✖


Jump to content

Список программного обеспечения для прогнозирования генов

Это список программных инструментов и веб-порталов, используемых для предсказания генов .

Имя Описание Разновидность Ссылки
ПОИСК Пакет автоматизированного программного обеспечения для аннотирования эукариотических генов на основе данных RNA-Seq и связанных с ними белковых последовательностей. Эукариоты [1]
FragGeneScan Прогнозирование генов в полных геномах и секвенирование. Читает Прокариоты, Метагеномы [2]
АТГпр Идентифицирует сайты инициации трансляции в кДНК. последовательностях Человек [3]
Блудный сын Его название расшифровывается как «Алгоритм поиска генов динамического программирования прокариот». Он основан на функциях логарифмического правдоподобия и не использует скрытые или интерполированные марковские модели. Prokaryotes, Metagenomes (metaProdigal) [4]
АВГУСТ Предсказатель генов эукариот Эукариоты [5]
БГФ Скрытая модель Маркова (HMM) и динамическом программировании , основанная на ab initio программа предсказания генов [6]
ДИОГЕН Быстрое обнаружение кодирующих областей в коротких последовательностях генома
Поиск промоутера Дракона Программа распознавания РНК-полимеразы II позвоночных промоторов Позвоночные животные [7]
EasyGene Поисковик генов основан на скрытой модели Маркова (HMM), которая автоматически оценивается для нового генома. Прокариоты [8] [9]
Евгений Интегративный поиск генов Прокариоты, Эукариоты [10] [11]
ФГЕНЕШ Прогнозирование структуры генов на основе HMM: несколько генов, обе цепи Эукариоты [12]
РамкаD Найдите гены и сдвиг рамки считывания в богатых G + C. прокариот, последовательностях Прокариоты, Эукариоты [13]
ГеМоМа Прогнозирование генов на основе гомологии на основе сохранения положения аминокислот и интронов, а также RNA-Seq. данных [14] [15]
ГЕНИЙ II Связывает ORF в полных геномах с трехмерными структурами белков. Прокариоты, Эукариоты [16]
гены Программа для прогнозирования генов, экзонов, сайтов сплайсинга и других сигналов вдоль последовательностей ДНК. Эукариоты [17]
GeneParser Разобрать последовательности ДНК на интроны и экзоны Эукариоты [18]
ДжинМарк Семейство самообучающихся программ прогнозирования генов Прокариоты, эукариоты,

Метагеномы

[19] [20] [21] [22]
GeneTack Предсказывает гены со сдвигом рамки считывания в геномах прокариот Прокариоты [23]
ГеномСкан Прогнозирует расположение и экзон-интронные структуры генов в последовательностях геномов различных организмов. Сервер GENSCAN является предшественником GenomeScan. Позвоночные животные, арабидопсис, кукуруза [24]
ГЕНСКАН Предсказывает расположение и экзон-интронные структуры генов в последовательностях геномов различных организмов. Позвоночные животные, арабидопсис, кукуруза [25] [26] [27]
мерцание Находит гены в микробной ДНК Прокариоты [28] [29] [30]
ГЛИММЕРХмм Эукариотическая система поиска генов Эукариоты [31]
Опыт Грааля Прогнозирует экзоны, гены, промоторы, полиазы, CpG-островки, сходства EST и повторяющиеся элементы в последовательности ДНК. Человек, Mus musculus , Arabidopsis thaliana , Drosophila melanogaster [32] [33]
мГин Система на основе машины опорных векторов (SVM) для поиска генов Эукариоты [34]
mGene.ngs Система на основе SVM для поиска генов с использованием гетерогенной информации: RNA-seq, тайлинговые массивы Эукариоты [35]
МОРГАН Система дерева решений для поиска генов в ДНК позвоночных Эукариоты [36]
БиоНИКС Веб-инструмент для объединения результатов различных программ: GRAIL, FEX, HEXON, MZEF, GENEMARK, GENEFINDER, FGENE, BLAST, POLYAH, REPEATMASKER, TRNASCAN. Прокариоты, Эукариоты [37]
НАЭС нейронной сети Прогноз промоутера Прокариоты, Эукариоты [38]
ННСПЛИС нейронной сети Прогнозирование места сращивания Дрозофила, Человек [39]
ORF-искатель Инструмент графического анализа для поиска всех открытых рамок считывания Прокариоты, Эукариоты [40]
Инструменты анализа регуляторной последовательности Серия модульных компьютерных программ для обнаружения регуляторных сигналов в некодирующих последовательностях Грибы, прокариоты, многоклеточные животные, протисты, растения [41] [42]
ФАНОТАТ Инструмент для аннотирования фаговых геномов. Фаги [43]
SplicePredictor Метод идентификации потенциальных сайтов сплайсинга в (растительной) пре-мРНК путем проверки последовательности с использованием байесовских статистических моделей. Эукариоты [44]
ВУАЛЬ Скрытая модель Маркова для поиска генов на сервере ДНК позвоночных Эукариоты [45]

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Банерджи С., Бхандари П., Вудхаус М., Сен Т.З., Уайз Р.П., Андорф К.М. (апрель 2021 г.). «FINDER: автоматизированный пакет программного обеспечения для аннотирования эукариотических генов на основе данных RNA-Seq и связанных с ними белковых последовательностей» . БМК Биоинформатика . 44 (9): е89. дои : 10.1186/s12859-021-04120-9 . ПМК   8056616 . ПМИД   33879057 .
