ЛеДок
 | Тема этой статьи может не соответствовать рекомендациям Википедии по известности продуктов и услуг . ( июнь 2017 г. ) |
| Оригинальный автор(ы) | Лефар |
|---|---|
| Разработчик(и) | Хунтао Чжао |
| Первоначальный выпуск | 12 июня 2014 г (версия для Windows) [1] |
| Написано в | С++ |
| Операционная система | Linux , macOS и Windows |
| Тип | Молекулярный стыковка |
| Веб-сайт | www |
LeDock — это программное обеспечение для молекулярной стыковки , разработанное для взаимодействия белков и лигандов и совместимое с Linux , macOS и Windows . [2] [3] [4]
Программное обеспечение может работать как отдельная программа или из Jupyter Notebook . [5] Он поддерживает формат файлов Tripos Mol2 .
Методология
[ редактировать ]LeDock использует подход моделирования отжига и генетических алгоритмов для облегчения процесса стыковки лигандов с белковыми мишенями. Программное обеспечение использует основанную на знаниях схему оценки, основанную на обширных перспективных кампаниях виртуального отбора. [6] [7] [8] [9] [10] Он относится к категории гибких методов стыковки. [11]
Производительность
[ редактировать ]В исследовании 2002 белково-лигандных комплексов ЛеДок продемонстрировал заметный уровень точности в предсказании молекулярных поз. Версия для Linux содержит инструменты командной строки для автоматического виртуального скрининга различных крупных молекулярных библиотек в облаке. [12] [13]
При оценке производительности десяти программ стыковки LeDock продемонстрировал высокую эффективность выборки по сравнению с другими коммерческими и академическими альтернативами. [14] Согласно обзору 2017 года, LeDock был известен своей эффективностью в отборе проб конформационного пространства лигандов, выявлении почти нативных положений связывания и наличии гибкого протокола стыковки. Версия для Linux включает инструменты для высокопроизводительного виртуального скрининга в облаке.
См. также
[ редактировать ]- Дизайн лекарств
- Макромолекулярный стыковка
- Молекулярная механика
- Молекулярное моделирование
- Структура белка
- Белковый дизайн
- Список программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Список программного обеспечения для стыковки белков и лигандов
- Программное обеспечение для молекулярного дизайна
- Поиск потенциальных клиентов
- Виртуальный показ
- Функции оценки для стыковки
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Lephar Research рада сообщить о выпуске версии LeDock для Windows» . Исследование Лефара (в архиве) . 12 июня 2014 г. Архивировано из оригинала 17 декабря 2014 г. Проверено 22 августа 2023 г.
- ^ Ван З, Сунь Х, Яо Х, Ли Д, Сюй Л, Ли Ю, Тянь С, Хоу Т (2016). «Комплексная оценка десяти программ стыковки на разнообразном наборе белково-лигандных комплексов: точность прогнозирования мощности выборки и мощности оценки». Физическая химия Химическая физика . 18 (18): 12964–12975. Бибкод : 2016PCCP...1812964W . дои : 10.1039/C6CP01555G . ПМИД 27108770 . S2CID 25603164 – через RSC Publishing.
- ^ Чжао, Хунтао (2021). «Руководство пользователя LeDock» (PDF) . Лефар . Архивировано (PDF) из оригинала 15 июня 2022 г. Проверено 15 августа 2023 г.
- ^ «Применение программного обеспечения LeDock» . Платформа вычислительной биологии . Компакт-диск ComputaBio . Проверено 15 августа 2023 г.
- ^ «Молекулярный докинг — документация Chem-Workflows» . chem-workflows.com . Проверено 15 мая 2024 г.
- ^ Чжао, Хунтао; Хуан, Даньчжи (17 июня 2011 г.). «Нарушение водородных связей при связывании лиганда» . ПЛОС ОДИН . 6 (6): e19923. Бибкод : 2011PLoSO...619923Z . дои : 10.1371/journal.pone.0019923 . ISSN 1932-6203 . ПМК 3117785 . ПМИД 21698148 .
- ^ Чжао, Хунтао; Хуан, Даньчжи; Кафлиш, Амедео (ноябрь 2012 г.). «Открытие ингибиторов тирозинкиназы путем стыковки с неактивной конформацией киназы, созданной с помощью молекулярной динамики» . ХимМедХим . 7 (11): 1983–1990. дои : 10.1002/cmdc.201200331 . ISSN 1860-7179 .
- ^ Чжао, Хунтао; Кафлиш, Амедео (15 октября 2013 г.). «Открытие ингибиторов ZAP70 путем высокопроизводительной стыковки с конформацией его киназного домена, созданной с помощью молекулярной динамики» . Письма по биоорганической и медицинской химии . 23 (20): 5721–5726. дои : 10.1016/j.bmcl.2013.08.009 . ISSN 0960-894X .
- ^ Чжао, Хунтао; Кафлиш, Амедео (15 марта 2014 г.). «Открытие двойных ингибиторов киназ ZAP70 и Syk путем стыковки с редкой конформацией Syk с выходом C-спирали» . Письма по биоорганической и медицинской химии . 24 (6): 1523–1527. дои : 10.1016/j.bmcl.2014.01.083 . ISSN 0960-894X . ПМИД 24569110 .
- ^ Чжао, Хунтао; Гартенманн, Лиза; Донг, Цзин; Спилиотопулос, Димитриос; Кафлиш, Амедео (1 июня 2014 г.). «Открытие ингибиторов бромодомена BRD4 путем высокопроизводительной стыковки на основе фрагментов» . Письма по биоорганической и медицинской химии . 24 (11): 2493–2496. дои : 10.1016/j.bmcl.2014.04.017 . ISSN 0960-894X .
- ^ Фан, Джию; Фу, Больной; Чжан, Ле (июнь 2019 г.). «Прогресс в молекулярном стыковке» . Количественная биология . 7 (2): 83–89. дои : 10.1007/s40484-019-0172-y . ISSN 2095-4689 .
- ^ Ван, Чжэ; Сунь, Хуэйонг; Яо, Сяоцзюнь; Ли, Дэн; Сюй, Лей; Ли, Юён; Тянь, Шэн; Хоу, Тинцзюнь (04 мая 2016 г.). «Комплексная оценка десяти программ стыковки на разнообразном наборе белково-лигандных комплексов: точность прогнозирования мощности выборки и мощности оценки» . Физическая химия Химическая физика . 18 (18): 12964–12975. Бибкод : 2016PCCP...1812964W . дои : 10.1039/C6CP01555G . ISSN 1463-9084 .
- ^ Лю, Ни; Сюй, Жибин (23 февраля 2019 г.). «Использование LeDock в качестве стыковочного инструмента для компьютерного дизайна лекарств» . Серия конференций IOP: Науки о Земле и окружающей среде . 218 (1): 012143. Бибкод : 2019E&ES..218a2143L . дои : 10.1088/1755-1315/218/1/012143 . ISSN 1755-1315 .
- ^ Ван, Чжэ; Сунь, Хуэйонг; Яо, Сяоцзюнь; Ли, Дэн; Сюй, Лей; Ли, Юён; Тянь, Шэн; Хоу, Тинцзюнь (04 мая 2016 г.). «Комплексная оценка десяти программ стыковки на разнообразном наборе белково-лигандных комплексов: точность прогнозирования мощности выборки и мощности оценки» . Физическая химия Химическая физика . 18 (18): 12964–12975. Бибкод : 2016PCCP...1812964W . дои : 10.1039/C6CP01555G . ISSN 1463-9084 .