rДок
 Логотип РДок | |
| Оригинальный автор(ы) | Верналис НИОКР |
|---|---|
| Разработчик(и) | Йоркский университет , Барселонский университет |
| Первоначальный выпуск | 1998 год |
| Стабильная версия | 2013.1 / 13 июня 2014 г |
| Репозиторий | github |
| Написано в | С++ |
| Операционная система | Линукс |
| Тип | Стыковка белок-лиганд |
| Лицензия | ГНУ ЛГПЛ |
| Веб-сайт | док |
rDock (ранее RiboDock с открытым исходным кодом ) — это программное обеспечение для молекулярной стыковки , которое можно использовать для стыковки небольших молекул с белками и нуклеиновыми кислотами. Он в первую очередь предназначен для высокопроизводительного виртуального скрининга и прогнозирования режима связывания.
История
[ редактировать ]Разработка rDock началась в 1998 году в компании RiboTargets (позже Vernalis (R&D) Ltd ). [1] Первоначально программное обеспечение называлось RiboDock. [2] Разработка продолжалась до 2006 года, когда лицензия на программное обеспечение была передана Йоркскому университету для академического распространения, а также обслуживания.
Шесть лет спустя, в 2012 году, Верналис и Йоркский университет решили выпустить rDock как программное обеспечение с открытым исходным кодом, чтобы обеспечить его дальнейшее развитие более широкому сообществу. Версия, выпущенная с открытым исходным кодом, разработана и поддерживается Университетом Барселоны на SourceForge . [3] Разработка SourceForge застопорилась после июня 2014 года, а после миграции на GitHub репозиторий считается устаревшим . [4] [5]
Форк на под названием RxDock продолжил разработку rDock с апреля 2019 по март 2022 года GitLab . [6] [7] [8] По состоянию на апрель 2022 года активность разработки проекта RxDock очень низкая. [9]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ «О программе | rDock» . Проверено 22 мая 2019 г.
- ^ Морли С.Д., Афшар М. (март 2004 г.). «Подтверждение эмпирической функции оценки РНК-лигандов для быстрой гибкой стыковки с использованием RiboDock (r)». Журнал компьютерного молекулярного дизайна . 18 (3): 189–208. Бибкод : 2004JCAMD..18..189M . doi : 10.1023/B:JCAM.0000035199.48747.1e . ПМИД 15368919 . S2CID 11935115 .
- ^ Руис-Кармона С., Альварес-Гарсия Д., Фолоппе Н., Гармендия-Доваль А.Б., Юхос С., Шмидтке П., Баррил Икс, Хаббард Р.Э., Морли С.Д. (апрель 2014 г.). Прлик А (ред.). «rDock: быстрая, универсальная программа с открытым исходным кодом для стыковки лигандов с белками и нуклеиновыми кислотами» . PLOS Вычислительная биология . 10 (4): e1003571. Бибкод : 2014PLSCB..10E3571R . дои : 10.1371/journal.pcbi.1003571 . ПМЦ 3983074 . ПМИД 24722481 .
- ^ «rDock/SVN/Commit [r24]» . sourceforge.net . Проверено 15 сентября 2019 г.
- ^ «Скачать | rDock» . Проверено 19 января 2023 г.
- ^ «РксДок» . rxdock.gitlab.io . Проверено 24 апреля 2022 г.
- ^ «RxDock/RxDock» . ГитЛаб . Проверено 15 сентября 2019 г.
- ^ «Проект: Модернизация, модульизация и активное обслуживание RxDock, быстрой, универсальной программы с открытым исходным кодом для стыковки лигандов с белками и нуклеиновыми кислотами (апрель 2019 г. – март 2022 г.) (Исследование – RxTx)» . rxtxresearch.github.io . Проверено 19 января 2023 г.
- ^ «Проект с открытым исходным кодом RxDock на Open Hub» . www.openhub.net . Проверено 24 апреля 2022 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]- rDock - Молекулярная стыковочная платформа (Йоркский университет)
- rDock — быстрая, универсальная программа с открытым исходным кодом для стыковки лигандов с белками и нуклеиновыми кислотами (SourceForge)
- RxDock (форк rDock)
- Программное обеспечение Barril Lab (Университет Барселоны)
 | Эта научная статья о программном обеспечении незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |
- Программное обеспечение для молекулярного моделирования
- Молекулярное моделирование
- Бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом
- Программное обеспечение, использующее лицензию LGPL
- Бесплатное программное обеспечение, написанное на C++.
- Незавершённые версии научного программного обеспечения