Список программного обеспечения для прогнозирования структуры РНК

Этот список программного обеспечения для прогнозирования структуры РНК представляет собой подборку программных инструментов и веб-порталов, используемых для прогнозирования структуры РНК .

Предсказание вторичной структуры одной последовательности.

Имя	Описание	Узлы ^{[Примечание 1]}	Ссылки	Ссылки
СКВАРНА	Прогнозирование вторичной структуры на основе жадной модели формирования ствола	Да	исходный код	^[1]
ЦентроидСгиб	Прогнозирование вторичной структуры на основе обобщенной оценки центроида	Нет	с исходным кодом веб-сервер	^[2]
ЦентроидХомфолд	Прогнозирование вторичной структуры с использованием информации о гомологичных последовательностях	Нет	с исходным кодом веб-сервер	^[3]
Контекстная складка	Программное обеспечение для прогнозирования вторичной структуры РНК, основанное на многофункциональных обученных оценочных моделях.	Нет	с исходным кодом веб-сервер	^[4]
КОНТРАфолд	Метод прогнозирования вторичной структуры, основанный на условных лог-линейных моделях (CLLM), гибком классе вероятностных моделей, которые обобщают SCFG с помощью дискриминационного обучения и многофункциональной оценки.	Нет	с исходным кодом веб-сервер	^[5]
мять	Простое, четко написанное программное обеспечение для создания полного набора возможных вторичных структур для одной последовательности с учетом дополнительных ограничений.	Нет	исходный код	^[6]
CyloFold	Метод прогнозирования вторичной структуры, основанный на размещении спиралей, позволяющий создавать сложные псевдоузлы.	Да	веб-сервер	^[7]
E2Efold	Метод, основанный на глубоком обучении, для эффективного прогнозирования вторичной структуры путем дифференцирования с помощью решателя оптимизации с ограничениями без использования динамического программирования.	Да	исходный код	^[8]^[9]
EternaFold	Модель, основанная на многозадачном обучении, обученная на данных проекта Eterna.	Нет	с исходным кодом веб-сервер	^[10]
GTFold	Быстрый и масштабируемый многоядерный код для прогнозирования вторичной структуры РНК.	Нет	ссылки исходный код	^[11]
ИНТЕРПИН	Алгоритм и база данных для предсказания сайтов терминации транскрипции у бактерий. Использует Mfold для предсказания вторичной структуры РНК.	Нет	веб-сервер	^[12]^[13]
IPknot	Быстрое и точное предсказание вторичных структур РНК с помощью псевдоузлов с использованием целочисленного программирования.	Да	с исходным кодом веб-сервер	^[14]
Кайнфолд	Кинетика сворачивания последовательностей РНК, включая псевдоузлы, за счет включения реализации статистической суммы для узлов.	Да	Linuxbinary , веб-сервер	^[15]^[16]
Мфолд	MFE (Minimum Free Energy). Алгоритм предсказания структуры РНК	Нет	исходный код , веб-сервер	^[17]
pKiss	Алгоритм динамического программирования для прогнозирования ограниченного класса (H-тип и целующиеся шпильки) псевдоузлов РНК.	Да	исходный код , веб-сервер	^[18]
узлы	Алгоритм динамического программирования для оптимального прогнозирования псевдоузлов РНК с использованием энергетической модели ближайшего соседа.	Да	исходный код	^[19]
ПкноцРГ	Алгоритм динамического программирования для прогнозирования ограниченного класса (H-типа) псевдоузлов РНК.	Да	исходный код , веб-сервер	^[20]
РНК123	Предсказание вторичной структуры с помощью термодинамических алгоритмов сворачивания и нового выравнивания последовательностей на основе структуры, специфичного для РНК.	Да	веб-сервер
РНКфолд	Алгоритм предсказания структуры РНК MFE. Включает реализацию статистической суммы для вычисления вероятностей пар оснований и кольцевого сворачивания РНК.	Нет	исходный код , веб-сервер	^[17]^[21]^[22]^[23]^[24]
РНКформы	Предсказание структуры РНК MFE на основе абстрактных форм. Абстракция формы сохраняет смежность и вложенность структурных элементов, но игнорирует длину спирали, тем самым уменьшая количество неоптимальных решений без потери важной информации. Более того, формы представляют собой классы структур, для которых можно вычислить вероятности на основе энергий, взвешенных по Больцману.	Нет	исходный код и двоичные файлы , веб-сервер	^[25]^[26]
структура РНК	Программа для прогнозирования структур с наименьшей свободной энергией и вероятностей пар оснований для последовательностей РНК или ДНК. Также доступны программы для прогнозирования структур с максимальной ожидаемой точностью , и они могут включать псевдоузлы. Предсказание структуры может быть ограничено с использованием экспериментальных данных, включая ФОРМУ, ферментативное расщепление и доступность химической модификации. Графические пользовательские интерфейсы доступны для Windows, Mac OS X, Linux. Также доступны программы для использования с текстовыми интерфейсами в стиле Unix. Также доступна библиотека классов C++.	Да	исходный код и двоичные файлы , веб-сервер	^[27]^[28]
SARNA-Прогнозировать	Метод прогнозирования вторичной структуры РНК, основанный на моделировании отжига. Он также может предсказывать структуру с помощью псевдоузлов.	Да	связь	^[29]
секфолд	Предскажите минимальную структуру свободной энергии нуклеиновых кислот. seqfold — это реализация алгоритма динамического программирования Zuker, 1981 года, лежащего в основе UNAFold/mfold, с энергетическими функциями из SantaLucia, 2004 (ДНК) и Turner, 2009 (РНК). Лицензия МТИ. Python CLI или модуль.	Нет	ссылка и источник	^[30]
Сфолд	Статистическая выборка всех возможных структур. Выборка взвешивается по вероятностям статистической суммы.	Нет	Github_Repository	^[31]^[32]^[33]^[34]
Раздвижные окна и сборка	Раздвижные окна и сборка представляют собой цепочку инструментов для складывания длинных рядов одинаковых шпилек.	Нет	исходный код	^[6]
SPOT-РНК	SPOT-РНК — это первый предиктор вторичной структуры РНК, который может предсказывать все виды пар оснований (канонические, неканонические, псевдоузлы и тройки оснований).	Да	исходный код веб-сервер	^[35]
СвиСпот	Утилита командной строки для прогнозирования альтернативных (вторичных) конфигураций рибопереключателей . Он основан на предсказании так называемой последовательности переключения, чтобы впоследствии ограничить сворачивание двух функциональных структур.	Нет	исходный код	^[36]
UСвернуть	UFold: быстрое и точное предсказание вторичной структуры РНК с помощью глубокого обучения	Да	исходный код , веб-сервер	^[37]
UNAFold	Утилита командной строки для прогнозирования альтернативных (вторичных) конфигураций рибопереключателей . Он основан на предсказании так называемой последовательности переключения, чтобы впоследствии ограничить сворачивание двух функциональных структур.	Нет	исходный код	^[38]
vsfold/против подопта	Складывает и предсказывает вторичную структуру и псевдоузлы РНК, используя энтропийную модель, полученную из физики полимеров. Программа vs_subopt вычисляет неоптимальные структуры на основе ландшафта свободной энергии, полученного из vsfold5.	Да	веб-сервер	^[39]^[40]
Примечания ^ Узлы: предсказание псевдоузла , <да\|нет>.

Прогнозирование третичной структуры одной последовательности

Имя	Описание	Узлы ^{[Примечание 1]}	Ссылки	Ссылки
трРозеттаРНК	trRosettaRNA — это алгоритм автоматического прогнозирования трехмерной структуры РНК. Он строит структуру РНК путем минимизации энергии Rosetta с ограничениями глубокого обучения со стороны трансформаторной сети (RNAformer). trRosettaRNA была подтверждена в слепых тестах, включая CASP15 и RNA-Puzzles, что позволяет предположить, что автоматические предсказания trRosettaRNA конкурентоспособны с предсказаниями ведущих групп людей по природным РНК.	Да	веб-сервера исходный код	^[41]
БАРНАКЛ	Библиотека Python для вероятностной выборки структур РНК, совместимых с заданной нуклеотидной последовательностью и РНК-подобных в локальном масштабе длины.	Да	исходный код	^[42]
ДЕДУШКА2	Автоматизированное предсказание de novo третичных структур нативной РНК.	Да	веб-сервер	^[43]
iфолдРНК	трехмерное предсказание структуры и сворачивание РНК	Да	веб-сервер	^[44]
Трубопровод MC-Fold MC-Sym	Термодинамика и нуклеотидные циклические мотивы для алгоритма предсказания структуры РНК. 2D и 3D структуры.	Да	исходный код , веб-сервер	^[45]
НАСТ	Грубое моделирование крупных молекул РНК с использованием основанных на знаниях потенциалов и структурных фильтров.	Unknown	исполняемые файлы	^[46]
ММБ	Превращение ограниченной экспериментальной информации в 3D-модели РНК	Unknown	исходный код	^[47]
РНК123	Интегрированная платформа для моделирования de novo и гомологии трехмерных структур РНК, где доступ к функциям ввода файла координат, редактирования последовательностей, выравнивания последовательностей, прогнозирования структуры и анализа осуществляется из одного интуитивно понятного графического пользовательского интерфейса.	Да
РНККомпозитор	Полностью автоматизированное предсказание крупных 3D-структур РНК.	Да	веб -сервер веб- сервер	^[48]
Примечания ^ Узлы: предсказание псевдоузла , <да\|нет>.

Сравнительные методы

Упомянутые выше методы одной последовательности имеют сложную задачу по обнаружению небольшой выборки разумных вторичных структур из большого пространства возможных структур. Хороший способ уменьшить размер пространства — использовать эволюционные подходы. Структуры, сохранившиеся в результате эволюции, с гораздо большей вероятностью будут функциональной формой. Методы ниже используют этот подход.

Имя	Описание	Количество последовательностей ^{[Примечание 1]}	Выравнивание ^{[Примечание 2]}	Структура ^{[Примечание 3]}	Узлы ^{[Примечание 4]}	Связь	Ссылки
СКВАРНА	Прогнозирование общей вторичной структуры на основе жадной модели формирования ствола	любой	Нет	Да	Да	исходный код	^[1]
Карнак	Сравнительный анализ в сочетании со складыванием MFE.	любой	Нет	Да	Нет	исходный код , веб-сервер	^[49]^[50]
ЦентроидАлифолд	Прогнозирование общей вторичной структуры на основе обобщенной оценки центроида	любой	Нет	Да	Нет	исходный код	^[51]
ЦентроидВыровнять	Быстрый и точный множественный выравниватель последовательностей РНК	любой	Да	Нет	Нет	исходный код	^[52]
CMfinder	алгоритм максимизации ожидания, использующий ковариационные модели для описания мотивов. Использует эвристику для эффективного поиска мотивов и байесовскую структуру для прогнозирования структуры, сочетающую энергию сворачивания и ковариацию последовательности.	$3\leq seqs\leq 60$	Да	Да	Нет	исходный код , веб-сервер , веб-сайт	^[53]
СОГЛАСНЫЙ	реализует закрепленный алгоритм Санкоффа для одновременного парного выравнивания РНК и прогнозирования консенсусной структуры.	2	Да	Да	Нет	исходный код	^[54]
ДАФС	Одновременное выравнивание и сворачивание последовательностей РНК посредством двойного разложения.	любой	Да	Да	Да	исходный код	^[55]
Диналайн	алгоритм, который повышает точность предсказания структуры за счет сочетания минимизации свободной энергии и сравнительного анализа последовательностей для поиска структуры с низкой свободной энергией, общей для двух последовательностей, без необходимости какой-либо идентичности последовательностей.	2	Да	Да	Нет	исходный код	^[56]^[57]^[58]
Сложить	Алгоритм, способный выполнять как локальное, так и глобальное попарное структурное выравнивание РНК. Основан на сочетании энергетической минимизации консервативной структуры и сходства последовательностей с использованием рибосумоподобных оценочных матриц. Для локальных трасс можно вернуть более одной трассы.	2	Да	Да	Нет	исходный код , веб-сервер , веб-сайт	^[59]
ФолдлинигнМ	Метод структурного выравнивания РНК множественных РНК, во многом основанный на программе PMcomp.	любой	Да	Да	Нет	исходный код	^[60]
ФРУТ	Инструмент парного структурного выравнивания РНК, основанный на сравнении деревьев РНК. Рассматривает выравнивания, при которых сравниваемые деревья могут иметь разные корни (по отношению к соответствующим корням стандартного «внешнего цикла») и/или переставляться в зависимости от порядка ветвления.	любой	Да	вход	Нет	исходный код , веб-сервер	^[61]^[62]
ГрафКласт	Метод быстрой структурной кластеризации РНК локальных вторичных структур РНК. Прогнозируемые кластеры уточняются с помощью LocARNA и CMsearch. Из-за линейной временной сложности кластеризации можно анализировать большие наборы данных РНК.	любой	Да	Да	Нет	исходный код	^[63]
KNetFold	Вычисляет консенсусную вторичную структуру РНК на основе выравнивания последовательностей РНК на основе машинного обучения.	любой	вход	Да	Да	Linuxbinary , веб-сервер	^[64]
ЛАРА	Произведите глобальное сворачивание и выравнивание семейств нкРНК, используя целочисленное линейное программирование и лагранжеву релаксацию.	любой	Да	Да	Нет	исходный код	^[65]
Локации	LocaRNA является преемником PMcomp с улучшенной временной сложностью. Это вариант алгоритма Санкоффа для одновременного сворачивания и выравнивания, который принимает в качестве входных данных предварительно вычисленные матрицы вероятностей пар оснований из алгоритма Маккаскилла, созданные с помощью RNAfold -p. Таким образом, метод также можно рассматривать как способ сравнения матриц вероятностей пар оснований.	любой	Да	Да	Нет	исходный код , веб-сервер	^[66]
ВЛАДЕЛЕЦ	Подход к выборке с использованием цепи Маркова Монте-Карло в моделируемой структуре отжига , где структура и выравнивание оптимизируются путем внесения небольших локальных изменений. Оценка сочетает в себе логарифмическую вероятность выравнивания, ковариационный член и вероятности пар оснований.	любой	Да	Да	Нет	исходный код	^[67]^[68]
Мультилайн	Этот метод использует несколько вычислений Dynaign для поиска структуры с низкой свободной энергией, общей для любого количества последовательностей. Он не требует какой-либо идентичности последовательности.	любой	Да	Да	Нет	исходный код	^[69]
Мурлет	инструмент множественного выравнивания последовательностей РНК с использованием итеративного выравнивания на основе алгоритма Санкова с резко сокращенным вычислительным временем и памятью.	любой	Да	Да	Нет	веб-сервер	^[70]
MXSCARNA	инструмент множественного выравнивания последовательностей РНК с использованием прогрессивного выравнивания на основе алгоритма попарного структурного выравнивания SCARNA.	любой	Да	Да	Нет	веб-сервера исходный код	^[71]
Паликисс	pAliKiss предсказывает вторичные структуры РНК для фиксированных выравниваний множественных последовательностей РНК, уделяя особое внимание структурам с псевдоузлами. Эта программа является результатом гибридизации RNAalishapes и pKiss.	любой	вход	Да	Да	веб-сервера исходный код	^[18]
ЧАСТИ	Метод совместного прогнозирования выравнивания и общих вторичных структур двух последовательностей РНК с использованием вероятностной модели, основанной на псевдосвободных энергиях, полученных на основе предварительно вычисленных вероятностей спаривания оснований и выравнивания.	2	Да	Да	Нет	исходный код	^[72]
Пфолд	Выравнивает складки с помощью SCFG, обученного выравниванию рРНК.	$\leq 40$	вход	Да	Нет	веб-сервер	^[73]^[74]
ПЭТфолд	Формально объединяет как энергетический, так и эволюционный подходы в одной модели для прогнозирования сворачивания нескольких выровненных последовательностей РНК с максимальной ожидаемой точностью. Структурные вероятности рассчитываются по RNAfold и Pfold.	любой	вход	Да	Нет	исходный код	^[75]
PhyloQFold	Метод, который использует эволюционную историю группы выровненных последовательностей РНК для отбора консенсусных вторичных структур, включая псевдоузлы, в соответствии с их приблизительной апостериорной вероятностью.	любой	вход	Да	Да	исходный код	^[76]
ПМкомп/ПМмульти	PMcomp — это вариант алгоритма Санкоффа для одновременного сворачивания и выравнивания, который принимает в качестве входных данных предварительно вычисленные матрицы вероятностей пар оснований из алгоритма Маккаскилла, созданные с помощью RNAfold -p. Таким образом, метод также можно рассматривать как способ сравнения матриц вероятностей пар оснований. PMmulti — это программа-оболочка, которая выполняет прогрессивное множественное выравнивание, неоднократно вызывая pmcomp.	$2\leq seqs\leq 6$	Да	Да	Нет	исходный код , веб-сервер	^[77]
РНКГ	Метод выборки Гиббса для определения консервативной структуры и структурного выравнивания.	любой	Да	Да	Нет	исходный код	^[78]
Р-КОФЕ	использует RNAlpfold для вычисления вторичной структуры предоставленных последовательностей. Затем используется модифицированная версия T-Coffee для вычисления множественного выравнивания последовательностей, обеспечивающего наилучшее соответствие последовательностям и структурам. R-Coffee можно комбинировать с любым существующим методом выравнивания последовательностей.	любой	Да	Да	Нет	исходный код , веб-сервер	^[79]^[80]
ТурбоФолд	Этот алгоритм предсказывает консервативные структуры в любом количестве последовательностей. Он использует функции вероятностного выравнивания и разделения для сопоставления консервативных пар между последовательностями, а затем выполняет итерацию функций разделения для повышения точности предсказания структуры.	любой	Нет	Да	Да	исходный код	^[81]^[82]
R-скейп	Проверьте консервативную вторичную структуру путем измерения коварирующих пар оснований и их статистической значимости по сравнению с чистой филогенией. Предложит наиболее консервативный («оптимизированный») вариант, если не указана вторичная структура.	любой	вход	Да	Да	домашняя страница	^[83]
РНК123	Включенный алгоритм выравнивания последовательностей на основе структуры (SBSA) использует новую неоптимальную версию метода глобального выравнивания последовательностей Нидлмана-Вунша, который полностью учитывает вторичную структуру в шаблоне и запросе. Он также использует две отдельные матрицы замен, оптимизированные для спиралей РНК и одноцепочечных областей. Алгоритм SBSA обеспечивает точность выравнивания последовательностей >90% даже для таких структур, как бактериальная 23S рРНК: ~2800 нт.	любой	Да	Да	Да	веб-сервер
РНКифолд	Сворачивает предварительно вычисленные выравнивания, используя сочетание мер свободной энергии и ковариации. Поставляется с пакетом ViennaRNA .	любой	вход	Да	Нет	домашняя страница	^[21]^[84]
В РНКиевой кислоте	Инструмент для прогнозирования вторичной структуры для заранее рассчитанных выравниваний с использованием сочетания мер свободной энергии и ковариационных мер. Вывод можно проанализировать с помощью концепции абстрактных фигур, чтобы сосредоточиться на основных различиях в неоптимальных результатах.	любой	вход	Да	Нет	исходный код , веб-сервер	^[85]
РНКкаст	перечисляет почти оптимальное пространство абстрактных форм и прогнозирует в качестве консенсуса абстрактную форму, общую для всех последовательностей, и для каждой последовательности термодинамически лучшую структуру, которая имеет эту абстрактную форму.	любой	Нет	Да	Нет	исходный код , веб-сервер	^[86]
РНК-лесник	Сравните и выровняйте вторичные структуры РНК с помощью подхода «выравнивания леса».	любой	Да	вход	Нет	исходный код , веб-сервер	^[87]^[88]
РНКамин	Программа для извлечения частых структурных мотивов из невыровненных последовательностей РНК — это программный инструмент для извлечения структурных мотивов из набора последовательностей РНК.	любой	Нет	Да	Нет	веб-сервер	^[89]
РНКОбразец	Вероятностный подход к выборке, который сочетает в себе вероятности спаривания оснований внутри последовательности с вероятностями выравнивания оснований между последовательностями. Это используется для выборки возможных стеблей для каждой последовательности и сравнения этих стеблей между всеми парами последовательностей, чтобы предсказать консенсусную структуру для двух последовательностей. Метод расширен для прогнозирования общей структуры, сохраняющейся среди нескольких последовательностей, за счет использования оценки на основе согласованности, которая включает информацию из всех парных структурных выравниваний.	любой	Да	Да	Да	исходный код	^[90]
ТОЩИЙ	Stem Candidate Aligner for RNA (Scarna) — быстрый и удобный инструмент для структурного выравнивания пары последовательностей РНК. Он выравнивает две последовательности РНК и вычисляет их сходство на основе предполагаемых общих вторичных структур. Это работает даже для псевдоузловых вторичных структур.	2	Да	Да	Нет	веб-сервер	^[91]
SimulFold	одновременный вывод о структурах РНК, включая псевдоузлы, выравнивания и деревья, с использованием байесовской структуры MCMC.	любой	Да	Да	Да	исходный код	^[92]
Голосующий локомотив	программа парного структурного выравнивания РНК, основанная на вероятностных моделях структуры РНК, известная как Парные стохастические контекстно-свободные грамматики .	любой	Да	Да	Нет	исходный код	^[93]
СТРАЛ	инструмент выравнивания, предназначенный для обеспечения множественного выравнивания некодирующих РНК в соответствии с быстрой прогрессивной стратегией. Он объединяет термодинамическую информацию о спаривании оснований, полученную в результате расчетов РНКфолда в форме векторов вероятности спаривания оснований, с информацией о первичной последовательности.	$\leq 50$	Да	Нет	Нет	исходный код , веб-сервер	^[94]
TFold	Инструмент для прогнозирования некодирующих вторичных структур РНК, включая псевдоузлы. Он принимает на вход выравнивание последовательностей РНК и возвращает предсказанную вторичную структуру(ы). Он сочетает в себе критерии стабильности, сохранения и ковариации для поиска стеблей и псевдоузлов. Пользователи могут изменять значения различных параметров, задавать (или нет) некоторые известные стебли (если они есть), которые учитываются системой, выбирать, получать несколько возможных структур или только одну, искать псевдоузлы или нет и т. д.	любой	Да	Да	Да	веб-сервер	^[95]
ВОЙНА	веб-сервер, который позволяет одновременно использовать ряд современных методов для выполнения множественного выравнивания и предсказания вторичной структуры некодирующих последовательностей РНК.	$2\leq seqs\leq 50$	Да	Да	Нет	веб-сервер	^[96]
Xрейт	программа для анализа множественных выравниваний последовательностей с использованием филогенетических грамматик , которую можно рассматривать как гибкое обобщение программы «Pfold».	любой	Да	Да	Нет	исходный код	^[97]
Алифрифолд/АлифрифолдМульти	подход без выравнивания для прогнозирования вторичной структуры на основе гомологичных последовательностей РНК. Он вычисляет репрезентативную структуру из набора гомологичных последовательностей РНК, используя неоптимальные вторичные структуры, созданные для каждой последовательности. Он основан на векторном представлении субоптимальных структур, улавливающем сигналы сохранения структуры путем взвешивания структурных мотивов в соответствии с их сохранением в субоптимальных структурах.	>5	Нет	Да	Нет	код исходный веб-сервер	^[98]^[99]
Примечания ^ Количество последовательностей: <любое\|число>. ^ Выравнивание: прогнозирует выравнивание , <input\|yes\|no>. ^ Структура: прогнозирует структуру , <ввод\|да\|нет>. ^ Узлы: предсказание псевдоузла , <да\|нет>.

Прогноз доступности растворителя РНК

Имя (Год)	Описание	Связь	Ссылки
РНКснап2 (2020)	RNAsnap2 использует расширенную сверточную нейронную сеть с эволюционными функциями, сгенерированными из BLAST + INFERNAL (так же, как RNAsol), и предсказанными вероятностями спаривания оснований из LinearPartition в качестве входных данных для прогнозирования доступности растворителя РНК. Кроме того, версия RNAsnap2 с одной последовательностью может предсказывать доступность растворителя для данной входной последовательности РНК без использования эволюционной информации.	исходный код веб-сервер	^[100]
РНКсол (2019)	Предиктор RNAsol использует однонаправленный алгоритм глубокого обучения LSTM с эволюционной информацией, сгенерированной из BLASTN + INFERNAL, и предсказанной вторичной структурой из RNAfold в качестве входных данных для прогнозирования доступности растворителя РНК.	исходный код веб-сервер	^[101]
РНКснап (2017)	Предиктор RNAsnap использует алгоритм машинного обучения SVM и эволюционную информацию, полученную из BLASTN, в качестве входных данных для прогнозирования доступности растворителя РНК.	исходный код	^[102]

Межмолекулярные взаимодействия: РНК-РНК

Многие нкРНК функционируют путем связывания с другими РНК . Например, микроРНК регулируют экспрессию генов, кодирующих белок, путем связывания с 3'-UTR , малые ядрышковые РНК направляют посттранскрипционные модификации путем связывания с рРНК , сплайсосомная РНК U4 и сплайсосомная РНК U6 связываются друг с другом, образуя часть сплайсосомы и многих малых бактериальных РНК. регулируют экспрессию генов посредством антисмысловых взаимодействий. Например, GcvB , OxyS и RyhB .