  2. ^ Ро М, Тан Х, Йе (ноябрь 2010 г.). «FragGeneScan: прогнозирование генов с помощью коротких и подверженных ошибкам чтений» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (20): e191. дои : 10.1093/nar/gkq747 . ПМЦ   2978382 . ПМИД   20805240 .
  3. ^ Нисикава, Тецуо; Ота, Тосио; Исогай, Такао (1 ноября 2000 г.). «Прогнозируйте, содержит ли последовательность кДНК человека инициирующий кодон, путем объединения статистической информации и сходства с белковыми последовательностями» . Биоинформатика . 16 (11): 960–967. дои : 10.1093/биоинформатика/16.11.960 . ISSN   1367-4803 . ПМИД   11159307 .
  4. ^ Хаятт Д., Чен Г.Л., Локасио П.Ф., Лэнд М.Л., Лаример Ф.В., Хаузер Л.Дж. (март 2010 г.). «Блудный сын: распознавание прокариотических генов и идентификация сайта инициации трансляции» . БМК Биоинформатика . 11 :119. дои : 10.1186/1471-2105-11-119 . ПМЦ   2848648 . ПМИД   20211023 .
  5. ^ Келлер О, Коллмар М, Станке М, Ваак С (март 2011 г.). «Новый метод предсказания гибридных генов, использующий выравнивание множественных последовательностей белков» . Биоинформатика . 27 (6): 757–63. doi : 10.1093/биоинформатика/btr010 . hdl : 11858/00-001M-0000-0011-F244-D . ПМИД   21216780 .
  6. ^ Ли, Хэн; Лю, Джин-Сон; Сюй, Чжао; Цзинь, Цзяо; Фанг, Лин; Гао, Лей; Ли, Ю-Донг; Син, Цзы-Син; Гао, Шао-Ген; Лю, Тао; Ли, Хай-Хонг (1 июля 2005 г.). «Наборы тестовых данных и оценка программ генного прогнозирования генома риса» . Журнал компьютерных наук и технологий . 20 (4): 446–453. дои : 10.1007/s11390-005-0446-x . ISSN   1860-4749 . S2CID   13497894 .
  7. ^ Баич, Владимир Б.; Сеа, Сенг Хонг; Чонг, Аллен; Чжан, Гуанглан; Кох, Джудис Л.И.; Брусич, Владимир (1 января 2002 г.). «Поиск промотора дракона: распознавание промоторов РНК-полимеразы II позвоночных» . Биоинформатика . 18 (1): 198–199. дои : 10.1093/биоинформатика/18.1.198 . ISSN   1367-4803 . ПМИД   11836231 .
  8. ^ Нильсен, П.; Крог, А. (15 декабря 2005 г.). «Крупномасштабное предсказание генов прокариот и сравнение с аннотацией генома» . Биоинформатика . 21 (24): 4322–4329. doi : 10.1093/биоинформатика/bti701 . ISSN   1367-4803 . ПМИД   16249266 .
  9. ^ Ларсен, Томас Шу; Крог, Андерс (3 июня 2003 г.). «EasyGene — программа для поиска генов прокариот, которая ранжирует ORF по статистической значимости» . БМК Биоинформатика . 4 (1): 21. дои : 10.1186/1471-2105-4-21 . ISSN   1471-2105 . ПМК   521197 . ПМИД   12783628 .
  10. ^ Фуассак С., Гузи Дж., Ромбо С., Мате С., Амселем Дж., Стерк Л., де Пер Ю.В., Рузе П., Шикс Т. (май 2008 г.). «Аннотация генома растений и грибов: EuGene как модельная платформа» . Современная биоинформатика . 3 (2): 87–97. дои : 10.2174/157489308784340702 .
