Джалвью
 | |
| Разработчик(и) | Эндрю Уотерхаус, Джеймс Проктер, Дэвид Мартин и Джеффри Бартон в Университете Данди . Оригинальная версия Мишель Клэмп, Джеймса Каффа, Стивена Сирла, Джеффри Бартона. |
|---|---|
| Стабильная версия | 2.11.2 [ 1 ]
/ 10 марта 2022 г |
| Написано в | Ява |
| Операционная система | UNIX , Linux , Mac OS X , Microsoft Windows |
| Тип | Инструмент биоинформатики |
| Лицензия | лицензия GPL |
| Веб-сайт | http://www.jalview.org |
Jalview — это биоинформатическое программное обеспечение, которое используется для просмотра и редактирования множественных выравниваний последовательностей . Программа была первоначально написана Мишель Клэмп во время работы в группе Джеффа Бартона в Оксфордском университете и Европейском институте биоинформатики (EBI). [ 2 ] Jalview 2, переработанная версия, созданная Эндрю Уотерхаусом и Джимом Проктером во время работы в группе Джеффа Бартона в Школе естественных наук , Университета Данди была выпущена в 2005 году. [ 3 ] и его развитие поддерживается Исследовательским советом по биотехнологиям и биологическим наукам (BBSRC) и Wellcome Trust .
Он широко используется различными веб-серверами (например, сервером EBI ClustalW и базой данных белковых доменов Pfam ), но также доступен в качестве редактора выравнивания общего назначения.
Jalview имеет широкий спектр функций в дополнение к генерации, просмотру и редактированию множественного выравнивания последовательностей, включая расчет филогенетических деревьев и просмотр молекулярных структур. Последние версии Jalview включают функции анализа генетических вариаций из общедоступных баз данных или локальных формата вызова вариантов файлов (VCF). Jalview подключается ко многим внешним веб-сервисам для импорта данных и выполнения вычислений.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ «История выпусков» . Архивировано из оригинала 06 марта 2019 г. Проверено 30 мая 2016 г.
- ^ Clamp M, Cuff J, Searle SM, Barton GJ (февраль 2004 г.). «Редактор выравнивания Java Jalview» . Биоинформатика . 20 (3): 426–7. doi : 10.1093/биоинформатика/btg430 . ПМИД 14960472 .
- ^ Уотерхаус А.М., Проктер Дж.Б., Мартин Д.М., Клэмп М., Бартон Г.Дж. (май 2009 г.). «Jalview версии 2 — редактор множественного выравнивания последовательностей и инструментарий для анализа» . Биоинформатика . 25 (9): 1189–91. doi : 10.1093/биоинформатика/btp033 . ПМЦ 2672624 . ПМИД 19151095 .