Имя	Описание	Внутримолекулярная структура	Сравнительный	Связь	Ссылки
СКВАРНА	SQUARNA предсказывает вторичную структуру РНК, образованную несколькими последовательностями РНК, используя модель формирования жадного стебля.	Да	Да	исходный код	^[1]
РНКхищник	RNApredator использует подход динамического программирования для расчета сайтов взаимодействия РНК-РНК.	Да	Нет	веб-сервер	^[103]
Google	Утилита для быстрого определения совпадений РНК-РНК с идеальной гибридизацией посредством спаривания оснований AU, CG и GU.	Нет	Нет	веб-сервер	^[104]
ИнтаРНК	Эффективное прогнозирование целей, включающее доступность целевых сайтов.	Да	Нет	с исходным кодом веб-сервер	^[105]^[106]^[107]^[108]^[109]
КопраРНК	Инструмент для предсказания цели мРНК. Он вычисляет прогнозы всего генома путем сочетания различных прогнозов IntaRNA для всего генома.	Да	Да	с исходным кодом веб-сервер	^[110]^[106]
КАК	Автоматический инструмент для анализа трехмерных структур молекул РНК и ДНК, их полноатомных молекулярно-динамических траекторий или других конформационных наборов (например, структур, полученных с помощью рентгеновских лучей или ЯМР). Для каждой конформации РНК или ДНК MINT определяет сеть водородных связей, анализируя закономерности спаривания оснований, идентифицирует мотивы вторичной структуры (спирали, соединения, петли и т. д.) и псевдоузлы. Также оценивается энергия стэкинга и взаимодействия фосфат-аниона с основанием.	Да	Нет	с исходным кодом веб-сервер	^[111]
НУПАК	Вычисляет полную статистическую сумму без псевдоузлов взаимодействующих цепей в разбавленном растворе. Рассчитывает концентрации, mfes и вероятности спаривания оснований упорядоченных комплексов ниже определенной сложности. Также вычисляет статистическую сумму и спаривание оснований одиночных нитей, включая класс псевдоузловых структур. Также позволяет проектировать заказные комплексы.	Да	Нет	НУПАК	^[112]
OligoWalk/структура РНК	Предсказывает бимолекулярные вторичные структуры с внутримолекулярной структурой и без нее. Также предсказывает аффинность гибридизации короткой нуклеиновой кислоты к РНК-мишени.	Да	Нет	[1]	^[113]
пиРНК	Рассчитывает статистическую сумму и термодинамику взаимодействий РНК-РНК. Он рассматривает все возможные совместные вторичные структуры двух взаимодействующих нуклеиновых кислот, не содержащие псевдоузлов, псевдоузлов взаимодействия или зигзагов.	Да	Нет	Linuxбинарный	^[114]
пиРНКПред	интегрированная основа для предсказания piRNA, использующая гибридные характеристики, такие как состав нуклеотидов k-mer, вторичная структура, термодинамические и физико-химические свойства.	Да	Нет	[2]	^[115]
RNAripalign	Рассчитывает статистическую сумму и термодинамику взаимодействий РНК-РНК на основе структурных выравниваний. Также поддерживает прогнозирование взаимодействия РНК-РНК для отдельных последовательностей. Он выводит неоптимальные структуры на основе распределения Больцмана. Он рассматривает все возможные совместные вторичные структуры двух взаимодействующих нуклеиновых кислот, не содержащие псевдоузлов, псевдоузлов взаимодействия или зигзагов.	Да	Нет	[3]	^[116]
РактИП	Быстрое и точное предсказание взаимодействия РНК-РНК с помощью целочисленного программирования.	Да	Нет	с исходным кодом веб-сервер	^[117]
РНК-дуплекс	На основе РНКдуплекса с бонусами за ковариацию сайтов.	Нет	Да	исходный код	^[21]
РНКкофолд	Работает во многом аналогично RNAfold, но позволяет указать две последовательности РНК, которым затем разрешено образовывать димерную структуру.	Да	Нет	исходный код	^[21]^[118]
РНКдуплекс	Вычисляет оптимальные и субоптимальные вторичные структуры для гибридизации. Расчет упрощается, позволяя использовать только межмолекулярные пары оснований.	Нет	Нет	исходный код	^[21]
РНКгибрид	Инструмент для определения минимальной свободной энергии гибридизации длинной и короткой РНК (≤ 30 нт).	Нет	Нет	исходный код , веб-сервер	^[119]^[120]
РНКуп	Рассчитывает термодинамику взаимодействий РНК-РНК. Связывание РНК-РНК разлагается на два этапа. (1) Сначала вычисляется вероятность того, что интервал последовательности (например, сайт связывания) останется неспаренным. (2) Затем энергия связи, учитывая, что сайт связывания непарный, рассчитывается как оптимальная для всех возможных типов связывания.	Да	Нет	исходный код	^[21]^[121]

Межмолекулярные взаимодействия: МикроРНК:любая РНК.

В таблице ниже представлены взаимодействия, которые не ограничиваются UTR.

Имя	Описание	Межвидовой	Внутримолекулярная структура	Сравнительный	Связь	Ссылки
комТАР	Веб-инструмент для прогнозирования целей микроРНК, который в основном основан на сохранении потенциальной регуляции у видов растений.	Да	Нет	Нет	Веб-инструмент	^[122]
РНК22	Первая ссылка (предварительно рассчитанные прогнозы) предоставляет прогнозы РНК22 для всех транскриптов, кодирующих белок у человека, мыши, круглых червей и плодовых мух. Это позволяет визуализировать предсказания на карте кДНК, а также находить транскрипты, на которые нацелены несколько интересующих миР. Вторая ссылка на веб-сайт (интерактивные/настраиваемые последовательности) сначала находит предполагаемые сайты связывания микроРНК в интересующей последовательности, а затем идентифицирует целевую микроРНК. Оба инструмента предоставлены Центром компьютерной медицины Университета Томаса Джефферсона .	Да	Нет	Нет	предварительно вычисленные прогнозы, интерактивные/настраиваемые последовательности	^[123]
РНКгибрид	Инструмент для определения минимальной свободной энергии гибридизации длинной и короткой РНК (≤ 30 нт).	Да	Нет	Нет	исходный код , веб-сервер	^[119]^[120]
miRBooking	Имитирует стехиометрический механизм действия микроРНК, используя производную алгоритма Гейла-Шепли для поиска стабильного набора дуплексов. Он использует количественные оценки для обхода набора пар мРНК и микроРНК, а также комплементарность семян для ранжирования и назначения сайтов.	Да	Нет	Нет	исходный код , веб-сервер	^[124]

Межмолекулярные взаимодействия: МикроРНК:UTR

МикроРНК регулируют экспрессию генов, кодирующих белок, путем связывания с 3'-UTR ; существуют инструменты, специально разработанные для прогнозирования этих взаимодействий. Оценку методов прогнозирования цели на основе экспериментальных данных с высокой пропускной способностью см. (Baek et al. , Nature 2008): ^[125] (Алексиу и др. , Биоинформатика, 2009 г.), ^[126] или (Ричи и др., Nature Methods 2009) ^[127]

Имя	Описание	Межвидовой	Внутримолекулярная структура	Сравнительный	Связь	Ссылки
Амур	Метод одновременного прогнозирования взаимодействий микроРНК-мишень и их опосредованных взаимодействий с конкурирующими эндогенными РНК (цРНК) . Этот интегративный подход значительно повышает точность прогнозирования миРНК-мишени, что оценивается по измерениям уровня мРНК и белка в клеточных линиях рака молочной железы. Cupid реализуется в 3 этапа: Шаг 1: повторная оценка потенциальных сайтов связывания микроРНК в 3'-UTR. Шаг 2: взаимодействия прогнозируются путем интеграции информации об выбранных сайтах и статистической зависимости между профилями экспрессии микроРНК и предполагаемыми мишенями. Шаг 3: Купидон оценивает, конкурируют ли предполагаемые мишени за предсказанные регуляторы микроРНК.	человек	Нет	Да	программное обеспечение (МАТЛАБ)	^[128]
Диана-микроТ	Версия 3.0 представляет собой алгоритм, основанный на нескольких параметрах, рассчитываемых индивидуально для каждой микроРНК, и объединяет консервативные и неконсервативные элементы распознавания микроРНК в окончательную оценку прогноза.	человек, мышь	Нет	Да	веб-сервер	^[129]
МикроТар	Инструмент прогнозирования мишени миРНК животных, основанный на комплементарности миРНК-мишени и термодинамических данных.	Да	Нет	Нет	исходный код	^[130]
miTarget	Прогнозирование целевого гена микроРНК с использованием машины опорных векторов.	Да	Нет	Нет	веб-сервер	^[131]
зеркало	Основан на представлении о комбинаторной регуляции ансамблем микроРНК или генов. miRror объединяет прогнозы из дюжины ресурсов miRNA, основанных на дополнительных алгоритмах, в единую статистическую структуру.	Да	Нет	Нет	веб-сервер	^[132]^[133]
ПикТар	Комбинаторные предсказания целей микроРНК.	8 позвоночных	Нет	Да	предсказания	^[134]
ПИТА	Включает роль доступности сайта-мишени, определяемую взаимодействием спаривания оснований внутри мРНК, в распознавании цели микроРНК.	Да	Да	Нет	исполняемый файл , веб-сервер , прогнозы	^[135]
РНК22	Первая ссылка (предварительно рассчитанные прогнозы) предоставляет прогнозы РНК22 для всех транскриптов, кодирующих белок у человека, мыши, круглых червей и плодовых мух. Это позволяет визуализировать предсказания на карте кДНК, а также находить транскрипты, на которые нацелены несколько интересующих миР. Вторая ссылка на веб-сайт (интерактивные/настраиваемые последовательности) сначала находит предполагаемые сайты связывания микроРНК в интересующей последовательности, а затем идентифицирует целевую микроРНК. Оба инструмента предоставлены Центром компьютерной медицины Университета Томаса Джефферсона .	Да	Нет	Нет	предварительно вычисленные прогнозы, интерактивные/настраиваемые последовательности	^[123]
РНКгибрид	Инструмент для определения минимальной свободной энергии гибридизации длинной и короткой РНК (≤ 30 нт).	Да	Нет	Нет	исходный код , веб-сервер	^[119]^[120]
Силамер	Метод поиска значительно избыточно или недостаточно представленных слов в последовательностях в соответствии с отсортированным списком генов. Обычно используется для обнаружения значительного обогащения или истощения затравочных последовательностей микроРНК или миРНК на основе данных об экспрессии микрочипов.	Да	Нет	Нет	с исходным кодом веб-сервер	^[136]^[137]
ТАРЕФ	TARget REFiner (TAREF) прогнозирует цели микроРНК на основе информации о множественных признаках, полученной из фланкирующих областей предсказанных целевых сайтов, где традиционный подход к предсказанию структуры может оказаться неэффективным для оценки открытости. Он также предоставляет возможность использовать закодированный шаблон для уточнения фильтрации.	Да	Нет	Нет	сервер/исходный код	^[138]
р-ТАРЕФ	Plant TARget REFiner (p-TAREF) идентифицирует мишени растительных микроРНК на основе информации о множественных признаках, полученной из фланкирующих областей предсказанных целевых сайтов, где традиционный подход к предсказанию структуры может оказаться неэффективным для оценки открытости. Он также предоставляет возможность использовать закодированный шаблон для уточнения фильтрации. Впервые были использованы возможности подхода машинного обучения со схемой оценки посредством регрессии опорных векторов (SVR) при рассмотрении структурных аспектов и аспектов согласования нацеливания на предприятиях с моделями, специфичными для предприятия. p-TAREF был реализован в параллельной архитектуре в серверной и автономной форме, что делает его одним из очень немногих доступных инструментов идентификации целей, которые могут работать одновременно на простых настольных компьютерах, одновременно выполняя точный и быстрый анализ огромного уровня транскриптома. Также предоставляется возможность экспериментальной проверки прогнозируемых целей на месте с использованием данных о выражениях, которые были интегрированы в его серверную часть, чтобы повысить уверенность в прогнозах вместе с показателем SVR. Сравнительный анализ производительности p-TAREF проводился широко с помощью различных тестов. и по сравнению с другими инструментами идентификации мишеней растительной микроРНК. Было обнаружено, что p-TAREF работает лучше.	Да	Нет	Нет	сервер/автономный
TargetScan	Предсказывает биологические цели микроРНК путем поиска сайтов, соответствующих зародышевой области каждой микроРНК. В отношении мух и нематод прогнозы ранжируются на основе вероятности их эволюционного сохранения. У рыбок данио прогнозы ранжируются на основе номера сайта, типа сайта и контекста сайта, который включает факторы, влияющие на доступность целевого сайта. В случае млекопитающих пользователь может выбрать, следует ли ранжировать прогнозы на основе вероятности их сохранения или на основе номера, типа и контекста участка. В отношении млекопитающих и нематод пользователь может расширить прогнозы за пределы охраняемых участков и рассмотреть все участки.	позвоночные, мухи, нематоды	оценивается косвенно	Да	исходный код , веб-сервер	^[139]^[140]^[141]^[142]^[143]^[144]

программное обеспечение для прогнозирования генов нкРНК

Имя	Описание	Количество последовательностей ^{[Примечание 1]}	Выравнивание ^{[Примечание 2]}	Структура ^{[Примечание 3]}	Связь	Ссылки
Алифолдз	Оценка множественного выравнивания последовательностей на наличие необычной стабильной и консервативной вторичной структуры РНК.	любой	вход	Да	исходный код	^[145]
ЭвоФолд	сравнительный метод идентификации функциональных структур РНК при множественном выравнивании последовательностей. Он основан на построении вероятностной модели, называемой фило-SCFG, и использует характерные различия процесса замещения в спаривающихся стеблях и непарных регионах для своих прогнозов.	любой	вход	Да	Linuxбинарный	^[146]
ГрафКласт	Метод быстрой структурной кластеризации РНК для выявления общих (локальных) вторичных структур РНК. Прогнозируемые структурные кластеры представлены в виде выравнивания. Из-за линейной временной сложности кластеризации можно анализировать большие наборы данных РНК.	любой	Да	Да	исходный код	^[63]
MSARi	эвристический поиск статистически значимой консервации вторичной структуры РНК при глубоком множественном выравнивании последовательностей.	любой	вход	Да	исходный код	^[147]
КРНК	Это код Елены Ривас, который прилагается к представленной рукописи « Обнаружение генов некодирующей РНК с использованием сравнительного анализа последовательностей ». QRNA использует сравнительный анализ последовательности генома для обнаружения консервативных вторичных структур РНК, включая как гены нкРНК, так и цис-регуляторные структуры РНК.	2	вход	Да	исходный код	^[148]^[149]
РНАз	программа для прогнозирования структурно консервативных и термодинамически стабильных вторичных структур РНК при множественном выравнивании последовательностей. Его можно использовать в полногеномном скрининге для обнаружения функциональных структур РНК, обнаруженных в некодирующих РНК и цис-действующих регуляторных элементах мРНК.	любой	вход	Да	исходный код , веб-сервер RNAz 2	^[150]^[151]^[152]
ScanFold	Программа для предсказания уникальных локальных структур РНК в больших последовательностях с необычайно стабильной укладкой.	1	Никто	Да	с исходным кодом веб-сервер	^[153]
Xрейт	программа для анализа множественных выравниваний последовательностей с использованием филогенетических грамматик , которую можно рассматривать как гибкое обобщение программы «Evofold».	любой	Да	Да	исходный код	^[97]
Примечания ^ Количество последовательностей: <любое\|число>. ^ Выравнивание: прогнозирует выравнивание , <input\|yes\|no>. ^ Структура: прогнозирует структуру , <ввод\|да\|нет>.

Программное обеспечение для прогнозирования генов конкретной семьи

Имя	Описание	Семья	Связь	Ссылки
АРАГОРН	АРАГОРН обнаруживает тРНК и тмРНК в нуклеотидных последовательностях.	тРНК тРНК	веб-сервера источник	^[154]
miReader	miReader — первый в своем роде прибор, позволяющий обнаруживать зрелые микроРНК без зависимости от геномных или эталонных последовательностей. До сих пор обнаружение микроРНК было возможно только у видов, для которых были доступны геномные или эталонные последовательности, поскольку большинство инструментов открытия микроРНК полагались на выявление кандидатов на пре-миРНК. Из-за этого биология микроРНК стала ограничиваться в основном модельными организмами. miReader позволяет напрямую различать зрелые микроРНК по данным секвенирования малых РНК без необходимости использования эталонных геномных последовательностей. Он был разработан для многих типов и видов, от моделей позвоночных до моделей растений. В ходе тяжелых проверочных испытаний было обнаружено, что его точность стабильно превышает 90%.	зрелая микроРНК	веб-сервер/источник веб-сервер/источник	^[155]
miRNAminer	По запросу гомологи-кандидаты идентифицируются с помощью поиска BLAST, а затем проверяются на предмет их известных свойств микроРНК, таких как вторичная структура, энергия, выравнивание и сохранение, чтобы оценить их достоверность.	микроРНК	веб-сервер	^[156]
RISCbinder	Прогнозирование направляющей цепи микроРНК.	Зрелая микроРНК	веб-сервер	^[157]
РНКмикро	Подход, основанный на SVM, который в сочетании с нестрогим фильтром консенсусных вторичных структур способен распознавать предшественники микроРНК при множественном выравнивании последовательностей.	микроРНК	домашняя страница	^[158]
номер РНК	RNAmmer использует HMMER для аннотирования генов рРНК в последовательностях генома. Профили были построены с использованием сопоставлений из европейской базы данных рибосомальных РНК. ^[159] и База данных 5S рибосомальных РНК. ^[160]	рРНК	веб-сервера источник	^[161]
СноРепорт	Использует сочетание прогнозирования вторичной структуры РНК и машинного обучения, которое предназначено для распознавания двух основных классов мякРНК, мякРНК бокса C/D и бокса H/ACA, среди последовательностей-кандидатов нкРНК.	мякРНК	исходный код	^[162]
СноСкан	Поиск генов мякроРНК, управляющих метилированием C/D-бокса, в геномной последовательности.	C/D-бокс мякРНК	исходный код , веб-сервер	^[163]^[164]
тРНКскан-SE	программа для обнаружения генов транспортных РНК в геномной последовательности.	тРНК	исходный код , веб-сервер	^[164]^[165]
miRNAFold	Быстрое программное обеспечение ab initio для поиска предшественников микроРНК в геномах.	микроРНК	веб-сервер	^[166]

Программа для поиска гомологии РНК

Имя	Описание	Связь	Ссылки
ДЕШИФЕР (программное обеспечение)	FindNonCoding использует подход анализа шаблонов для захвата основных мотивов последовательностей и шпилек, представляющих семейство некодирующих РНК, и быстрого выявления совпадений в геномах. FindNonCoding был разработан для простоты использования и точно находит некодирующие РНК с низким уровнем ложного обнаружения.	исходный код	^[167]
ДУХ	«Easy RNA Profile IdentificatioN» — это программа поиска мотивов РНК, которая считывает выравнивание последовательностей и вторичную структуру и автоматически выводит статистический «профиль вторичной структуры» (SSP). Оригинальный алгоритм динамического программирования затем сопоставляет этот SSP с любой целевой базой данных, находя решения и связанные с ними оценки.	с исходным кодом веб-сервер	^[168]^[169]^[170]
Адский	«INFERence of RNA ALignment» предназначен для поиска в базах данных последовательностей ДНК на предмет сходства структуры и последовательностей РНК. Это реализация частного случая профильных стохастических контекстно-свободных грамматик, называемых ковариационными моделями (CM).	исходный код	^[171]^[172]^[173]
ГрафКласт	Метод быстрой структурной кластеризации РНК для выявления общих (локальных) вторичных структур РНК. Прогнозируемые структурные кластеры представлены в виде выравнивания. Из-за линейной временной сложности кластеризации можно анализировать большие наборы данных РНК.	исходный код	^[63]
ПХММЦ	«Парные скрытые модели Маркова на древовидных структурах» — это расширение парных скрытых моделей Маркова, определенных на выравниваниях деревьев.	исходный код , веб-сервер	^[174]
РейвНнА	Медленный и строгий или быстрый и эвристический фильтр на основе последовательностей для ковариационных моделей.	исходный код	^[175]^[176]
ИССЛЕДОВАНИЕ	Берет одну последовательность РНК с ее вторичной структурой и использует алгоритм локального выравнивания для поиска в базе данных гомологичных РНК.	исходный код	^[177]
структуратор	Сверхбыстрое программное обеспечение для поиска структурных мотивов РНК, использующее инновационный алгоритм двунаправленного сопоставления на основе индексов в сочетании с новой стратегией быстрого связывания фрагментов.	исходный код	^[178]
РалигНАтор	Быстрые онлайн-алгоритмы и алгоритмы на основе индексов для приблизительного поиска структур последовательностей РНК	исходный код	^[179]

Тесты

Имя	Описание	Структура ^{[Примечание 1]}	Выравнивание ^{[Примечание 2]}	Филогения	Ссылки	Ссылки
BRalibase I	Всестороннее сравнение сравнительных подходов к предсказанию структуры РНК	Да	Нет	Нет	данные	^[180]
БРалибаза II	Эталон программ множественного выравнивания последовательностей структурных РНК	Нет	Да	Нет	данные	^[181]
БРалибаза 2.1	Эталон программ множественного выравнивания последовательностей структурных РНК	Нет	Да	Нет	данные	^[182]
БРалибаза III	Критическая оценка эффективности методов поиска гомологии некодирующих РНК	Нет	Да	Нет	данные	^[183]
КомпаРНК	Независимое сравнение однопоследовательных и сравнительных методов предсказания вторичной структуры РНК	Да	Нет	Нет	Зеркало AMU или зеркало IIMCB	^[184]
EternaBench	База данных, содержащая разнообразные высокопроизводительные структурные данные, собранные в рамках краудсорсингового проекта дизайна РНК Eterna.	Да	Нет	Нет	данные
РНКконТест	Тест выравнивания множественных последовательностей РНК, полностью основанный на известных трехмерных структурах РНК.	Да	Да	Нет	данные	^[185]
Примечания ^ Структура: тестов инструменты прогнозирования структуры <да\|нет>. ^ Выравнивание: тестов инструменты выравнивания <да\|нет>.

Согласование просмотрщиков, редакторов

Имя	Описание	Выравнивание ^{[Примечание 1]}	Структура ^{[Примечание 2]}	Связь	Ссылки
4продажа	Инструмент для синхронного выравнивания и редактирования последовательностей РНК и вторичной структуры.	Да	Да	исходный код	^[186]
Колорсток , SScolor , Ратон	Colorstock — сценарий командной строки, использующий цвет терминала ANSI; SScolor — сценарий Perl , генерирующий статические HTML-страницы; и Raton, веб-приложение Ajax, генерирующее динамический HTML. Каждый инструмент можно использовать для окраски выравниваний РНК по вторичной структуре и для визуального выделения компенсаторных мутаций в стеблях.	Да	Да	исходный код	^[187]
Интегрированный браузер генома (IGB)	Средство просмотра множественного выравнивания, написанное на Java .	Да	Нет	исходный код	^[188]
Джалвью	Редактор множественного выравнивания, написанный на Java .	Да	Нет	исходный код	^[189]^[190]
РАЛЛИ	основной режим текстового редактора Emacs . Он предоставляет функциональные возможности, помогающие просматривать и редактировать множественные выравнивания последовательностей структурированных РНК.	Да	Да	исходный код	^[191]
ОРВИ	Графический редактор последовательностей для работы со структурными выравниваниями РНК.	Да	Да	исходный код	^[192]
Примечания ^ Выравнивание: просмотр и редактирование выравнивания , <да\|нет>. ^ Структура: просмотр и редактирование структуры , <да\|нет>.

Обратное сворачивание, дизайн РНК

Имя	Описание	Связь	Ссылки
	Единое государственное проектирование
ЭтеРНК / ЭтеРНКБот	Игра по складыванию РНК, в которой игрокам предлагается создавать последовательности, которые складываются в целевую структуру РНК. Синтезируются лучшие последовательности для данной головоломки, а их структуры исследуются с помощью химического картирования. Затем последовательности оцениваются на основе соответствия данных целевой структуре, и игрокам предоставляется обратная связь. EteRNABot — это программная реализация, основанная на правилах проектирования, представленных игроками EteRNA.	EteRNA Game Веб-сервер EteRNABot	^[193]
РНКинверс	Пакет ViennaRNA предоставляет RNAinverse — алгоритм для создания последовательностей желаемой структуры.	Веб-сервер	^[21]
РНКиФолд	Полный подход обратного сворачивания РНК, основанный на программировании ограничений и реализованный с использованием инструментов OR , который позволяет специфицировать широкий спектр ограничений дизайна. Программное обеспечение RNAiFold предоставляет два алгоритма для решения обратной задачи сворачивания: i) RNA-CPdesign исследует все пространство поиска и ii) RNA-LNSdesign, основанный на поиска больших окрестностей метаэвристике , подходит для проектирования больших структур. Программное обеспечение также может проектировать взаимодействующие молекулы РНК, используя RNAcofold из пакета ViennaRNA . полнофункциональная более ранняя реализация с использованием COMET. Доступна	веб-сервера Исходный код	^[194]^[195]^[196]
РНК-SSD / Конструктор РНК	Подход RNA-SSD (разработчик вторичной структуры РНК) сначала вероятностно назначает основания каждой вероятностной модели, основанной на положении. Впоследствии для оптимизации этой последовательности используется стохастический локальный поиск. RNA-SSD общедоступен под названием RNA Designer на веб-странице RNASoft.	Веб-сервер	^[197]
ИНФО-РНК	INFO-RNA использует подход динамического программирования для создания оптимизированной по энергии стартовой последовательности, которая впоследствии дополнительно улучшается с помощью стохастического локального поиска, в котором используется эффективный метод выбора соседей.	веб-сервера Исходный код	^[198]^[199]
РНКексинв	RNAexinv является расширением RNAinverse для создания последовательностей, которые не только складываются в желаемую структуру, но также должны обладать выбранными атрибутами, такими как термодинамическая стабильность и устойчивость к мутациям. Этот подход не обязательно выводит последовательность, которая идеально соответствует входной структуре, а представляет собой абстракцию формы, т.е. он сохраняет смежность и вложенность структурных элементов, но игнорирует длину спирали и точное количество ее непарных позиций.	Исходный код	^[200]
РНК-прапорщик	В этом подходе применяется эффективный алгоритм глобальной выборки для изучения мутационного ландшафта в условиях структурных и термодинамических ограничений. Авторы показывают, что подход к глобальной выборке более надежен, чаще приводит к успеху и генерирует более термодинамически стабильные последовательности, чем локальные подходы.	Исходный код	^[201]
Воплощение	Преемник РНК-энсина, который может специфически создавать последовательности с указанным содержанием GC с использованием GC-взвешенного ансамбля Больцмана и стохастического обратного отслеживания.	Исходный код	^[202]
DSS-Опт	Динамика в оптимизации пространства последовательностей (DSS-Opt) использует ньютоновскую динамику в пространстве последовательностей с отрицательным сроком проектирования и имитацией отжига для оптимизации последовательности таким образом, чтобы она сворачивалась в желаемую вторичную структуру.	Исходный код	^[203]
МОДЕНА	Этот подход интерпретирует обратное сворачивание РНК как задачу многокритериальной оптимизации и решает ее с использованием генетического алгоритма. В своей расширенной версии MODENA способна проектировать структуры РНК с псевдоузлами с помощью IPknot.	Исходный код	^[204]^[205]
ЭРД	Эволюционный дизайн РНК ( ERD ) можно использовать для создания последовательностей РНК, которые складываются в заданную целевую структуру. Любая вторичная структура РНК содержит разные структурные компоненты, каждый из которых имеет разную длину. Поэтому на первом этапе реконструируются субпоследовательности (пулы) РНК, соответствующие разным компонентам разной длины. Используя эти пулы, ERD реконструирует исходную последовательность РНК, совместимую с заданной целевой структурой. Затем ERD использует эволюционный алгоритм для улучшения качества подпоследовательностей, соответствующих компонентам. Основной вклад ERD заключается в использовании природных последовательностей РНК, разных методах оценки последовательностей в каждой популяции и разном иерархическом разложении целевой структуры на более мелкие подструктуры.	веб-сервера Исходный код	^[206]
интерРНК	Использует лежащее в основе колонии муравьев эвристическое моделирование местности для решения обратной задачи сворачивания. Разработанные последовательности РНК демонстрируют высокую степень соответствия введенным структурным ограничениям и ограничениям последовательности. Самое главное, что значение GC разработанной последовательности можно регулировать с высокой точностью. Возможна выборка распределения значений GC для наборов решений и определение нескольких значений GC в рамках одного объекта в зависимости от области последовательности. Благодаря гибкой оценке промежуточных последовательностей с использованием базовых программ, таких как RNAfold, pKiss, а также HotKnots и IPKnot, с помощью этого подхода можно решить вторичные вложенные структуры РНК, а также структуры псевдоузлов H- и K-типа.	веб-сервера Исходный код	^[207]^[208]
	Двухуровневая конструкция
switch.pl	Пакет ViennaRNA предоставляет сценарий Perl для разработки последовательностей РНК, которые могут принимать два состояния. Например, РНК-термометры , меняющие свое структурное состояние в зависимости от температуры окружающей среды. с помощью этой программы успешно созданы	справочной страницы Исходный код	^[209]
Рибомейкер	Предназначен для создания малых РНК (мРНК) и 5'UTR их целевой мРНК. МРНК предназначена для активации или подавления экспрессии белка мРНК. Также возможно спроектировать только один из двух компонентов РНК при условии, что другая последовательность фиксирована.	веб-сервера Исходный код	^[210]
	Многогосударственный дизайн
РНКплан	Эта библиотека C++ основана на алгоритме выборки нескольких целевых объектов RNAdesign . Он предоставляет интерфейс SWIG для Perl и Python , который позволяет легко интегрировать его в различные инструменты. Следовательно, выборку из нескольких целевых последовательностей можно комбинировать со многими методами оптимизации и целевыми функциями.	Исходный код	^[211]
РНКдизайн	Базовый алгоритм основан на сочетании раскраски графов и эвристической локальной оптимизации для поиска последовательностей, которые могут адаптировать несколько заданных конформаций. Программное обеспечение также может использовать RNAcofold для создания взаимодействующих пар последовательностей РНК.	Исходный код ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}	^[212]
Фрикенштейн	Фрикенштейн применяет генетический алгоритм для решения обратной задачи сворачивания РНК.	Исходный код	^[213]
АРДизайнер	Allosteric RNA Designer (ARDesigner) — это веб-инструмент, который решает проблему обратной складки за счет обеспечения устойчивости к мутациям. Помимо локального поиска, программное обеспечение оснащено методом моделирования отжига для эффективного поиска хороших решений. Инструмент был использован для разработки РНК-термометра .	[4] ^{[ мертвая ссылка ]}	^[214]

