Джпред

Jpred v.4 — это последняя версия белков JPred. сервера прогнозирования вторичной структуры ^[1] который обеспечивает прогнозы с помощью алгоритма JNet, одного из наиболее точных методов прогнозирования вторичной структуры, ^[2] существующий с 1998 года в разных версиях. ^[3]

Помимо вторичной структуры белка , JPred также прогнозирует доступность растворителя и спиральные области. Сервис JPred выполняет до 134 000 заданий в месяц и в общей сложности выполнил более 2 миллионов прогнозов для пользователей в 179 странах. ^[4]

ДжейПред 2

Статические HTML-страницы JPred 2 по-прежнему доступны для справки. ^[5]

ДжейПред 3

JPred v3 ^[6] продолжение предыдущих версий JPred, разработанных и поддерживаемых Джеймсом Каффом и Джонатаном Барбером (см. Справочные материалы по JPred). ^[7]). В этом выпуске добавлены новые функции и исправлено множество ошибок. Основные моменты:

Новый, более дружелюбный пользовательский интерфейс
Переобученная и оптимизированная версия Jnet (v2) — средняя точность прогнозирования вторичной структуры> 81 %.
Пакетная подача заданий
Улучшенная проверка ошибок входных последовательностей/выравниваний.
Прогнозы теперь (опционально) возвращаются по электронной почте.
Пользователи могут предоставлять свои собственные имена запросов для каждой отправки.
нет совпадений PSI-BLAST. JPred теперь делает прогноз, даже если в запросе
Выходные данные PS/PDF теперь включают все прогнозы.

ДжейПред 4

Текущая версия JPred (v4) включает следующие улучшения и обновления:

Переобучение на последней UniRef90 и SCOPe/ASTRAL (v2.3.1) - средняя точность прогнозирования вторичной структуры> 82%. версии Jnet ^[2]
Обновлен веб-сервер до новейших технологий (фреймворк Bootstrap, JavaScript) и обновлены веб-страницы – улучшение дизайна и удобства использования за счет внедрения адаптивных технологий.
Добавлен RESTful API, а также сценарии массовой отправки и получения результатов, в результате чего пиковая пропускная способность превысила 20 000 прогнозов в день. ^[8]
Добавлены инструменты мониторинга прогнозируемых заданий. ^[9]
Обновлена отчетность о результатах – как на веб-сайте, так и через дополнительные сводные отчеты по электронной почте: улучшена пакетная отправка, добавлен предварительный просмотр сводки результатов через сводку визуализации результатов Jalview в SVG и добавлено полное множественное выравнивание последовательностей в отчеты.
Улучшенные страницы справки, включающие подсказки и одностраничные пошаговые руководства. ^[10]

Остатки последовательности классифицируются или относятся к одному из элементов вторичной структуры, например альфа-спирали , бета-листу и спиральной спирали.

Jnet использует две нейронные сети для прогнозирования. Первая сеть снабжена окном из 17 остатков по каждой аминокислоте в выравнивании плюс число консервации. Он использует скрытый слой из девяти узлов и имеет три выходных узла, по одному для каждого элемента вторичной структуры. Во вторую сеть поступает окно из 19 остатков (результат первой сети) плюс число сохранения. Он имеет скрытый слой с девятью узлами и три выходных узла. ^[11]

См. также

Ссылки

^ «JPred4: сервер прогнозирования вторичной структуры белка» . Проверено 16 июля 2015 г.
^ Jump up to: ^а ^б Дроздецкий, Алексей; Коул, Крис; Проктер, Джеймс; Бартон, Джеффри (16 апреля 2015 г.). «JPred4: сервер предсказания вторичной структуры белка» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (П1): W389–W394. дои : 10.1093/нар/gkv332 . ПМЦ 4489285 . ПМИД 25883141 .
^ «Старые новости JPred» . 25 октября 1998 г. Проверено 16 июля 2015 г.
^ «Статистика JPred4» . Проверено 16 июля 2015 г.
^ «JPred2: наследие» . Проверено 16 июля 2015 г.
^ «JPred3: предыдущая версия JPred» . Проверено 16 июля 2015 г.
^ «Ссылки на JPred4» . Проверено 16 июля 2015 г.
^ «JPred4 RESTful API» . Проверено 16 июля 2015 г.
^ «Инструменты мониторинга JPred4» . Проверено 16 июля 2015 г.
^ «Помощь и учебные пособия по JPred4» . Проверено 16 июля 2015 г.
^ Кафф, Дж. А.; Бартон, Дж.Дж. (август 2000 г.). «Применение нескольких профилей выравнивания последовательностей для улучшения предсказания вторичной структуры белка». Белки . 40 (3): 502–11. doi : 10.1002/1097-0134(20000815)40:3<502::aid-prot170>3.0.co;2-q . ПМИД 10861942 . S2CID 855816 .

[1] «JPred4: сервер прогнозирования вторичной структуры белка» . Проверено 16 июля 2015 г.

[DROZDETSKIY2015-2] Jump up to: ^а ^б Дроздецкий, Алексей; Коул, Крис; Проктер, Джеймс; Бартон, Джеффри (16 апреля 2015 г.). «JPred4: сервер предсказания вторичной структуры белка» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (П1): W389–W394. дои : 10.1093/нар/gkv332 . ПМЦ 4489285 . ПМИД 25883141 .

[3] «Старые новости JPred» . 25 октября 1998 г. Проверено 16 июля 2015 г.

[4] «Статистика JPred4» . Проверено 16 июля 2015 г.

[5] «JPred2: наследие» . Проверено 16 июля 2015 г.

[6] «JPred3: предыдущая версия JPred» . Проверено 16 июля 2015 г.

[7] «Ссылки на JPred4» . Проверено 16 июля 2015 г.

[8] «JPred4 RESTful API» . Проверено 16 июля 2015 г.

[9] «Инструменты мониторинга JPred4» . Проверено 16 июля 2015 г.

[10] «Помощь и учебные пособия по JPred4» . Проверено 16 июля 2015 г.

[11] Кафф, Дж. А.; Бартон, Дж.Дж. (август 2000 г.). «Применение нескольких профилей выравнивания последовательностей для улучшения предсказания вторичной структуры белка». Белки . 40 (3): 502–11. doi : 10.1002/1097-0134(20000815)40:3<502::aid-prot170>3.0.co;2-q . ПМИД 10861942 . S2CID 855816 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]