Химический язык разметки
| Расширение имени файла | .cml |
|---|---|
| Тип интернет-СМИ | химическое/х-смл |
| Тип формата | химический формат файла |
Язык химической разметки ( ChemML или CML ) — это подход к управлению молекулярной информацией с использованием таких инструментов, как XML и Java . [1] Это была первая реализация, специфичная для предметной области, основанная исключительно на XML , сначала на основе DTD. [2] и позже в XML-схеме , [3] самая надежная и широко используемая система для точного управления информацией во многих областях. Он разрабатывался более десяти лет компаниями Murray-Rust , Rzepa и другими и был протестирован во многих областях и на различных машинах.
Химическая информация традиционно хранится в файлах различных типов, что препятствует повторному использованию документов. CML использует переносимость XML, чтобы помочь разработчикам CML и химикам создавать совместимые документы. Существует ряд инструментов, которые могут создавать, обрабатывать и просматривать документы CML. Издатели могут распространять химические данные в документах XML с помощью CML, например, в документах RSS . [4]
CML способен поддерживать широкий спектр химических концепций, включая:
- молекулы
- реакции [5]
- спектры и аналитические данные [6]
- вычислительная химия
- химическая кристаллография и материалы
Подробности о ХМЛ и обсуждаемые в настоящее время вопросы теперь публикуются в блоге ХМЛ.
Управление версиями
[ редактировать ]Версии схемы доступны на SourceForge . По состоянию на апрель 2012 г. последней замороженной схемой является CML v2.4. Некоторые конструкции в CML v1 объявлены устаревшими.
Инструменты
[ редактировать ]JUMBO начинал свою жизнь как универсальный молекулярный браузер Java для объектов, но теперь представляет собой библиотеку Java, которая поддерживает проверку, чтение и запись CML, а также преобразование нескольких устаревших форматов в CML и, например, реакцию CML на SVG анимированное представление . реакции. [7] JUMBO превратился в обширную библиотеку Java CMLDOM. [8] поддержка всех элементов схемы. [9] Хотя JUMBO раньше был браузером, предпочтительным подходом является использование инструментов с открытым исходным кодом Jmol и JChemPaint , некоторые из которых используют альтернативные библиотеки CML. [10] См. Синий обелиск .
Поддержка программного обеспечения
[ редактировать ]Программное обеспечение, импортирующее и экспортирующее действительный формат CML
См. также
[ редактировать ]- Список языков разметки документов
- Сравнение языков разметки документов
- JCAMP-DX (еще один широко известный стандарт, особенно для спектроскопических данных)
- Сообщество Blue Obelisk для химического программного обеспечения с открытым исходным кодом
- МатематикаML
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Мюррей-Раст, Питер; Рзепа, Генри С. (2011). «ХМЛ: Эволюция и дизайн» . Журнал хеминформатики . 3 (1): 44. дои : 10.1186/1758-2946-3-44 . ПМК 3205047 . ПМИД 21999549 .
- ^ Мюррей-Раст, П.; Рзепа, Х.С. (1999), "Химическая разметка, XML и Всемирная паутина. 1. Основные принципы", J. Chem. Инф. Вычислить. наук. , 39 (6): 928–942, CiteSeerX 10.1.1.40.8275 , doi : 10.1021/ci990052b
- ^ Мюррей-Раст, П.; Рзепа, Х.С. (2003), «Химическая разметка, XML и Всемирная паутина. 4. Схема CML», J. Chem. Инф. Вычислить. наук. , 43 (3): 757–772, doi : 10.1021/ci0256541 , PMID 12767134
- ^ Гкутос, Г.В.; Мюррей-Раст, П.; Рзепа, С.; Райт, М. (2001), «Химическая разметка, XML и Всемирная паутина. 3. На пути к подписанной семантической химической сети доверия», J. Chem. Инф. Вычислить. наук. , 41 (5): 1124–1130, doi : 10.1021/ci000406v , PMID 11604013
- ^ Холлидей, GL; Мюррей-Раст, П.; Рзепа, Х.С. (2006), «Химическая разметка, XML и Всемирная паутина. Часть 6. CMLReact; словарь XML для химических реакций», J. Chem. Инф. Модель. , 46 (1): 145–157, doi : 10.1021/ci0502698 , PMID 16426051
- ^ Кун, С.; Хельмус, Т.; Ланкашир, Р.Дж.; Мюррей-Раст, П.; Рзепа, ХС; Стейнбек, К.; Уиллигхаген, Э.Л. (2007), «Химическая разметка, XML и Всемирная паутина. 7. CMLSpect, словарь XML для спектральных данных», J. Chem. Инф. Модель. , 47 (6): 2015–2034, doi : 10.1021/ci600531a , PMID 17887743
- ^ ДЖАМБО
- ^ Мюррей-Раст, П.; Рзепа, Х.С. (2001), «Химическая разметка, XML и Всемирная паутина. 2. Информационные объекты и CMLDOM», J. Chem. Инф. Вычислить. наук. , 41 (5): 1113–1123, doi : 10.1021/ci000404a , PMID 11604012
- ^ Домашняя страница CML на Sourceforge
- ^ Уиллигхаген, Эл. (2001). «Обработка соглашений CML в Java» . Интернет-журнал химии . 4 . Архивировано из оригинала 11 апреля 2001 г.
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Рзепа, ХС; Мюррей-Раст, П.; Уитакер, Б.Дж. (1997), "Интернет как инструмент химической информации", Chem. Соц. Rev. , 26 (1): 1–10, doi : 10.1039/CS9972600001.
- Мюррей-Раст, П.; Рзепа, ХС; Райт, М. (2001), «Разработка языка химической разметки (CML) как системы для обработки сложного химического содержимого», New J. Chem. , 25 (4): 618–634, doi : 10.1039/b008780g
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Язык химической разметки (CML). Включает схему CML, ссылки на инструменты, документацию и исходный код.
- Список обсуждений
- Блог ХМЛ
- Оригинальный (старый) сайт