Примечания

Просмотрщики вторичной структуры, редакторы

Имя	Описание	Связь	Ссылки
ПсевдоПросмотрщик	Автоматическая визуализация структур псевдоузлов РНК в виде плоских графов.	веб-приложение/двоичный файл	^[215]^[216]^[217]^[218]
РНК фильмы	просматривать последовательные пути через ландшафты вторичной структуры РНК	исходный код	^[219]^[220]
РНК-ДВ	Цель RNA-DV — предоставить простой в использовании графический интерфейс для визуализации и проектирования вторичных структур РНК. Он позволяет пользователям напрямую взаимодействовать со структурой РНК и выполнять такие операции, как изменение содержания первичной последовательности и соединение/разъединение нуклеотидных связей. Он также объединяет расчеты термодинамической энергии, включая четыре основные энергетические модели. RNA-DV распознает три входных формата, включая CT, RNAML и точечные скобки (dp).	исходный код	^[221]
РНК2D3D	Программа для создания, просмотра и сравнения трехмерных моделей РНК	двоичный	^[222]
структура РНК	RNAstructure имеет средство просмотра структур в файлах ct. Он также может сравнивать предсказанные структуры с помощью программы Circleplot. Структуры могут быть выведены в виде файлов postscript.	исходный код	^[223]
РНКвиев/Рнамлвиев	Используйте RNAView для автоматической идентификации и классификации типов пар оснований, образующихся в структурах нуклеиновых кислот. Используйте RnamlView для упорядочения структур РНК.	исходный код	^[224]
RIЛоготип	Визуализирует внутри-/межмолекулярное спаривание оснований двух взаимодействующих РНК с логотипами последовательностей на плоском графике.	веб-сервер/исходный код	^[225]
ВАРНА	Инструмент для автоматического рисования, визуализации и аннотирования вторичной структуры РНК, изначально разработанный как сопутствующее программное обеспечение для веб-серверов и баз данных.	веб-приложение/исходный код	^[226]
древний	Веб-просмотрщик для отображения вторичных структур РНК с использованием макета графика с силовым направлением, предоставляемого библиотекой d3.js. визуализации Он основан на fornac , контейнере JavaScript для простого рисования вторичной структуры на веб-странице.	веб-приложение, источник fornac, источник forna	^[227]
Р2Р	Программа для рисования эстетических консенсусных диаграмм РНК с автоматическим распознаванием парных ковариаций. Rfam использует эту программу как для рисования аннотированной человеком SS, так и для структуры, оптимизированной по ковариации R-scape.	источник	^[228]
РНКканвас	Веб-приложение для рисования и изучения структур нуклеиновых кислот.	веб-приложение	^[229]
РНКскейп	Алгоритм геометрического сопоставления трехмерной структуры РНК с созданием двумерных диаграмм, который пытается сохранить топологию третичного взаимодействия, предоставляемую через интерактивный веб-сервер с различными вариантами настройки.	веб-сервер исходный код	^[230]

