НАМД
| Разработчик(и) | Университет Иллинойса Урбана-Шампейн : Группа теоретической и вычислительной биофизики (TCB), Лаборатория параллельного программирования (PPL) |
|---|---|
| Первоначальный выпуск | 1995 год |
| Стабильная версия | 2.14 / 5 августа 2020 г |
| Репозиторий | |
| Написано в | С++ |
| Операционная система | Кроссплатформенность : Windows , Linux , macOS , Unix. |
| Платформа | х86 , х86-64 |
| Доступно в | Английский |
| Тип | молекулярной динамики Моделирование |
| Лицензия | Проприетарное . бесплатное ПО для некоммерческого использования |
| Веб-сайт | www |
Наномасштабная молекулярная динамика ( NAMD , ранее Not Another Molecular Dynamics Program ) [1] — это компьютерное программное обеспечение для моделирования молекулярной динамики , написанное с использованием модели параллельного программирования Charm++ (не путать с CHARMM ). Он известен своей параллельной эффективностью и часто используется для моделирования больших систем (миллионы атомов ). [2] Он был разработан в сотрудничестве Группы теоретической и вычислительной биофизики (TCB) и Лаборатории параллельного программирования (PPL) Университета Иллинойса в Урбане-Шампейне .
Он был представлен в 1995 году Нельсоном и др. в качестве параллельного кода молекулярной динамики, обеспечивающего интерактивное моделирование путем связи с кодом визуализации VMD. С тех пор NAMD усовершенствовалась, добавив множество функций и масштабируясь за пределы 500 000 процессорных ядер. [3]
NAMD имеет интерфейс с квантовой химии пакетами ORCA и MOPAC , а также скриптовый интерфейс со многими другими квантовыми пакетами. [4] Совместно с Visual Molecular Dynamics (VMD) и QwikMD, [5] Интерфейс NAMD обеспечивает доступ к гибридному моделированию QM/MM в интегрированном, комплексном, настраиваемом и простом в использовании пакете. [6]
NAMD доступен как бесплатное программное обеспечение для некоммерческого использования отдельными лицами, академическими учреждениями и корпорациями для внутреннего использования в бизнесе.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Гибкость и совместимость в параллельном коде молекулярной динамики» (постскриптум) .
- ^ «NAMD: Программа параллельной объектно-ориентированной молекулярной динамики» (PDF) .
- ^ «NAMD: масштабируемая молекулярная динамика» . Группа теоретической и вычислительной биофизики (TCB) . Университет Иллинойса Урбана-Шампейн . Проверено 1 августа 2016 г.
- ^ «Гибридный QM/MM NAMD» . Группа теоретической и вычислительной биофизики (TCB) . Университет Иллинойса Урбана-Шампейн . Проверено 26 марта 2018 г.
- ^ Рибейру, Жуан В.; Бернарди, Рафаэль К.; Рудак, Тилль; Стоун, Джон Э.; Филлипс, Джеймс С.; Фреддолино, Питер Л.; Шультен, Клаус (2016). «QwikMD — набор инструментов интегративной молекулярной динамики для новичков и экспертов» . Научные отчеты . 6 : 26536. Бибкод : 2016NatSR...626536R . дои : 10.1038/srep26536 . ПМЦ 4877583 . ПМИД 27216779 .
- ^ Мело, Марсело С. Р.; Бернарди, Рафаэль К.; Рудак, Тилль; Шерер, Максимилиан; Риплингер, Кристоф; Филлипс, Джеймс С.; Майя, Хулио округ Колумбия; Роча, Герд Б.; Рибейру, Жуан В.; Стоун, Джон Э.; Низ, Фрэнк; Шультен, Клаус; Люти-Шультен, Зайда (2018). «NAMD становится квантовым: интегративный пакет для гибридного моделирования» . Природные методы . 15 (5): 351–354. дои : 10.1038/nmeth.4638 . ПМК 6095686 . ПМИД 29578535 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]
 | Эта вычислительной химии статья, посвященная , незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |
 | Эта научная статья о программном обеспечении незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |