Макромодель
| Разработчик(и) | Шрёдингер, ООО |
|---|---|
| Первоначальный выпуск | 1990 год |
| Стабильная версия | 2021-3 |
| Операционная система | Линукс , Виндовс , МакОС |
| Платформа | x64 , графический процессор |
| Доступно в | Английский |
| Тип | Вычислительная химия |
| Лицензия | Собственное , Коммерческое программное обеспечение |
| Веб-сайт | www |
MacroModel — компьютерная программа для молекулярного моделирования органических соединений и биополимеров . Он включает в себя различные химические силовые поля , а также алгоритмы минимизации энергии для прогнозирования геометрии и относительных конформационных энергий молекул . [1] MacroModel поддерживается компанией Schrödinger, LLC .
Он выполняет моделирование в рамках классической механики , также называемой молекулярной механикой , и может выполнять моделирование молекулярной динамики для моделирования систем при конечных температурах с использованием стохастической динамики и смешанных алгоритмов Монте-Карло . MacroModel поддерживает Windows , Linux , macOS , Silicon Graphics (SGI) IRIX и IBM AIX .
Программный комплекс Macromodel впервые был описан в научной литературе в 1990 году. [2] и впоследствии была приобретена Schrödinger, Inc. в 2000 году. [3]
Ключевые особенности
[ редактировать ]- Модель неявной сольватации (континуальная сольватация), обобщенная модель Борна, дополненная термином площади поверхности, доступной для гидрофобного растворителя (SA) (GBSA) [4] [5]
- Силовые поля : MM2, MM3, AMBER , молекулярное силовое поле Merck (MMFF), OPLS.
- Молекулярная динамика
- Возмущение свободной энергии
Известная история версий
[ редактировать ]- 2013: версия 10.0
- 2012: версия 9.9.2
- 2011: версия 9.9.1
- 2010: версия 9.8
- 2009: версия 9.7
- 2008: версия 9.6
- 2007: версия 9.5
- 2006: версия 9.1
- 2005: версия 9.0
- 2004: версия 8.5
- 2003: версия 8.1
См. также
[ редактировать ]- Сравнение программного обеспечения для моделирования нуклеиновых кислот
- Сравнение реализаций силового поля
- Список программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Список программного обеспечения для молекулярного моделирования Монте-Карло
- Список программного обеспечения для прогнозирования структуры белков
- Программное обеспечение для молекулярного дизайна
- Молекулярное моделирование
- Редактор молекул
- Морское ушко (молекулярная механика)
- Аскалаф Дизайнер
- ШАРМ
- ГРОМАКС
- МДынаМикс
- НАМД
- Тинкер (программное обеспечение)
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Мохамади Ф., Ричард Н.Г., Гуида В.К., Лискамп Р., Липтон М., Кофилд С., Чанг Г., Хендриксон Т., Стилл У.К. (май 1990 г.). «Макромодель - интегрированная программная система для моделирования органических и биоорганических молекул с использованием молекулярной механики». Дж. Компьютер. Хим . 11 (4): 440–467. дои : 10.1002/jcc.540110405 .
- ^ Мохамади, Фариборз; Ричардс, Найджел Дж.Дж.; Гуида, Уэйн С.; Лискамп, Роб; Липтон, Марк; Кофилд, Крейг; Чанг, Джордж; Хендриксон, Томас; Тем не менее, У. Кларк (1 мая 1990 г.). «Макромодель — интегрированная программная система для моделирования органических и биоорганических молекул с использованием молекулярной механики». Журнал вычислительной химии . 11 (4): 440–467. дои : 10.1002/jcc.540110405 . ISSN 1096-987X .
- ^ «Обзор | Шрёдингер» . www.schrodinger.com . Проверено 30 ноября 2017 г.
- ^ Стилл У.К., Темпчик А., Хоули Р.К., Хендриксон Т. (1990). «Полуаналитическое рассмотрение сольватации для молекулярной механики и динамики». J Am Chem Soc . 112 (16): 6127–6129. дои : 10.1021/ja00172a038 .
- ^ Гимарайнш ЧР, Кардозо М (май 2008 г.). «Переоценка MM-GB/SA поз стыковки при оптимизации отведений на основе структуры». Модель J Chem Inf . 48 (5): 958–70. дои : 10.1021/ci800004w . ПМИД 18422307 .