См. также

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Д.Р. Богдан; Г.И. Николаев; Дж. М. Буйницкий; Е. Ф. Баулин (август 2023 г.). «SQUARNA — метод предсказания вторичной структуры РНК, основанный на жадной модели формирования стебля» . дои : 10.1101/2023.08.28.555103 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
^ Хамада М., Кирю Х., Сато К., Митуяма Т., Асаи К. (февраль 2009 г.). «Прогнозирование вторичной структуры РНК с использованием обобщенных оценок центроидов» . Биоинформатика . 25 (4): 465–473. doi : 10.1093/биоинформатика/btn601 . ПМИД 19095700 .
^ Хамада М., Сато К., Кирю Х., Митуяма Т., Асаи К. (июнь 2009 г.). «Прогнозирование вторичной структуры РНК путем объединения информации о гомологичных последовательностях» . Биоинформатика . 25 (12): i330–i338. doi : 10.1093/биоинформатика/btp228 . ПМК 2687982 . ПМИД 19478007 .
^ Заков С., Гольдберг Ю., Эльхадад М., Зив-Укельсон М. (ноябрь 2011 г.). «Богатая параметризация улучшает предсказание структуры РНК». Журнал вычислительной биологии . 18 (11): 1525–1542. Бибкод : 2011LNCS.6577..546Z . дои : 10.1089/cmb.2011.0184 . ПМИД 22035327 .
^ До CB, Вудс Д.А., Бацоглу С. (июль 2006 г.). «CONTRAfold: предсказание вторичной структуры РНК без физических моделей» . Биоинформатика . 22 (14): е90–е98. doi : 10.1093/биоинформатика/btl246 . ПМИД 16873527 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Шредер С.Дж., Стоун Дж.В., Блекли С., Гиббонс Т., Мэтьюз Д.М. (июль 2011 г.). «Ансамбль вторичных структур инкапсидированной сателлитной РНК вируса табачной мозаики, соответствующий ограничениям химического зондирования и кристаллографии» . Биофизический журнал . 101 (1): 167–175. Бибкод : 2011BpJ...101..167S . дои : 10.1016/j.bpj.2011.05.053 . ПМК 3127170 . ПМИД 21723827 .
^ Биндевальд Э., Клут Т., Шапиро Б.А. (июль 2010 г.). «CyloFold: прогнозирование вторичной структуры, включая псевдоузлы» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с веб-сервером): W368–W372. дои : 10.1093/нар/gkq432 . ПМК 2896150 . ПМИД 20501603 .
^ Чен X, Ли Ю, Умаров Р, Гао X, Сун Л (2020). «Прогнозирование вторичной структуры РНК путем изучения развернутых алгоритмов». arXiv : 2002.05810 [ cs.LG ].
^ Чен, X., Ли, Ю., Умаров, Р., Гао, X. и Сонг, Л. Предсказание вторичной структуры РНК путем изучения развернутых алгоритмов. На Международной конференции по изучению представлений, 2020 г. URL https://openreview.net/forum?id=S1eALyrYDH .
^ Уэймент-Стил, Ханна К.; Кладванг, Випапат; Стром, Александра И.; Ли, Джихён; Трей, Адриан; Бекка, Алекс; Дас, Риджу (2022). «Пакеты вторичной структуры РНК оценены и улучшены с помощью высокопроизводительных экспериментов» . Природные методы . 19 (10): 1234–1242. дои : 10.1038/s41592-022-01605-0 . ISSN 1548-7105 . ПМЦ 9839360 . ПМИД 36192461 .
^ Свенсон М.С., Андерсон Дж., Эш А., Гаурав П., Сюкесд З., Бадер Д.А. и др. (июль 2012 г.). «GTfold: возможность параллельного прогнозирования вторичной структуры РНК на многоядерных настольных компьютерах» . Исследовательские заметки BMC . 5 : 341. doi : 10.1186/1756-0500-5-341 . ПМЦ 3748833 . ПМИД 22747589 .
^ Гупта, Свати; Падмашали, Намрата; Пал, Дебнат (ноябрь 2023 г.). «INTERPIN: хранилище внутренних шпилек терминации транскрипции у бактерий» . Биохимия . 214 (Часть Б): 228–236. дои : 10.1016/j.biochi.2023.07.018 . ПМИД 37499897 .
^ Гупта, Свати; Пал, Дебнат (10 августа 2021 г.). «Кластеры шпилек вызывают внутреннюю терминацию транскрипции у бактерий» . Научные отчеты . 11 (1): 16194. Бибкод : 2021NatSR..1116194G . дои : 10.1038/s41598-021-95435-3 . ISSN 2045-2322 . ПМЦ 8355165 . ПМИД 34376740 .
^ Сато К., Като Ю., Хамада М., Акуцу Т., Асаи К. (июль 2011 г.). «IPknot: быстрое и точное предсказание вторичных структур РНК с помощью псевдоузлов с использованием целочисленного программирования» . Биоинформатика . 27 (13): i85–i93. doi : 10.1093/биоинформатика/btr215 . ПМК 3117384 . ПМИД 21685106 .
^ Каяфумин А., Бухер Т., Исамберт Х. (июль 2005 г.). «Веб-сервер Kinefold для прогнозирования путей сворачивания и структуры РНК/ДНК, включая псевдоузлы и узлы» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (проблема с веб-сервером): W605–W610. дои : 10.1093/nar/gki447 . ПМК 1160208 . ПМИД 15980546 .
^ Каяфумин А., Бухер Т., Тельманн Ф., Исамберт Х. (декабрь 2003 г.). «Прогнозирование и статистика псевдоузлов в структурах РНК с использованием точно кластеризованного стохастического моделирования» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (26): 15310–15315. arXiv : физика/0309117 . Бибкод : 2003PNAS..10015310X . дои : 10.1073/pnas.2536430100 . ПМК 307563 . ПМИД 14676318 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Цукер М., Стиглер П. (январь 1981 г.). «Оптимальное компьютерное сворачивание больших последовательностей РНК с использованием термодинамики и вспомогательной информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 9 (1): 133–148. дои : 10.1093/нар/9.1.133 . ПМЦ 326673 . ПМИД 6163133 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Тайс С., Янссен С., Гигерих Р. (2010). «Прогнозирование вторичной структуры РНК, включая мотивы целующихся шпилек». В Moulton V, Сингх М. (ред.). Алгоритмы в биоинформатике . Том. 6293 (Конспекты лекций по информатике под ред.). Шпрингер Берлин Гейдельберг. стр. 52–64. дои : 10.1007/978-3-642-15294-8_5 . ISBN 978-3-642-15293-1 .
^ Ривас Э., Эдди С.Р. (февраль 1999 г.). «Алгоритм динамического программирования для предсказания структуры РНК, включая псевдоузлы». Журнал молекулярной биологии . 285 (5): 2053–2068. arXiv : физика/9807048 . дои : 10.1006/jmbi.1998.2436 . ПМИД 9925784 . S2CID 2228845 .
^ Ридер Дж., Штеффен П., Гигерих Р. (июль 2007 г.). «pknotsRG: сворачивание псевдоузлов РНК, включая почти оптимальные структуры и скользящие окна» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (проблема с веб-сервером): W320–W324. дои : 10.1093/нар/gkm258 . ЧВК 1933184 . ПМИД 17478505 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г Хофакер И.Л., Фонтана В., Стадлер П.Ф., Бонхеффер А., Такер М., Шустер П. (1994). «Быстрое сворачивание и сравнение вторичных структур РНК». Monatshefte für Chemie . 125 (2): 167–188. дои : 10.1007/BF00818163 . S2CID 19344304 .
^ Маккаскилл Дж.С. (1990). «Равновесная статистическая сумма и вероятности связывания пар оснований для вторичной структуры РНК». Биополимеры . 29 (6–7): 1105–1119. дои : 10.1002/bip.360290621 . hdl : 11858/00-001M-0000-0013-0DE3-9 . ПМИД 1695107 . S2CID 12629688 .
^ Хофакер И.Л., Штадлер П.Ф. (май 2006 г.). «Алгоритмы сворачивания кольцевых вторичных структур РНК с эффективным использованием памяти» . Биоинформатика . 22 (10): 1172–1176. doi : 10.1093/биоинформатика/btl023 . ПМИД 16452114 .
^ Бомпфюневерер А.Ф., Баккофен Р., Бернхарт Ш.Х., Хертель Дж., Хофакер И.Л., Штадлер П.Ф., Уилл С. (январь 2008 г.). «Вариации сворачивания и выравнивания РНК: уроки Бенаска». Журнал математической биологии . 56 (1–2): 129–144. CiteSeerX 10.1.1.188.1420 . дои : 10.1007/s00285-007-0107-5 . ПМИД 17611759 . S2CID 15637111 .
^ Гигерих Р., Восс Б., Ремсмайер М. (2004). «Абстрактные формы РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (16): 4843–4851. дои : 10.1093/nar/gkh779 . ПМК 519098 . ПМИД 15371549 .
^ Восс Б., Гигерих Р., Ремсмайер М. (февраль 2006 г.). «Полный вероятностный анализ форм РНК» . БМК Биология . 4 (1): 5. дои : 10.1186/1741-7007-4-5 . ПМЦ 1479382 . ПМИД 16480488 .
^ Мэтьюз Д.Х., Дисней, доктор медицинских наук, Чайлдс Дж.Л., Шредер С.Дж., Цукер М., Тернер Д.Х. (май 2004 г.). «Включение ограничений химической модификации в алгоритм динамического программирования для прогнозирования вторичной структуры РНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (19): 7287–7292. Бибкод : 2004PNAS..101.7287M . дои : 10.1073/pnas.0401799101 . ПМК 409911 . ПМИД 15123812 .
^ Мэтьюз Д.Х. (август 2004 г.). «Использование статистической суммы вторичной структуры РНК для определения уверенности в парах оснований, предсказанных с помощью минимизации свободной энергии» . РНК . 10 (8): 1178–1190. дои : 10.1261/rna.7650904 . ПМК 1370608 . ПМИД 15272118 .
^ Цанг Х.Х., Визе К.К. (2010). «SARNA-Predict: повышение точности предсказания вторичной структуры РНК с использованием имитации отжига на основе перестановок». Транзакции IEEE/ACM по вычислительной биологии и биоинформатике . 7 (4): 727–740. дои : 10.1109/TCBB.2008.97 . ПМИД 21030739 . S2CID 12095376 .
^ seqfold , Lattice Automation, 27 марта 2022 г. , получено 27 марта 2022 г.
^ Дин Ю, Лоуренс CE (декабрь 2003 г.). «Алгоритм статистической выборки для предсказания вторичной структуры РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (24): 7280–7301. дои : 10.1093/нар/gkg938 . ПМК 297010 . ПМИД 14654704 .
^ Дин Ю, Чан С.И., Лоуренс С.Э. (июль 2004 г.). «Веб-сервер Sfold для статистического сворачивания и рационального дизайна нуклеиновых кислот» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (проблема с веб-сервером): W135–W141. дои : 10.1093/nar/gkh449 . ПМК 441587 . ПМИД 15215366 .
^ Дин Ю, Чан С.И., Лоуренс С.Э. (август 2005 г.). «Предсказание вторичной структуры РНК по центроидам во взвешенном ансамбле Больцмана» . РНК . 11 (8): 1157–1166. дои : 10.1261/rna.2500605 . ПМЦ 1370799 . ПМИД 16043502 .
^ Чан С.И., Лоуренс С.Э., Дин Ю (октябрь 2005 г.). «Функции кластеризации структур на веб-сервере Sfold» . Биоинформатика . 21 (20): 3926–3928. doi : 10.1093/биоинформатика/bti632 . ПМИД 16109749 .
^ Сингх Дж., Хансон Дж., Паливал К., Чжоу Ю. (ноябрь 2019 г.). «Предсказание вторичной структуры РНК с использованием ансамбля двумерных глубоких нейронных сетей и трансферного обучения» . Природные коммуникации . 10 (1): 5407. Бибкод : 2019NatCo..10.5407S . дои : 10.1038/s41467-019-13395-9 . ПМК 6881452 . ПМИД 31776342 .
^ Барсакки М., Новоа Э.М., Келлис М., Бекини А. (ноябрь 2016 г.). «SwiSpot: моделирование рибопереключателей путем выявления последовательностей переключения» . Биоинформатика . 32 (21): 3252–3259. doi : 10.1093/биоинформатика/btw401 . hdl : 11568/817190 . ПМИД 27378291 .
^ Фу Л, Цао Ю, У Дж, Пэн Ц, Не Ц, Се Икс (февраль 2022 г.). «UFold: быстрое и точное предсказание вторичной структуры РНК с помощью глубокого обучения» . Исследования нуклеиновых кислот . 50 (3): 14. дои : 10.1093/nar/gkab1074 . ПМЦ 8860580 . ПМИД 34792173 .
^ Маркхэм Н.Р., Цукер М. (2008). «УНАФолд». Биоинформатика . Методы молекулярной биологии. Том. 453. стр. 3–31. дои : 10.1007/978-1-60327-429-6_1 . ISBN 978-1-60327-428-9 . ПМИД 18712296 .
^ Доусон В.К., Фудзивара К., Каваи Дж. (сентябрь 2007 г.). «Прогнозирование псевдоузлов РНК с использованием эвристического моделирования с картированием и последовательным сворачиванием» . ПЛОС ОДИН . 2 (9): е905. Бибкод : 2007PLoSO...2..905D . дои : 10.1371/journal.pone.0000905 . ЧВК 1975678 . ПМИД 17878940 .
^ Доусон В.К., Такаи Т., Ито Н., Симидзу К., Каваи Г. (2014). «Новая энтропийная модель РНК: часть III. Имеет ли форма складчатого ландшафта свободной энергии РНК воронку?» . Журнал исследования нуклеиновых кислот . 5 (1): 2652. doi : 10.4081/jnai.2014.2652 .
^ Ван В. и др. (ноябрь 2023 г.). «trRosettaRNA: автоматическое предсказание трехмерной структуры РНК с помощью трансформаторной сети» . Природные коммуникации . 14 (1): 7266. Бибкод : 2023NatCo..14.7266W . дои : 10.1038/s41467-023-42528-4 . ПМК 10636060 . ПМИД 37945552 .
^ Фрелльсен Дж., Мольтке И., Тийм М., Мардия К.В., Феркингхофф-Борг Дж., Хамельрик Т. (июнь 2009 г.). «Вероятностная модель конформационного пространства РНК» . PLOS Вычислительная биология . 5 (6): e1000406. Бибкод : 2009PLSCB...5E0406F . дои : 10.1371/journal.pcbi.1000406 . ПМК 2691987 . ПМИД 19543381 .
^ Уоткинс, Эндрю Мартин; Ранган, Рамья; Дас, Риджу (04 августа 2020 г.). «FARFAR2: Улучшенное предсказание De Novo Rosetta сложных глобальных складок РНК» . Структура . 28 (8): 963–976.e6. doi : 10.1016/j.str.2020.05.011 . ISSN 0969-2126 . ПМЦ 7415647 . ПМИД 32531203 .
^ Шарма С., Дин Ф., Дохолян Н.В. (сентябрь 2008 г.). «iFoldRNA: предсказание трехмерной структуры РНК и сворачивание» . Биоинформатика . 24 (17): 1951–1952. doi : 10.1093/биоинформатика/btn328 . ПМЦ 2559968 . ПМИД 18579566 .
^ Парижьен М, майор Ф (март 2008 г.). «Конвейер MC-Fold и MC-Sym определяет структуру РНК на основе данных о последовательностях». Природа . 452 (7183): 51–55. Бибкод : 2008Natur.452...51P . дои : 10.1038/nature06684 . ПМИД 18322526 . S2CID 4415777 .
^ Йоникас М.А., Радмер Р.Дж., Ледерах А., Дас Р., Перлман С., Хершлаг Д., Альтман Р.Б. (февраль 2009 г.). «Грубое моделирование крупных молекул РНК с использованием основанных на знаниях потенциалов и структурных фильтров» . РНК . 15 (2): 189–199. дои : 10.1261/rna.1270809 . ПМЦ 2924536 . ПМИД 19144906 .
^ Флорес СК, Альтман РБ (сентябрь 2010 г.). «Превращение ограниченной экспериментальной информации в 3D-модели РНК» . РНК . 16 (9): 1769–1778. дои : 10.1261/rna.2112110 . ПМК 2648710 . ПМИД 20651028 .
^ Попенда М., Шачнюк М., Анчак М., Пуржицка К.Дж., Лукасяк П., Бартол Н. и др. (август 2012 г.). «Автоматизированное составление трехмерной структуры больших РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (14): е112. дои : 10.1093/нар/gks339 . ПМЦ 3413140 . ПМИД 22539264 .
^ Перрике О, Тузе Х, Доше М (январь 2003 г.). «Обнаружение общей структуры двух гомологичных РНК» . Биоинформатика . 19 (1): 108–116. дои : 10.1093/биоинформатика/19.1.108 . ПМИД 12499300 .
^ Тузе Х, Перрике О (июль 2004 г.). «КАРНАК: складчатые семейства родственных РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 32. 32 (проблема с веб-сервером): W142–W145. дои : 10.1093/nar/gkh415 . ПМЦ 441553 . ПМИД 15215367 .
^ Хамада М., Сато К., Асаи К. (январь 2011 г.). «Повышение точности предсказания вторичной структуры выровненных последовательностей РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (2): 393–402. дои : 10.1093/nar/gkq792 . ПМК 3025558 . ПМИД 20843778 .
^ Хамада М., Сато К., Кирю Х., Митуяма Т., Асаи К. (декабрь 2009 г.). «CentroidAlign: быстрое и точное выравнивание структурированных РНК за счет максимизации ожидаемого результата суммы пар» . Биоинформатика . 25 (24): 3236–3243. doi : 10.1093/биоинформатика/btp580 . ПМИД 19808876 .
^ Яо З., Вайнберг З., Руццо В.Л. (февраль 2006 г.). «CMfinder — алгоритм поиска мотивов РНК на основе ковариационной модели» . Биоинформатика . 22 (4): 445–452. doi : 10.1093/биоинформатика/btk008 . ПМИД 16357030 .
^ Доуэлл Р.Д., Эдди С.Р. (сентябрь 2006 г.). «Эффективное предсказание и выравнивание попарной структуры РНК с использованием ограничений выравнивания последовательностей» . БМК Биоинформатика . 7 (1): 400. дои : 10.1186/1471-2105-7-400 . ПМЦ 1579236 . ПМИД 16952317 .
^ Сато К., Като Й., Акуцу Т., Асаи К., Сакакибара Й. (декабрь 2012 г.). «DAFS: одновременное выравнивание и сворачивание последовательностей РНК посредством двойного разложения» . Биоинформатика . 28 (24): 3218–3224. doi : 10.1093/биоинформатика/bts612 . ПМИД 23060618 .
^ Мэтьюз Д.Х., Тернер Д.Х. (март 2002 г.). «Dynalign: алгоритм поиска вторичной структуры, общей для двух последовательностей РНК». Журнал молекулярной биологии . 317 (2): 191–203. дои : 10.1006/jmbi.2001.5351 . ПМИД 11902836 .
^ Мэтьюз Д.Х. (май 2005 г.). «Предсказание набора вторичных структур РНК с минимальной свободной энергией, общих для двух последовательностей» . Биоинформатика . 21 (10): 2246–2253. doi : 10.1093/биоинформатика/bti349 . ПМИД 15731207 .
^ Харманчи А.О., Шарма Дж., Мэтьюз Д.Х. (апрель 2007 г.). «Эффективное попарное предсказание структуры РНК с использованием вероятностных ограничений выравнивания в Dynalign» . БМК Биоинформатика . 8 (1): 130. дои : 10.1186/1471-2105-8-130 . ПМЦ 1868766 . ПМИД 17445273 .
^ Сундфельд Д., Хавгаард Дж. Х., де Мело А.С., Городкин Дж. (апрель 2016 г.). «Foldalign 2.5: многопоточная реализация попарного структурного выравнивания РНК» . Биоинформатика . 32 (8): 1238–1240. doi : 10.1093/биоинформатика/btv748 . ПМЦ 4824132 . ПМИД 26704597 .
^ Тораринссон Э., Хавгаард Дж.Х., Городкин Дж. (апрель 2007 г.). «Множественное структурное выравнивание и кластеризация последовательностей РНК» . Биоинформатика . 23 (8): 926–932. doi : 10.1093/биоинформатика/btm049 . ПМИД 17324941 .
^ Майло Н., Заков С., Каценельсон Е., Бахмат Е., Диниц Ю., Зив-Укельсон М. (2012). «Сравнение деревьев РНК посредством неукорененных неупорядоченных выравниваний». Алгоритмы в биоинформатике . Конспекты лекций по информатике. Том. 7534. стр. 135–148. дои : 10.1007/978-3-642-33122-0_11 . ISBN 978-3-642-33121-3 .
^ Майло Н., Заков С., Каценельсон Е., Бахмат Е., Диниц Ю., Зив-Укельсон М. (апрель 2013 г.). «Неукорененное неупорядоченное гомеоморфное выравнивание поддеревьев деревьев РНК» . Алгоритмы молекулярной биологии . 8 (1): 13. дои : 10.1186/1748-7188-8-13 . ПМЦ 3765143 . ПМИД 23590940 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Хейне С., Коста Ф., Роуз Д., Бакофен Р. (июнь 2012 г.). «GraphClust: структурная кластеризация локальных вторичных структур РНК без выравнивания» . Биоинформатика . 28 (12): i224–i232. doi : 10.1093/биоинформатика/bts224 . ПМК 3371856 . ПМИД 22689765 .
^ Биндевальд Э., Шапиро Б.А. (март 2006 г.). «Предсказание вторичной структуры РНК на основе выравнивания последовательностей с использованием сети классификаторов k-ближайших соседей» . РНК . 12 (3): 342–352. дои : 10.1261/rna.2164906 . ПМЦ 1383574 . ПМИД 16495232 .
^ Бауэр М., Клау Г.В., Райнерт К. (июль 2007 г.). «Точное множественное выравнивание последовательностей РНК с использованием комбинаторной оптимизации» . БМК Биоинформатика . 8 (1): 271. дои : 10.1186/1471-2105-8-271 . ЧВК 1955456 . ПМИД 17662141 .
^ Уилл С., Райх К., Хофакер И.Л., Стадлер П.Ф., Бакофен Р. (апрель 2007 г.). «Вывод о семействах и классах некодирующих РНК посредством кластеризации на основе структур в масштабе генома» . PLOS Вычислительная биология . 3 (4): е65. Бибкод : 2007PLSCB...3...65W . дои : 10.1371/journal.pcbi.0030065 . ПМК 1851984 . ПМИД 17432929 .
^ Линдгрин С., Гарднер П.П., Крог А. (декабрь 2006 г.). «Измерение ковариации в выравнивании РНК: физический реализм улучшает информационные показатели» . Биоинформатика . 22 (24): 2988–2995. doi : 10.1093/биоинформатика/btl514 . ПМИД 17038338 .
^ Линдгрин С., Гарднер П.П., Крог А. (декабрь 2007 г.). «MASTR: множественное выравнивание и предсказание структуры некодирующих РНК с использованием моделирования отжига». Биоинформатика . 23 (24): 3304–3311. CiteSeerX 10.1.1.563.7072 . doi : 10.1093/биоинформатика/btm525 . ПМИД 18006551 .
^ Сюй З, Мэтьюз Д.Х. (март 2011 г.). «Multilign: алгоритм прогнозирования вторичных структур, консервативных в нескольких последовательностях РНК» . Биоинформатика . 27 (5): 626–632. doi : 10.1093/биоинформатика/btq726 . ПМК 3042186 . ПМИД 21193521 .
^ Кирю Х., Табей Ю., Кин Т., Асаи К. (июль 2007 г.). «Мурлет: практический инструмент множественного выравнивания структурных последовательностей РНК» . Биоинформатика . 23 (13): 1588–1598. doi : 10.1093/биоинформатика/btm146 . ПМИД 17459961 .
^ Табей Ю, Кирю Х, Кин Т, Асаи К (январь 2008 г.). «Метод быстрого структурного множественного выравнивания длинных последовательностей РНК» . БМК Биоинформатика . 9 (1): 33. дои : 10.1186/1471-2105-9-33 . ПМК 2375124 . ПМИД 18215258 .
^ Харманчи А.О., Шарма Г., Мэтьюз Д.Х. (апрель 2008 г.). «ЧАСТИ: вероятностное выравнивание для предсказания вторичной структуры соединения РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (7): 2406–2417. дои : 10.1093/нар/gkn043 . ПМЦ 2367733 . ПМИД 18304945 .
^ Кнудсен Б., Хейн Дж. (июнь 1999 г.). «Предсказание вторичной структуры РНК с использованием стохастических контекстно-свободных грамматик и истории эволюции» . Биоинформатика . 15 (6): 446–454. дои : 10.1093/биоинформатика/15.6.446 . ПМИД 10383470 .
^ Кнудсен Б., Хейн Дж. (июль 2003 г.). «Pfold: предсказание вторичной структуры РНК с использованием стохастических контекстно-свободных грамматик» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (13): 3423–3428. дои : 10.1093/нар/gkg614 . ПМК 169020 . ПМИД 12824339 .
^ Зееманн С.Е., Городкин Ю., Бакофен Р. (ноябрь 2008 г.). «Объединение эволюционной и термодинамической информации о сворачивании РНК множественного выравнивания» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (20): 6355–6362. дои : 10.1093/нар/gkn544 . ПМК 2582601 . ПМИД 18836192 .
^ Дуз Г., Мецлер Д. (сентябрь 2012 г.). «Байесовский отбор эволюционно консервативных вторичных структур РНК с псевдоузлами» . Биоинформатика . 28 (17): 2242–2248. doi : 10.1093/биоинформатика/bts369 . ПМИД 22796961 .
^ Хофакер И.Л., Бернхарт С.Х., Штадлер П.Ф. (сентябрь 2004 г.). «Выравнивание матриц вероятности спаривания оснований РНК» . Биоинформатика . 20 (14): 2222–2227. doi : 10.1093/биоинформатика/bth229 . ПМИД 15073017 .
^ Вэй Д., Альперт Л.В., Лоуренс CE (сентябрь 2011 г.). «РНКГ: новый пробоотборник Гиббса для прогнозирования вторичной структуры РНК для невыровненных последовательностей» . Биоинформатика . 27 (18): 2486–2493. doi : 10.1093/биоинформатика/btr421 . ПМК 3167047 . ПМИД 21788211 .
^ Уилм А., Хиггинс Д.Г., Нотредам С. (май 2008 г.). «R-Кофе: метод множественного выравнивания некодирующей РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (9): е52. дои : 10.1093/нар/gkn174 . ПМК 2396437 . ПМИД 18420654 .
^ Моретти С., Уилм А., Хиггинс Д.Г., Ксенариос I, Нотредам С. (июль 2008 г.). «R-Coffee: веб-сервер для точного выравнивания некодирующих последовательностей РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (проблема с веб-сервером): W10–W13. дои : 10.1093/нар/gkn278 . ПМЦ 2447777 . ПМИД 18483080 .
^ Харманчи А.О., Шарма Дж., Мэтьюз Д.Х. (апрель 2011 г.). «TurboFold: итеративная вероятностная оценка вторичных структур для нескольких последовательностей РНК» . БМК Биоинформатика . 12 (1): 108. дои : 10.1186/1471-2105-12-108 . ПМК 3120699 . ПМИД 21507242 .
^ Ситин М.Г., Мэтьюз Д.Х. (март 2012 г.). «TurboKnot: быстрое предсказание консервативных вторичных структур РНК, включая псевдоузлы» . Биоинформатика . 28 (6): 792–798. doi : 10.1093/биоинформатика/bts044 . ПМК 3307117 . ПМИД 22285566 .
^ Ривас Э., Клементс Дж., Эдди С.Р. (январь 2017 г.). «Статистический тест консервативной структуры РНК показывает отсутствие доказательств структуры днРНК» . Природные методы . 14 (1): 45–48. дои : 10.1038/nmeth.4066 . ПМЦ 5554622 . ПМИД 27819659 .
^ Хофакер И.Л., Фекете М., Штадлер П.Ф. (июнь 2002 г.). «Предсказание вторичной структуры выровненных последовательностей РНК». Журнал молекулярной биологии . 319 (5): 1059–1066. дои : 10.1016/S0022-2836(02)00308-X . ПМИД 12079347 .
^ Восс Б. (2006). «Структурный анализ выровненных РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (19): 5471–5481. дои : 10.1093/nar/gkl692 . ПМЦ 1636479 . ПМИД 17020924 .
^ Ридер Дж., Гигерих Р. (сентябрь 2005 г.). «Формы консенсуса: альтернатива алгоритму Санкова для прогнозирования консенсусной структуры РНК» . Биоинформатика . 21 (17): 3516–3523. doi : 10.1093/биоинформатика/bti577 . ПМИД 16020472 .
^ Хёхсманн М, Тёллер Т, Гигерих Р, Курц С (2003). «Локальное сходство вторичных структур РНК». Слушания. Конференция IEEE Computer Society по биоинформатике . 2 : 159–168. ПМИД 16452790 .
^ Хёхсманн М., Восс Б., Гигерих Р. (2004). «Чистое выравнивание вторичных структур множественных РНК: подход прогрессивного профиля». Транзакции IEEE/ACM по вычислительной биологии и биоинформатике . 1 (1): 53–62. дои : 10.1109/TCBB.2004.11 . ПМИД 17048408 . S2CID 692442 .
^ Хамада М., Цуда К., Кудо Т., Кин Т., Асаи К. (октябрь 2006 г.). «Извлечение частых структур ствола из невыровненных последовательностей РНК» . Биоинформатика . 22 (20): 2480–2487. doi : 10.1093/биоинформатика/btl431 . ПМИД 16908501 .
^ Сюй Икс, Цзи Ю, Стормо Г.Д. (август 2007 г.). «Пробоотборник РНК: новый алгоритм на основе выборки для прогнозирования вторичной структуры и выравнивания структуры общей РНК» . Биоинформатика . 23 (15): 1883–1891. doi : 10.1093/биоинформатика/btm272 . ПМИД 17537756 .
^ Табей Ю, Цуда К, Кин Т, Асаи К (июль 2006 г.). «СКАРНА: быстрое и точное структурное выравнивание последовательностей РНК путем сопоставления фрагментов стебля фиксированной длины» . Биоинформатика . 22 (14): 1723–1729. doi : 10.1093/биоинформатика/btl177 . ПМИД 16690634 .
^ Мейер И.М., Миклош I (август 2007 г.). «SimulFold: одновременный вывод структур РНК, включая псевдоузлы, выравнивания и деревья, с использованием байесовской структуры MCMC» . PLOS Вычислительная биология . 3 (8): е149. Бибкод : 2007PLSCB...3..149M . дои : 10.1371/journal.pcbi.0030149 . ЧВК 1941756 . ПМИД 17696604 .
^ Холмс I (март 2005 г.). «Ускоренный вероятностный вывод об эволюции структуры РНК» . БМК Биоинформатика . 6 (1): 73. дои : 10.1186/1471-2105-6-73 . ПМК 1090553 . ПМИД 15790387 .
^ Далли Д., Вильм А., Майнц И., Штегер Г. (июль 2006 г.). «СТРАЛ: прогрессивное выравнивание некодирующей РНК с использованием векторов вероятности спаривания оснований за квадратичное время» . Биоинформатика . 22 (13): 1593–1599. doi : 10.1093/биоинформатика/btl142 . ПМИД 16613908 .
^ Энгелен С., Тахи Ф (апрель 2010 г.). «Tfold: эффективное предсказание in silico вторичных структур некодирующей РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (7): 2453–2466. дои : 10.1093/nar/gkp1067 . ПМЦ 2853104 . ПМИД 20047957 .
^ Тораринссон Э., Линдгрин С. (июль 2008 г.). «ВОЙНА: Веб-сервер для выравнивания структурных РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (проблема с веб-сервером): W79–W84. дои : 10.1093/нар/gkn275 . ПМЦ 2447782 . ПМИД 18492721 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Клостерман П.С., Узилов А.В., Бенданья Ю.Р., Брэдли Р.К., Чао С., Косиол С. и др. (октябрь 2006 г.). «XRate: инструмент быстрого прототипирования, обучения и аннотирования филограмматик» . БМК Биоинформатика . 7 (1): 428. дои : 10.1186/1471-2105-7-428 . ПМЦ 1622757 . ПМИД 17018148 .
^ Academic.oup.com https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/13/i70/5045712 . Проверено 10 января 2023 г. {{cite web}}: Отсутствует или пусто |title= ( помощь )
^ Academic.oup.com https://academic.oup.com/nargab/article/2/4/lqaa086/5940903 . Проверено 10 января 2023 г. {{cite web}}: Отсутствует или пусто |title= ( помощь )
^ Ханумантаппа А.К., Сингх Дж., Паливал К., Сингх Дж., Чжоу Ю (январь 2021 г.). «Прогнозирование доступности растворителя РНК на основе одной последовательности и профиля с использованием расширенной сверточной нейронной сети» . Биоинформатика . 36 (21): 5169–5176. doi : 10.1093/биоинформатика/btaa652 . hdl : 10072/399087 . ПМИД 33106872 .
^ Сунь С., У Ц, Пэн Цз, Ян Дж (май 2019 г.). «Улучшенное прогнозирование доступности растворителя РНК с помощью нейронных сетей с долговременной кратковременной памятью и улучшенных профилей последовательностей». Биоинформатика . 35 (10): 1686–1691. doi : 10.1093/биоинформатика/bty876 . ПМИД 30321300 .
^ Ян Ю, Ли Х, Чжао Х, Чжан Дж, Ван Дж, Чжоу Ю (январь 2017 г.). «Характеристика третичных структур РНК в масштабе генома и их функциональное влияние путем прогнозирования доступности растворителя РНК» . РНК . 23 (1): 14–22. дои : 10.1261/rna.057364.116 . ПМК 5159645 . ПМИД 27807179 .
^ Эггенхофер Ф., Тафер Х., Штадлер П.Ф., Хофакер И.Л. (июль 2011 г.). «RNApredator: быстрое предсказание целей мРНК на основе доступности» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (проблема с веб-сервером): W149–W154. дои : 10.1093/nar/gkr467 . ПМК 3125805 . ПМИД 21672960 .
^ Герлах В., Гигерих Р. (март 2006 г.). «GUUGle: утилита для быстрого точного сопоставления в соответствии с правилами, дополняющими РНК, включая спаривание оснований GU» . Биоинформатика . 22 (6): 762–764. doi : 10.1093/биоинформатика/btk041 . ПМИД 16403789 .
^ Манн М., Райт П.Р., Бакофен Р. (июль 2017 г.). «IntaRNA 2.0: улучшенное и настраиваемое предсказание взаимодействий РНК-РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (П1): Б435–Б439. дои : 10.1093/нар/gkx279 . ПМК 5570192 . ПМИД 28472523 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Райт П.Р., Георг Дж., Манн М., Сореску Д.А., Рихтер А.С., Лотт С. и др. (июль 2014 г.). «КопраРНК и ИнтаРНК: прогнозирование малых мишеней, сетей и доменов взаимодействия РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (проблема с веб-сервером): W119–W123. дои : 10.1093/nar/gku359 . ПМК 4086077 . ПМИД 24838564 .
^ Буш А., Рихтер А.С., Бакофен Р. (декабрь 2008 г.). «IntaRNA: эффективное предсказание целей бактериальной мРНК, включая доступность целевого сайта и зародышевые области» . Биоинформатика . 24 (24): 2849–2856. doi : 10.1093/биоинформатика/btn544 . ПМЦ 2639303 . ПМИД 18940824 .
^ Рихтер А.С., Шлебергер С., Бакофен Р., Стеглих С. (январь 2010 г.). «Прогнозирование INTARNA на основе семян в сочетании с системой GFP-репортера идентифицирует мишени мРНК малой РНК Yfr1» . Биоинформатика . 26 (1): 1–5. doi : 10.1093/биоинформатика/btp609 . ПМК 2796815 . ПМИД 19850757 .
^ Смит С., Хейн С., Рихтер А.С., Уилл С., Бакофен Р. (июль 2010 г.). «Фрайбургские инструменты РНК: веб-сервер, объединяющий INTARNA, EXPARNA и LOCARNA» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с веб-сервером): W373–W377. дои : 10.1093/нар/gkq316 . ПМК 2896085 . ПМИД 20444875 .
^ Райт П.Р., Рихтер А.С., Папенфорт К., Манн М., Фогель Дж., Хесс В.Р. и др. (сентябрь 2013 г.). «Сравнительная геномика улучшает предсказание целей для бактериальных малых РНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 110 (37): Е3487–Е3496. Бибкод : 2013PNAS..110E3487W . дои : 10.1073/pnas.1303248110 . ПМЦ 3773804 . ПМИД 23980183 .
^ Гурска А., Ясинский М., Трильска Ю. (сентябрь 2015 г.). «MINT: программное обеспечение для идентификации мотивов и короткодействующих взаимодействий в траекториях нуклеиновых кислот» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (17): е114. дои : 10.1093/нар/gkv559 . ПМЦ 4787793 . ПМИД 26024667 .
^ Диркс Р.М., Буа Дж.С., Шеффер Дж.М., Уинфри Э., Пирс Н.А. (2007). «Термодинамический анализ взаимодействующих цепей нуклеиновых кислот». Обзор СИАМ . 49 (1): 65–88. Бибкод : 2007SIAMR..49...65D . CiteSeerX 10.1.1.523.4764 . дои : 10.1137/060651100 .
^ Мэтьюз Д.Х., Буркард М.Э., Фрейер С.М., Вятт-младший, Тернер Д.Х. (ноябрь 1999 г.). «Прогнозирование сродства олигонуклеотидов к мишеням нуклеиновых кислот» . РНК . 5 (11): 1458–1469. дои : 10.1017/S1355838299991148 . ПМЦ 1369867 . ПМИД 10580474 .
