Дискавери Студия

Discovery Studio — это пакет программного обеспечения для моделирования систем малых и макромолекул . Он разработан и распространяется Dassault Systemes BIOVIA. ^[1] (ранее Аксельрис).

В пакете продуктов имеется мощная программа академического сотрудничества, ^[2] поддерживает научные исследования и использует ряд программных алгоритмов, первоначально разработанных в научном сообществе, включая CHARMM , ^[3] МОДЕЛИ , ^[4] ДЕЛЬФИ , ^[5] ЗДОК, ^[6] ДМол3 ^[7]^[8] и многое другое.

Объем

Discovery Studio предоставляет программные приложения, охватывающие следующие области:

Симуляторы
- Включая молекулярную механику , молекулярную динамику , квантовую механику
- Для моделирования на основе молекулярной механики: включите неявные и явные модели растворителей и модели мембран.
- Также включает возможность выполнять гибридные QM/MM. расчеты
Лигандный дизайн
- Включая инструменты для подсчета молекулярных библиотек и оптимизации библиотек.
Фармакофорное моделирование
- Включая создание, проверку и виртуальный скрининг ^[9]^[10]
Структурно-ориентированный дизайн
- Включая инструменты для размещения и уточнения на основе фрагментов , ^[11] стыковка рецептора и лиганда и уточнение позы, дизайн de novo
Дизайн и проверка макромолекул
Макромолекулярная инженерия
- Специализированные инструменты для стыковки белков с белками ^[12]
- Специализированные инструменты для дизайна антител ^[13] и оптимизация
- Специализированные инструменты для мембраносвязанных белков , включая GPCR
КСАР
- Охватывающие методы, такие как множественная линейная регрессия , частичные наименьшие квадраты , рекурсивное разделение , аппроксимация генетических функций и трехмерный QSAR на основе поля.
АДМЕ
Прогнозируемая токсичность

См. также

Ссылки

^ https://www.3dsbiovia.com/
^ http://accelrys.com/innovation/academic-collaborator-program/
^ Брукс Б.Р., Брукс III CL, Маккерелл А.Д., Нильссон Л., Петрелла Р.Дж., Ру Б., Вон Ю., Архонтис Г., Бартельс К., Бореш С., Кафлиш А., Кейвс Л., Куи К., Ужин А.Р., Фейг М., Фишер С., Гао Дж., Ходошек М., Им В., Кучера К., Лазаридис Т., Ма Дж., Овчинников В., Пачи Э., Пастор Р.В., Пост CB, Пу Дж. З., Шефер М., Тидор Б., Венейбл Р. М., Вудкок Х. Л., Ву К., Ян В., Йорк Д. М. и Карплюс М. CHARMM: Программа биомолекулярного моделирования, J. Comput. хим. 2009 , 30, 1545-1615.
^ Эсвар Н., Марти-Реном М.А., Уэбб Б., Мадхусудхан М.С., Эрамиан Д., Шен М., Пипер У., Сали А. Сравнительное моделирование структуры белка с помощью MODELLER. Текущие протоколы в биоинформатике, John Wiley & Sons, Inc. , 2006 , Приложение 15, 5.6.1-5.6.30.
^ В.Роккиа, Э.Алексов и Б.Хониг. Расширение применимости нелинейного уравнения Пуассона-Больцмана: множественные диэлектрические проницаемости и многовалентные ионы. Дж. Физ. хим. Б , 2001 , 105, 6507-6514.
^ Чен Р., Венг З. ZDOCK: Алгоритм стыковки белков на начальной стадии. Белки 2003 , 52, 80-87.
^ Мацудзава Н., Сето Дж., Диксон Д. А., Дж. Физ. хим. А , 1997 , 101, 9391.
^ Делли Б., J. Chem. Физ. , 1990 , 92, 508; там же, 1991, 94, 7245; там же, 2000, 7756.
^ Саттер А., Цзябо Л., Мейнард А.Дж., Гупил А., Луу Т., Каталин Н., Новые функции, улучшающие фармакофорные инструменты от Accelrys
^ Луу Т., Малкольм Н., Надасси К., Методы моделирования фармакофоров при целенаправленном выборе библиотеки - приложения в контексте новой схемы классификации, Comb. хим. и высокий порог. Скрининг , 2011 , 14(6), стр. 488-499(12)
^ Хайдер М.К., Бертран Х.-О., Хаббард Р.Э., Прогнозирование положений связывания фрагментов с использованием комбинированного подхода MCSS MM-GBSA, J. Chem. Инф. Модель. , 2011 , 51 (5), стр 1092–1105.
^ Коррадиа В., Манциниб М., Сантуччиб М.А., Карломаньок Т., Санфеличек Д., Мория М., Вигнаролия Г., Фальчия Ф., Манеттия Ф., Радиа М., Ботта М., Вычислительные методы являются ценными инструментами для открытие ингибиторов белок-белкового взаимодействия: случай 14-3-3σ
^ Альмагро Дж. К., Член парламента Бобров, Эрнандес-Гузман Ф., Майер Дж., Шаульский Дж.,Бутенхоф К., Лабуте П., Торстейнсон Н., Келли К., Тепляков А., Луо Дж., Свит Р., Гиллиланд Г.Л., Оценка моделирования антител, Белки: структура, функции и биоинформатика , 2011 , 79(11) , страницы 3050–3066.

