasyModeller является бесплатным программным обеспечением и одним из первых сторонних графических интерфейсов для Modeller. ^[5] Последняя версия (EasyModeller 4.0) поддерживает Linux и Windows . операционные системы
UCSF Chimera имеет простой интерфейс для Modeller.
PyMod — это бесплатный плагин с открытым исходным кодом для PyMOL , имеющий комплексный интерфейс для Modeller. ^[6]^[7] Он поддерживает Linux , Windows и macOS .
MaxMod — это автономный графический интерфейс для MODELLER в Windows . ^[8]

См. также

Список программного обеспечения для прогнозирования структуры белков

Ссылки

^ «Новости МОДЕЛЬЕРА» . salilab.org . Проверено 2 ноября 2022 г.
^ Фисер А., Сали А. (2003). «Моделировщик: создание и уточнение моделей структуры белка на основе гомологии». Макромолекулярная кристаллография, Часть D. Методы энзимологии. Том. 374. стр. 461–91. дои : 10.1016/S0076-6879(03)74020-8 . ISBN 9780121827779 . ПМИД 14696385 .
^ Марти-Реном М.А., Стюарт А.С., Физер А., Санчес Р., Мело Ф., Сали А. (2000). «Сравнительное моделирование белковой структуры генов и геномов». Annu Rev Biophys Biomol Struct . 29 : 291–325. doi : 10.1146/annurev.biophys.29.1.291 . ПМИД 10940251 .
^ Сали А., Бланделл Т.Л. (декабрь 1993 г.). «Сравнительное моделирование белков путем удовлетворения пространственных ограничений». Дж. Мол. Биол . 234 (3): 779–815. дои : 10.1006/jmbi.1993.1626 . ПМИД 8254673 .
^ Кунтал, Б.К., Апарой, П., и Редданна, П. (2010). EasyModeller: графический интерфейс для MODELLER. Примечания к исследованию BMC, 3(1), 1.
^ Янсон Дж., Чжан С., Прадо М.Г., Пайардини А. (2017). «PyMod 2.0: улучшения в анализе структуры последовательностей белков и моделировании гомологии в PyMOL» . Биоинформатика . 33 (3): 444–446. doi : 10.1093/биоинформатика/btw638 . ПМИД 28158668 .
^ Брамуччи Э., Пайардини А., Босса Ф., Паскарелла С. (2012). «PyMod: поиск сходства последовательностей, множественное выравнивание структур последовательностей и моделирование гомологии в PyMOL» . БМК Биоинформатика . 13 (Приложение 4): S2. дои : 10.1186/1471-2105-13-S4-S2 . ПМЦ 3303726 . ПМИД 22536966 .
^ Парида Б.К., Панда ПК., Мисра Н., Мишра Б.К. (2015). «MaxMod: новый интерфейс для MODELLER на основе скрытой марковской модели для улучшения прогнозирования трехмерных моделей белков». Журнал молекулярного моделирования . 21 (2): 1–10. дои : 10.1007/s00894-014-2563-3 . ПМИД 25636267 . S2CID 30626573 .

Внешние ссылки

Официальный сайт
МодВеб
EasyModeller — графический интерфейс для моделиста.
Интерфейс UCSF Chimera для Modeller
PyMod — плагин PyMOL для Modeller.
MINT — графический интерфейс для моделиста
MaxMod — автономный графический интерфейс для Modeller в Windows.

[1] «Новости МОДЕЛЬЕРА» . salilab.org . Проверено 2 ноября 2022 г.

[pmid14696385-2] Фисер А., Сали А. (2003). «Моделировщик: создание и уточнение моделей структуры белка на основе гомологии». Макромолекулярная кристаллография, Часть D. Методы энзимологии. Том. 374. стр. 461–91. дои : 10.1016/S0076-6879(03)74020-8 . ISBN 9780121827779 . ПМИД 14696385 .

[pmid10940251-3] Марти-Реном М.А., Стюарт А.С., Физер А., Санчес Р., Мело Ф., Сали А. (2000). «Сравнительное моделирование белковой структуры генов и геномов». Annu Rev Biophys Biomol Struct . 29 : 291–325. doi : 10.1146/annurev.biophys.29.1.291 . ПМИД 10940251 .

[pmid8254673-4] Сали А., Бланделл Т.Л. (декабрь 1993 г.). «Сравнительное моделирование белков путем удовлетворения пространственных ограничений». Дж. Мол. Биол . 234 (3): 779–815. дои : 10.1006/jmbi.1993.1626 . ПМИД 8254673 .

[5] Кунтал, Б.К., Апарой, П., и Редданна, П. (2010). EasyModeller: графический интерфейс для MODELLER. Примечания к исследованию BMC, 3(1), 1.

[6] Янсон Дж., Чжан С., Прадо М.Г., Пайардини А. (2017). «PyMod 2.0: улучшения в анализе структуры последовательностей белков и моделировании гомологии в PyMOL» . Биоинформатика . 33 (3): 444–446. doi : 10.1093/биоинформатика/btw638 . ПМИД 28158668 .

[7] Брамуччи Э., Пайардини А., Босса Ф., Паскарелла С. (2012). «PyMod: поиск сходства последовательностей, множественное выравнивание структур последовательностей и моделирование гомологии в PyMOL» . БМК Биоинформатика . 13 (Приложение 4): S2. дои : 10.1186/1471-2105-13-S4-S2 . ПМЦ 3303726 . ПМИД 22536966 .

[8] Парида Б.К., Панда ПК., Мисра Н., Мишра Б.К. (2015). «MaxMod: новый интерфейс для MODELLER на основе скрытой марковской модели для улучшения прогнозирования трехмерных моделей белков». Журнал молекулярного моделирования . 21 (2): 1–10. дои : 10.1007/s00894-014-2563-3 . ПМИД 25636267 . S2CID 30626573 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]