^ Чицаз Х., Салари Р., Сахинальп СК, Бакофен Р. (июнь 2009 г.). «Алгоритм статистической суммы для взаимодействия цепей нуклеиновых кислот» . Биоинформатика . 25 (12): i365–i373. doi : 10.1093/биоинформатика/btp212 . ПМЦ 2687966 . ПМИД 19478011 .
^ Монга I, Банерджи I (ноябрь 2019 г.). «Вычислительная идентификация piRNA с использованием признаков, основанных на последовательности, структуре, термодинамических и физико-химических свойствах РНК» . Современная геномика . 20 (7): 508–518. дои : 10.2174/1389202920666191129112705 . ПМЦ 7327968 . PMID 32655289 .
^ Ли А.С., Марц М., Цинь Дж., Рейдис С.М. (февраль 2011 г.). «Прогнозирование взаимодействия РНК-РНК на основе множественного выравнивания последовательностей». Биоинформатика . 27 (4): 456–463. arXiv : 1003.3987 . doi : 10.1093/биоинформатика/btq659 . ПМИД 21134894 . S2CID 6586629 .
^ Като Ю, Сато К, Хамада М, Ватанабэ Ю, Асаи К, Акуцу Т (сентябрь 2010 г.). «RactIP: быстрое и точное предсказание взаимодействия РНК-РНК с помощью целочисленного программирования» . Биоинформатика . 26 (18): i460–i466. doi : 10.1093/биоинформатика/btq372 . ПМЦ 2935440 . ПМИД 20823308 .
^ Бернхарт С.Х., Тафер Х., Мюкштейн Ю., Фламм С., Стадлер П.Ф., Хофакер И.Л. (март 2006 г.). «Функция распределения и вероятности спаривания оснований гетеродимеров РНК» . Алгоритмы молекулярной биологии . 1 (1): 3. дои : 10.1186/1748-7188-1-3 . ПМК 1459172 . ПМИД 16722605 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Ремсмайер М., Штеффен П., Хохсманн М., Гигерих Р. (октябрь 2004 г.). «Быстрое и эффективное предсказание дуплексов микроРНК/мишень» . РНК . 10 (10): 1507–1517. дои : 10.1261/rna.5248604 . ПМК 1370637 . ПМИД 15383676 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Крюгер Дж., Ремсмайер М. (июль 2006 г.). «РНКгибрид: простое, быстрое и гибкое предсказание цели микроРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (проблема с веб-сервером): W451–W454. дои : 10.1093/нар/gkl243 . ПМЦ 1538877 . ПМИД 16845047 .
^ Мюкштейн У., Тафер Х., Хакермюллер Дж., Бернхарт Ш., Штадлер П.Ф., Хофакер И.Л. (май 2006 г.). «Термодинамика связывания РНК-РНК» . Биоинформатика . 22 (10): 1177–1182. doi : 10.1093/биоинформатика/btl024 . ПМИД 16446276 .
^ Хоростецкий У., Палатник Ю.Ф. (июль 2014 г.). «comTAR: веб-инструмент для прогнозирования и характеристики консервативных мишеней микроРНК в растениях» . Биоинформатика . 30 (14): 2066–2067. doi : 10.1093/биоинформатика/btu147 . hdl : 11336/29681 . ПМИД 24632500 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Миранда К.С., Хьюн Т., Тай Ю., Анг Ю.С., Тэм В.Л., Томсон А.М. и др. (сентябрь 2006 г.). «Метод, основанный на шаблонах, для идентификации сайтов связывания микроРНК и соответствующих им гетеродуплексов» . Клетка . 126 (6): 1203–1217. дои : 10.1016/j.cell.2006.07.031 . ПМИД 16990141 .
^ Вейл Н., Лиси В., Скотт Н., Даллэр П., Пеллу Дж., Майор Ф. (август 2015 г.). «MiRBooking имитирует стехиометрический механизм действия микроРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (14): 6730–6738. дои : 10.1093/nar/gkv619 . ПМЦ 4538818 . ПМИД 26089388 .
^ Пэк Д., Виллен Дж., Шин С., Камарго Ф.Д., Гиги С.П., Бартель Д.П. (сентябрь 2008 г.). «Влияние микроРНК на выход белка» . Природа . 455 (7209): 64–71. Бибкод : 2008Natur.455...64B . дои : 10.1038/nature07242 . ПМК 2745094 . ПМИД 18668037 .
^ Алексиу П., Марагкакис М., Пападопулос Г.Л., Речко М., Хацигеоргиу А.Г. (декабрь 2009 г.). «Трудности перевода: оценка и перспективы вычислительной идентификации целей микроРНК» . Биоинформатика . 25 (23): 3049–3055. doi : 10.1093/биоинформатика/btp565 . ПМИД 19789267 .
^ Ричи В., Фламант С., Раско Дж.Э. (июнь 2009 г.). «Прогнозирование целей и функций микроРНК: ловушки для неосторожных». Природные методы . 6 (6): 397–398. дои : 10.1038/nmeth0609-397 . ПМИД 19478799 . S2CID 205417583 .
^ Чиу Х.С., Льобет-Навас Д., Ян Х., Чунг В.Дж., Амбези-Импиомбато А., Айер А. и др. (февраль 2015 г.). «Купидон: одновременная реконструкция сетей микроРНК-мишени и церРНК» . Геномные исследования . 25 (2): 257–267. дои : 10.1101/гр.178194.114 . ПМЦ 4315299 . ПМИД 25378249 .
^ Марагкакис М., Алексиу П., Пападопулос Г.Л., Речко М., Даламагас Т., Джаннопулос Г. и др. (сентябрь 2009 г.). «Точное предсказание цели микроРНК коррелирует с уровнями репрессии белка» . БМК Биоинформатика . 10 (1): 295. дои : 10.1186/1471-2105-10-295 . ПМЦ 2752464 . ПМИД 19765283 .
^ Тадани Р., Тамми М.Т. (декабрь 2006 г.). «MicroTar: прогнозирование целей микроРНК из дуплексов РНК» . БМК Биоинформатика . 7. 7 (Приложение 5): С20. дои : 10.1186/1471-2105-7-S5-S20 . ПМЦ 1764477 . ПМИД 17254305 .
^ Ким С.К., Нам Дж.В., Ри Дж.К., Ли У.Дж., Чжан Б.Т. (сентябрь 2006 г.). «miTarget: предсказание целевого гена микроРНК с использованием машины опорных векторов» . БМК Биоинформатика . 7 (1): 411. дои : 10.1186/1471-2105-7-411 . ПМЦ 1594580 . ПМИД 16978421 .
^ Фридман Ю., Наамати Г., Линиал М. (август 2010 г.). «MiRror: веб-инструмент комбинаторного анализа ансамблей микроРНК и их мишеней» . Биоинформатика . 26 (15): 1920–1921. doi : 10.1093/биоинформатика/btq298 . ПМИД 20529892 .
^ Балага О., Фридман Ю., Линиал М. (октябрь 2012 г.). «К комбинаторной природе регуляции микроРНК в клетках человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (19): 9404–9416. дои : 10.1093/nar/gks759 . ПМК 3479204 . ПМИД 22904063 .
^ Крек А., Грюн Д., Пой М.Н., Вольф Р., Розенберг Л., Эпштейн Э.Дж. и др. (май 2005 г.). «Комбинаторные предсказания целей микроРНК». Природная генетика . 37 (5): 495–500. дои : 10.1038/ng1536 . ПМИД 15806104 . S2CID 22672750 .
^ Кертеш М., Иовино Н., Уннерсталл У., Галл У., Сигал Э. (октябрь 2007 г.). «Роль доступности сайта в распознавании мишени микроРНК». Природная генетика . 39 (10): 1278–1284. дои : 10.1038/ng2135 . ПМИД 17893677 . S2CID 1721807 .
^ ван Донген С., Абреу-Гуджер С., Энрайт А.Дж. (декабрь 2008 г.). «Обнаружение связывания микроРНК и нецелевых эффектов siRNA на основе данных экспрессии» . Природные методы . 5 (12): 1023–1025. дои : 10.1038/nmeth.1267 . ПМЦ 2635553 . ПМИД 18978784 .
^ Бартоничек Н., Энрайт А.Дж. (ноябрь 2010 г.). «SylArray: веб-сервер для автоматического обнаружения эффектов микроРНК на основе данных экспрессии» . Биоинформатика . 26 (22): 2900–2901. doi : 10.1093/биоинформатика/btq545 . ПМИД 20871108 .
^ Хейхам Р., Шанкар Р. (март 2010 г.). «Информация о последовательности фланговой области для уточнения прогнозов целевых микроРНК». Журнал биологических наук . 35 (1): 105–118. дои : 10.1007/s12038-010-0013-7 . ПМИД 20413915 . S2CID 7047781 .
^ Льюис Б.П., Ши И.Х., Джонс-Роудс М.В., Бартель Д.П., Бердж CB (декабрь 2003 г.). «Прогнозирование целей микроРНК млекопитающих» . Клетка . 115 (7): 787–798. дои : 10.1016/S0092-8674(03)01018-3 . ПМИД 14697198 .
^ Льюис Б.П., Бердж CB, Бартель Д.П. (январь 2005 г.). «Консервативные пары семян, часто окруженные аденозинами, указывают на то, что тысячи человеческих генов являются мишенями микроРНК» . Клетка . 120 (1): 15–20. дои : 10.1016/j.cell.2004.12.035 . ПМИД 15652477 .
^ Гримсон А., Фарх К.К., Джонстон В.К., Гаррет-Энгеле П., Лим Л.П., Бартель Д.П. (июль 2007 г.). «Специфичность нацеливания микроРНК у млекопитающих: детерминанты, выходящие за рамки спаривания семян» . Молекулярная клетка . 27 (1): 91–105. doi : 10.1016/j.molcel.2007.06.017 . ПМК 3800283 . ПМИД 17612493 .
^ Гарсия Д.М., Пэк Д., Шин С., Белл Г.В., Гримсон А., Бартель Д.П. (сентябрь 2011 г.). «Слабая стабильность спаривания семян и большое количество целевых сайтов снижают эффективность lsy-6 и других микроРНК» . Структурная и молекулярная биология природы . 18 (10): 1139–1146. дои : 10.1038/nsmb.2115 . ПМК 3190056 . ПМИД 21909094 .
^ Агарвал В., Белл Г.В., Нам Дж.В., Бартель Д.П. (август 2015 г.). «Прогнозирование эффективных целевых участков микроРНК в мРНК млекопитающих» . электронная жизнь . 4 : e05005. doi : 10.7554/eLife.05005 . ПМЦ 4532895 . ПМИД 26267216 .
^ Агарвал В., Субтельный А.О., Тиру П., Улицкий И., Бартель Д.П. (октябрь 2018 г.). «Прогнозирование эффективности нацеливания микроРНК на дрозофилу» . Геномная биология . 19 (1): 152. дои : 10.1186/s13059-018-1504-3 . ПМК 6172730 . ПМИД 30286781 .
^ Вашитл С., Хофакер Иллинойс (сентябрь 2004 г.). «Консенсусное сворачивание выровненных последовательностей как новая мера обнаружения функциональных РНК методами сравнительной геномики». Журнал молекулярной биологии . 342 (1): 19–30. CiteSeerX 10.1.1.58.6251 . дои : 10.1016/j.jmb.2004.07.018 . ПМИД 15313604 .
^ Педерсен Дж.С., Беджерано Г., Сипель А., Розенблум К., Линдблад-Тох К., Ландер Э.С. и др. (апрель 2006 г.). «Идентификация и классификация консервативных вторичных структур РНК в геноме человека» . PLOS Вычислительная биология . 2 (4): е33. Бибкод : 2006PLSCB...2...33P . дои : 10.1371/journal.pcbi.0020033 . ПМЦ 1440920 . ПМИД 16628248 .
^ Ковентри А., Клейтман DJ, Бергер Б. (август 2004 г.). «MSARI: множественное выравнивание последовательностей для статистического обнаружения вторичной структуры РНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (33): 12102–12107. Бибкод : 2004PNAS..10112102C . дои : 10.1073/pnas.0404193101 . ПМК 514400 . ПМИД 15304649 .
^ Ривас Э., Эдди С.Р. (2001). «Обнаружение генов некодирующей РНК с использованием сравнительного анализа последовательностей» . БМК Биоинформатика . 2 (1): 8. дои : 10.1186/1471-2105-2-8 . ПМК 64605 . ПМИД 11801179 .
^ Ривас Э., Кляйн Р.Дж., Джонс Т.А., Эдди С.Р. (сентябрь 2001 г.). «Компьютерная идентификация некодирующих РНК в E. coli методами сравнительной геномики» . Современная биология . 11 (17): 1369–1373. Бибкод : 2001CBio...11.1369R . дои : 10.1016/S0960-9822(01)00401-8 . ПМИД 11553332 .
^ Вашитл С., Хофакер И.Л., Штадлер П.Ф. (февраль 2005 г.). «Быстрое и надежное предсказание некодирующих РНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (7): 2454–2459. Бибкод : 2005PNAS..102.2454W . дои : 10.1073/pnas.0409169102 . ПМЦ 548974 . ПМИД 15665081 .
^ Грубер А.Р., Нойбёк Р., Хофакер И.Л., Вашитль С. (июль 2007 г.). «Веб-сервер RNAz: предсказание термодинамически стабильных и эволюционно консервативных структур РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (проблема с веб-сервером): W335–W338. дои : 10.1093/нар/gkm222 . ЧВК 1933143 . ПМИД 17452347 .
^ Вашитл С. (2007). «Прогнозирование структурных некодирующих РНК с помощью РНКз». Сравнительная геномика . Методы молекулярной биологии. Том. 395. стр. 503–26. дои : 10.1007/978-1-59745-514-5_32 . ISBN 978-1-58829-693-1 . ПМИД 17993695 .
^ Эндрюс Р.Дж., Рош Дж., Мосс В.Н. (2018). «ScanFold: подход к полногеномному обнаружению локальных структурных элементов РНК - применение к вирусу Зика и ВИЧ» . ПерДж . 6 : е6136. дои : 10.7717/peerj.6136 . ПМК 6317755 . ПМИД 30627482 .
^ Ласлетт Д., Кэнбэк Б. (2004). «ARAGORN, программа для обнаружения генов тРНК и генов тмРНК в нуклеотидных последовательностях» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (1): 11–16. дои : 10.1093/nar/gkh152 . ПМЦ 373265 . ПМИД 14704338 .
^ Джа А., Шанкар Р. (2013). «miReader: обнаружение новых микроРНК у видов без секвенированного генома» . ПЛОС ОДИН . 8 (6): e66857. Бибкод : 2013PLoSO...866857J . дои : 10.1371/journal.pone.0066857 . ПМЦ 3689854 . ПМИД 23805282 .
^ Арци С., Киезун А., Шомрон Н. (январь 2008 г.). «miRNAminer: инструмент для поиска гомологичных генов микроРНК» . БМК Биоинформатика . 9 (1): 39. дои : 10.1186/1471-2105-9-39 . ПМК 2258288 . ПМИД 18215311 .
^ Ахмед Ф., Ансари HR, Рагхава GP (апрель 2009 г.). «Прогнозирование направляющей цепи микроРНК по ее последовательности и вторичной структуре» . БМК Биоинформатика . 10 (1): 105. дои : 10.1186/1471-2105-10-105 . ПМК 2676257 . ПМИД 19358699 .
^ Хертель Дж., Штадлер П.Ф. (июль 2006 г.). «Шпильки в стоге сена: распознавание предшественников микроРНК в данных сравнительной геномики» . Биоинформатика . 22 (14): e197–e202. doi : 10.1093/биоинформатика/btl257 . ПМИД 16873472 .
^ Вуйтс Дж., Перьер Дж., Ван Де Пер Ю. (январь 2004 г.). «Европейская база данных рибосомальных РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Проблема с базой данных): D101–D103. дои : 10.1093/nar/gkh065 . ПМК 308799 . ПМИД 14681368 .
^ Шиманский М., Барчишевска М.З., Эрдманн В.А., Барцишевский Дж. (январь 2002 г.). «База данных 5S рибосомальных РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 176–178. дои : 10.1093/нар/30.1.176 . ПМК 99124 . ПМИД 11752286 .
^ Лагесен К., Халлин П., Рёдланд Э.А., Стаерфельдт Х.Х., Рогнес Т., Уссери Д.В. (2007). «РНКмер: последовательное и быстрое аннотирование генов рибосомальной РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (9): 3100–3108. дои : 10.1093/нар/gkm160 . ПМЦ 1888812 . ПМИД 17452365 .
^ Хертель Дж., Хофакер И.Л., Штадлер П.Ф. (январь 2008 г.). «SnoReport: компьютерная идентификация мякРНК с неизвестными мишенями» . Биоинформатика . 24 (2): 158–164. doi : 10.1093/биоинформатика/btm464 . ПМИД 17895272 .
^ Лоу Т.М., Эдди С.Р. (февраль 1999 г.). «Вычислительный экран для мякРНК, направляющих метилирование, в дрожжах». Наука . 283 (5405): 1168–1171. Бибкод : 1999Sci...283.1168L . дои : 10.1126/science.283.5405.1168 . ПМИД 10024243 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Шаттнер П., Брукс А.Н., Лоу Т.М. (июль 2005 г.). «Веб-серверы tRNAscan-SE, snoscan и snoGPS для обнаружения тРНК и мякРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (проблема с веб-сервером): W686–W689. дои : 10.1093/nar/gki366 . ПМК 1160127 . ПМИД 15980563 .
^ Лоу Т.М., Эдди С.Р. (март 1997 г.). «tRNAscan-SE: программа для улучшенного обнаружения генов транспортных РНК в геномной последовательности» . Исследования нуклеиновых кислот . 25 (5): 955–964. дои : 10.1093/нар/25.5.955 . ПМК 146525 . ПМИД 9023104 .
^ Темпель С., Тахи Ф (июнь 2012 г.). «Быстрый метод ab-initio для прогнозирования предшественников микроРНК в геномах» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (11): е80. дои : 10.1093/nar/gks146 . ПМК 3367186 . ПМИД 22362754 .
^ Райт Э.С. (октябрь 2021 г.). «FindNonCoding: быстрое и простое обнаружение некодирующих РНК в геномах» . Биоинформатика . 12 октября (3): 841–843. doi : 10.1093/биоинформатика/btab708 . ПМЦ 10060727 . ПМИД 34636849 .
^ Готре Д., Ламберт А. (ноябрь 2001 г.). «Прямое определение и идентификация мотива РНК на основе множественного выравнивания последовательностей с использованием профилей вторичной структуры». Журнал молекулярной биологии . 313 (5): 1003–1011. дои : 10.1006/jmbi.2001.5102 . ПМИД 11700055 .
^ Ламберт А., Фонтен Дж. Ф., Лежандр М., Леклерк Ф., Пермал Э., Майор Ф. и др. (июль 2004 г.). «Сервер ERPIN: интерфейс для идентификации мотивов РНК на основе профилей» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (проблема с веб-сервером): W160–W165. дои : 10.1093/nar/gkh418 . ПМК 441556 . ПМИД 15215371 .
^ Ламбер А., Лежандр М., Фонтен Ж.Ф., Готре Д. (май 2005 г.). «Вычисление ожидаемых значений для мотивов РНК с использованием дискретных сверток» . БМК Биоинформатика . 6 (1): 118. дои : 10.1186/1471-2105-6-118 . ПМЦ 1168889 . ПМИД 15892887 .
^ Навроцкий Е.П., Эдди С.Р. (март 2007 г.). «Бэндинг, зависящий от запроса (QDB) для более быстрого поиска сходства РНК» . PLOS Вычислительная биология . 3 (3): е56. Бибкод : 2007PLSCB...3...56N . дои : 10.1371/journal.pcbi.0030056 . ПМЦ 1847999 . ПМИД 17397253 .
^ Эдди С.Р. (июль 2002 г.). «Алгоритм динамического программирования с эффективным использованием памяти для оптимального выравнивания последовательности со вторичной структурой РНК» . БМК Биоинформатика . 3 (1): 18. дои : 10.1186/1471-2105-3-18 . ПМК 119854 . ПМИД 12095421 .
^ Эдди С.Р., Дурбин Р. (июнь 1994 г.). «Анализ последовательности РНК с использованием ковариационных моделей» . Исследования нуклеиновых кислот . 22 (11): 2079–2088. дои : 10.1093/нар/22.11.2079 . ПМК 308124 . ПМИД 8029015 .
^ Сато К., Сакакибара Ю. (сентябрь 2005 г.). «Выравнивание вторичной структуры РНК с условными случайными полями» . Биоинформатика . 21. 21 (приложение_2): ii237–ii242. doi : 10.1093/биоинформатика/bti1139 . ПМИД 16204111 .
^ Вайнберг З., Руццо В.Л. (август 2004 г.). «Использование консервативной структуры для более быстрого аннотирования некодирующих РНК без потери точности» . Биоинформатика . 20. 20 (приложение_1): i334–i341. doi : 10.1093/биоинформатика/bth925 . ПМИД 15262817 .
^ Вайнберг З., Руццо В.Л. (январь 2006 г.). «Эвристика на основе последовательностей для более быстрого аннотирования семейств некодирующих РНК» . Биоинформатика . 22 (1): 35–39. doi : 10.1093/биоинформатика/bti743 . ПМИД 16267089 .
^ Кляйн Р.Дж., Эдди С.Р. (сентябрь 2003 г.). «ИССЛЕДОВАНИЯ: поиск гомологов одноструктурных последовательностей РНК» . БМК Биоинформатика . 4 (1): 44. дои : 10.1186/1471-2105-4-44 . ПМК 239859 . ПМИД 14499004 .
^ Мейер Ф., Курц С., Бакофен Р., Уилл С., Бекстетт М. (май 2011 г.). «Структатор: быстрый поиск по индексам структурных последовательностей РНК» . БМК Биоинформатика . 12 (1): 214. дои : 10.1186/1471-2105-12-214 . ПМК 3154205 . ПМИД 21619640 .
^ Мейер Ф., Курц С., Бекстетт М. (июль 2013 г.). «Быстрые онлайн-алгоритмы на основе индексов для приблизительного поиска закономерностей структуры последовательностей РНК» . БМК Биоинформатика . 14 (1): 226. дои : 10.1186/1471-2105-14-226 . ПМЦ 3765529 . ПМИД 23865810 .
^ Гарднер П.П., Гигерих Р. (сентябрь 2004 г.). «Всестороннее сравнение сравнительных подходов к предсказанию структуры РНК» . БМК Биоинформатика . 5 (1): 140. дои : 10.1186/1471-2105-5-140 . ПМК 526219 . ПМИД 15458580 .
^ Гарднер П.П., Уилм А., Вашитл С. (2005). «Эталон программ множественного выравнивания последовательностей структурных РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (8): 2433–2439. дои : 10.1093/nar/gki541 . ПМЦ 1087786 . ПМИД 15860779 .
^ Вильм А., Майнц I, Стегер Г. (октябрь 2006 г.). «Усовершенствованный эталон выравнивания РНК для программ выравнивания последовательностей» . Алгоритмы молекулярной биологии . 1 (1): 19. дои : 10.1186/1748-7188-1-19 . ПМЦ 1635699 . ПМИД 17062125 .
^ Фрейхульт Э.К., Болбак Дж.П., Гарднер П.П. (январь 2007 г.). «Изучение геномной темной материи: критическая оценка эффективности методов поиска гомологии некодирующих РНК» . Геномные исследования . 17 (1): 117–125. дои : 10.1101/гр.5890907 . ПМК 1716261 . ПМИД 17151342 .
^ Путон Т., Козловски Л.П., Ротер К.М., Буйницкий Дж.М. (апрель 2013 г.). «CompaRNA: сервер для непрерывного сравнительного анализа автоматизированных методов прогнозирования вторичной структуры РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (7): 4307–4323. дои : 10.1093/нар/gkt101 . ПМЦ 3627593 . ПМИД 23435231 .
^ Райт Э.С. (май 2020 г.). «RNAconTest: сравнение инструментов для выравнивания множественных последовательностей некодирующих РНК на основе структурной согласованности» . РНК . 26 (5): 531–540. дои : 10.1261/rna.073015.119 . ПМК 7161358 . ПМИД 32005745 .
^ Зайбель П.Н., Мюллер Т., Дандекар Т., Шульц Дж., Вольф М. (ноябрь 2006 г.). «4SALE — инструмент для синхронного выравнивания и редактирования последовательностей и вторичных структур РНК» . БМК Биоинформатика . 7 (1): 498. дои : 10.1186/1471-2105-7-498 . ПМЦ 1637121 . ПМИД 17101042 .
^ Бенданья Ю.Р., Холмс И.Х. (февраль 2008 г.). «Colorstock, SScolor, Ratón: инструменты визуализации выравнивания РНК» . Биоинформатика . 24 (4): 579–580. doi : 10.1093/биоинформатика/btm635 . ПМК 7109877 . ПМИД 18218657 .
^ Никол Дж.В., Хелт Г.А., Бланшар С.Г., Раджа А., Лорейн А.Е. (октябрь 2009 г.). «Интегрированный геномный браузер: бесплатное программное обеспечение для распространения и исследования наборов данных в масштабе генома» . Биоинформатика . 25 (20): 2730–2731. doi : 10.1093/биоинформатика/btp472 . ПМЦ 2759552 . ПМИД 19654113 .
^ Уотерхаус А.М., Проктер Дж.Б., Мартин Д.М., Клэмп М., Бартон Г.Дж. (май 2009 г.). «Jalview версии 2 — редактор множественного выравнивания последовательностей и инструментарий для анализа» . Биоинформатика . 25 (9): 1189–1191. doi : 10.1093/биоинформатика/btp033 . ПМЦ 2672624 . ПМИД 19151095 .
^ Clamp M, Cuff J, Searle SM, Barton GJ (февраль 2004 г.). «Редактор выравнивания Java Jalview» . Биоинформатика . 20 (3): 426–427. doi : 10.1093/биоинформатика/btg430 . ПМИД 14960472 .
^ Гриффитс-Джонс С. (январь 2005 г.). «RALEE — редактор выравнивания РНК в Emacs» . Биоинформатика . 21 (2): 257–259. doi : 10.1093/биоинформатика/bth489 . ПМИД 15377506 .
^ Андерсен Е.С., Линд-Томсен А., Кнудсен Б., Кристенсен С.Е., Хавгаард Дж.Х., Тораринссон Е. и др. (ноябрь 2007 г.). «Полуавтоматическое улучшение выравнивания РНК» . РНК . 13 (11): 1850–1859. дои : 10.1261/rna.215407 . ПМК 2040093 . ПМИД 17804647 .
^ Ли Дж., Кладванг В., Ли М., Канту Д., Азизян М., Ким Х. и др. (февраль 2014 г.). «Правила проектирования РНК из огромной открытой лаборатории» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (6): 2122–2127. Бибкод : 2014PNAS..111.2122L . дои : 10.1073/pnas.1313039111 . ПМЦ 3926058 . ПМИД 24469816 .
^ Гарсиа-Мартин Дж.А., Клот П., Доту I (апрель 2013 г.). «RNAiFOLD: алгоритм программирования с ограничениями для обратного сворачивания РНК и молекулярного дизайна». Журнал биоинформатики и вычислительной биологии . 11 (2): 1350001. doi : 10.1142/S0219720013500017 . ПМИД 23600819 .
^ Гарсиа-Мартин Дж. А., Клот П., Доту I (июль 2013 г.). «RNAiFold: веб-сервер для обратного сворачивания РНК и молекулярного дизайна» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (проблема с веб-сервером): W465–W470. дои : 10.1093/нар/gkt280 . ПМК 3692061 . ПМИД 23700314 .
^ Гарсиа-Мартин Дж. А., Доту I, Клот П. (июль 2015 г.). «RNAiFold 2.0: веб-сервер и программное обеспечение для создания индивидуальных молекул РНК и молекул РНК на основе Rfam» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (П1): W513–W521. arXiv : 1505.04210 . Бибкод : 2015arXiv150504210G . дои : 10.1093/nar/gkv460 . ПМЦ 4489274 . ПМИД 26019176 .
^ Андронеску М., Фейеш А.П., Хаттер Ф., Хоос Х.Х., Кондон А. (февраль 2004 г.). «Новый алгоритм проектирования вторичной структуры РНК». Журнал молекулярной биологии . 336 (3): 607–624. дои : 10.1016/j.jmb.2003.12.041 . ПМИД 15095976 .
^ Буш А., Бакофен Р. (август 2006 г.). «ИНФО-РНК — быстрый подход к обратному сворачиванию РНК» . Биоинформатика . 22 (15): 1823–1831. doi : 10.1093/биоинформатика/btl194 . ПМИД 16709587 .
^ Буш А., Бакофен Р. (июль 2007 г.). «ИНФО-РНК — сервер для быстрого обратного сворачивания РНК, удовлетворяющего ограничениям последовательности» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (проблема с веб-сервером): W310–W313. дои : 10.1093/нар/gkm218 . ЧВК 1933236 . ПМИД 17452349 .
^ Авиху А., Чуркин А., Бараш Д. (август 2011 г.). «RNAexinv: расширенное обратное сворачивание РНК от формы и физических свойств до последовательностей» . БМК Биоинформатика . 12 (319): 319. дои : 10.1186/1471-2105-12-319 . ПМК 3176266 . ПМИД 21813013 .
^ Левин А., Лис М., Понти Ю., О'Доннелл К.В., Девадас С., Бергер Б., Вальдиспюль Дж. (ноябрь 2012 г.). «Глобальный подход к выборке образцов для проектирования и реинжиниринга вторичных структур РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (20): 10041–10052. дои : 10.1093/nar/gks768 . ПМЦ 3488226 . ПМИД 22941632 .
^ Рейнхарц В., Понти Й., Вальдиспюль Дж. (июль 2013 г.). «Алгоритм взвешенной выборки для создания последовательностей РНК с целевой вторичной структурой и распределением нуклеотидов» . Биоинформатика . 29 (13): i308–i315. doi : 10.1093/биоинформатика/btt217 . ПМЦ 3694657 . ПМИД 23812999 .
^ Маттис М.К., Бинерт С., Торда А.Е. (октябрь 2012 г.). «Динамика в пространстве последовательностей для проектирования вторичной структуры РНК». Журнал химической теории и вычислений . 8 (10): 3663–3670. дои : 10.1021/ct300267j . ПМИД 26593011 .
^ Танеда А. (2011). «МОДЕНА: многоцелевое обратное сворачивание РНК» . Достижения и приложения в биоинформатике и химии . 4 : 1–12. дои : 10.2147/aabc.s14335 . ПМК 3169953 . ПМИД 21918633 .
^ Танеда А (2012). «Многоцелевой генетический алгоритм для проектирования псевдоузловых последовательностей РНК» . Границы генетики . 3 : 36. doi : 10.3389/fgene.2012.00036 . ПМЦ 3337422 . ПМИД 22558001 .
^ Эсмаили-Тахери А., Ганджтабеш М., Мохаммад-Нури М. (май 2014 г.). «Эволюционное решение проблемы дизайна РНК» . Биоинформатика . 30 (9): 1250–1258. doi : 10.1093/биоинформатика/btu001 . ПМИД 24407223 .
^ Кляйнкауф Р., Манн М., Бакофен Р. (октябрь 2015 г.). «антаРНК: дизайн последовательности РНК на основе муравьиных колоний» . Биоинформатика . 31 (19): 3114–3121. doi : 10.1093/биоинформатика/btv319 . ПМЦ 4576691 . ПМИД 26023105 .
^ Кляйнкауф Р., Хоуварт Т., Бакофен Р., Манн М. (ноябрь 2015 г.). «антаРНК - многоцелевое обратное сворачивание РНК псевдоузла с использованием оптимизации муравьиных колоний» . БМК Биоинформатика . 16 (389): 389. дои : 10.1186/s12859-015-0815-6 . ПМЦ 4652366 . ПМИД 26581440 .
^ Фламм С., Хофакер И.Л., Маурер-Стро С., Стадлер П.Ф., Зель М. (февраль 2001 г.). «Дизайн мультистабильных молекул РНК» . РНК . 7 (2): 254–265. дои : 10.1017/s1355838201000863 . ПМК 1370083 . ПМИД 11233982 .
^ Родриго Дж., Харамильо А. (сентябрь 2014 г.). «RiboMaker: вычислительный дизайн риборегуляции на основе конформации» . Биоинформатика . 30 (17): 2508–2510. doi : 10.1093/биоинформатика/btu335 . ПМИД 24833802 .
^ Хаммер С., Чиачек Б., Фламм С., Хофакер И.Л., Финдейс С. (сентябрь 2017 г.). «RNAblueprint: гибкий дизайн последовательностей нуклеиновых кислот с множеством мишеней» . Биоинформатика . 33 (18): 2850–2858. doi : 10.1093/биоинформатика/btx263 . ПМК 5870862 . ПМИД 28449031 .
^ Хёнер цу Зидердиссен К., Хаммер С., Абфальтер И., Хофакер И.Л., Фламм К., Штадлер П.Ф. (декабрь 2013 г.). «Вычислительный дизайн РНК со сложным энергетическим ландшафтом». Биополимеры . 99 (12): 1124–1136. дои : 10.1002/bip.22337 . ПМИД 23818234 . S2CID 7337968 .
^ Люнгсё Р.Б., Андерсон Дж.В., Сизикова Е., Бадугу А., Хайланд Т., Хейн Дж. (октябрь 2012 г.). «Франкенштейн: множественное обратное сворачивание РНК» . БМК Биоинформатика . 13 (260): 260. дои : 10.1186/1471-2105-13-260 . ПМЦ 3534541 . ПМИД 23043260 .
^ Шу В, Лю М, Чен Х, Бо X, Ван С (декабрь 2010 г.). «ARDesigner: веб-система для дизайна аллостерических РНК». Журнал биотехнологии . 150 (4): 466–473. дои : 10.1016/j.jbiotec.2010.10.067 . ПМИД 20969900 .
^ Бён Ю, Хан К. (июнь 2009 г.). «PseudoViewer3: создание плоских рисунков крупномасштабных структур РНК с псевдоузлами» . Биоинформатика . 25 (11): 1435–1437. doi : 10.1093/биоинформатика/btp252 . ПМИД 19369500 .
^ Бён Ю, Хан К. (июль 2006 г.). «PseudoViewer: веб-приложение и веб-сервис для визуализации псевдоузлов и вторичных структур РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (проблема с веб-сервером): W416–W422. дои : 10.1093/нар/gkl210 . ПМЦ 1538805 . ПМИД 16845039 .
^ Хан К., Бён Ю (июль 2003 г.). «PSEUDOVIEWER2: Визуализация псевдоузлов РНК любого типа» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (13): 3432–3440. дои : 10.1093/nar/gkg539 . ПМК 168946 . ПМИД 12824341 .
^ Хан К., Ли Ю, Ким В. (2002). «PseudoViewer: автоматическая визуализация псевдоузлов РНК» . Биоинформатика . 18. 18 (Приложение 1): С321–С328. doi : 10.1093/биоинформатика/18.suppl_1.S321 . ПМИД 12169562 .
^ Кайзер А., Крюгер Дж., Эверс DJ (июль 2007 г.). «Фильмы РНК 2: последовательная анимация вторичных структур РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (проблема с веб-сервером): W330–W334. дои : 10.1093/нар/gkm309 . ЧВК 1933240 . ПМИД 17567618 .
^ Эверс Д., Гигерих Р. (январь 1999 г.). «Фильмы РНК: визуализация пространств вторичной структуры РНК» . Биоинформатика . 15 (1): 32–37. дои : 10.1093/биоинформатика/15.1.32 . ПМИД 10068690 .
^ Цанг Х.Х., Дай, округ Колумбия (2012). «РНА-ДВ». Материалы конференции ACM по биоинформатике, вычислительной биологии и биомедицине . стр. 601–603. дои : 10.1145/2382936.2383036 . ISBN 978-1-4503-1670-5 . S2CID 15910737 .
^ Мартинес Х.М., Майзель Й.В., Шапиро Б.А. (июнь 2008 г.). «RNA2D3D: программа для генерации, просмотра и сравнения трехмерных моделей РНК» . Журнал биомолекулярной структуры и динамики . 25 (6): 669–683. дои : 10.1080/07391102.2008.10531240 . ПМЦ 3727907 . ПМИД 18399701 .
^ Reuter JS, Мэтьюз Д.Х. (март 2010 г.). «Структура РНК: программное обеспечение для прогнозирования и анализа вторичной структуры РНК» . БМК Биоинформатика . 11 (1): 129. дои : 10.1186/1471-2105-11-129 . ПМЦ 2984261 . ПМИД 20230624 .
^ Ян Х., Жоссине Ф., Леонтис Н., Чен Л., Вестбрук Дж., Берман Х., Вестхоф Э. (июль 2003 г.). «Инструменты для автоматической идентификации и классификации пар оснований РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (13): 3450–3460. дои : 10.1093/нар/gkg529 . ПМК 168936 . ПМИД 12824344 .
^ Мензель П., Зееманн С.Е., Городкин Ю. (октябрь 2012 г.). «RILogo: визуализация взаимодействий РНК-РНК» . Биоинформатика . 28 (19): 2523–2526. doi : 10.1093/биоинформатика/bts461 . ПМИД 22826541 .
^ Дарти К., Дениз А., Понти Ю. (август 2009 г.). «ВАРНА: Интерактивное рисование и редактирование вторичной структуры РНК» . Биоинформатика . 25 (15): 1974–1975. doi : 10.1093/биоинформатика/btp250 . ПМЦ 2712331 . ПМИД 19398448 .
^ Керпеджиев П., Хаммер С., Хофакер И.Л. (октябрь 2015 г.). «Форна (принудительно управляемая РНК): простые и эффективные онлайн-диаграммы вторичной структуры РНК» . Биоинформатика . 31 (20): 3377–3379. doi : 10.1093/биоинформатика/btv372 . ПМК 4595900 . ПМИД 26099263 .
^ Вайнберг З., Брейкер Р.Р. (январь 2011 г.). «R2R — программное обеспечение для ускорения изображения эстетически согласованных вторичных структур РНК» . БМК Биоинформатика . 12 (1): 3. дои : 10.1186/1471-2105-12-3 . ПМК 3023696 . ПМИД 21205310 .
^ Джонсон П.З., Саймон А.Е. (июль 2023 г.). «RNAcanvas: интерактивное рисование и исследование структур нуклеиновых кислот» . Исследования нуклеиновых кислот . 51 (w1): W501–W508. дои : 10.1093/nar/gkad302 . ПМК 10320051 . ПМИД 37094080 .
^ Митра, Рактим; Коэн, Ари С; Рохс, Ремо (17 апреля 2024 г.). «RNAscape: геометрическое картирование и настраиваемая визуализация структуры РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . дои : 10.1093/nar/gkae269 . ISSN 0305-1048 . ПМЦ 11223802 .