  11. ^ Саллет, Эрика; Гузи, Жером; Шиекс, Томас (2019), Коллмар, Мартин (редактор), «EuGene: автоматизированный интегративный поиск генов для эукариот и прокариотов» , Прогнозирование генов: методы и протоколы , Методы молекулярной биологии, том. 1962, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Springer, стр. 97–120, doi : 10.1007/978-1-4939-9173-0_6 , ISBN.  978-1-4939-9173-0 , PMID   31020556 , S2CID   131776381 , получено 24 ноября 2021 г.
  12. ^ Саламов А.А., Соловьев В.В. (апрель 2000 г.). «Обнаружение генов ab initio в геномной ДНК дрозофилы» . Геномные исследования . 10 (4): 516–22. дои : 10.1101/гр.10.4.516 . ПМК   310882 . ПМИД   10779491 .
  13. ^ Шиекс Т., Гузи Дж., Мойсан А., де Оливейра Ю. (июль 2003 г.). «FrameD: гибкая программа для проверки качества и прогнозирования генов в геномах прокариот и зашумленных последовательностях зрелых эукариот» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (13): 3738–41. дои : 10.1093/нар/gkg610 . ПМК   169016 . ПМИД   12824407 .
  14. ^ Кейлваген Дж., Венк М., Эриксон Дж.Л., Шаттат М.Х., Грау Дж., Хартунг Ф. (май 2016 г.). «Использование сохранения положения интрона для предсказания генов на основе гомологии» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (9): е89. дои : 10.1186/s12859-018-2203-5 . ПМЦ   4872089 . ПМИД   26893356 .
  15. ^ Кейлваген Дж., Хартунг Ф., Паулини М., Твардзиок С.О., Грау Дж. (май 2018 г.). «Объединение данных секвенирования РНК и предсказания генов на основе гомологии для растений, животных и грибов» . БМК Биоинформатика . 19 (1): 189. doi : 10.1093/nar/gkw092 . ПМЦ   5975413 . ПМИД   29843602 .
  16. ^ Ябуки, Юкимицу; Мукай, Юрий; Суинделлс, Марк Б.; Сува, Макико (01 марта 2004 г.). «GENIUS II: высокопроизводительная система баз данных для связывания ORF в полных геномах с известными трехмерными структурами белков» . Биоинформатика . 20 (4): 596–598. doi : 10.1093/биоинформатика/btg478 . ISSN   1367-4803 . ПМИД   14751990 .
  17. ^ Бланко, Энрике; ПАРРА, Генис; Гиго, Родерик (июнь 2007 г.), «Использование генида для идентификации генов», «Текущие протоколы в биоинформатике » , глава 4, John Wiley & Sons, Inc.: 4.3.1–4.3.28, doi : 10.1002/0471250953.bi0403s18 , ISBN  978-0471250951 , PMID   18428791
  18. ^ Снайдер, Эрик Э.; Стормо, Гэри Д. (21 апреля 1995 г.). «Идентификация кодирующих белков областей в геномной ДНК» . Журнал молекулярной биологии . 248 (1): 1–18. дои : 10.1006/jmbi.1995.0198 . ISSN   0022-2836 . ПМИД   7731036 .
  19. ^ Лукашин А.В., Бородовский М. (февраль 1998 г.). «GeneMark.hmm: новые решения для поиска генов» . Исследования нуклеиновых кислот . 26 (4): 1107–15. дои : 10.1093/нар/26.4.1107 . ПМЦ   147337 . ПМИД   9461475 .
  20. ^ Бесемер Дж., Ломсадзе А., Бородовский М. (июнь 2001 г.). «GeneMarkS: метод самообучения для прогнозирования стартов генов в микробных геномах. Значение для поиска мотивов последовательностей в регуляторных областях» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (12): 2607–18. дои : 10.1093/нар/29.12.2607 . ПМК   55746 . ПМИД   11410670 .
  21. ^ Ломсадзе А., Бернс П.Д., Бородовский М. (сентябрь 2014 г.). «Интеграция картированных считываний RNA-Seq в автоматическое обучение алгоритма поиска генов эукариот» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (15): е119. дои : 10.1093/nar/gku557 . ПМК   4150757 . ПМИД   24990371 .
  22. ^ Чжу В., Ломсадзе А., Бородовский М. (июль 2010 г.). «Идентификация генов Ab initio в метагеномных последовательностях» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (12): е132. дои : 10.1093/nar/gkq275 . ПМЦ   2896542 . ПМИД   20403810 .
