Программное обеспечение для молекулярного дизайна
Программное обеспечение для молекулярного проектирования – это примечательное программное обеспечение для молекулярного моделирования , которое обеспечивает специальную поддержку для разработки молекулярных моделей de novo .
В отличие от обычных программ молекулярного моделирования, например, для молекулярной динамики и квантовой химии , такое программное обеспечение напрямую поддерживает аспекты, связанные с построением молекулярных моделей, в том числе:
- Молекулярная графика
- интерактивное молекулярное рисование и конформационное редактирование
- построение полимерных молекул, кристаллов и сольватных систем
- частичных зарядов разработка
- оптимизация геометрии
- поддержка различных аспектов силового поля развития
охватывающего основные аспекты молекулярного дизайна программного обеспечения , Сравнение
- 3D – молекулярная графика
- Мышь – рисование молекулы мышкой
- Поли – полимерное здание
- ДНК – построение нуклеиновой кислоты
- Пепт – построение пептидов
- Крист – кристальное здание
- Solv – добавление растворителя
- Q – частичная оплата
- Док – стыковка
- Мин – оптимизация
- ММ – молекулярная механика
- КМ – квантовая механика
- FF – поддерживает развитие силового поля
- QSAR – 2D, 3D и групповой QSAR
- FBLD — дизайн лигандов на основе фрагментов
- FE - Приближения свободной энергии
- СН - Космическая навигация
| 3D | Мышь | Поли | ДНК | Пепт | Кристалл | Солв | вопрос | Док | Мин | ММ | МК | ФФ | КСАР | ФБЛД | ИП | СН | Комментарии | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Морское ушко | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Нет | Да | Да | Да | Да | Нет | Биомолекулярная графическая среда: конструкторы макромолекул, MD с графическим ускорением | |||
| ЯНТАРЬ | Нет | Нет | Нет | Да | Да | Нет | Нет | Да | Нет | Да | Да | Нет | Да | Нет | Да | Классическая программа молекулярного моделирования | ||
| Аскалаф Дизайнер | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Нет | Да | Да | Да | Да | Нет | Общий пакет молекулярного моделирования | |||
| БОСС | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Да | Нет | Да | Да | Да | Да | Нет | ОППЛ изобретатель | |||
| Дискавери Студия | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Среда молекулярного моделирования как для малых, так и для макромолекулярных систем | |||
| ДОК | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Да | Да | Да | Да | Нет | Нет | Нет | ДОК-алгоритм | |||
| Светлячок (ИГРА ДЛЯ ПК) | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Да | Нет | Да | Нет | Да | Да | Нет | Программа вычислительной химии Ab initio и DFT | |||
| FoldX | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Да | Нет | Да | Да | Нет | Да | Нет | Силовое поле для энергетических расчетов и проектирования белков | |||
| Поиск потенциальных клиентов | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Да | Да | Нет | Да | Нет | Нет | Нет | Пакет молекулярной стыковки | |||
| Студия материалов | Да | Да | Да | Нет | Нет | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Нет | Программная среда | |||
| Молекулярная операционная среда (MOE) | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Платформа для молекулярного моделирования/приложений по поиску лекарств, запрограммированная на языке Scientific Vector Language для настройки и разработки приложений. | ||
| Розетта (RosettaCommons) | Нет | Нет | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Нет | Да | Нет | Пакет для моделирования макромолекул. Алгоритмы моделирования и анализа белковых структур. Ключевые достижения в области дизайна белков de novo, дизайна ферментов, докинга лигандов, предсказания структуры | |||
| САМСОН | Да | Да | Нет | Нет | Нет | Да | Нет | Нет | Да | Да | Да | Да | Да | Нет | Вычислительная нанонаука (науки о жизни, материалы и т. д.); модульная архитектура, модули называются элементами; бесплатно | |||
| Сигресс | Да | Да | Да | Нет | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Пакет молекулярного моделирования общего назначения | |||
| спартанский | Да | Да | Нет | Да | Да | Нет | Да | Да | Нет | Да | Да | Да | Нет | Нет | Инструмент молекулярного моделирования с молекулярной механикой и квантово-химическими двигателями | |||
| Тинкер | Нет | Нет | Нет | Нет | Да | Нет | Нет | Да | Нет | Да | Да | Нет | Нет | Нет | Инструменты для дизайна белков; бесплатное ПО | |||
| Винмостар | Да | Да | Да | Нет | Нет | Да | Да | Да | Нет | Да | Да | Да | Да | Нет | Программа молекулярного моделирования и визуализации для материаловедения | |||
| Шрёдингер | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Да | Платформа молекулярного моделирования для жизни и материаловедения |
Примечания и ссылки [ править ]
См. также [ править ]
- Редактор молекул
- Молекулярное моделирование
- Молекулярное моделирование на графических процессорах
- Белковый дизайн
- Дизайн лекарств
- Силовое поле (химия)
- Сравнение реализаций силового поля
- Сравнение программного обеспечения для моделирования нуклеиновых кислот
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Список систем молекулярной графики
- Список программного обеспечения для молекулярного моделирования Монте-Карло
- Список программного обеспечения для моделирования наноструктур
- Компьютерные программы по квантовой химии
- Количественная связь структура-активность
- XMD , классическое программное обеспечение для молекулярной динамики.
Внешние ссылки [ править ]
- молекулярный дизайн определение термина ИЮПАК .
- Журнал компьютерного молекулярного дизайна
- Ресурсы по молекулярному моделированию
- Коды моделирования материалов и компьютерного моделирования
- Click2Drug.org Каталог инструментов in silico (компьютерного моделирования) для разработки лекарств.
- Журнал химической информации и моделирования
- Журнал вычислительной химии