ДОК
| Оригинальный автор(ы) | Брайан К. Шойчет, Дэвид А. Кейс, Роберт С. Риццо |
|---|---|
| Разработчик(и) | Калифорнийский университет, Сан-Франциско |
| Первоначальный выпуск | 1982 год |
| Стабильная версия | 3 серия: 3,7; 6 серия: 6,7
/ 12 февраля 2015 г |
| Написано в | ДОК 3: Фортран , C ДОК 6: C++ , C, Фортран 77 |
| Операционная система | ДОК 3: исходный код ДОК 6: Linux , macOS , Windows |
| Платформа | х86 , х86-64 |
| Размер | 100 МБ |
| Доступно в | Английский |
| Тип | Молекулярный стыковка |
| Лицензия | Собственный : бесплатное академическое, коммерческое программное обеспечение. |
| Веб-сайт | док |
Программа UCSF DOCK была создана в 1980-х годах группой Ирвина «Тэка» Кунца и была первой программой стыковки . [ 1 ] DOCK использует геометрические алгоритмы для прогнозирования способов связывания малых молекул. [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] Брайан К. Шойчет, Дэвид А. Кейс и Роберт К. Риццо являются соразработчиками DOCK.
Активно разрабатываются две версии программы стыковки: DOCK 6 и DOCK 3.
Методы отбора проб лигандов, используемые программой DOCK, включают в себя.
- Жесткая стыковка: сопоставление формы, использует сферы, помещенные в карман, и выполняет двустороннее сопоставление между этими сферами и молекулой (все версии).
- Гибкий лиганд учитывается с помощью следующих методов: алгоритм « якорь и рост» (v4-v6), [ 2 ] и иерархическая стыковка баз данных (v3.5-3.7). [ 5 ] [ 6 ]
Механизм молекулярной динамики был внедрен в DOCK v6 группой Дэвида А. Кейса в функции оценки AMBER . Эта способность обеспечивает гибкость рецепторов и позволяет упорядочивать энергетические ансамбли при расчетах стыковки. [ 4 ]
См. также
[ редактировать ]- АвтоДок
- Молекулярное моделирование
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Кунц, И.Д.; Блейни, Дж. М.; Оутли, С.Дж.; Лэнгридж, Р; Феррин, Т.Э. (1982). «Геометрический подход к взаимодействиям макромолекул и лигандов». Журнал молекулярной биологии . 161 (2): 269–88. дои : 10.1016/0022-2836(82)90153-X . ПМИД 7154081 .
- ^ Перейти обратно: а б Юинг, Ти Джей; Макино, С; Скиллман, АГ; Кунц, И.Д. (2001). «DOCK 4.0: стратегии поиска для автоматизированного молекулярного докинга в гибких базах данных молекул». Журнал компьютерного молекулярного дизайна . 15 (5): 411–28. Бибкод : 2001JCAMD..15..411E . дои : 10.1023/А:1011115820450 . ПМИД 11394736 . S2CID 5553209 .
- ^ Мустакас, Д.Т.; Ланг, ПТ; Пегг, С; Петтерсен, Э; Кунц, И.Д.; Бройманс, Н.; Риццо, RC (2006). «Разработка и проверка модульной расширяемой программы стыковки: DOCK 5». Журнал компьютерного молекулярного дизайна . 20 (10–11): 601–19. Бибкод : 2006JCAMD..20..601M . дои : 10.1007/s10822-006-9060-4 . ПМИД 17149653 . S2CID 24495648 .
- ^ Перейти обратно: а б Ланг, ПТ; Брозелл, СР; Мукерджи, С; Петтерсен, Э.Ф.; Мэн, ЕС; Томас, В; Риццо, RC; Кейс, Д.А.; и др. (2009). «DOCK 6: Объединение методов для моделирования комплексов РНК и малых молекул» . РНК . 15 (6): 1219–30. дои : 10.1261/rna.1563609 . ПМЦ 2685511 . ПМИД 19369428 .
- ^ Лорбер, Д.М.; Шойчет, Б.К. (1998). «Гибкая стыковка лигандов с использованием конформационных ансамблей» . Белковая наука . 7 (4): 938–950. дои : 10.1002/pro.5560070411 . ПМК 2143983 . PMID 9568900 .
- ^ Лорбер, Д.М.; Шойчет, БК (2005). «Иерархическое стыковка баз данных множественных конформаций лигандов» . Curr Top Med Chem . 5 (8): 739–49. дои : 10.2174/1568026054637683 . ПМЦ 1364474 . ПМИД 16101414 .