✖


Jump to content

Комплект для разработки химии

Комплект для разработки химии
Оригинальный автор(ы) Кристоф Стейнбек , Игон Уиллигхаген, Дэн Гезелтер
Разработчик(и) Проект CDK
Первоначальный выпуск 11 мая 2001 г .; 23 года назад ( 11.05.2001 ) [1]
Стабильная версия 2.8 [2] (14 сентября 2022 г .; 22 месяца назад ( 14 сентября 2022 г. ) ) [±]
Предварительный выпуск 2.2 [3] (30 октября 2018 г .; 5 лет назад ( 30.10.2018 ) ) [±]
Репозиторий github .с /cdk /cdk
Написано в Ява
Операционная система Windows , Linux , Unix , macOS
Платформа ИА-32 , x86-64
Доступно в Английский
Тип Хемоинформатика , молекулярное моделирование , биоинформатика
Лицензия ЛГПЛ 2.0
Веб-сайт компакт-диск .github .что

CDK Chemistry Development Kit ( на ) — компьютерное программное обеспечение , библиотека языке программирования Java , предназначенная для хемоинформатики и биоинформатики . [4] [5] Он доступен для Windows , Linux , Unix и macOS . Это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом , распространяемое по лицензии GNU Lesser General Public License (LGPL) 2.0.

История

[ редактировать ]

CDK был создан Кристофом Стейнбеком , Эгоном Уиллигхагеном и Дэном Гезельтером, тогдашними разработчиками Jmol и JChemPaint , для обеспечения общей кодовой базы, 27–29 сентября 2000 года в Университете Нотр-Дам . Первый выпуск исходного кода был выпущен 11 мая 2011 года. [6] С тех пор в проекте приняли участие более 100 человек. [7] что приводит к богатому набору функций, как указано ниже. В период с 2004 по 2007 год CDK News был информационным бюллетенем проекта, все статьи которого доступны из публичного архива. [8] Из-за нестабильного уровня взносов выпуск информационного бюллетеня был приостановлен.

Новости СДК
Язык Английский
редакцией Под Эгон Уиллигхаген, Кристоф Стейнбек
Подробности публикации
История 2004-2007
Стандартные сокращения
ИСО 4 Новости СДК
Индексирование
ISSN 1614-7553

модульное тестирование, проверка качества кода и проверка Javadoc Позже были введены . Раджарши Гуха разработал систему ночной сборки под названием Nightly, которая до сих пор работает в Уппсальском университете . [9] В 2012 году проект стал поддерживать InChI Trust , чтобы стимулировать дальнейшее развитие. В библиотеке используется JNI-InChI. [10] для создания международных химических идентификаторов (InChI). [11] В апреле 2013 года Джон Мэйфилд (урожденный Мэй) присоединился к рядам менеджеров по выпуску CDK, чтобы руководить отделом разработки. [12]

Библиотека

[ редактировать ]

CDK — это библиотека, а не пользовательская программа. Однако он был интегрирован в различные среды, чтобы сделать его функции доступными. CDK в настоящее время используется в нескольких приложениях, включая язык программирования R , [13] CDK-Taverna ( плагин рабочей среды Taverna ), [14] Биоклипс , ПаДЭЛ, [15] и Цинфони. [16] Также существуют расширения CDK для Konstanz Information Miner ( KNIME ). [17] и для Excel — LICSS ( [1] ). [18]

В 2008 году из библиотеки были удалены фрагменты кода под лицензией GPL. Хотя эти биты кода были независимы от основной библиотеки CDK и авторское лево не использовалось, чтобы уменьшить путаницу среди пользователей, был создан экземпляр проекта ChemoJava. [19]

Основные особенности

[ редактировать ]

Хемоинформатика

[ редактировать ]

Биоинформатика

[ редактировать ]
  • обнаружение активного сайта белка
  • обнаружение родственного лиганда [25]
  • идентификация метаболитов [26]
  • базы данных маршрутов
  • 2D и 3D дескрипторы белков [27]

Общий

[ редактировать ]

См. также

[ редактировать ]
У Схолии есть тематический профиль для Chemistry Development Kit .

