Молекулярное силовое поле Merck

Молекулярное силовое поле Merck (MMFF) — это семейство химических силовых полей, разработанное исследовательскими лабораториями Merck . Они основаны на силовом поле MM3. MMFF не оптимизирован для одного использования, например, для моделирования белков или малых молекул , но старается хорошо работать для широкого спектра расчетов в области органической химии . Параметры силового поля были получены на основе расчетных данных, состоящих примерно из 2800 структур, охватывающих широкий диапазон химических классов. ^{[ 1 ]}

Первое опубликованное силовое поле в семействе — MMFF94. ^{[ 1 ]} Набор молекулярных структур и соответствующие выходные данные реализации MMFF94 Халгрена представлены в списке вычислительной химии для проверки других реализаций MMFF. ^{[ 2 ]}

Одним из вариантов MMFF94 является MMFF94, который имеет различные параметры изгиба вне плоскости и двугранного кручения для выравнивания делокализованных тригональных атомов азота, например, в анилине. ^{[ 3 ]} Буква «s» в MMFF94s означает «статический», поскольку MMFF94s лучше отражает усредненную по времени геометрию, чем MMFF94.

См. также

Сравнение реализаций силового поля

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Молекулярное силовое поле Мерк. I. Основа, форма, область применения, параметризация и производительность MMFF94, Томас А. Халгрен, J. Comput. хим. ; 1996 год ; 490-519, doi : 10.1002/(SICI)1096-987X(199604)17:5/6<490::AID-JCC1>3.0.CO;2-P
^ Кирсли, Саймон (июнь 1999 г.). «Пакет проверки MMFF94» . CCL.net . Список вычислительной химии, ООО . Проверено 17 сентября 2016 г.
^ ММФФ VI. Вариант MMFF94 для исследований по минимизации энергопотребления, Томас А. Халгрен, J. Comput. хим. ; 1999 год ; 720-729, doi : 10.1002/(SICI)1096-987X(199905)20:7<720::AID-JCC7>3.0.CO;2-X

Эта вычислительной химии, статья, посвященная незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[MMFFI-1] Jump up to: ^а ^б Молекулярное силовое поле Мерк. I. Основа, форма, область применения, параметризация и производительность MMFF94, Томас А. Халгрен, J. Comput. хим. ; 1996 год ; 490-519, doi : 10.1002/(SICI)1096-987X(199604)17:5/6<490::AID-JCC1>3.0.CO;2-P

[2] Кирсли, Саймон (июнь 1999 г.). «Пакет проверки MMFF94» . CCL.net . Список вычислительной химии, ООО . Проверено 17 сентября 2016 г.

[3] ММФФ VI. Вариант MMFF94 для исследований по минимизации энергопотребления, Томас А. Халгрен, J. Comput. хим. ; 1999 год ; 720-729, doi : 10.1002/(SICI)1096-987X(199905)20:7<720::AID-JCC7>3.0.CO;2-X

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]