  23. ^ Антонов И, Бородовский М (июнь 2010 г.). «Genetack: идентификация сдвига рамки считывания в последовательностях, кодирующих белки, с помощью алгоритма Витерби» . Журнал биоинформатики и вычислительной биологии . 8 (3): 535–51. дои : 10.1142/S0219720010004847 . ПМИД   20556861 .
  24. ^ Да, Ру-Фанг; Лим, Ли П.; Бердж, Кристофер Б. (1 мая 2001 г.). «Вычислительный вывод гомологичных генных структур в геноме человека» . Геномные исследования . 11 (5): 803–816. дои : 10.1101/гр.175701 . ISSN   1088-9051 . ПМК   311055 . ПМИД   11337476 .
  25. ^ Бердж, Крис; Карлин, Сэмюэл (25 апреля 1997 г.). «Прогнозирование полных генных структур в геномной ДНК человека11 под редакцией Ф. Э. Коэна» . Журнал молекулярной биологии . 268 (1): 78–94. дои : 10.1006/jmbi.1997.0951 . ISSN   0022-2836 . ПМИД   9149143 .
  26. ^ Бердж, Кристофер Б. (1 января 1998 г.), Зальцберг, Стивен Л.; Сирлс, Дэвид Б.; Касиф, Саймон (ред.), «Глава 8. Моделирование зависимостей в сигналах сплайсинга пре-мРНК» , «Новая комплексная биохимия» , «Вычислительные методы в молекулярной биологии», том. 32, Elsevier, стр. 129–164, номер документа : 10.1016/S0167-7306(08)60465-2 , ISBN.  978-0-444-82875-0 , получено 24 ноября 2021 г.
  27. ^ Бердж, Кристофер Б; Карлин, Сэмюэл (1 июня 1998 г.). «Нахождение генов в геномной ДНК» . Современное мнение в области структурной биологии . 8 (3): 346–354. дои : 10.1016/S0959-440X(98)80069-9 . ISSN   0959-440X . ПМИД   9666331 .
  28. ^ Делчер, Артур Л.; Братке, Кирстен А.; Пауэрс, Эдвин С.; Зальцберг, Стивен Л. (19 января 2007 г.). «Идентификация бактериальных генов и ДНК эндосимбионтов с помощью Glimmer» . Биоинформатика . 23 (6): 673–679. doi : 10.1093/биоинформатика/btm009 . ISSN   1460-2059 . ПМК   2387122 . ПМИД   17237039 .
  29. ^ Делчер, А. (1 декабря 1999 г.). «Улучшенная идентификация микробных генов с помощью GLIMMER» . Исследования нуклеиновых кислот . 27 (23): 4636–4641. дои : 10.1093/нар/27.23.4636 . ISSN   1362-4962 . ПМК   148753 . ПМИД   10556321 .
  30. ^ Зальцберг, СЛ; Делчер, Алабама; Касиф, С.; Уайт, О. (1 января 1998 г.). «Идентификация микробных генов с использованием интерполированных марковских моделей» . Исследования нуклеиновых кислот . 26 (2): 544–548. дои : 10.1093/нар/26.2.544 . ISSN   0305-1048 . ПМЦ   147303 . ПМИД   9421513 .
  31. ^ Майорос В.Х., Пертеа М., Зальцберг С.Л. (ноябрь 2004 г.). «TigrScan и GlimmerHMM: два инструмента для поиска генов эукариот с открытым исходным кодом» . Биоинформатика . 20 (16): 2878–9. doi : 10.1093/биоинформатика/bth315 . ПМИД   15145805 .
  32. ^ Убербахер, Эдвард К.; Хаятт, Дуг; Шах, Манеш (2004). «GrailEXP и конвейер анализа генома для аннотации генома» . Современные протоколы в биоинформатике . 8 (1): 4.9.1–4.9.15. дои : 10.1002/0471250953.bi0409s04 . ISSN   1934-340X . ПМИД   18428726 .
  33. ^ Убербахер, Эдвард К.; Хаятт, Дуг; Шах, Манеш (2003). «GrailEXP и конвейер анализа генома для аннотации генома» . Современные протоколы генетики человека . 39 (1): 6.5.1–6.5.15. дои : 10.1002/0471142905.hg0605s39 . ISSN   1934-8258 . ПМИД   18428363 . S2CID   21431978 .
  34. ^ Швейкерт Г., Зиен А., Целлер Г., Бер Дж., Дитрих С., Онг К.С. и др. (ноябрь 2009 г.). «mGene: точный поиск генов на основе SVM с применением к геномам нематод» . Геномные исследования . 19 (11): 2133–43. дои : 10.1101/гр.090597.108 . ПМЦ   2775605 . ПМИД   19564452 .
