Поиск потенциальных клиентов
 | В этой статье есть несколько проблем. Пожалуйста, помогите улучшить его или обсудите эти проблемы на странице обсуждения . ( Узнайте, как и когда удалять эти шаблонные сообщения )
|
Lead Finder — это инструмент вычислительной химии, предназначенный для моделирования взаимодействий белок-лиганд. Он используется для проведения исследований молекулярного докинга и количественной оценки связывания лигандов и биологической активности. Он предлагает бесплатный доступ пользователям в коммерческих, академических или других учреждениях.
О
[ редактировать ]Оригинальный алгоритм стыковки, интегрированный в Lead Finder, можно адаптировать как для быстрого, но менее точного виртуального скрининга, так и для более медленного, но более глубокого анализа. [1]
Lead Finder используется компьютерными и медицинскими химиками для открытия новых лекарств, а также фармакологами и токсикологами, занимающимися электронной оценкой свойств ADME-Tox . Кроме того, его используют биохимики и энзимологи, работающие над моделированием белок-лигандных взаимодействий, специфичностью ферментов и рациональным дизайном ферментов. Специализация Lead Finder на стыковке лигандов и оценке энергии связывания является результатом ее усовершенствованного алгоритма стыковки и точности, с которой он представляет взаимодействия белок-лиганд. [2]
Алгоритм стыковки
[ редактировать ]С математической точки зрения стыковка лигандов включает моделирование многомерной поверхности, которая описывает свободную энергию, связанную со связыванием белка с лигандом. Эта поверхность может быть очень сложной; с лигандами, имеющими до 15-20 степеней свободы, например свободно вращающиеся связи.
Подход Lead Finder сочетает в себе использование поиска по генетическим алгоритмам, методы локальной оптимизации и знания, собранные в процессе поиска.
Функция подсчета очков
[ редактировать ]Функция оценки Lead Finder более точно представляет взаимодействия белок-лиганд. Модель скоринговой функции учитывает различные типы молекулярных взаимодействий.
В этой функции оценки вклады индивидуальной энергии тщательно корректируются с помощью эмпирически полученных коэффициентов, адаптированных к целям. Например, прогнозирование энергий связи, ранжирование энергии для положений пристыкованных лигандов и упорядочение активных и неактивных соединений во время экспериментов по виртуальному скринингу. Для достижения этих целей Lead Finder использует три типа оценочных функций, основанных на одном и том же наборе энергетических вкладов, но с разными наборами коэффициентов масштабирования энергии. [3]
Уровень успешности стыковки
[ редактировать ]Уровень успешности стыковки оценивался как процент правильно докингированных лигандов для набора белково-лигандных комплексов, извлеченных из PDB . Результаты показали среднеквадратические отклонения 2 Å или менее для 80-96% структур в соответствующих тестовых наборах (FlexX, [4] Глайд СП, [5] Скольжение XP, [6] Золото, [7] [8] [9] ЛигандФит, [10] МолДок, [11] Сурфлекс [12] ).
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Строганов О (2008). «Поиск свинца: подход к повышению точности стыковки белков и лигандов, оценки энергии связывания и виртуального скрининга». Дж. Хим. Инф. Модель . 48 (12): 2371–2385. дои : 10.1021/ci800166p . ПМИД 19007114 .
- ^ «Сравнительный анализ эффективности поиска потенциальных клиентов при виртуальном скрининге» . www.biomoltech.com . Проверено 12 ноября 2023 г.
- ^ Новиков Федор Н.; Стройлов Виктор С.; Зейфман, Алексей А.; Строганов Олег Владимирович; Кульков, Вал; Чилов, Гермес Г. (9 мая 2012 г.). «Стыковка Lead Finder и оценка виртуального скрининга с использованием тестовых наборов Astex и DUD» . Журнал компьютерного молекулярного дизайна . 26 (6): 725–735. дои : 10.1007/s10822-012-9549-y . ISSN 0920-654X .
- ^ М. Рэри; Б. Крамер; Т. Ленгауэр (1997). «Множественный автоматический выбор оснований: стыковка белков и лигандов на основе постепенного конструирования без ручного вмешательства». J Comp Aid Mol Des . 11 (4): 369–384. Бибкод : 1997JCAMD..11..369R . дои : 10.1023/А:1007913026166 . ПМИД 9334903 . S2CID 5987558 .
- ^ Р.А. Фриснер; РБ Мерфи; М.П. Репасский; Л. Л. Фрай; Дж. Р. Гринвуд; Т.А. Халгрен; ПК Саншагрин; Д.Т. Майнц (2004). «Скольжение: новый подход к быстрой и точной стыковке и подсчету очков. 1. Метод и оценка точности стыковки». Журнал медицинской химии . 47 (7): 1739–1749. дои : 10.1021/jm0306430 . ПМИД 15027865 .
- ^ Р.А. Фриснер; Дж. Л. Бэнкс; РБ Мерфи; Т.А. Халгрен; Джей Джей Кличич; ДТ Майнц; М.П. Репасский; Э. Х. Нолл; М. Шелли; Дж. К. Перри; Д.Е. Шоу; П. Фрэнсис; П. С. Шенкин (2006). «Скольжение: сверхточное скольжение: стыковка и оценка с использованием модели гидрофобного покрытия для белково-лигандных комплексов». Журнал медицинской химии . 49 (21): 6177–6196. CiteSeerX 10.1.1.619.3600 . дои : 10.1021/jm051256o . ПМИД 17034125 . S2CID 6369255 .
- ^ Дж. Джонс; П. Уиллетт; Р. К. Глен; А. Р. Лич; Р. Тейлор (1997). «Разработка и проверка генетического алгоритма гибкой стыковки». Дж Мол Биол . 267 (3): 727–748. CiteSeerX 10.1.1.130.3377 . дои : 10.1006/jmbi.1996.0897 . ПМИД 9126849 .
- ^ М. Дж. Хартшорн; М.Л. Вердонк; Г. Чессари; СК Брюэртон; ВТ.М. Муидж; П.Н. Мортенсон; К.В. Мюррей (2007). «Разнообразный высококачественный набор тестов для проверки эффективности стыковки белков и лигандов». Журнал медицинской химии . 50 (4): 726–741. дои : 10.1021/jm061277y . ПМИД 17300160 .
- ^ JWM Ниссинк; К. Мюррей; М. Хартшорн; М.Л. Вердонк; Джей Си Коул; Р. Тейлор (2002). «Новый набор тестов для проверки предсказаний взаимодействия белка и лиганда». Белки: структура, функции и генетика . 49 (4): 457–471. дои : 10.1002/прот.10232 . ПМИД 12402356 . S2CID 37136109 .
- ^ К.М. Венкатачалам; С. Цзян; Т. Олдфилд; М. Уолдман (2003). «LigandFit: новый метод быстрого стыковки лигандов с активными центрами белка в зависимости от формы». Графическая модель J Mol . 21 (4): 289–307. дои : 10.1016/s1093-3263(02)00164-x . ПМИД 12479928 .
- ^ Р. Томсен; М. Х. Кристенсен (2006). «MolDock: новый метод высокоточного молекулярного стыковки». Журнал медицинской химии . 49 (11): 3315–3321. CiteSeerX 10.1.1.116.2126 . дои : 10.1021/jm051197e . ПМИД 16722650 .
- ^ А.Н. Джайн (2003). «Surflex: полностью автоматическая гибкая молекулярная стыковка с использованием поисковой системы на основе молекулярного сходства». Журнал медицинской химии . 46 (4): 499–511. дои : 10.1021/jm020406h . ПМИД 12570372 .