Внешние ссылки

Accelrys.com
Дискавери Студия
Поддержка бесплатных программных инструментов: Discovery Studio Visualizer и элементов управления ActiveX.

Последние новостные статьи

[1] ttps://www.3dsbiovia.com/

[2] ttp://accelrys.com/innovation/academic-collaborator-program/

[3] Брукс Б.Р., Брукс III CL, Маккерелл А.Д., Нильссон Л., Петрелла Р.Дж., Ру Б., Вон Ю., Архонтис Г., Бартельс К., Бореш С., Кафлиш А., Кейвс Л., Куи К., Ужин А.Р., Фейг М., Фишер С., Гао Дж., Ходошек М., Им В., Кучера К., Лазаридис Т., Ма Дж., Овчинников В., Пачи Э., Пастор Р.В., Пост CB, Пу Дж. З., Шефер М., Тидор Б., Венейбл Р. М., Вудкок Х. Л., Ву К., Ян В., Йорк Д. М. и Карплюс М. CHARMM: Программа биомолекулярного моделирования, J. Comput. хим. 2009 , 30, 1545-1615.

[4] Эсвар Н., Марти-Реном М.А., Уэбб Б., Мадхусудхан М.С., Эрамиан Д., Шен М., Пипер У., Сали А. Сравнительное моделирование структуры белка с помощью MODELLER. Текущие протоколы в биоинформатике, John Wiley & Sons, Inc. , 2006 , Приложение 15, 5.6.1-5.6.30.

[5] В.Роккиа, Э.Алексов и Б.Хониг. Расширение применимости нелинейного уравнения Пуассона-Больцмана: множественные диэлектрические проницаемости и многовалентные ионы. Дж. Физ. хим. Б , 2001 , 105, 6507-6514.

[6] Чен Р., Венг З. ZDOCK: Алгоритм стыковки белков на начальной стадии. Белки 2003 , 52, 80-87.

[7] Мацудзава Н., Сето Дж., Диксон Д. А., Дж. Физ. хим. А , 1997 , 101, 9391.

[8] Делли Б., J. Chem. Физ. , 1990 , 92, 508; там же, 1991, 94, 7245; там же, 2000, 7756.

[9] Саттер А., Цзябо Л., Мейнард А.Дж., Гупил А., Луу Т., Каталин Н., Новые функции, улучшающие фармакофорные инструменты от Accelrys

[10] Луу Т., Малкольм Н., Надасси К., Методы моделирования фармакофоров при целенаправленном выборе библиотеки - приложения в контексте новой схемы классификации, Comb. хим. и высокий порог. Скрининг , 2011 , 14(6), стр. 488-499(12)

[11] Хайдер М.К., Бертран Х.-О., Хаббард Р.Э., Прогнозирование положений связывания фрагментов с использованием комбинированного подхода MCSS MM-GBSA, J. Chem. Инф. Модель. , 2011 , 51 (5), стр 1092–1105.

[12] Коррадиа В., Манциниб М., Сантуччиб М.А., Карломаньок Т., Санфеличек Д., Мория М., Вигнаролия Г., Фальчия Ф., Манеттия Ф., Радиа М., Ботта М., Вычислительные методы являются ценными инструментами для открытие ингибиторов белок-белкового взаимодействия: случай 14-3-3σ

[13] Альмагро Дж. К., Член парламента Бобров, Эрнандес-Гузман Ф., Майер Дж., Шаульский Дж.,Бутенхоф К., Лабуте П., Торстейнсон Н., Келли К., Тепляков А., Луо Дж., Свит Р., Гиллиланд Г.Л., Оценка моделирования антител, Белки: структура, функции и биоинформатика , 2011 , 79(11) , страницы 3050–3066.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]