Морское ушко (молекулярная механика)
| Разработчик(и) | Гибкая молекула |
|---|---|
| Первоначальный выпуск | 2006 год |
| Стабильная версия | 2.1.4.2 |
| Операционная система | Windows XP/7/8/10 |
| Платформа | x86 , NVIDIA графический процессор CUDA |
| Доступно в | Английский |
| Тип | Молекулярная динамика , молекулярная графика |
| Лицензия | Собственный |
| Веб-сайт | www |
Abalone общего назначения — это программа молекулярной динамики и молекулярной графики для моделирования биомолекул в периодических граничных условиях в явном виде ( гибкая модель воды SPC) . [1] ) или в неявных моделях воды. [2] В основном предназначен для моделирования сворачивания белков и ДНК - лиганд комплексов в AMBER силовом поле .
Ключевые особенности
[ редактировать ]- 3D молекулярная графика
- Автоматический генератор силового поля для биоэлементов: H, C, N, O
- Создание и редактирование химических структур
- Библиотека строительных блоков
- Силовые поля : вспомогательное построение моделей с уточнением энергии ( ЯНТАРЬ ) 94, 96, 99SB, 03; Оптимизированные возможности для моделирования жидкостей ( OPLS )
- Оптимизация геометрии
- Молекулярная динамика с многошаговым интегратором
- Гибрид Монте-Карло
- Обмен репликами [3]
- Интерфейс с квантовой химией — ORCA , NWChem , Firefly (PC GAMESS), CP2K
- Молекулярное моделирование с ускорением на графическом процессоре
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Тукан К. и Рахман А. (1985). «Молекулярно-динамическое исследование движения атомов в воде». Физический обзор B . 31 (5): 2643–2648. Бибкод : 1985PhRvB..31.2643T . дои : 10.1103/PhysRevB.31.2643 .
- ^ Стилл У.К., Темпчик А., Хоули Р.К., Хендриксон Т. (1990). «Полуаналитическое рассмотрение сольватации для молекулярной механики и динамики». J Am Chem Soc . 112 (16): 6127–6129. дои : 10.1021/ja00172a038 .
- ^ Ю. Сугита и Ю. Окамото (1999). «Метод репликационно-молекулярной динамики сворачивания белков». Письма по химической физике . 314 : 141–151. Бибкод : 1999CPL...314..141S . дои : 10.1016/S0009-2614(99)01123-9 .