  35. ^ Ган X, Стегл О., Бер Дж., Штеффен Дж.Г., Древе П., Хильдебранд К.Л. и др. (август 2011 г.). «Множественные эталонные геномы и транскриптомы Arabidopsis thaliana» . Природа . 477 (7365): 419–23. Бибкод : 2011Natur.477..419G . дои : 10.1038/nature10414 . ПМЦ   4856438 . ПМИД   21874022 .
  36. ^ «МОРГАН» . site.stat.washington.edu . Проверено 24 ноября 2021 г.
  37. ^ Бедо, Джастин; Ди Стефано, Леон; Папенфусс, Энтони Т. (ноябрь 2020 г.). «Объединение менеджеров пакетов, механизмов рабочих процессов и контейнеров: воспроизводимость вычислений с помощью BioNix» . ГигаСайенс . 9 (11). doi : 10.1093/gigascience/giaa121 . ISSN   2047-217X . ПМЦ   7672450 . ПМИД   33205815 .
  38. ^ Риз, Мартин Дж. (1 декабря 2001 г.). «Применение нейронной сети с задержкой по времени для аннотации промотора в геноме Drosophila melanogaster» . Компьютеры и химия . 26 (1): 51–56. дои : 10.1016/S0097-8485(01)00099-7 . ISSN   0097-8485 . ПМИД   11765852 .
  39. ^ Риз, Мартин Г.; Экман, Фрэнк Х.; Кулп, Дэвид; Хаусслер, Дэвид (1 января 1997 г.). «Улучшенное обнаружение мест сращивания в Genie» . Журнал вычислительной биологии . 4 (3): 311–323. дои : 10.1089/cmb.1997.4.311 . ПМИД   9278062 .
  40. ^ «Главная — ORFfinder — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 24 ноября 2021 г.
  41. ^ Сантана-Гарсия, Уолтер; Роча-Асеведо, Мария; Рамирес-Наварро, Люсия; Мбуамбуа, Ивон; Тиффри, Денис; Томас-Шолье, Морган; Контрерас-Морейра, Бруно; ван Хелден, Жак; Медина-Ривера, Алехандра (01 января 2019 г.). «Инструменты вариаций RSAT: доступная и гибкая основа для прогнозирования влияния регуляторных вариантов на связывание факторов транскрипции» . Журнал вычислительной и структурной биотехнологии . 17 : 1415–1428. дои : 10.1016/j.csbj.2019.09.009 . ISSN   2001-0370 . ПМК   6906655 . ПМИД   31871587 .
  42. ^ Нгуен, Туи Фиш; Контрерас-Морейра, Бруно; Кастро-Мондрагон, Хайме А; Сантана-Гарсия, Уолтер; Оссио, Рауль; Роблес-Эспиноза, Карла Даниэла; Бахин, Мэтью; Колломбет, Самуэль; Винсенс, Пьер; Тиффри, Денис; ван Хелден, Жак (2 мая 2018 г.). «RSAT 2018: 20-летие инструментов анализа регуляторных последовательностей» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (П1): W209–W214. дои : 10.1093/nar/gky317 . ISSN   0305-1048 . ПМК   6030903 . ПМИД   29722874 .
  43. ^ Макнейр, Кейтлин; Чжоу, Кэрол; Динсдейл, Элизабет А.; Соуза, Брайан; Эдвардс, Роберт А. (01 ноября 2019 г.). «ФАНОТАТ: новый подход к идентификации генов в фаговых геномах» . Биоинформатика . 35 (22): 4537–4542. doi : 10.1093/биоинформатика/btz265 . ISSN   1367-4803 . ПМК   6853651 . ПМИД   31329826 .
  44. ^ Брендель, В.; Син, Л.; Чжу, В. (5 февраля 2004 г.). «Прогнозирование структуры гена на основе консенсусного сплайсинга нескольких EST, соответствующих одному и тому же геномному локусу» . Биоинформатика . 20 (7): 1157–1169. doi : 10.1093/биоинформатика/bth058 . ISSN   1367-4803 . ПМИД   14764557 .
  45. ^ Хендерсон, Джон; Зальцберг, Стивен; Фасман, Кеннет Х. (1 января 1997 г.). «Обнаружение генов в ДНК с помощью скрытой марковской модели» . Журнал вычислительной биологии . 4 (2): 127–141. дои : 10.1089/cmb.1997.4.127 . hdl : 1903/8004 . ПМИД   9228612 .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=List_of_gene_prediction_software&oldid=1209108218"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 27b2b233654a17b401539e2dcb9761e0__1708412340
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/27/e0/27b2b233654a17b401539e2dcb9761e0.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
List of gene prediction software - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)