Jump to content

Поиск потенциальных клиентов

Lead Finder — это инструмент вычислительной химии, предназначенный для моделирования взаимодействий белок-лиганд. Он используется для проведения исследований молекулярного докинга и количественной оценки связывания лигандов и биологической активности. Он предлагает бесплатный доступ пользователям в коммерческих, академических или других учреждениях.

Оригинальный алгоритм стыковки, интегрированный в Lead Finder, можно адаптировать как для быстрого, но менее точного виртуального скрининга, так и для более медленного, но более глубокого анализа. [1]

Lead Finder используется компьютерными и медицинскими химиками для открытия новых лекарств, а также фармакологами и токсикологами, занимающимися электронной оценкой свойств ADME-Tox . Кроме того, его используют биохимики и энзимологи, работающие над моделированием белок-лигандных взаимодействий, специфичностью ферментов и рациональным дизайном ферментов. Специализация Lead Finder на стыковке лигандов и оценке энергии связывания является результатом ее усовершенствованного алгоритма стыковки и точности, с которой он представляет взаимодействия белок-лиганд. [2]

Алгоритм стыковки

[ редактировать ]

С математической точки зрения стыковка лигандов включает моделирование многомерной поверхности, которая описывает свободную энергию, связанную со связыванием белка с лигандом. Эта поверхность может быть очень сложной; с лигандами, имеющими до 15-20 степеней свободы, например свободно вращающиеся связи.

Подход Lead Finder сочетает в себе использование поиска по генетическим алгоритмам, методы локальной оптимизации и знания, собранные в процессе поиска.

Функция подсчета очков

[ редактировать ]

Функция оценки Lead Finder более точно представляет взаимодействия белок-лиганд. Модель скоринговой функции учитывает различные типы молекулярных взаимодействий.

В этой функции оценки вклады индивидуальной энергии тщательно корректируются с помощью эмпирически полученных коэффициентов, адаптированных к целям. Например, прогнозирование энергий связи, ранжирование энергии для положений пристыкованных лигандов и упорядочение активных и неактивных соединений во время экспериментов по виртуальному скринингу. Для достижения этих целей Lead Finder использует три типа оценочных функций, основанных на одном и том же наборе энергетических вкладов, но с разными наборами коэффициентов масштабирования энергии. [3]

Уровень успешности стыковки

[ редактировать ]

Уровень успешности стыковки оценивался как процент правильно докингированных лигандов для набора белково-лигандных комплексов, извлеченных из PDB . Результаты показали среднеквадратические отклонения 2 Å или менее для 80-96% структур в соответствующих тестовых наборах (FlexX, [4] Глайд СП, [5] Скольжение XP, [6] Золото, [7] [8] [9] ЛигандФит, [10] МолДок, [11] Сурфлекс [12] ).

  1. ^ Строганов О (2008). «Поиск свинца: подход к повышению точности стыковки белков и лигандов, оценки энергии связывания и виртуального скрининга». Дж. Хим. Инф. Модель . 48 (12): 2371–2385. дои : 10.1021/ci800166p . ПМИД   19007114 .
  2. ^ «Сравнительный анализ эффективности поиска потенциальных клиентов при виртуальном скрининге» . www.biomoltech.com . Проверено 12 ноября 2023 г.
  3. ^ Новиков Федор Н.; Стройлов Виктор С.; Зейфман, Алексей А.; Строганов Олег Владимирович; Кульков, Вал; Чилов, Гермес Г. (9 мая 2012 г.). «Стыковка Lead Finder и оценка виртуального скрининга с использованием тестовых наборов Astex и DUD» . Журнал компьютерного молекулярного дизайна . 26 (6): 725–735. дои : 10.1007/s10822-012-9549-y . ISSN   0920-654X .
  4. ^ М. Рэри; Б. Крамер; Т. Ленгауэр (1997). «Множественный автоматический выбор оснований: стыковка белков и лигандов на основе постепенного конструирования без ручного вмешательства». J Comp Aid Mol Des . 11 (4): 369–384. Бибкод : 1997JCAMD..11..369R . дои : 10.1023/А:1007913026166 . ПМИД   9334903 . S2CID   5987558 .
  5. ^ Р.А. Фриснер; РБ Мерфи; М.П. Репасский; Л. Л. Фрай; Дж. Р. Гринвуд; Т.А. Халгрен; ПК Саншагрин; Д.Т. Майнц (2004). «Скольжение: новый подход к быстрой и точной стыковке и подсчету очков. 1. Метод и оценка точности стыковки». Журнал медицинской химии . 47 (7): 1739–1749. дои : 10.1021/jm0306430 . ПМИД   15027865 .
  6. ^ Р.А. Фриснер; Дж. Л. Бэнкс; РБ Мерфи; Т.А. Халгрен; Джей Джей Кличич; ДТ Майнц; М.П. Репасский; Э. Х. Нолл; М. Шелли; Дж. К. Перри; Д.Е. Шоу; П. Фрэнсис; П. С. Шенкин (2006). «Скольжение: сверхточное скольжение: стыковка и оценка с использованием модели гидрофобного покрытия для белково-лигандных комплексов». Журнал медицинской химии . 49 (21): 6177–6196. CiteSeerX   10.1.1.619.3600 . дои : 10.1021/jm051256o . ПМИД   17034125 . S2CID   6369255 .
  7. ^ Дж. Джонс; П. Уиллетт; Р. К. Глен; А. Р. Лич; Р. Тейлор (1997). «Разработка и проверка генетического алгоритма гибкой стыковки». Дж Мол Биол . 267 (3): 727–748. CiteSeerX   10.1.1.130.3377 . дои : 10.1006/jmbi.1996.0897 . ПМИД   9126849 .
  8. ^ М. Дж. Хартшорн; М.Л. Вердонк; Г. Чессари; СК Брюэртон; ВТ.М. Муидж; П.Н. Мортенсон; К.В. Мюррей (2007). «Разнообразный высококачественный набор тестов для проверки эффективности стыковки белков и лигандов». Журнал медицинской химии . 50 (4): 726–741. дои : 10.1021/jm061277y . ПМИД   17300160 .
  9. ^ JWM Ниссинк; К. Мюррей; М. Хартшорн; М.Л. Вердонк; Джей Си Коул; Р. Тейлор (2002). «Новый набор тестов для проверки предсказаний взаимодействия белка и лиганда». Белки: структура, функции и генетика . 49 (4): 457–471. дои : 10.1002/прот.10232 . ПМИД   12402356 . S2CID   37136109 .
  10. ^ К.М. Венкатачалам; С. Цзян; Т. Олдфилд; М. Уолдман (2003). «LigandFit: новый метод быстрого стыковки лигандов с активными центрами белка в зависимости от формы». Графическая модель J Mol . 21 (4): 289–307. дои : 10.1016/s1093-3263(02)00164-x . ПМИД   12479928 .
  11. ^ Р. Томсен; М. Х. Кристенсен (2006). «MolDock: новый метод высокоточного молекулярного стыковки». Журнал медицинской химии . 49 (11): 3315–3321. CiteSeerX   10.1.1.116.2126 . дои : 10.1021/jm051197e . ПМИД   16722650 .
  12. ^ А.Н. Джайн (2003). «Surflex: полностью автоматическая гибкая молекулярная стыковка с использованием поисковой системы на основе молекулярного сходства». Журнал медицинской химии . 46 (4): 499–511. дои : 10.1021/jm020406h . ПМИД   12570372 .
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: cd34fc110e762b73d3a458f4423363c3__1718139600
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/cd/c3/cd34fc110e762b73d3a458f4423363c3.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Lead Finder - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)