[1] Узлы: предсказание псевдоузла , <да|нет>.

[42] Узлы: предсказание псевдоузла , <да|нет>.

[51] Количество последовательностей: <любое|число>.

[52] Выравнивание: прогнозирует выравнивание , <input|yes|no>.

[53] Структура: прогнозирует структуру , <ввод|да|нет>.

[54] Узлы: предсказание псевдоузла , <да|нет>.

[151] Количество последовательностей: <любое|число>.

[152] Выравнивание: прогнозирует выравнивание , <input|yes|no>.

[153] Структура: прогнозирует структуру , <ввод|да|нет>.

[189] Структура: тестов инструменты прогнозирования структуры <да|нет>.

[190] Выравнивание: тестов инструменты выравнивания <да|нет>.

[197] Выравнивание: просмотр и редактирование выравнивания , <да|нет>.

[198] Структура: просмотр и редактирование структуры , <да|нет>.

[squarna-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с Д.Р. Богдан; Г.И. Николаев; Дж. М. Буйницкий; Е. Ф. Баулин (август 2023 г.). «SQUARNA — метод предсказания вторичной структуры РНК, основанный на жадной модели формирования стебля» . дои : 10.1101/2023.08.28.555103 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )

[pmid19095700-3] Хамада М., Кирю Х., Сато К., Митуяма Т., Асаи К. (февраль 2009 г.). «Прогнозирование вторичной структуры РНК с использованием обобщенных оценок центроидов» . Биоинформатика . 25 (4): 465–473. doi : 10.1093/биоинформатика/btn601 . ПМИД 19095700 .

[pmid19478007-4] Хамада М., Сато К., Кирю Х., Митуяма Т., Асаи К. (июнь 2009 г.). «Прогнозирование вторичной структуры РНК путем объединения информации о гомологичных последовательностях» . Биоинформатика . 25 (12): i330–i338. doi : 10.1093/биоинформатика/btp228 . ПМК 2687982 . ПМИД 19478007 .

[pmid22035327-5] Заков С., Гольдберг Ю., Эльхадад М., Зив-Укельсон М. (ноябрь 2011 г.). «Богатая параметризация улучшает предсказание структуры РНК». Журнал вычислительной биологии . 18 (11): 1525–1542. Бибкод : 2011LNCS.6577..546Z . дои : 10.1089/cmb.2011.0184 . ПМИД 22035327 .

[pmid16873527-6] До CB, Вудс Д.А., Бацоглу С. (июль 2006 г.). «CONTRAfold: предсказание вторичной структуры РНК без физических моделей» . Биоинформатика . 22 (14): е90–е98. doi : 10.1093/биоинформатика/btl246 . ПМИД 16873527 .

[pmid21723827-7] Перейти обратно: ^а ^б Шредер С.Дж., Стоун Дж.В., Блекли С., Гиббонс Т., Мэтьюз Д.М. (июль 2011 г.). «Ансамбль вторичных структур инкапсидированной сателлитной РНК вируса табачной мозаики, соответствующий ограничениям химического зондирования и кристаллографии» . Биофизический журнал . 101 (1): 167–175. Бибкод : 2011BpJ...101..167S . дои : 10.1016/j.bpj.2011.05.053 . ПМК 3127170 . ПМИД 21723827 .

[pmid20501603-8] Биндевальд Э., Клут Т., Шапиро Б.А. (июль 2010 г.). «CyloFold: прогнозирование вторичной структуры, включая псевдоузлы» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с веб-сервером): W368–W372. дои : 10.1093/нар/gkq432 . ПМК 2896150 . ПМИД 20501603 .

[9] Чен X, Ли Ю, Умаров Р, Гао X, Сун Л (2020). «Прогнозирование вторичной структуры РНК путем изучения развернутых алгоритмов». arXiv : 2002.05810 [ cs.LG ].

[10] Чен, X., Ли, Ю., Умаров, Р., Гао, X. и Сонг, Л. Предсказание вторичной структуры РНК путем изучения развернутых алгоритмов. На Международной конференции по изучению представлений, 2020 г. URL https://openreview.net/forum?id=S1eALyrYDH .

[11] Уэймент-Стил, Ханна К.; Кладванг, Випапат; Стром, Александра И.; Ли, Джихён; Трей, Адриан; Бекка, Алекс; Дас, Риджу (2022). «Пакеты вторичной структуры РНК оценены и улучшены с помощью высокопроизводительных экспериментов» . Природные методы . 19 (10): 1234–1242. дои : 10.1038/s41592-022-01605-0 . ISSN 1548-7105 . ПМЦ 9839360 . ПМИД 36192461 .

[pmid22747589-12] Свенсон М.С., Андерсон Дж., Эш А., Гаурав П., Сюкесд З., Бадер Д.А. и др. (июль 2012 г.). «GTfold: возможность параллельного прогнозирования вторичной структуры РНК на многоядерных настольных компьютерах» . Исследовательские заметки BMC . 5 : 341. doi : 10.1186/1756-0500-5-341 . ПМЦ 3748833 . ПМИД 22747589 .

[13] Гупта, Свати; Падмашали, Намрата; Пал, Дебнат (ноябрь 2023 г.). «INTERPIN: хранилище внутренних шпилек терминации транскрипции у бактерий» . Биохимия . 214 (Часть Б): 228–236. дои : 10.1016/j.biochi.2023.07.018 . ПМИД 37499897 .

[14] Гупта, Свати; Пал, Дебнат (10 августа 2021 г.). «Кластеры шпилек вызывают внутреннюю терминацию транскрипции у бактерий» . Научные отчеты . 11 (1): 16194. Бибкод : 2021NatSR..1116194G . дои : 10.1038/s41598-021-95435-3 . ISSN 2045-2322 . ПМЦ 8355165 . ПМИД 34376740 .

[pmid21685106-15] Сато К., Като Ю., Хамада М., Акуцу Т., Асаи К. (июль 2011 г.). «IPknot: быстрое и точное предсказание вторичных структур РНК с помощью псевдоузлов с использованием целочисленного программирования» . Биоинформатика . 27 (13): i85–i93. doi : 10.1093/биоинформатика/btr215 . ПМК 3117384 . ПМИД 21685106 .

[pmid15980546-16] Каяфумин А., Бухер Т., Исамберт Х. (июль 2005 г.). «Веб-сервер Kinefold для прогнозирования путей сворачивания и структуры РНК/ДНК, включая псевдоузлы и узлы» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (проблема с веб-сервером): W605–W610. дои : 10.1093/nar/gki447 . ПМК 1160208 . ПМИД 15980546 .

[pmid14676318-17] Каяфумин А., Бухер Т., Тельманн Ф., Исамберт Х. (декабрь 2003 г.). «Прогнозирование и статистика псевдоузлов в структурах РНК с использованием точно кластеризованного стохастического моделирования» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (26): 15310–15315. arXiv : физика/0309117 . Бибкод : 2003PNAS..10015310X . дои : 10.1073/pnas.2536430100 . ПМК 307563 . ПМИД 14676318 .

[pmid6163133-18] Перейти обратно: ^а ^б Цукер М., Стиглер П. (январь 1981 г.). «Оптимальное компьютерное сворачивание больших последовательностей РНК с использованием термодинамики и вспомогательной информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 9 (1): 133–148. дои : 10.1093/нар/9.1.133 . ПМЦ 326673 . ПМИД 6163133 .

[pmid_pkiss-19] Перейти обратно: ^а ^б Тайс С., Янссен С., Гигерих Р. (2010). «Прогнозирование вторичной структуры РНК, включая мотивы целующихся шпилек». В Moulton V, Сингх М. (ред.). Алгоритмы в биоинформатике . Том. 6293 (Конспекты лекций по информатике под ред.). Шпрингер Берлин Гейдельберг. стр. 52–64. дои : 10.1007/978-3-642-15294-8_5 . ISBN 978-3-642-15293-1 .

[pmid9925784-20] Ривас Э., Эдди С.Р. (февраль 1999 г.). «Алгоритм динамического программирования для предсказания структуры РНК, включая псевдоузлы». Журнал молекулярной биологии . 285 (5): 2053–2068. arXiv : физика/9807048 . дои : 10.1006/jmbi.1998.2436 . ПМИД 9925784 . S2CID 2228845 .

[pmid17478505-21] Ридер Дж., Штеффен П., Гигерих Р. (июль 2007 г.). «pknotsRG: сворачивание псевдоузлов РНК, включая почти оптимальные структуры и скользящие окна» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (проблема с веб-сервером): W320–W324. дои : 10.1093/нар/gkm258 . ЧВК 1933184 . ПМИД 17478505 .

[RNAinverse-22] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г Хофакер И.Л., Фонтана В., Стадлер П.Ф., Бонхеффер А., Такер М., Шустер П. (1994). «Быстрое сворачивание и сравнение вторичных структур РНК». Monatshefte für Chemie . 125 (2): 167–188. дои : 10.1007/BF00818163 . S2CID 19344304 .

[pmid1695107-23] Маккаскилл Дж.С. (1990). «Равновесная статистическая сумма и вероятности связывания пар оснований для вторичной структуры РНК». Биополимеры . 29 (6–7): 1105–1119. дои : 10.1002/bip.360290621 . hdl : 11858/00-001M-0000-0013-0DE3-9 . ПМИД 1695107 . S2CID 12629688 .

[pmid16452114-24] Хофакер И.Л., Штадлер П.Ф. (май 2006 г.). «Алгоритмы сворачивания кольцевых вторичных структур РНК с эффективным использованием памяти» . Биоинформатика . 22 (10): 1172–1176. doi : 10.1093/биоинформатика/btl023 . ПМИД 16452114 .

[pmid17611759-25] Бомпфюневерер А.Ф., Баккофен Р., Бернхарт Ш.Х., Хертель Дж., Хофакер И.Л., Штадлер П.Ф., Уилл С. (январь 2008 г.). «Вариации сворачивания и выравнивания РНК: уроки Бенаска». Журнал математической биологии . 56 (1–2): 129–144. CiteSeerX 10.1.1.188.1420 . дои : 10.1007/s00285-007-0107-5 . ПМИД 17611759 . S2CID 15637111 .

[abstract_shapes-26] Гигерих Р., Восс Б., Ремсмайер М. (2004). «Абстрактные формы РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (16): 4843–4851. дои : 10.1093/nar/gkh779 . ПМК 519098 . ПМИД 15371549 .

[shape_probabilities-27] Восс Б., Гигерих Р., Ремсмайер М. (февраль 2006 г.). «Полный вероятностный анализ форм РНК» . БМК Биология . 4 (1): 5. дои : 10.1186/1741-7007-4-5 . ПМЦ 1479382 . ПМИД 16480488 .

[RNAstructure-28] Мэтьюз Д.Х., Дисней, доктор медицинских наук, Чайлдс Дж.Л., Шредер С.Дж., Цукер М., Тернер Д.Х. (май 2004 г.). «Включение ограничений химической модификации в алгоритм динамического программирования для прогнозирования вторичной структуры РНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (19): 7287–7292. Бибкод : 2004PNAS..101.7287M . дои : 10.1073/pnas.0401799101 . ПМК 409911 . ПМИД 15123812 .

[RNAstructure-partition-29] Мэтьюз Д.Х. (август 2004 г.). «Использование статистической суммы вторичной структуры РНК для определения уверенности в парах оснований, предсказанных с помощью минимизации свободной энергии» . РНК . 10 (8): 1178–1190. дои : 10.1261/rna.7650904 . ПМК 1370608 . ПМИД 15272118 .

[30] Цанг Х.Х., Визе К.К. (2010). «SARNA-Predict: повышение точности предсказания вторичной структуры РНК с использованием имитации отжига на основе перестановок». Транзакции IEEE/ACM по вычислительной биологии и биоинформатике . 7 (4): 727–740. дои : 10.1109/TCBB.2008.97 . ПМИД 21030739 . S2CID 12095376 .

[31] seqfold , Lattice Automation, 27 марта 2022 г. , получено 27 марта 2022 г.

[pmid14654704-32] Дин Ю, Лоуренс CE (декабрь 2003 г.). «Алгоритм статистической выборки для предсказания вторичной структуры РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (24): 7280–7301. дои : 10.1093/нар/gkg938 . ПМК 297010 . ПМИД 14654704 .

[pmid15215366-33] Дин Ю, Чан С.И., Лоуренс С.Э. (июль 2004 г.). «Веб-сервер Sfold для статистического сворачивания и рационального дизайна нуклеиновых кислот» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (проблема с веб-сервером): W135–W141. дои : 10.1093/nar/gkh449 . ПМК 441587 . ПМИД 15215366 .

[pmid16043502-34] Дин Ю, Чан С.И., Лоуренс С.Э. (август 2005 г.). «Предсказание вторичной структуры РНК по центроидам во взвешенном ансамбле Больцмана» . РНК . 11 (8): 1157–1166. дои : 10.1261/rna.2500605 . ПМЦ 1370799 . ПМИД 16043502 .

[pmid16109749-35] Чан С.И., Лоуренс С.Э., Дин Ю (октябрь 2005 г.). «Функции кластеризации структур на веб-сервере Sfold» . Биоинформатика . 21 (20): 3926–3928. doi : 10.1093/биоинформатика/bti632 . ПМИД 16109749 .

[36] Сингх Дж., Хансон Дж., Паливал К., Чжоу Ю. (ноябрь 2019 г.). «Предсказание вторичной структуры РНК с использованием ансамбля двумерных глубоких нейронных сетей и трансферного обучения» . Природные коммуникации . 10 (1): 5407. Бибкод : 2019NatCo..10.5407S . дои : 10.1038/s41467-019-13395-9 . ПМК 6881452 . ПМИД 31776342 .

[pmid27378291-37] Барсакки М., Новоа Э.М., Келлис М., Бекини А. (ноябрь 2016 г.). «SwiSpot: моделирование рибопереключателей путем выявления последовательностей переключения» . Биоинформатика . 32 (21): 3252–3259. doi : 10.1093/биоинформатика/btw401 . hdl : 11568/817190 . ПМИД 27378291 .

[pmid34792173-38] Фу Л, Цао Ю, У Дж, Пэн Ц, Не Ц, Се Икс (февраль 2022 г.). «UFold: быстрое и точное предсказание вторичной структуры РНК с помощью глубокого обучения» . Исследования нуклеиновых кислот . 50 (3): 14. дои : 10.1093/nar/gkab1074 . ПМЦ 8860580 . ПМИД 34792173 .

[pmid18712296-39] Маркхэм Н.Р., Цукер М. (2008). «УНАФолд». Биоинформатика . Методы молекулярной биологии. Том. 453. стр. 3–31. дои : 10.1007/978-1-60327-429-6_1 . ISBN 978-1-60327-428-9 . ПМИД 18712296 .

[pmid17878940-40] Доусон В.К., Фудзивара К., Каваи Дж. (сентябрь 2007 г.). «Прогнозирование псевдоузлов РНК с использованием эвристического моделирования с картированием и последовательным сворачиванием» . ПЛОС ОДИН . 2 (9): е905. Бибкод : 2007PLoSO...2..905D . дои : 10.1371/journal.pone.0000905 . ЧВК 1975678 . ПМИД 17878940 .

[pmidnone-41] Доусон В.К., Такаи Т., Ито Н., Симидзу К., Каваи Г. (2014). «Новая энтропийная модель РНК: часть III. Имеет ли форма складчатого ландшафта свободной энергии РНК воронку?» . Журнал исследования нуклеиновых кислот . 5 (1): 2652. doi : 10.4081/jnai.2014.2652 .

[pmid37945552-43] Ван В. и др. (ноябрь 2023 г.). «trRosettaRNA: автоматическое предсказание трехмерной структуры РНК с помощью трансформаторной сети» . Природные коммуникации . 14 (1): 7266. Бибкод : 2023NatCo..14.7266W . дои : 10.1038/s41467-023-42528-4 . ПМК 10636060 . ПМИД 37945552 .

[pmid19543381-44] Фрелльсен Дж., Мольтке И., Тийм М., Мардия К.В., Феркингхофф-Борг Дж., Хамельрик Т. (июнь 2009 г.). «Вероятностная модель конформационного пространства РНК» . PLOS Вычислительная биология . 5 (6): e1000406. Бибкод : 2009PLSCB...5E0406F . дои : 10.1371/journal.pcbi.1000406 . ПМК 2691987 . ПМИД 19543381 .

[pmid17726102-45] Уоткинс, Эндрю Мартин; Ранган, Рамья; Дас, Риджу (04 августа 2020 г.). «FARFAR2: Улучшенное предсказание De Novo Rosetta сложных глобальных складок РНК» . Структура . 28 (8): 963–976.e6. doi : 10.1016/j.str.2020.05.011 . ISSN 0969-2126 . ПМЦ 7415647 . ПМИД 32531203 .

[pmid18579566-46] Шарма С., Дин Ф., Дохолян Н.В. (сентябрь 2008 г.). «iFoldRNA: предсказание трехмерной структуры РНК и сворачивание» . Биоинформатика . 24 (17): 1951–1952. doi : 10.1093/биоинформатика/btn328 . ПМЦ 2559968 . ПМИД 18579566 .

[pmid18322526-47] Парижьен М, майор Ф (март 2008 г.). «Конвейер MC-Fold и MC-Sym определяет структуру РНК на основе данных о последовательностях». Природа . 452 (7183): 51–55. Бибкод : 2008Natur.452...51P . дои : 10.1038/nature06684 . ПМИД 18322526 . S2CID 4415777 .

[pmid19144906-48] Йоникас М.А., Радмер Р.Дж., Ледерах А., Дас Р., Перлман С., Хершлаг Д., Альтман Р.Б. (февраль 2009 г.). «Грубое моделирование крупных молекул РНК с использованием основанных на знаниях потенциалов и структурных фильтров» . РНК . 15 (2): 189–199. дои : 10.1261/rna.1270809 . ПМЦ 2924536 . ПМИД 19144906 .

[pmid20651028-49] Флорес СК, Альтман РБ (сентябрь 2010 г.). «Превращение ограниченной экспериментальной информации в 3D-модели РНК» . РНК . 16 (9): 1769–1778. дои : 10.1261/rna.2112110 . ПМК 2648710 . ПМИД 20651028 .

[pmid22539264-50] Попенда М., Шачнюк М., Анчак М., Пуржицка К.Дж., Лукасяк П., Бартол Н. и др. (август 2012 г.). «Автоматизированное составление трехмерной структуры больших РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (14): е112. дои : 10.1093/нар/gks339 . ПМЦ 3413140 . ПМИД 22539264 .

[pmid12499300-55] Перрике О, Тузе Х, Доше М (январь 2003 г.). «Обнаружение общей структуры двух гомологичных РНК» . Биоинформатика . 19 (1): 108–116. дои : 10.1093/биоинформатика/19.1.108 . ПМИД 12499300 .

[pmid15215367-56] Тузе Х, Перрике О (июль 2004 г.). «КАРНАК: складчатые семейства родственных РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 32. 32 (проблема с веб-сервером): W142–W145. дои : 10.1093/nar/gkh415 . ПМЦ 441553 . ПМИД 15215367 .

[pmid20843778-57] Хамада М., Сато К., Асаи К. (январь 2011 г.). «Повышение точности предсказания вторичной структуры выровненных последовательностей РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (2): 393–402. дои : 10.1093/nar/gkq792 . ПМК 3025558 . ПМИД 20843778 .

[pmid19808876-58] Хамада М., Сато К., Кирю Х., Митуяма Т., Асаи К. (декабрь 2009 г.). «CentroidAlign: быстрое и точное выравнивание структурированных РНК за счет максимизации ожидаемого результата суммы пар» . Биоинформатика . 25 (24): 3236–3243. doi : 10.1093/биоинформатика/btp580 . ПМИД 19808876 .

[pmid16357030-59] Яо З., Вайнберг З., Руццо В.Л. (февраль 2006 г.). «CMfinder — алгоритм поиска мотивов РНК на основе ковариационной модели» . Биоинформатика . 22 (4): 445–452. doi : 10.1093/биоинформатика/btk008 . ПМИД 16357030 .

[pmid16952317-60] Доуэлл Р.Д., Эдди С.Р. (сентябрь 2006 г.). «Эффективное предсказание и выравнивание попарной структуры РНК с использованием ограничений выравнивания последовательностей» . БМК Биоинформатика . 7 (1): 400. дои : 10.1186/1471-2105-7-400 . ПМЦ 1579236 . ПМИД 16952317 .

[pmid23060618-61] Сато К., Като Й., Акуцу Т., Асаи К., Сакакибара Й. (декабрь 2012 г.). «DAFS: одновременное выравнивание и сворачивание последовательностей РНК посредством двойного разложения» . Биоинформатика . 28 (24): 3218–3224. doi : 10.1093/биоинформатика/bts612 . ПМИД 23060618 .

[pmid11902836-62] Мэтьюз Д.Х., Тернер Д.Х. (март 2002 г.). «Dynalign: алгоритм поиска вторичной структуры, общей для двух последовательностей РНК». Журнал молекулярной биологии . 317 (2): 191–203. дои : 10.1006/jmbi.2001.5351 . ПМИД 11902836 .

[pmid15731207-63] Мэтьюз Д.Х. (май 2005 г.). «Предсказание набора вторичных структур РНК с минимальной свободной энергией, общих для двух последовательностей» . Биоинформатика . 21 (10): 2246–2253. doi : 10.1093/биоинформатика/bti349 . ПМИД 15731207 .

[pmid17445273-64] Харманчи А.О., Шарма Дж., Мэтьюз Д.Х. (апрель 2007 г.). «Эффективное попарное предсказание структуры РНК с использованием вероятностных ограничений выравнивания в Dynalign» . БМК Биоинформатика . 8 (1): 130. дои : 10.1186/1471-2105-8-130 . ПМЦ 1868766 . ПМИД 17445273 .

[65] Сундфельд Д., Хавгаард Дж. Х., де Мело А.С., Городкин Дж. (апрель 2016 г.). «Foldalign 2.5: многопоточная реализация попарного структурного выравнивания РНК» . Биоинформатика . 32 (8): 1238–1240. doi : 10.1093/биоинформатика/btv748 . ПМЦ 4824132 . ПМИД 26704597 .

[pmid17324941-66] Тораринссон Э., Хавгаард Дж.Х., Городкин Дж. (апрель 2007 г.). «Множественное структурное выравнивание и кластеризация последовательностей РНК» . Биоинформатика . 23 (8): 926–932. doi : 10.1093/биоинформатика/btm049 . ПМИД 17324941 .

[978-3-642-33122-0_11-67] Майло Н., Заков С., Каценельсон Е., Бахмат Е., Диниц Ю., Зив-Укельсон М. (2012). «Сравнение деревьев РНК посредством неукорененных неупорядоченных выравниваний». Алгоритмы в биоинформатике . Конспекты лекций по информатике. Том. 7534. стр. 135–148. дои : 10.1007/978-3-642-33122-0_11 . ISBN 978-3-642-33121-3 .

[pmid23590940-68] Майло Н., Заков С., Каценельсон Е., Бахмат Е., Диниц Ю., Зив-Укельсон М. (апрель 2013 г.). «Неукорененное неупорядоченное гомеоморфное выравнивание поддеревьев деревьев РНК» . Алгоритмы молекулярной биологии . 8 (1): 13. дои : 10.1186/1748-7188-8-13 . ПМЦ 3765143 . ПМИД 23590940 .

[pmid22689765-69] Перейти обратно: ^а ^б ^с Хейне С., Коста Ф., Роуз Д., Бакофен Р. (июнь 2012 г.). «GraphClust: структурная кластеризация локальных вторичных структур РНК без выравнивания» . Биоинформатика . 28 (12): i224–i232. doi : 10.1093/биоинформатика/bts224 . ПМК 3371856 . ПМИД 22689765 .

[pmid16495232-70] Биндевальд Э., Шапиро Б.А. (март 2006 г.). «Предсказание вторичной структуры РНК на основе выравнивания последовательностей с использованием сети классификаторов k-ближайших соседей» . РНК . 12 (3): 342–352. дои : 10.1261/rna.2164906 . ПМЦ 1383574 . ПМИД 16495232 .

[pmid17662141-71] Бауэр М., Клау Г.В., Райнерт К. (июль 2007 г.). «Точное множественное выравнивание последовательностей РНК с использованием комбинаторной оптимизации» . БМК Биоинформатика . 8 (1): 271. дои : 10.1186/1471-2105-8-271 . ЧВК 1955456 . ПМИД 17662141 .

[pmid17432929-72] Уилл С., Райх К., Хофакер И.Л., Стадлер П.Ф., Бакофен Р. (апрель 2007 г.). «Вывод о семействах и классах некодирующих РНК посредством кластеризации на основе структур в масштабе генома» . PLOS Вычислительная биология . 3 (4): е65. Бибкод : 2007PLSCB...3...65W . дои : 10.1371/journal.pcbi.0030065 . ПМК 1851984 . ПМИД 17432929 .

[pmid17038338-73] Линдгрин С., Гарднер П.П., Крог А. (декабрь 2006 г.). «Измерение ковариации в выравнивании РНК: физический реализм улучшает информационные показатели» . Биоинформатика . 22 (24): 2988–2995. doi : 10.1093/биоинформатика/btl514 . ПМИД 17038338 .

[pmid18006551-74] Линдгрин С., Гарднер П.П., Крог А. (декабрь 2007 г.). «MASTR: множественное выравнивание и предсказание структуры некодирующих РНК с использованием моделирования отжига». Биоинформатика . 23 (24): 3304–3311. CiteSeerX 10.1.1.563.7072 . doi : 10.1093/биоинформатика/btm525 . ПМИД 18006551 .

[pmid21193521-75] Сюй З, Мэтьюз Д.Х. (март 2011 г.). «Multilign: алгоритм прогнозирования вторичных структур, консервативных в нескольких последовательностях РНК» . Биоинформатика . 27 (5): 626–632. doi : 10.1093/биоинформатика/btq726 . ПМК 3042186 . ПМИД 21193521 .

[pmid17459961-76] Кирю Х., Табей Ю., Кин Т., Асаи К. (июль 2007 г.). «Мурлет: практический инструмент множественного выравнивания структурных последовательностей РНК» . Биоинформатика . 23 (13): 1588–1598. doi : 10.1093/биоинформатика/btm146 . ПМИД 17459961 .

[MXSCARNA-77] Табей Ю, Кирю Х, Кин Т, Асаи К (январь 2008 г.). «Метод быстрого структурного множественного выравнивания длинных последовательностей РНК» . БМК Биоинформатика . 9 (1): 33. дои : 10.1186/1471-2105-9-33 . ПМК 2375124 . ПМИД 18215258 .

[pmid18304945-78] Харманчи А.О., Шарма Г., Мэтьюз Д.Х. (апрель 2008 г.). «ЧАСТИ: вероятностное выравнивание для предсказания вторичной структуры соединения РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (7): 2406–2417. дои : 10.1093/нар/gkn043 . ПМЦ 2367733 . ПМИД 18304945 .

[pmid10383470-79] Кнудсен Б., Хейн Дж. (июнь 1999 г.). «Предсказание вторичной структуры РНК с использованием стохастических контекстно-свободных грамматик и истории эволюции» . Биоинформатика . 15 (6): 446–454. дои : 10.1093/биоинформатика/15.6.446 . ПМИД 10383470 .

[pmid12824339-80] Кнудсен Б., Хейн Дж. (июль 2003 г.). «Pfold: предсказание вторичной структуры РНК с использованием стохастических контекстно-свободных грамматик» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (13): 3423–3428. дои : 10.1093/нар/gkg614 . ПМК 169020 . ПМИД 12824339 .

[pmid18836192-81] Зееманн С.Е., Городкин Ю., Бакофен Р. (ноябрь 2008 г.). «Объединение эволюционной и термодинамической информации о сворачивании РНК множественного выравнивания» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (20): 6355–6362. дои : 10.1093/нар/gkn544 . ПМК 2582601 . ПМИД 18836192 .

[pmid22796961-82] Дуз Г., Мецлер Д. (сентябрь 2012 г.). «Байесовский отбор эволюционно консервативных вторичных структур РНК с псевдоузлами» . Биоинформатика . 28 (17): 2242–2248. doi : 10.1093/биоинформатика/bts369 . ПМИД 22796961 .

[pmid15073017-83] Хофакер И.Л., Бернхарт С.Х., Штадлер П.Ф. (сентябрь 2004 г.). «Выравнивание матриц вероятности спаривания оснований РНК» . Биоинформатика . 20 (14): 2222–2227. doi : 10.1093/биоинформатика/bth229 . ПМИД 15073017 .

