ПМ3 (химия)
PM3 , или Параметрический метод 3 , представляет собой полуэмпирический метод квантового расчета молекулярной электронной структуры в вычислительной химии . Он основан на приближении пренебрежения дифференциальным двухатомным интегралом перекрытия.
Метод PM3 использует тот же формализм и уравнения, что и метод AM1 . Единственные различия:1) PM3 использует две функции Гаусса для основной функции отталкивания вместо числа переменных, используемого AM1 (который использует от одного до четырех гауссовских функций на элемент); 2) числовые значения параметров разные. Другие различия заключаются в философии и методологии, используемой во время параметризации: в то время как AM1 берет некоторые значения параметров из спектроскопических измерений, PM3 рассматривает их как оптимизируемые значения.
Метод был разработан Дж. Дж. П. Стюартом и впервые опубликован в 1989 году. Он реализован в программе MOPAC (старые версии которой являются общественным достоянием), вместе с соответствующими методами RM1 , AM1 , MNDO и MINDO , а также в нескольких других программах, таких как как Gaussian , CP2K , GAMESS (США) , GAMESS (Великобритания) , PC GAMESS , Chem3D , AMPAC , ArgusLab , BOSS и SPARTAN .
Исходная публикация PM3 включала параметры для следующих элементов H , C , N , O , F , Al , Si , P , S , Cl , Br и I. :
Реализация PM3 в программе SPARTAN включает PM3tm с дополнительными расширениями для переходных металлов, поддерживающими расчеты по Ca , Ti , V , Cr , Mn , Fe , Co , Ni , Cu , Zn , Zr , Mo , Tc , Ru , Rh , Pd , Hf , Ta , W , Re , Os , Ir , Pt и Gd . Многие другие элементы, в основном металлы, были параметризованы в последующих работах.
Также была представлена модель для расчета PM3 комплексов лантаноидов под названием Sparkle/PM3 .
Ссылки
[ редактировать ]- Стюарт, Джеймс Дж. П. (1989). «Оптимизация параметров полуэмпирических методов I. Метод». Дж. Компьютер. Хим . 10 (2): 209–220. дои : 10.1002/jcc.540100208 . S2CID 36907984 .
- Стюарт, Джеймс Дж. П. (1989). «Оптимизация параметров полуэмпирических методов II. Приложения». Дж. Компьютер. Хим . 10 (2): 221–264. дои : 10.1002/jcc.540100209 . S2CID 98850840 .
- Стюарт, Джеймс Дж. П. (1991). «Оптимизация параметров полуэмпирических методов. III Расширение PM3 до Be, Mg, Zn, Ga, Ge, As, Se, Cd, In, Sn, Sb, Te, Hg, Tl, Pb и Bi» . Журнал вычислительной химии . 12 (3): 320–341. дои : 10.1002/jcc.540120306 . S2CID 94913344 .
- Стюарт, Джеймс Дж. П. (2004). «Оптимизация параметров полуэмпирических методов IV: расширение MNDO, AM1 и PM3 на большее количество элементов основной группы». Журнал молекулярного моделирования . 10 (2): 155–64. дои : 10.1007/s00894-004-0183-z . ПМИД 14997367 . S2CID 11617476 .
- В недавнем обзоре Стюарт, JJP (1998). «ПМ3». Энциклопедия вычислительной химии . Уайли.
- Фрейре, Рикардо О.; Роча, Герд Б.; Симас, Альфредо М. (2006). «Моделирование редкоземельных комплексов: параметры Sparkle/PM3 для тулия (III)». Письма по химической физике . 425 (1–3): 138–141. Бибкод : 2006CPL...425..138F . дои : 10.1016/j.cplett.2006.04.103 .