Аскалаф Дизайнер
 Ascalaph Designer рендерит дезоксирибонуклеиновую кислоту ( ДНК ) | |
| Оригинальный автор(ы) | Алексей Никитин |
|---|---|
| Разработчик(и) | Гибкая молекула |
| Стабильная версия | 1.8.94 / 3 декабря 2015 г |
| Написано в | С++ |
| Операционная система | Окна |
| Платформа | х86 |
| Размер | 138,9 МБ |
| Доступно в | Английский |
| Тип | Молекулярное моделирование |
| Лицензия | GNU GPL и другие, включая открытую лицензию Code Project |
| Веб-сайт | www |
Ascalaph Designer — это компьютерная программа для молекулярного моделирования общего назначения , предназначенная для молекулярного дизайна и моделирования. Он предоставляет графическую среду для общих программ квантового и классического молекулярного моделирования ORCA , NWChem , Firefly , CP2K и MDynaMix. [1] . [2] Расчеты по молекулярной механике охватывают построение моделей, оптимизацию энергии и молекулярную динамику . Firefly (ранее называвшаяся PC GAMESS) [3] [4] [5] охватывает широкий спектр методов квантовой химии . Ascalaph Designer — бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом , выпущенное под лицензией GNU General Public License, версия 2 (GPLv2). [6]
Ключевые особенности
[ редактировать ]- молекулярных моделей Построение : полимеры, нанотрубки, белки, нуклеиновые кислоты.
- ЯНТАРНЫЙ - OPLS силовых полей семейство
- геометрии Оптимизация
- Молекулярная динамика
- Квантовая химия
- Гибкий СПК [7] водная модель
Использование
[ редактировать ]- Нуклеиновые кислоты [8]
- Белки
- Моделирование липидных бислоев [9]
- Полиэлектролиты [10]
- Ионные жидкости [11] [12]
- Термодинамические свойства жидкостей [13]
- химических силовых полей Разработка [14]
См. также
[ редактировать ]- Список программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Программное обеспечение для молекулярного дизайна
- Редактор молекул
- Морское ушко
Ссылки
[ редактировать ]- ^ А.П.Любарцев, А.Лааксонен (2000). «MDynaMix - масштабируемый портативный пакет параллельного МД-моделирования для произвольных молекулярных смесей». Компьютерная физика. Коммуникации . 128 (3): 565–589. Бибкод : 2000CoPhC.128..565L . дои : 10.1016/S0010-4655(99)00529-9 .
- ^ А.П.Любарцев, А.Лааксонен (1998). «Параллельное молекулярно-динамическое моделирование биомолекулярных систем». Прикладные параллельные вычисления. Крупномасштабные научные и промышленные задачи . Конспекты лекций по информатике. Том. 1541. Гейдельберг: Springer Berlin. стр. 296–303. дои : 10.1007/BFb0095310 . ISBN 978-3-540-65414-8 . S2CID 26892490 .
- ^ Вычислительная химия , Дэвид Янг, Wiley-Interscience, 2001. Приложение AA2.3, стр. 334, GAMESS.
- ^ М.В. Шмидт; и др. (1993). «Общая система атомной и молекулярной электронной структуры». Дж. Компьютер. Хим . 14 (11): 1347–1363. дои : 10.1002/jcc.540141112 . S2CID 3358041 .
- ^ М. С. Гордон и М. В. Шмидт, Достижения в теории электронной структуры: GAMESS десятилетие спустя , в «Теории и приложениях вычислительной химии», первые 40 лет , CE Дикстра, Г. Френкинг. К.С. Лим и Г.Е. Скусариа, Elsevier, Амстердам, 2005 г.
- ^ «Аскалаф Дизайнер» .
- ^ Тукан К., Рахман А. (1985). «Молекулярно-динамическое исследование движения атомов в воде». Физический обзор B . 31 (5): 2643–2648. Бибкод : 1985PhRvB..31.2643T . дои : 10.1103/PhysRevB.31.2643 . ПМИД 9936106 .
- ^ Ю. Ченг, Н. Королев и Л. Норденшельд (2006). «Сходства и различия во взаимодействии К. + и На + с конденсированной упорядоченной ДНК. Компьютерное моделирование молекулярной динамики» . Nucleic Acids Research . 34 (2): 686–696. : 10.1093 /nar/gkj434 . PMC 1356527. . PMID 16449204 doi
- ^ К.-Ж. Хёгберг; А.М.Никитин и А.П.Любарцев (2008). «Модификация силового поля CHARMM для липидного бислоя DMPC». Журнал вычислительной химии . 29 (14): 2359–2369. дои : 10.1002/jcc.20974 . ПМИД 18512235 . S2CID 8599984 .
- ^ А. Вишняков, А. В. Неймарк (2008). «Особенности сольватации сульфированных полиэлектролитов в воде, диметилметилфосфонате и их смеси: исследование молекулярного моделирования». Дж. Хим. Физ . 128 (16): 164902. Бибкод : 2008JChPh.128p4902V . дои : 10.1063/1.2899327 . ПМИД 18447495 .
- ^ Г. Раабе и Дж. Кёлер (2008). «Термодинамические и структурные свойства ионных жидкостей на основе имидазолия на основе молекулярного моделирования». Дж. Хим. Физ . 128 (15): 154509. Бибкод : 2008JChPh.128o4509R . дои : 10.1063/1.2907332 . ПМИД 18433237 .
- ^ Х. Ву; З. Лю; С. Хуан; В. Ван (2005). «Молекулярно-динамическое моделирование ионной жидкой смеси [bmim][BF 4 ] и ацетонитрила при комнатной температуре с помощью уточненного силового поля». Физ. хим. хим. Физ . 7 (14): 2771–2779. Бибкод : 2005PCCP....7.2771W . дои : 10.1039/b504681p . ПМИД 16189592 .
- ^ Т. Кузнецова и Б. Квамме (2002). «Термодинамические свойства и межфазное натяжение модельной системы вода – углекислый газ». Физ. хим. хим. Физ . 4 (6): 937–941. Бибкод : 2002PCCP....4..937K . дои : 10.1039/b108726f .
- ^ А.М. Никитин, А.П. Любарцев (2007). «Новая шестиузловая модель ацетонитрила для моделирования жидкого ацетонитрила и его водной смеси». Дж. Компьютер. Хим . 28 (12): 2020–2026. дои : 10.1002/jcc.20721 . ПМИД 17450554 . S2CID 5333395 .