[pmid21788211-84] Вэй Д., Альперт Л.В., Лоуренс CE (сентябрь 2011 г.). «РНКГ: новый пробоотборник Гиббса для прогнозирования вторичной структуры РНК для невыровненных последовательностей» . Биоинформатика . 27 (18): 2486–2493. doi : 10.1093/биоинформатика/btr421 . ПМК 3167047 . ПМИД 21788211 .

[pmid18420654-85] Уилм А., Хиггинс Д.Г., Нотредам С. (май 2008 г.). «R-Кофе: метод множественного выравнивания некодирующей РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (9): е52. дои : 10.1093/нар/gkn174 . ПМК 2396437 . ПМИД 18420654 .

[pmid18483080-86] Моретти С., Уилм А., Хиггинс Д.Г., Ксенариос I, Нотредам С. (июль 2008 г.). «R-Coffee: веб-сервер для точного выравнивания некодирующих последовательностей РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (проблема с веб-сервером): W10–W13. дои : 10.1093/нар/gkn278 . ПМЦ 2447777 . ПМИД 18483080 .

[pmid21507242-87] Харманчи А.О., Шарма Дж., Мэтьюз Д.Х. (апрель 2011 г.). «TurboFold: итеративная вероятностная оценка вторичных структур для нескольких последовательностей РНК» . БМК Биоинформатика . 12 (1): 108. дои : 10.1186/1471-2105-12-108 . ПМК 3120699 . ПМИД 21507242 .

[pmid22285566-88] Ситин М.Г., Мэтьюз Д.Х. (март 2012 г.). «TurboKnot: быстрое предсказание консервативных вторичных структур РНК, включая псевдоузлы» . Биоинформатика . 28 (6): 792–798. doi : 10.1093/биоинформатика/bts044 . ПМК 3307117 . ПМИД 22285566 .

[89] Ривас Э., Клементс Дж., Эдди С.Р. (январь 2017 г.). «Статистический тест консервативной структуры РНК показывает отсутствие доказательств структуры днРНК» . Природные методы . 14 (1): 45–48. дои : 10.1038/nmeth.4066 . ПМЦ 5554622 . ПМИД 27819659 .

[pmid12079347-90] Хофакер И.Л., Фекете М., Штадлер П.Ф. (июнь 2002 г.). «Предсказание вторичной структуры выровненных последовательностей РНК». Журнал молекулярной биологии . 319 (5): 1059–1066. дои : 10.1016/S0022-2836(02)00308-X . ПМИД 12079347 .

[pmid17020924-91] Восс Б. (2006). «Структурный анализ выровненных РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (19): 5471–5481. дои : 10.1093/nar/gkl692 . ПМЦ 1636479 . ПМИД 17020924 .

[pmid16020472-92] Ридер Дж., Гигерих Р. (сентябрь 2005 г.). «Формы консенсуса: альтернатива алгоритму Санкова для прогнозирования консенсусной структуры РНК» . Биоинформатика . 21 (17): 3516–3523. doi : 10.1093/биоинформатика/bti577 . ПМИД 16020472 .

[pmid16452790-93] Хёхсманн М, Тёллер Т, Гигерих Р, Курц С (2003). «Локальное сходство вторичных структур РНК». Слушания. Конференция IEEE Computer Society по биоинформатике . 2 : 159–168. ПМИД 16452790 .

[pmid17048408-94] Хёхсманн М., Восс Б., Гигерих Р. (2004). «Чистое выравнивание вторичных структур множественных РНК: подход прогрессивного профиля». Транзакции IEEE/ACM по вычислительной биологии и биоинформатике . 1 (1): 53–62. дои : 10.1109/TCBB.2004.11 . ПМИД 17048408 . S2CID 692442 .

[pmid16908501-95] Хамада М., Цуда К., Кудо Т., Кин Т., Асаи К. (октябрь 2006 г.). «Извлечение частых структур ствола из невыровненных последовательностей РНК» . Биоинформатика . 22 (20): 2480–2487. doi : 10.1093/биоинформатика/btl431 . ПМИД 16908501 .

[pmid17537756-96] Сюй Икс, Цзи Ю, Стормо Г.Д. (август 2007 г.). «Пробоотборник РНК: новый алгоритм на основе выборки для прогнозирования вторичной структуры и выравнивания структуры общей РНК» . Биоинформатика . 23 (15): 1883–1891. doi : 10.1093/биоинформатика/btm272 . ПМИД 17537756 .

[pmid16690634-97] Табей Ю, Цуда К, Кин Т, Асаи К (июль 2006 г.). «СКАРНА: быстрое и точное структурное выравнивание последовательностей РНК путем сопоставления фрагментов стебля фиксированной длины» . Биоинформатика . 22 (14): 1723–1729. doi : 10.1093/биоинформатика/btl177 . ПМИД 16690634 .

[pmid17696604-98] Мейер И.М., Миклош I (август 2007 г.). «SimulFold: одновременный вывод структур РНК, включая псевдоузлы, выравнивания и деревья, с использованием байесовской структуры MCMC» . PLOS Вычислительная биология . 3 (8): е149. Бибкод : 2007PLSCB...3..149M . дои : 10.1371/journal.pcbi.0030149 . ЧВК 1941756 . ПМИД 17696604 .

[pmid15790387-99] Холмс I (март 2005 г.). «Ускоренный вероятностный вывод об эволюции структуры РНК» . БМК Биоинформатика . 6 (1): 73. дои : 10.1186/1471-2105-6-73 . ПМК 1090553 . ПМИД 15790387 .

[pmid16613908-100] Далли Д., Вильм А., Майнц И., Штегер Г. (июль 2006 г.). «СТРАЛ: прогрессивное выравнивание некодирующей РНК с использованием векторов вероятности спаривания оснований за квадратичное время» . Биоинформатика . 22 (13): 1593–1599. doi : 10.1093/биоинформатика/btl142 . ПМИД 16613908 .

[{{PMID|20047957}}-101] Энгелен С., Тахи Ф (апрель 2010 г.). «Tfold: эффективное предсказание in silico вторичных структур некодирующей РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (7): 2453–2466. дои : 10.1093/nar/gkp1067 . ПМЦ 2853104 . ПМИД 20047957 .

[pmid18492721-102] Тораринссон Э., Линдгрин С. (июль 2008 г.). «ВОЙНА: Веб-сервер для выравнивания структурных РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (проблема с веб-сервером): W79–W84. дои : 10.1093/нар/gkn275 . ПМЦ 2447782 . ПМИД 18492721 .

[pmid17018148-103] Перейти обратно: ^а ^б Клостерман П.С., Узилов А.В., Бенданья Ю.Р., Брэдли Р.К., Чао С., Косиол С. и др. (октябрь 2006 г.). «XRate: инструмент быстрого прототипирования, обучения и аннотирования филограмматик» . БМК Биоинформатика . 7 (1): 428. дои : 10.1186/1471-2105-7-428 . ПМЦ 1622757 . ПМИД 17018148 .

[104] Academic.oup.com https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/13/i70/5045712 . Проверено 10 января 2023 г. {{cite web}}: Отсутствует или пусто |title= ( помощь )

[105] Academic.oup.com https://academic.oup.com/nargab/article/2/4/lqaa086/5940903 . Проверено 10 января 2023 г. {{cite web}}: Отсутствует или пусто |title= ( помощь )

[106] Ханумантаппа А.К., Сингх Дж., Паливал К., Сингх Дж., Чжоу Ю (январь 2021 г.). «Прогнозирование доступности растворителя РНК на основе одной последовательности и профиля с использованием расширенной сверточной нейронной сети» . Биоинформатика . 36 (21): 5169–5176. doi : 10.1093/биоинформатика/btaa652 . hdl : 10072/399087 . ПМИД 33106872 .

[107] Сунь С., У Ц, Пэн Цз, Ян Дж (май 2019 г.). «Улучшенное прогнозирование доступности растворителя РНК с помощью нейронных сетей с долговременной кратковременной памятью и улучшенных профилей последовательностей». Биоинформатика . 35 (10): 1686–1691. doi : 10.1093/биоинформатика/bty876 . ПМИД 30321300 .

[108] Ян Ю, Ли Х, Чжао Х, Чжан Дж, Ван Дж, Чжоу Ю (январь 2017 г.). «Характеристика третичных структур РНК в масштабе генома и их функциональное влияние путем прогнозирования доступности растворителя РНК» . РНК . 23 (1): 14–22. дои : 10.1261/rna.057364.116 . ПМК 5159645 . ПМИД 27807179 .

[PMC3125805-109] Эггенхофер Ф., Тафер Х., Штадлер П.Ф., Хофакер И.Л. (июль 2011 г.). «RNApredator: быстрое предсказание целей мРНК на основе доступности» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (проблема с веб-сервером): W149–W154. дои : 10.1093/nar/gkr467 . ПМК 3125805 . ПМИД 21672960 .

[pmid16403789-110] Герлах В., Гигерих Р. (март 2006 г.). «GUUGle: утилита для быстрого точного сопоставления в соответствии с правилами, дополняющими РНК, включая спаривание оснований GU» . Биоинформатика . 22 (6): 762–764. doi : 10.1093/биоинформатика/btk041 . ПМИД 16403789 .

[pmid28472523-111] Манн М., Райт П.Р., Бакофен Р. (июль 2017 г.). «IntaRNA 2.0: улучшенное и настраиваемое предсказание взаимодействий РНК-РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (П1): Б435–Б439. дои : 10.1093/нар/gkx279 . ПМК 5570192 . ПМИД 28472523 .

[pmid24838564-112] Перейти обратно: ^а ^б Райт П.Р., Георг Дж., Манн М., Сореску Д.А., Рихтер А.С., Лотт С. и др. (июль 2014 г.). «КопраРНК и ИнтаРНК: прогнозирование малых мишеней, сетей и доменов взаимодействия РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (проблема с веб-сервером): W119–W123. дои : 10.1093/nar/gku359 . ПМК 4086077 . ПМИД 24838564 .

[pmid18940824-113] Буш А., Рихтер А.С., Бакофен Р. (декабрь 2008 г.). «IntaRNA: эффективное предсказание целей бактериальной мРНК, включая доступность целевого сайта и зародышевые области» . Биоинформатика . 24 (24): 2849–2856. doi : 10.1093/биоинформатика/btn544 . ПМЦ 2639303 . ПМИД 18940824 .

[pmid19850757-114] Рихтер А.С., Шлебергер С., Бакофен Р., Стеглих С. (январь 2010 г.). «Прогнозирование INTARNA на основе семян в сочетании с системой GFP-репортера идентифицирует мишени мРНК малой РНК Yfr1» . Биоинформатика . 26 (1): 1–5. doi : 10.1093/биоинформатика/btp609 . ПМК 2796815 . ПМИД 19850757 .

[pmid20444875-115] Смит С., Хейн С., Рихтер А.С., Уилл С., Бакофен Р. (июль 2010 г.). «Фрайбургские инструменты РНК: веб-сервер, объединяющий INTARNA, EXPARNA и LOCARNA» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с веб-сервером): W373–W377. дои : 10.1093/нар/gkq316 . ПМК 2896085 . ПМИД 20444875 .

[pmid23980183-116] Райт П.Р., Рихтер А.С., Папенфорт К., Манн М., Фогель Дж., Хесс В.Р. и др. (сентябрь 2013 г.). «Сравнительная геномика улучшает предсказание целей для бактериальных малых РНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 110 (37): Е3487–Е3496. Бибкод : 2013PNAS..110E3487W . дои : 10.1073/pnas.1303248110 . ПМЦ 3773804 . ПМИД 23980183 .

[MINT-RNA-NAR-117] Гурска А., Ясинский М., Трильска Ю. (сентябрь 2015 г.). «MINT: программное обеспечение для идентификации мотивов и короткодействующих взаимодействий в траекториях нуклеиновых кислот» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (17): е114. дои : 10.1093/нар/gkv559 . ПМЦ 4787793 . ПМИД 26024667 .

[NUPACK-118] Диркс Р.М., Буа Дж.С., Шеффер Дж.М., Уинфри Э., Пирс Н.А. (2007). «Термодинамический анализ взаимодействующих цепей нуклеиновых кислот». Обзор СИАМ . 49 (1): 65–88. Бибкод : 2007SIAMR..49...65D . CiteSeerX 10.1.1.523.4764 . дои : 10.1137/060651100 .

[oligowalk-119] Мэтьюз Д.Х., Буркард М.Э., Фрейер С.М., Вятт-младший, Тернер Д.Х. (ноябрь 1999 г.). «Прогнозирование сродства олигонуклеотидов к мишеням нуклеиновых кислот» . РНК . 5 (11): 1458–1469. дои : 10.1017/S1355838299991148 . ПМЦ 1369867 . ПМИД 10580474 .

[piRNA-120] Чицаз Х., Салари Р., Сахинальп СК, Бакофен Р. (июнь 2009 г.). «Алгоритм статистической суммы для взаимодействия цепей нуклеиновых кислот» . Биоинформатика . 25 (12): i365–i373. doi : 10.1093/биоинформатика/btp212 . ПМЦ 2687966 . ПМИД 19478011 .

[Monga-121] Монга I, Банерджи I (ноябрь 2019 г.). «Вычислительная идентификация piRNA с использованием признаков, основанных на последовательности, структуре, термодинамических и физико-химических свойствах РНК» . Современная геномика . 20 (7): 508–518. дои : 10.2174/1389202920666191129112705 . ПМЦ 7327968 . PMID 32655289 .

[RNAripalign-122] Ли А.С., Марц М., Цинь Дж., Рейдис С.М. (февраль 2011 г.). «Прогнозирование взаимодействия РНК-РНК на основе множественного выравнивания последовательностей». Биоинформатика . 27 (4): 456–463. arXiv : 1003.3987 . doi : 10.1093/биоинформатика/btq659 . ПМИД 21134894 . S2CID 6586629 .

[pmid20823308-123] Като Ю, Сато К, Хамада М, Ватанабэ Ю, Асаи К, Акуцу Т (сентябрь 2010 г.). «RactIP: быстрое и точное предсказание взаимодействия РНК-РНК с помощью целочисленного программирования» . Биоинформатика . 26 (18): i460–i466. doi : 10.1093/биоинформатика/btq372 . ПМЦ 2935440 . ПМИД 20823308 .

[pmid16722605-124] Бернхарт С.Х., Тафер Х., Мюкштейн Ю., Фламм С., Стадлер П.Ф., Хофакер И.Л. (март 2006 г.). «Функция распределения и вероятности спаривания оснований гетеродимеров РНК» . Алгоритмы молекулярной биологии . 1 (1): 3. дои : 10.1186/1748-7188-1-3 . ПМК 1459172 . ПМИД 16722605 .

[pmid15383676-125] Перейти обратно: ^а ^б ^с Ремсмайер М., Штеффен П., Хохсманн М., Гигерих Р. (октябрь 2004 г.). «Быстрое и эффективное предсказание дуплексов микроРНК/мишень» . РНК . 10 (10): 1507–1517. дои : 10.1261/rna.5248604 . ПМК 1370637 . ПМИД 15383676 .

[pmid16845047-126] Перейти обратно: ^а ^б ^с Крюгер Дж., Ремсмайер М. (июль 2006 г.). «РНКгибрид: простое, быстрое и гибкое предсказание цели микроРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (проблема с веб-сервером): W451–W454. дои : 10.1093/нар/gkl243 . ПМЦ 1538877 . ПМИД 16845047 .

[pmid16446276-127] Мюкштейн У., Тафер Х., Хакермюллер Дж., Бернхарт Ш., Штадлер П.Ф., Хофакер И.Л. (май 2006 г.). «Термодинамика связывания РНК-РНК» . Биоинформатика . 22 (10): 1177–1182. doi : 10.1093/биоинформатика/btl024 . ПМИД 16446276 .

[128] Хоростецкий У., Палатник Ю.Ф. (июль 2014 г.). «comTAR: веб-инструмент для прогнозирования и характеристики консервативных мишеней микроРНК в растениях» . Биоинформатика . 30 (14): 2066–2067. doi : 10.1093/биоинформатика/btu147 . hdl : 11336/29681 . ПМИД 24632500 .

[pmid16990141-129] Перейти обратно: ^а ^б Миранда К.С., Хьюн Т., Тай Ю., Анг Ю.С., Тэм В.Л., Томсон А.М. и др. (сентябрь 2006 г.). «Метод, основанный на шаблонах, для идентификации сайтов связывания микроРНК и соответствующих им гетеродуплексов» . Клетка . 126 (6): 1203–1217. дои : 10.1016/j.cell.2006.07.031 . ПМИД 16990141 .

[130] Вейл Н., Лиси В., Скотт Н., Даллэр П., Пеллу Дж., Майор Ф. (август 2015 г.). «MiRBooking имитирует стехиометрический механизм действия микроРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (14): 6730–6738. дои : 10.1093/nar/gkv619 . ПМЦ 4538818 . ПМИД 26089388 .

[pmid18668037-131] Пэк Д., Виллен Дж., Шин С., Камарго Ф.Д., Гиги С.П., Бартель Д.П. (сентябрь 2008 г.). «Влияние микроРНК на выход белка» . Природа . 455 (7209): 64–71. Бибкод : 2008Natur.455...64B . дои : 10.1038/nature07242 . ПМК 2745094 . ПМИД 18668037 .

[pmid19789267-132] Алексиу П., Марагкакис М., Пападопулос Г.Л., Речко М., Хацигеоргиу А.Г. (декабрь 2009 г.). «Трудности перевода: оценка и перспективы вычислительной идентификации целей микроРНК» . Биоинформатика . 25 (23): 3049–3055. doi : 10.1093/биоинформатика/btp565 . ПМИД 19789267 .

[pmid19478799-133] Ричи В., Фламант С., Раско Дж.Э. (июнь 2009 г.). «Прогнозирование целей и функций микроРНК: ловушки для неосторожных». Природные методы . 6 (6): 397–398. дои : 10.1038/nmeth0609-397 . ПМИД 19478799 . S2CID 205417583 .

[Chiu_et._al,_Genome_Res_2015-134] Чиу Х.С., Льобет-Навас Д., Ян Х., Чунг В.Дж., Амбези-Импиомбато А., Айер А. и др. (февраль 2015 г.). «Купидон: одновременная реконструкция сетей микроРНК-мишени и церРНК» . Геномные исследования . 25 (2): 257–267. дои : 10.1101/гр.178194.114 . ПМЦ 4315299 . ПМИД 25378249 .

[pmid19765283-135] Марагкакис М., Алексиу П., Пападопулос Г.Л., Речко М., Даламагас Т., Джаннопулос Г. и др. (сентябрь 2009 г.). «Точное предсказание цели микроРНК коррелирует с уровнями репрессии белка» . БМК Биоинформатика . 10 (1): 295. дои : 10.1186/1471-2105-10-295 . ПМЦ 2752464 . ПМИД 19765283 .

[pmid17254305-136] Тадани Р., Тамми М.Т. (декабрь 2006 г.). «MicroTar: прогнозирование целей микроРНК из дуплексов РНК» . БМК Биоинформатика . 7. 7 (Приложение 5): С20. дои : 10.1186/1471-2105-7-S5-S20 . ПМЦ 1764477 . ПМИД 17254305 .

[pmid16978421-137] Ким С.К., Нам Дж.В., Ри Дж.К., Ли У.Дж., Чжан Б.Т. (сентябрь 2006 г.). «miTarget: предсказание целевого гена микроРНК с использованием машины опорных векторов» . БМК Биоинформатика . 7 (1): 411. дои : 10.1186/1471-2105-7-411 . ПМЦ 1594580 . ПМИД 16978421 .

[138] Фридман Ю., Наамати Г., Линиал М. (август 2010 г.). «MiRror: веб-инструмент комбинаторного анализа ансамблей микроРНК и их мишеней» . Биоинформатика . 26 (15): 1920–1921. doi : 10.1093/биоинформатика/btq298 . ПМИД 20529892 .

[139] Балага О., Фридман Ю., Линиал М. (октябрь 2012 г.). «К комбинаторной природе регуляции микроРНК в клетках человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (19): 9404–9416. дои : 10.1093/nar/gks759 . ПМК 3479204 . ПМИД 22904063 .

[pmid15806104-140] Крек А., Грюн Д., Пой М.Н., Вольф Р., Розенберг Л., Эпштейн Э.Дж. и др. (май 2005 г.). «Комбинаторные предсказания целей микроРНК». Природная генетика . 37 (5): 495–500. дои : 10.1038/ng1536 . ПМИД 15806104 . S2CID 22672750 .

[pmid17893677-141] Кертеш М., Иовино Н., Уннерсталл У., Галл У., Сигал Э. (октябрь 2007 г.). «Роль доступности сайта в распознавании мишени микроРНК». Природная генетика . 39 (10): 1278–1284. дои : 10.1038/ng2135 . ПМИД 17893677 . S2CID 1721807 .

[pmid18978784-142] ван Донген С., Абреу-Гуджер С., Энрайт А.Дж. (декабрь 2008 г.). «Обнаружение связывания микроРНК и нецелевых эффектов siRNA на основе данных экспрессии» . Природные методы . 5 (12): 1023–1025. дои : 10.1038/nmeth.1267 . ПМЦ 2635553 . ПМИД 18978784 .

[pmid20871108-143] Бартоничек Н., Энрайт А.Дж. (ноябрь 2010 г.). «SylArray: веб-сервер для автоматического обнаружения эффектов микроРНК на основе данных экспрессии» . Биоинформатика . 26 (22): 2900–2901. doi : 10.1093/биоинформатика/btq545 . ПМИД 20871108 .

[pmid=20413915-144] Хейхам Р., Шанкар Р. (март 2010 г.). «Информация о последовательности фланговой области для уточнения прогнозов целевых микроРНК». Журнал биологических наук . 35 (1): 105–118. дои : 10.1007/s12038-010-0013-7 . ПМИД 20413915 . S2CID 7047781 .

[pmid14697198-145] Льюис Б.П., Ши И.Х., Джонс-Роудс М.В., Бартель Д.П., Бердж CB (декабрь 2003 г.). «Прогнозирование целей микроРНК млекопитающих» . Клетка . 115 (7): 787–798. дои : 10.1016/S0092-8674(03)01018-3 . ПМИД 14697198 .

[pmid15652477-146] Льюис Б.П., Бердж CB, Бартель Д.П. (январь 2005 г.). «Консервативные пары семян, часто окруженные аденозинами, указывают на то, что тысячи человеческих генов являются мишенями микроРНК» . Клетка . 120 (1): 15–20. дои : 10.1016/j.cell.2004.12.035 . ПМИД 15652477 .

[pmid17612493-147] Гримсон А., Фарх К.К., Джонстон В.К., Гаррет-Энгеле П., Лим Л.П., Бартель Д.П. (июль 2007 г.). «Специфичность нацеливания микроРНК у млекопитающих: детерминанты, выходящие за рамки спаривания семян» . Молекулярная клетка . 27 (1): 91–105. doi : 10.1016/j.molcel.2007.06.017 . ПМК 3800283 . ПМИД 17612493 .

[pmid21909094-148] Гарсия Д.М., Пэк Д., Шин С., Белл Г.В., Гримсон А., Бартель Д.П. (сентябрь 2011 г.). «Слабая стабильность спаривания семян и большое количество целевых сайтов снижают эффективность lsy-6 и других микроРНК» . Структурная и молекулярная биология природы . 18 (10): 1139–1146. дои : 10.1038/nsmb.2115 . ПМК 3190056 . ПМИД 21909094 .

[149] Агарвал В., Белл Г.В., Нам Дж.В., Бартель Д.П. (август 2015 г.). «Прогнозирование эффективных целевых участков микроРНК в мРНК млекопитающих» . электронная жизнь . 4 : e05005. doi : 10.7554/eLife.05005 . ПМЦ 4532895 . ПМИД 26267216 .

[150] Агарвал В., Субтельный А.О., Тиру П., Улицкий И., Бартель Д.П. (октябрь 2018 г.). «Прогнозирование эффективности нацеливания микроРНК на дрозофилу» . Геномная биология . 19 (1): 152. дои : 10.1186/s13059-018-1504-3 . ПМК 6172730 . ПМИД 30286781 .

[pmid15313604-154] Вашитл С., Хофакер Иллинойс (сентябрь 2004 г.). «Консенсусное сворачивание выровненных последовательностей как новая мера обнаружения функциональных РНК методами сравнительной геномики». Журнал молекулярной биологии . 342 (1): 19–30. CiteSeerX 10.1.1.58.6251 . дои : 10.1016/j.jmb.2004.07.018 . ПМИД 15313604 .

[pmid16628248-155] Педерсен Дж.С., Беджерано Г., Сипель А., Розенблум К., Линдблад-Тох К., Ландер Э.С. и др. (апрель 2006 г.). «Идентификация и классификация консервативных вторичных структур РНК в геноме человека» . PLOS Вычислительная биология . 2 (4): е33. Бибкод : 2006PLSCB...2...33P . дои : 10.1371/journal.pcbi.0020033 . ПМЦ 1440920 . ПМИД 16628248 .

[156] Ковентри А., Клейтман DJ, Бергер Б. (август 2004 г.). «MSARI: множественное выравнивание последовательностей для статистического обнаружения вторичной структуры РНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (33): 12102–12107. Бибкод : 2004PNAS..10112102C . дои : 10.1073/pnas.0404193101 . ПМК 514400 . ПМИД 15304649 .

[pmid11801179-157] Ривас Э., Эдди С.Р. (2001). «Обнаружение генов некодирующей РНК с использованием сравнительного анализа последовательностей» . БМК Биоинформатика . 2 (1): 8. дои : 10.1186/1471-2105-2-8 . ПМК 64605 . ПМИД 11801179 .

[pmid11553332-158] Ривас Э., Кляйн Р.Дж., Джонс Т.А., Эдди С.Р. (сентябрь 2001 г.). «Компьютерная идентификация некодирующих РНК в E. coli методами сравнительной геномики» . Современная биология . 11 (17): 1369–1373. Бибкод : 2001CBio...11.1369R . дои : 10.1016/S0960-9822(01)00401-8 . ПМИД 11553332 .

[pmid15665081-159] Вашитл С., Хофакер И.Л., Штадлер П.Ф. (февраль 2005 г.). «Быстрое и надежное предсказание некодирующих РНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (7): 2454–2459. Бибкод : 2005PNAS..102.2454W . дои : 10.1073/pnas.0409169102 . ПМЦ 548974 . ПМИД 15665081 .

[pmid17452347-160] Грубер А.Р., Нойбёк Р., Хофакер И.Л., Вашитль С. (июль 2007 г.). «Веб-сервер RNAz: предсказание термодинамически стабильных и эволюционно консервативных структур РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (проблема с веб-сервером): W335–W338. дои : 10.1093/нар/gkm222 . ЧВК 1933143 . ПМИД 17452347 .

[pmid17993695-161] Вашитл С. (2007). «Прогнозирование структурных некодирующих РНК с помощью РНКз». Сравнительная геномика . Методы молекулярной биологии. Том. 395. стр. 503–26. дои : 10.1007/978-1-59745-514-5_32 . ISBN 978-1-58829-693-1 . ПМИД 17993695 .

[162] Эндрюс Р.Дж., Рош Дж., Мосс В.Н. (2018). «ScanFold: подход к полногеномному обнаружению локальных структурных элементов РНК - применение к вирусу Зика и ВИЧ» . ПерДж . 6 : е6136. дои : 10.7717/peerj.6136 . ПМК 6317755 . ПМИД 30627482 .