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ «Комплект для разработки химии — просмотрите / OldFiles на SourceForge.net» .
  2. ^ «cdk/cdk: CDK 2.8». ЗЕНОДО 14 сентября 2022 г. дои : 10.5281/zenodo.7079512 .
  3. ^ Мэйфилд, Джон; Уиллигхаген, Эгон; Уджихара, Казуя; Рахман, Сайед Асад; Альварссон, Джонатан; Гражулис, Саулюс; Сис, Дэниел; Уильямсон, Марк Дж.; Кочев, Николай; Желязкова Нина; Бах, Эрик; Берг, Арвид; Кларк, Алекс; Стефан, Ральф; Венк, Майкл; Стьюкер, Оливер; Йонссон, Клас; Бургун, Лайл; Кацубо, Дмитрий; Келер, Ули; Хармон, Сайрус (30 октября 2018 г.). «Cdk/Cdk: Cdk 2.2». Зенодо . дои : 10.5281/zenodo.1474247 .
  4. ^ Стейнбек, К.; Хан, YQ; Кун, С.; Хорлахер, О.; Люттманн, Э.; Уиллигхаген, Эл. (2003). «The Chemistry Development Kit (CDK): Java-библиотека с открытым исходным кодом для химио- и биоинформатики» . Журнал химической информации и компьютерных наук . 43 (2): 493–500. дои : 10.1021/ci025584y . ПМК   4901983 . ПМИД   12653513 .
  5. ^ Уиллигхаген, Эгон Л.; Мэйфилд, Джон В.; Альварссон, Джонатан; Берг, Арвид; Карлссон, Ларс; Желязкова Нина; Кун, Стефан; Плюскаль, Томаш; Рохас-Черто, Микель (6 июня 2017 г.). «The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: типирование атомов, их изображение, молекулярные формулы и поиск субструктур» . Журнал хеминформатики . 9 (1): 33. дои : 10.1186/s13321-017-0220-4 . ISSN   1758-2946 . ПМЦ   5461230 . ПМИД   29086040 .
  6. ^ «Комплект для разработки химии — просмотрите / OldFiles на SourceForge.net» .
  7. ^ «Набор для разработки химии (CDK)» . Гитхаб . 12 октября 2021 г.
  8. ^ «Комплект для разработки химии — просмотрите новости / CDK на SourceForge.net» .
  9. ^ «Ночная сборка CDK 1.5.x — 10 мая 2013 г. (21:21) [Commit 2abcb5d61304e58d55ea26a23ebd0d375deea36d]» . Архивировано из оригинала 24 мая 2013 г. Проверено 5 августа 2013 г.
  10. ^ "Дом" . jni-inchi.sourceforge.net .
  11. ^ Спьют, О.; Берг, А.; Адамс, С.; Уиллигхаген, Эль (2013). «Применение ИнЧИ в хемоинформатике с ЦДК и Биоклипсом» . Журнал хеминформатики . 5 (1): 14. дои : 10.1186/1758-2946-5-14 . ПМЦ   3674901 . ПМИД   23497723 .
  12. ^ «Джон Мэй теперь является менеджером по выпуску CDK 1.5.x» .
  13. ^ Гуха, Р. (2007). «Функционал химической информатики в R» . Журнал статистического программного обеспечения . 18 (5): 1–16. дои : 10.18637/jss.v018.i05 .
  14. ^ Кун, Т.; Уиллигхаген, Эль; Зелесный, А.; Стейнбек, К. (2010). «ЦДК-Таверна: открытая среда рабочего процесса для химинформатики» . БМК Биоинформатика . 11 : 159. дои : 10.1186/1471-2105-11-159 . ПМК   2862046 . ПМИД   20346188 .
  15. ^ Яп, CW (2011). «PaDEL-дескриптор: программное обеспечение с открытым исходным кодом для расчета молекулярных дескрипторов и отпечатков пальцев» . Журнал вычислительной химии . 32 (7): 1466–74. дои : 10.1002/jcc.21707 . ПМИД   21425294 . S2CID   206032727 .
  16. ^ О'Бойл, Ноэль М. (2008). «Cinfony - объединение наборов инструментов хеминформатики с открытым исходным кодом под общим интерфейсом» . Центральный химический журнал . 2 (1): 24. дои : 10.1186/1752-153X-2-24 . ПМЦ   2646723 . ПМИД   19055766 .
