РапторX
 | В этой статье отсутствует информация о методологии (документы см . на странице «О программе»). ( апрель 2019 г. ) |
| Разработчик(и) |
|
|---|---|
| Первоначальный выпуск | 2012 год |
| Доступно в | Английский |
| Тип | биоинформатики Инструмент для прогнозирования структуры белков |
| Лицензия | Некоммерческое, индивидуально |
| Веб-сайт | рапторкс |
RaptorX — это программное обеспечение и веб-сервер для прогнозирования структуры и функций белков, которые бесплатны для некоммерческого использования. RaptorX — один из самых популярных методов прогнозирования структуры белков. [1] [2] [3] [4] [5] Как и другие методы удаленного распознавания гомологии/нарезки белков, RaptorX способен регулярно генерировать надежные модели белков, тогда как широко используемый PSI-BLAST не может. Однако RaptorX также значительно отличается от методов, основанных на профилях (например, HHPred и Phyre2 ), тем, что RaptorX превосходно моделирует белковые последовательности без большого количества гомологов последовательностей, используя информацию о структуре. Сервер RaptorX был разработан для обеспечения удобного интерфейса для пользователей, не имеющих опыта в методах прогнозирования структуры белков.
Описание
[ редактировать ]Проект RaptorX был запущен в 2008 году, и сервер RaptorX [6] был представлен публике в 2011 году.
Стандартное использование
[ редактировать ]После вставки последовательности белка в форму отправки RaptorX пользователь обычно ждет пару часов (в зависимости от длины последовательности) для завершения прогноза. Пользователю отправляется электронное письмо вместе со ссылкой на веб-страницу с результатами. Сервер RaptorX в настоящее время генерирует следующие результаты: предсказание вторичной структуры с 3 и 8 состояниями, выравнивание шаблона последовательности, предсказание 3D-структуры, предсказание доступности растворителя, предсказание беспорядка и предсказание сайта связывания. Прогнозируемые результаты отображаются для поддержки визуального осмотра. Файлы результатов также доступны для скачивания.
RaptorX Server также выдает некоторые оценки достоверности, указывающие качество прогнозируемых 3D-моделей (при отсутствии соответствующих им собственных структур). Например, он выдает значение P для относительного глобального качества 3D-модели, GDT (глобальный дистанционный тест) и uGDT (ненормализованный-GDT) для абсолютного глобального качества 3D-модели и RMSD для каждой позиции для абсолютного локального качества в каждом остатке. 3D-модели.
Приложения и производительность
[ редактировать ]Приложения RaptorX включают прогнозирование структуры белков, прогнозирование функций, выравнивание структуры последовательностей белков, эволюционную классификацию белков, управление сайт-направленным мутагенезом и определение кристаллических структур белков путем молекулярной замены . В эксперименте по слепому предсказанию структуры белка CASP 9 RaptorX занял второе место среди примерно 80 серверов автоматического предсказания структуры. RaptorX также обеспечил наилучшее согласование для 50 самых сложных целей CASP 9 TBM (моделирование на основе шаблонов). в CASP 10 RaptorX — единственная группа серверов среди 10 лучших групп человек/сервер для 15 наиболее сложных целей CASP 10 TBM.
История
[ редактировать ]RaptorX является преемником системы прогнозирования структуры белка RAPTOR. RAPTOR был спроектирован и разработан доктором Цзиньбо Сюй и доктором Мин Ли в Университете Ватерлоо. RaptorX был спроектирован и разработан исследовательской группой под руководством профессора Джинбо Сюй из Технологического института Toyota в Чикаго.
См. также
[ редактировать ]- Прогнозирование структуры белка
- КАСП
- Список программного обеспечения для прогнозирования структуры белков
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Пэн, Цзянь; Цзиньбо Сюй (октябрь 2011 г.). «RaptorX: использование структурной информации для выравнивания белков путем статистического вывода» . Белки . 79 (Приложение 10): 161–71. дои : 10.1002/прот.23175 . ПМК 3226909 . ПМИД 21987485 .
- ^ Пэн, Цзянь; Цзиньбо Сюй (июль 2010 г.). «Низкогомологичная белковая нить» . Биоинформатика . 26 (12): i294–i300. doi : 10.1093/биоинформатика/btq192 . ПМЦ 2881377 . ПМИД 20529920 .
- ^ Пэн, Цзянь; Цзиньбо Сюй (апрель 2011 г.). «Множественный подход к объединению белков» . Белки . 79 (6): 1930–1939. дои : 10.1002/prot.23016 . ПМК 3092796 . ПМИД 21465564 .
- ^ Пэн, Цзянь; Цзиньбо Сюй (январь 2009 г.). «Повышение точности заправки белков». Исследования в области вычислительной молекулярной биологии . Конспекты лекций по информатике. Том. 5541. стр. 31–45. дои : 10.1007/978-3-642-02008-7_3 . ISBN 978-3-642-02007-0 . ПМЦ 3325114 . ПМИД 22506254 .
- ^ Ма, Цзянжу; Шэн Ван; Цзиньбо Сюй (июнь 2012 г.). «Модель условных нейронных полей для объединения белков» . Биоинформатика . 28 (12): i59-66. doi : 10.1093/биоинформатика/bts213 . ПМЦ 3371845 . ПМИД 22689779 .
- ^ Келлберг, Мортен; Хайпэн Ван; Шэн Ван; Цзянь Пэн; Чжиён Ван; Хуэй Лу; Цзиньбо Сюй (июль 2012 г.). «Моделирование структуры белка на основе шаблонов с использованием веб-сервера RaptorX» . Протоколы природы . 7 (8): 1511–1522. дои : 10.1038/nprot.2012.085 . ПМК 4730388 . ПМИД 22814390 .