[pmid14704338-163] Ласлетт Д., Кэнбэк Б. (2004). «ARAGORN, программа для обнаружения генов тРНК и генов тмРНК в нуклеотидных последовательностях» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (1): 11–16. дои : 10.1093/nar/gkh152 . ПМЦ 373265 . ПМИД 14704338 .

[pmid23805282-164] Джа А., Шанкар Р. (2013). «miReader: обнаружение новых микроРНК у видов без секвенированного генома» . ПЛОС ОДИН . 8 (6): e66857. Бибкод : 2013PLoSO...866857J . дои : 10.1371/journal.pone.0066857 . ПМЦ 3689854 . ПМИД 23805282 .

[pmid18215311-165] Арци С., Киезун А., Шомрон Н. (январь 2008 г.). «miRNAminer: инструмент для поиска гомологичных генов микроРНК» . БМК Биоинформатика . 9 (1): 39. дои : 10.1186/1471-2105-9-39 . ПМК 2258288 . ПМИД 18215311 .

[riscbinder-166] Ахмед Ф., Ансари HR, Рагхава GP (апрель 2009 г.). «Прогнозирование направляющей цепи микроРНК по ее последовательности и вторичной структуре» . БМК Биоинформатика . 10 (1): 105. дои : 10.1186/1471-2105-10-105 . ПМК 2676257 . ПМИД 19358699 .

[pmid16873472-167] Хертель Дж., Штадлер П.Ф. (июль 2006 г.). «Шпильки в стоге сена: распознавание предшественников микроРНК в данных сравнительной геномики» . Биоинформатика . 22 (14): e197–e202. doi : 10.1093/биоинформатика/btl257 . ПМИД 16873472 .

[pmid14681368-168] Вуйтс Дж., Перьер Дж., Ван Де Пер Ю. (январь 2004 г.). «Европейская база данных рибосомальных РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Проблема с базой данных): D101–D103. дои : 10.1093/nar/gkh065 . ПМК 308799 . ПМИД 14681368 .

[pmid11752286-169] Шиманский М., Барчишевска М.З., Эрдманн В.А., Барцишевский Дж. (январь 2002 г.). «База данных 5S рибосомальных РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 176–178. дои : 10.1093/нар/30.1.176 . ПМК 99124 . ПМИД 11752286 .

[pmid17452365-170] Лагесен К., Халлин П., Рёдланд Э.А., Стаерфельдт Х.Х., Рогнес Т., Уссери Д.В. (2007). «РНКмер: последовательное и быстрое аннотирование генов рибосомальной РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (9): 3100–3108. дои : 10.1093/нар/gkm160 . ПМЦ 1888812 . ПМИД 17452365 .

[pmid17895272-171] Хертель Дж., Хофакер И.Л., Штадлер П.Ф. (январь 2008 г.). «SnoReport: компьютерная идентификация мякРНК с неизвестными мишенями» . Биоинформатика . 24 (2): 158–164. doi : 10.1093/биоинформатика/btm464 . ПМИД 17895272 .

[pmid10024243-172] Лоу Т.М., Эдди С.Р. (февраль 1999 г.). «Вычислительный экран для мякРНК, направляющих метилирование, в дрожжах». Наука . 283 (5405): 1168–1171. Бибкод : 1999Sci...283.1168L . дои : 10.1126/science.283.5405.1168 . ПМИД 10024243 .

[pmid15980563-173] Перейти обратно: ^а ^б Шаттнер П., Брукс А.Н., Лоу Т.М. (июль 2005 г.). «Веб-серверы tRNAscan-SE, snoscan и snoGPS для обнаружения тРНК и мякРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (проблема с веб-сервером): W686–W689. дои : 10.1093/nar/gki366 . ПМК 1160127 . ПМИД 15980563 .

[pmid9023104-174] Лоу Т.М., Эдди С.Р. (март 1997 г.). «tRNAscan-SE: программа для улучшенного обнаружения генов транспортных РНК в геномной последовательности» . Исследования нуклеиновых кислот . 25 (5): 955–964. дои : 10.1093/нар/25.5.955 . ПМК 146525 . ПМИД 9023104 .

[pmid22362754-175] Темпель С., Тахи Ф (июнь 2012 г.). «Быстрый метод ab-initio для прогнозирования предшественников микроРНК в геномах» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (11): е80. дои : 10.1093/nar/gks146 . ПМК 3367186 . ПМИД 22362754 .

[pmid34636849-176] Райт Э.С. (октябрь 2021 г.). «FindNonCoding: быстрое и простое обнаружение некодирующих РНК в геномах» . Биоинформатика . 12 октября (3): 841–843. doi : 10.1093/биоинформатика/btab708 . ПМЦ 10060727 . ПМИД 34636849 .

[pmid11700055-177] Готре Д., Ламберт А. (ноябрь 2001 г.). «Прямое определение и идентификация мотива РНК на основе множественного выравнивания последовательностей с использованием профилей вторичной структуры». Журнал молекулярной биологии . 313 (5): 1003–1011. дои : 10.1006/jmbi.2001.5102 . ПМИД 11700055 .

[pmid15215371-178] Ламберт А., Фонтен Дж. Ф., Лежандр М., Леклерк Ф., Пермал Э., Майор Ф. и др. (июль 2004 г.). «Сервер ERPIN: интерфейс для идентификации мотивов РНК на основе профилей» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (проблема с веб-сервером): W160–W165. дои : 10.1093/nar/gkh418 . ПМК 441556 . ПМИД 15215371 .

[pmid15892887-179] Ламбер А., Лежандр М., Фонтен Ж.Ф., Готре Д. (май 2005 г.). «Вычисление ожидаемых значений для мотивов РНК с использованием дискретных сверток» . БМК Биоинформатика . 6 (1): 118. дои : 10.1186/1471-2105-6-118 . ПМЦ 1168889 . ПМИД 15892887 .

[pmid17397253-180] Навроцкий Е.П., Эдди С.Р. (март 2007 г.). «Бэндинг, зависящий от запроса (QDB) для более быстрого поиска сходства РНК» . PLOS Вычислительная биология . 3 (3): е56. Бибкод : 2007PLSCB...3...56N . дои : 10.1371/journal.pcbi.0030056 . ПМЦ 1847999 . ПМИД 17397253 .

[pmid12095421-181] Эдди С.Р. (июль 2002 г.). «Алгоритм динамического программирования с эффективным использованием памяти для оптимального выравнивания последовательности со вторичной структурой РНК» . БМК Биоинформатика . 3 (1): 18. дои : 10.1186/1471-2105-3-18 . ПМК 119854 . ПМИД 12095421 .

[pmid8029015-182] Эдди С.Р., Дурбин Р. (июнь 1994 г.). «Анализ последовательности РНК с использованием ковариационных моделей» . Исследования нуклеиновых кислот . 22 (11): 2079–2088. дои : 10.1093/нар/22.11.2079 . ПМК 308124 . ПМИД 8029015 .

[pmid16204111-183] Сато К., Сакакибара Ю. (сентябрь 2005 г.). «Выравнивание вторичной структуры РНК с условными случайными полями» . Биоинформатика . 21. 21 (приложение_2): ii237–ii242. doi : 10.1093/биоинформатика/bti1139 . ПМИД 16204111 .

[pmid15262817-184] Вайнберг З., Руццо В.Л. (август 2004 г.). «Использование консервативной структуры для более быстрого аннотирования некодирующих РНК без потери точности» . Биоинформатика . 20. 20 (приложение_1): i334–i341. doi : 10.1093/биоинформатика/bth925 . ПМИД 15262817 .

[pmid16267089-185] Вайнберг З., Руццо В.Л. (январь 2006 г.). «Эвристика на основе последовательностей для более быстрого аннотирования семейств некодирующих РНК» . Биоинформатика . 22 (1): 35–39. doi : 10.1093/биоинформатика/bti743 . ПМИД 16267089 .

[pmid14499004-186] Кляйн Р.Дж., Эдди С.Р. (сентябрь 2003 г.). «ИССЛЕДОВАНИЯ: поиск гомологов одноструктурных последовательностей РНК» . БМК Биоинформатика . 4 (1): 44. дои : 10.1186/1471-2105-4-44 . ПМК 239859 . ПМИД 14499004 .

[pmid21619640-187] Мейер Ф., Курц С., Бакофен Р., Уилл С., Бекстетт М. (май 2011 г.). «Структатор: быстрый поиск по индексам структурных последовательностей РНК» . БМК Биоинформатика . 12 (1): 214. дои : 10.1186/1471-2105-12-214 . ПМК 3154205 . ПМИД 21619640 .

[188] Мейер Ф., Курц С., Бекстетт М. (июль 2013 г.). «Быстрые онлайн-алгоритмы на основе индексов для приблизительного поиска закономерностей структуры последовательностей РНК» . БМК Биоинформатика . 14 (1): 226. дои : 10.1186/1471-2105-14-226 . ПМЦ 3765529 . ПМИД 23865810 .

[pmid15458580-191] Гарднер П.П., Гигерих Р. (сентябрь 2004 г.). «Всестороннее сравнение сравнительных подходов к предсказанию структуры РНК» . БМК Биоинформатика . 5 (1): 140. дои : 10.1186/1471-2105-5-140 . ПМК 526219 . ПМИД 15458580 .

[pmid15860779-192] Гарднер П.П., Уилм А., Вашитл С. (2005). «Эталон программ множественного выравнивания последовательностей структурных РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (8): 2433–2439. дои : 10.1093/nar/gki541 . ПМЦ 1087786 . ПМИД 15860779 .

[pmid17062125-193] Вильм А., Майнц I, Стегер Г. (октябрь 2006 г.). «Усовершенствованный эталон выравнивания РНК для программ выравнивания последовательностей» . Алгоритмы молекулярной биологии . 1 (1): 19. дои : 10.1186/1748-7188-1-19 . ПМЦ 1635699 . ПМИД 17062125 .

[pmid17151342-194] Фрейхульт Э.К., Болбак Дж.П., Гарднер П.П. (январь 2007 г.). «Изучение геномной темной материи: критическая оценка эффективности методов поиска гомологии некодирующих РНК» . Геномные исследования . 17 (1): 117–125. дои : 10.1101/гр.5890907 . ПМК 1716261 . ПМИД 17151342 .

[pmid23435231-195] Путон Т., Козловски Л.П., Ротер К.М., Буйницкий Дж.М. (апрель 2013 г.). «CompaRNA: сервер для непрерывного сравнительного анализа автоматизированных методов прогнозирования вторичной структуры РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (7): 4307–4323. дои : 10.1093/нар/gkt101 . ПМЦ 3627593 . ПМИД 23435231 .

[pmid32005745-196] Райт Э.С. (май 2020 г.). «RNAconTest: сравнение инструментов для выравнивания множественных последовательностей некодирующих РНК на основе структурной согласованности» . РНК . 26 (5): 531–540. дои : 10.1261/rna.073015.119 . ПМК 7161358 . ПМИД 32005745 .

[pmid17101042-199] Зайбель П.Н., Мюллер Т., Дандекар Т., Шульц Дж., Вольф М. (ноябрь 2006 г.). «4SALE — инструмент для синхронного выравнивания и редактирования последовательностей и вторичных структур РНК» . БМК Биоинформатика . 7 (1): 498. дои : 10.1186/1471-2105-7-498 . ПМЦ 1637121 . ПМИД 17101042 .

[colorstock-200] Бенданья Ю.Р., Холмс И.Х. (февраль 2008 г.). «Colorstock, SScolor, Ratón: инструменты визуализации выравнивания РНК» . Биоинформатика . 24 (4): 579–580. doi : 10.1093/биоинформатика/btm635 . ПМК 7109877 . ПМИД 18218657 .

[binf_igb_paper-201] Никол Дж.В., Хелт Г.А., Бланшар С.Г., Раджа А., Лорейн А.Е. (октябрь 2009 г.). «Интегрированный геномный браузер: бесплатное программное обеспечение для распространения и исследования наборов данных в масштабе генома» . Биоинформатика . 25 (20): 2730–2731. doi : 10.1093/биоинформатика/btp472 . ПМЦ 2759552 . ПМИД 19654113 .

[pmid19151095-202] Уотерхаус А.М., Проктер Дж.Б., Мартин Д.М., Клэмп М., Бартон Г.Дж. (май 2009 г.). «Jalview версии 2 — редактор множественного выравнивания последовательностей и инструментарий для анализа» . Биоинформатика . 25 (9): 1189–1191. doi : 10.1093/биоинформатика/btp033 . ПМЦ 2672624 . ПМИД 19151095 .

[pmid14960472-203] Clamp M, Cuff J, Searle SM, Barton GJ (февраль 2004 г.). «Редактор выравнивания Java Jalview» . Биоинформатика . 20 (3): 426–427. doi : 10.1093/биоинформатика/btg430 . ПМИД 14960472 .

[pmid15377506-204] Гриффитс-Джонс С. (январь 2005 г.). «RALEE — редактор выравнивания РНК в Emacs» . Биоинформатика . 21 (2): 257–259. doi : 10.1093/биоинформатика/bth489 . ПМИД 15377506 .

[pmid17804647-205] Андерсен Е.С., Линд-Томсен А., Кнудсен Б., Кристенсен С.Е., Хавгаард Дж.Х., Тораринссон Е. и др. (ноябрь 2007 г.). «Полуавтоматическое улучшение выравнивания РНК» . РНК . 13 (11): 1850–1859. дои : 10.1261/rna.215407 . ПМК 2040093 . ПМИД 17804647 .

[EteRNA-206] Ли Дж., Кладванг В., Ли М., Канту Д., Азизян М., Ким Х. и др. (февраль 2014 г.). «Правила проектирования РНК из огромной открытой лаборатории» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (6): 2122–2127. Бибкод : 2014PNAS..111.2122L . дои : 10.1073/pnas.1313039111 . ПМЦ 3926058 . ПМИД 24469816 .

[RNAiFold-207] Гарсиа-Мартин Дж.А., Клот П., Доту I (апрель 2013 г.). «RNAiFOLD: алгоритм программирования с ограничениями для обратного сворачивания РНК и молекулярного дизайна». Журнал биоинформатики и вычислительной биологии . 11 (2): 1350001. doi : 10.1142/S0219720013500017 . ПМИД 23600819 .

[RNAiFoldWeb-208] Гарсиа-Мартин Дж. А., Клот П., Доту I (июль 2013 г.). «RNAiFold: веб-сервер для обратного сворачивания РНК и молекулярного дизайна» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (проблема с веб-сервером): W465–W470. дои : 10.1093/нар/gkt280 . ПМК 3692061 . ПМИД 23700314 .

[RNAiFold2Web-209] Гарсиа-Мартин Дж. А., Доту I, Клот П. (июль 2015 г.). «RNAiFold 2.0: веб-сервер и программное обеспечение для создания индивидуальных молекул РНК и молекул РНК на основе Rfam» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (П1): W513–W521. arXiv : 1505.04210 . Бибкод : 2015arXiv150504210G . дои : 10.1093/nar/gkv460 . ПМЦ 4489274 . ПМИД 26019176 .

[RNA-SSD-210] Андронеску М., Фейеш А.П., Хаттер Ф., Хоос Х.Х., Кондон А. (февраль 2004 г.). «Новый алгоритм проектирования вторичной структуры РНК». Журнал молекулярной биологии . 336 (3): 607–624. дои : 10.1016/j.jmb.2003.12.041 . ПМИД 15095976 .

[INFO-RNA-211] Буш А., Бакофен Р. (август 2006 г.). «ИНФО-РНК — быстрый подход к обратному сворачиванию РНК» . Биоинформатика . 22 (15): 1823–1831. doi : 10.1093/биоинформатика/btl194 . ПМИД 16709587 .

[INFO-RNA-WebServer-212] Буш А., Бакофен Р. (июль 2007 г.). «ИНФО-РНК — сервер для быстрого обратного сворачивания РНК, удовлетворяющего ограничениям последовательности» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (проблема с веб-сервером): W310–W313. дои : 10.1093/нар/gkm218 . ЧВК 1933236 . ПМИД 17452349 .

[RNAexinv-213] Авиху А., Чуркин А., Бараш Д. (август 2011 г.). «RNAexinv: расширенное обратное сворачивание РНК от формы и физических свойств до последовательностей» . БМК Биоинформатика . 12 (319): 319. дои : 10.1186/1471-2105-12-319 . ПМК 3176266 . ПМИД 21813013 .

[RNA-ensign-214] Левин А., Лис М., Понти Ю., О'Доннелл К.В., Девадас С., Бергер Б., Вальдиспюль Дж. (ноябрь 2012 г.). «Глобальный подход к выборке образцов для проектирования и реинжиниринга вторичных структур РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (20): 10041–10052. дои : 10.1093/nar/gks768 . ПМЦ 3488226 . ПМИД 22941632 .

[IncaRNAtion-215] Рейнхарц В., Понти Й., Вальдиспюль Дж. (июль 2013 г.). «Алгоритм взвешенной выборки для создания последовательностей РНК с целевой вторичной структурой и распределением нуклеотидов» . Биоинформатика . 29 (13): i308–i315. doi : 10.1093/биоинформатика/btt217 . ПМЦ 3694657 . ПМИД 23812999 .

[DSS-Opt-216] Маттис М.К., Бинерт С., Торда А.Е. (октябрь 2012 г.). «Динамика в пространстве последовательностей для проектирования вторичной структуры РНК». Журнал химической теории и вычислений . 8 (10): 3663–3670. дои : 10.1021/ct300267j . ПМИД 26593011 .

[MODENA-217] Танеда А. (2011). «МОДЕНА: многоцелевое обратное сворачивание РНК» . Достижения и приложения в биоинформатике и химии . 4 : 1–12. дои : 10.2147/aabc.s14335 . ПМК 3169953 . ПМИД 21918633 .

[MODENA_E-218] Танеда А (2012). «Многоцелевой генетический алгоритм для проектирования псевдоузловых последовательностей РНК» . Границы генетики . 3 : 36. doi : 10.3389/fgene.2012.00036 . ПМЦ 3337422 . ПМИД 22558001 .

[ERD-219] Эсмаили-Тахери А., Ганджтабеш М., Мохаммад-Нури М. (май 2014 г.). «Эволюционное решение проблемы дизайна РНК» . Биоинформатика . 30 (9): 1250–1258. doi : 10.1093/биоинформатика/btu001 . ПМИД 24407223 .

[antaRNA_basis-220] Кляйнкауф Р., Манн М., Бакофен Р. (октябрь 2015 г.). «антаРНК: дизайн последовательности РНК на основе муравьиных колоний» . Биоинформатика . 31 (19): 3114–3121. doi : 10.1093/биоинформатика/btv319 . ПМЦ 4576691 . ПМИД 26023105 .

[antaRNA_pk-221] Кляйнкауф Р., Хоуварт Т., Бакофен Р., Манн М. (ноябрь 2015 г.). «антаРНК - многоцелевое обратное сворачивание РНК псевдоузла с использованием оптимизации муравьиных колоний» . БМК Биоинформатика . 16 (389): 389. дои : 10.1186/s12859-015-0815-6 . ПМЦ 4652366 . ПМИД 26581440 .

[switch.pl-222] Фламм С., Хофакер И.Л., Маурер-Стро С., Стадлер П.Ф., Зель М. (февраль 2001 г.). «Дизайн мультистабильных молекул РНК» . РНК . 7 (2): 254–265. дои : 10.1017/s1355838201000863 . ПМК 1370083 . ПМИД 11233982 .

[RiboMaker-223] Родриго Дж., Харамильо А. (сентябрь 2014 г.). «RiboMaker: вычислительный дизайн риборегуляции на основе конформации» . Биоинформатика . 30 (17): 2508–2510. doi : 10.1093/биоинформатика/btu335 . ПМИД 24833802 .

[RNAblueprint-224] Хаммер С., Чиачек Б., Фламм С., Хофакер И.Л., Финдейс С. (сентябрь 2017 г.). «RNAblueprint: гибкий дизайн последовательностей нуклеиновых кислот с множеством мишеней» . Биоинформатика . 33 (18): 2850–2858. doi : 10.1093/биоинформатика/btx263 . ПМК 5870862 . ПМИД 28449031 .

[RNADesign-225] Хёнер цу Зидердиссен К., Хаммер С., Абфальтер И., Хофакер И.Л., Фламм К., Штадлер П.Ф. (декабрь 2013 г.). «Вычислительный дизайн РНК со сложным энергетическим ландшафтом». Биополимеры . 99 (12): 1124–1136. дои : 10.1002/bip.22337 . ПМИД 23818234 . S2CID 7337968 .

[Frnakenstein-226] Люнгсё Р.Б., Андерсон Дж.В., Сизикова Е., Бадугу А., Хайланд Т., Хейн Дж. (октябрь 2012 г.). «Франкенштейн: множественное обратное сворачивание РНК» . БМК Биоинформатика . 13 (260): 260. дои : 10.1186/1471-2105-13-260 . ПМЦ 3534541 . ПМИД 23043260 .

[ARDesigner-227] Шу В, Лю М, Чен Х, Бо X, Ван С (декабрь 2010 г.). «ARDesigner: веб-система для дизайна аллостерических РНК». Журнал биотехнологии . 150 (4): 466–473. дои : 10.1016/j.jbiotec.2010.10.067 . ПМИД 20969900 .

[pmid19369500-228] Бён Ю, Хан К. (июнь 2009 г.). «PseudoViewer3: создание плоских рисунков крупномасштабных структур РНК с псевдоузлами» . Биоинформатика . 25 (11): 1435–1437. doi : 10.1093/биоинформатика/btp252 . ПМИД 19369500 .

[pmid16845039-229] Бён Ю, Хан К. (июль 2006 г.). «PseudoViewer: веб-приложение и веб-сервис для визуализации псевдоузлов и вторичных структур РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (проблема с веб-сервером): W416–W422. дои : 10.1093/нар/gkl210 . ПМЦ 1538805 . ПМИД 16845039 .

[pmid12824341-230] Хан К., Бён Ю (июль 2003 г.). «PSEUDOVIEWER2: Визуализация псевдоузлов РНК любого типа» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (13): 3432–3440. дои : 10.1093/nar/gkg539 . ПМК 168946 . ПМИД 12824341 .

[pmid12169562-231] Хан К., Ли Ю, Ким В. (2002). «PseudoViewer: автоматическая визуализация псевдоузлов РНК» . Биоинформатика . 18. 18 (Приложение 1): С321–С328. doi : 10.1093/биоинформатика/18.suppl_1.S321 . ПМИД 12169562 .

[pmid17567618-232] Кайзер А., Крюгер Дж., Эверс DJ (июль 2007 г.). «Фильмы РНК 2: последовательная анимация вторичных структур РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (проблема с веб-сервером): W330–W334. дои : 10.1093/нар/gkm309 . ЧВК 1933240 . ПМИД 17567618 .

[pmid10068690-233] Эверс Д., Гигерих Р. (январь 1999 г.). «Фильмы РНК: визуализация пространств вторичной структуры РНК» . Биоинформатика . 15 (1): 32–37. дои : 10.1093/биоинформатика/15.1.32 . ПМИД 10068690 .

[234] Цанг Х.Х., Дай, округ Колумбия (2012). «РНА-ДВ». Материалы конференции ACM по биоинформатике, вычислительной биологии и биомедицине . стр. 601–603. дои : 10.1145/2382936.2383036 . ISBN 978-1-4503-1670-5 . S2CID 15910737 .

[pmid18399701-235] Мартинес Х.М., Майзель Й.В., Шапиро Б.А. (июнь 2008 г.). «RNA2D3D: программа для генерации, просмотра и сравнения трехмерных моделей РНК» . Журнал биомолекулярной структуры и динамики . 25 (6): 669–683. дои : 10.1080/07391102.2008.10531240 . ПМЦ 3727907 . ПМИД 18399701 .

[pmid20230624-236] Reuter JS, Мэтьюз Д.Х. (март 2010 г.). «Структура РНК: программное обеспечение для прогнозирования и анализа вторичной структуры РНК» . БМК Биоинформатика . 11 (1): 129. дои : 10.1186/1471-2105-11-129 . ПМЦ 2984261 . ПМИД 20230624 .

[pmid12824344-237] Ян Х., Жоссине Ф., Леонтис Н., Чен Л., Вестбрук Дж., Берман Х., Вестхоф Э. (июль 2003 г.). «Инструменты для автоматической идентификации и классификации пар оснований РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (13): 3450–3460. дои : 10.1093/нар/gkg529 . ПМК 168936 . ПМИД 12824344 .

[pmid22826541-238] Мензель П., Зееманн С.Е., Городкин Ю. (октябрь 2012 г.). «RILogo: визуализация взаимодействий РНК-РНК» . Биоинформатика . 28 (19): 2523–2526. doi : 10.1093/биоинформатика/bts461 . ПМИД 22826541 .

[pmid19398448-239] Дарти К., Дениз А., Понти Ю. (август 2009 г.). «ВАРНА: Интерактивное рисование и редактирование вторичной структуры РНК» . Биоинформатика . 25 (15): 1974–1975. doi : 10.1093/биоинформатика/btp250 . ПМЦ 2712331 . ПМИД 19398448 .

[pmid26099263-240] Керпеджиев П., Хаммер С., Хофакер И.Л. (октябрь 2015 г.). «Форна (принудительно управляемая РНК): простые и эффективные онлайн-диаграммы вторичной структуры РНК» . Биоинформатика . 31 (20): 3377–3379. doi : 10.1093/биоинформатика/btv372 . ПМК 4595900 . ПМИД 26099263 .

[241] Вайнберг З., Брейкер Р.Р. (январь 2011 г.). «R2R — программное обеспечение для ускорения изображения эстетически согласованных вторичных структур РНК» . БМК Биоинформатика . 12 (1): 3. дои : 10.1186/1471-2105-12-3 . ПМК 3023696 . ПМИД 21205310 .

[pmid37094080-242] Джонсон П.З., Саймон А.Е. (июль 2023 г.). «RNAcanvas: интерактивное рисование и исследование структур нуклеиновых кислот» . Исследования нуклеиновых кислот . 51 (w1): W501–W508. дои : 10.1093/nar/gkad302 . ПМК 10320051 . ПМИД 37094080 .

[243] Митра, Рактим; Коэн, Ари С; Рохс, Ремо (17 апреля 2024 г.). «RNAscape: геометрическое картирование и настраиваемая визуализация структуры РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . дои : 10.1093/nar/gkae269 . ISSN 0305-1048 . ПМЦ 11223802 .

[Примечание 1]

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

[22]

[23]

[24]

[25]

[26]

[27]

[28]

[29]

[30]

[31]

[32]

[33]

[34]

[35]

[36]

[37]

[38]

[39]

[40]

[Примечание 1]

[41]

[42]

[43]

[44]

[45]

[46]

[47]

[48]

[Примечание 1]

[Примечание 2]

[Примечание 3]

[Примечание 4]

[49]

[50]

[51]

[52]

[53]

[54]

[55]

[56]

[57]

[58]

[59]

[60]

[61]

[62]

[63]

[64]

[65]

[66]

[67]

[68]

[69]

[70]

[71]

[72]

[73]

[74]

[75]

[76]

[77]

[78]

[79]

[80]

[81]

[82]

[83]

[84]

[85]

[86]

[87]

[88]

[89]

[90]

[91]

[92]

[93]

[94]