  17. ^ Бейскен, С.; Мейнл, Т.; Висведель, Б.; Де Фигейредо, LF; Бертольд, М.; Стейнбек, К. (2013). «KNIME-CDK: Хеминформатика, управляемая рабочим процессом» . БМК Биоинформатика . 14 :257. дои : 10.1186/1471-2105-14-257 . ПМЦ   3765822 . ПМИД   24103053 .
  18. ^ Лоусон, КР; Лоусон, Дж. (2012). «LICSS — химическая таблица в Microsoft Excel» . Журнал хеминформатики . 4 (1): 3. дои : 10.1186/1758-2946-4-3 . ПМК   3310842 . ПМИД   22301088 .
  19. ^ ХемоЯва
  20. ^ Бергер, Франциска; Фламм, Кристоф; Гляйсс, Петра М.; Лейдольд, Йозеф; Стадлер, Питер Ф. (март 2004 г.). «Контрпримеры восприятия химического кольца» . Журнал химической информации и компьютерных наук . 44 (2): 323–331. дои : 10.1021/ci030405d . ПМИД   15032507 .
  21. ^ Мэй, Джон В.; Стейнбек, Кристоф (2014). «Эффективное восприятие кольца для Chemistry Development Kit» . Журнал хеминформатики . 6 (1): 3. дои : 10.1186/1758-2946-6-3 . ПМЦ   3922685 . ПМИД   24479757 .
  22. ^ Стейнбек, К.; Хоппе, К.; Кун, С.; Флорис, М.; Гуха, Р.; Уиллигхаген, Эл. (2006). «Последние разработки набора средств разработки химии (CDK) — Java-библиотеки с открытым исходным кодом для химио- и биоинформатики» . Курс. Фарм. Дес . 12 (17): 2111–20. дои : 10.2174/138161206777585274 . hdl : 2066/35445 . ПМИД   16796559 . Архивировано из оригинала 25 июля 2011 г.
    Гуангли, М.; Йию, К. (2006). «Прогнозирование проницаемости Caco-2 с использованием машины опорных векторов и набора химических средств разработки» . J Pharm Pharm Sci . 9 (2): 210–21. ПМИД   16959190 .
  23. ^ Кларк, Алекс М; Саркер, Малабика ; Экинс, Шон (2014). «Новые инструменты прогнозирования и визуализации целей, включающие молекулярные отпечатки пальцев с открытым исходным кодом для TB Mobile 2.0» . Журнал хеминформатики . 6:38 . дои : 10.1186/s13321-014-0038-2 . ПМЦ   4190048 . ПМИД   25302078 .
  24. ^ Пиросели, Дж. Э.; Рохас-Черто, М.; Фичера, Д.; Реймерс, Т.; Кулиер, Л.; Фаулон, Дж.Л.; Ханкемайер, Т. (2012). «OMG: Генератор открытых молекул» . Журнал хеминформатики . 4 (1): 21. дои : 10.1186/1758-2946-4-21 . ПМЦ   3558358 . ПМИД   22985496 .
  25. ^ Баштон, М.; Нобели, И.; Торнтон, Дж. М. (2006). «Картирование доменов родственных лигандов для ферментов» . Журнал молекулярной биологии . 364 (4): 836–52. дои : 10.1016/j.jmb.2006.09.041 . ПМИД   17034815 .
  26. ^ Рохас-Черто, М.; Каспер, П.Т.; Уиллигхаген, Эл.Л.; Врикен, Р.Дж.; Ханкемайер, Т.; Реймерс, TH (2011). «Определение элементного состава по MSn» . Биоинформатика . 27 (17): 2376–2383. doi : 10.1093/биоинформатика/btr409 . ПМИД   21757467 .
  27. ^ Руис-Бланко, Ясир Б; Пас, Уолдо; Грин, Джеймс; Марреро-Понсе, Йовани (2015). «ProtDCal: программа для вычисления числовых дескрипторов общего назначения для последовательностей и 3D-структур белков» . БМК Биоинформатика . 16 : 162. дои : 10.1186/s12859-015-0586-0 . ПМЦ   4432771 . ПМИД   25982853 .
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Chemistry_Development_Kit&oldid=1238555536"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: f95940caf6c58d878c730c6e1f89a647__1722770460
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/f9/47/f95940caf6c58d878c730c6e1f89a647.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Chemistry Development Kit - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)