ОксиS РНК
| ОксиS РНК | |
|---|---|
 Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности OxyS | |
| Идентификаторы | |
| Символ | ОксиС |
| Рфам | RF00035 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | Джин ; мРНК |
| Домен(ы) | Бактерии |
| ТАК | ТАК: 0000384 |
| PDB Структуры | ПДБе |
OxyS РНК представляет собой небольшую некодирующую РНК , которая индуцируется в ответ на окислительный стресс у Escherichia coli . Эта РНК действует как глобальный регулятор, активируя или подавляя экспрессию до 40 генов с помощью антисмыслового механизма, включая кодируемый fhlA активатор транскрипции и кодируемую rpoS сигма(ы) субъединицу РНК-полимеразы. [ 1 ] OxyS связан белком Hfq , который увеличивает взаимодействие РНК OxyS с его целевыми сообщениями. [ 2 ] [ 3 ] Связывание с Hfq изменяет конформацию OxyS. [ 4 ] состоящая из 109 нуклеотидов Считается, что РНК, , состоит из трех стебельчатых петель .
Целевые гены
[ редактировать ]Ряд дополнительных целей был предсказан и проверен с помощью микроматричного анализа. [ 5 ] Они перечислены ниже:
- yobF – подтверждено Нозерн-анализом
- яиз
- комнатаА
- wrbA – подтверждено анализом Northern
- ybaY – подтверждено анализом Northern
Более того, мРНК, кодируемая геном nusG , является непосредственной мишенью OxyS. [ 6 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Алтувия, С; Чжан А; Аргаман Л; Тивари А; Сторц Г (1998). «Регуляторная РНК OxyS Escherichia coli подавляет трансляцию fhlA, блокируя связывание рибосом» . ЭМБО Дж. 17 (20): 6069–6 дои : 10.1093/emboj/17.20.6069 . ПМК 1170933 . ПМИД 9774350 .
- ^ Чжан, А; Вассарман К.М.; Ортега Дж; Стивен AC; Сторц Г (2002). «Sm-подобный белок Hfq увеличивает взаимодействие РНК OxyS с целевыми мРНК» . Мол Клетка . 9 (1): 11–22. дои : 10.1016/S1097-2765(01)00437-3 . ПМИД 11804582 .
- ^ Холмквист Э., Райт П.Р., Ли Л., Бишлер Т., Барквист Л., Рейнхардт Р., Бакофен Р., Фогель Дж. (2016). «Глобальные закономерности распознавания РНК посттранскрипционных регуляторов Hfq и CsrA, выявленные с помощью УФ-сшивки in vivo» . ЭМБО Дж . 35 (9): 991–1011. дои : 10.15252/embj.201593360 . ПМК 5207318 . ПМИД 27044921 .
- ^ Хендерсон, Калифорния; Винсент, штат Ха; Казаменто, А; Стоун, CM; Филлипс, Джо; Кэри, доктор медицинских наук; Соботт, Ф; Гауэрс, DM; Тейлор, Дж. Э.; Каллаган, Эй Джей (август 2013 г.). «Связывание Hfq изменяет структуру малых некодирующих РНК Escherichia coli OxyS и RprA, которые участвуют в риборегуляции rpoS» . РНК . 19 (8): 1089–1104. дои : 10.1261/rna.034595.112 . ПМК 3708529 . ПМИД 23804244 .
- ^ Тьяден Б., Гудвин С.С., Опдайк Дж.А. и др. (2006). «Целевой прогноз для малых некодирующих РНК в бактериях» . Нуклеиновые кислоты Рез . 34 (9): 2791–2802. дои : 10.1093/нар/gkl356 . ПМЦ 1464411 . ПМИД 16717284 .
- ^ Баршишат С., Эльграбли-Вайс М., Эдельштейн Дж., Георг Дж., Говиндараджан С., Хавив М., Райт П.Р., Хесс В.Р., Алтувиа С. (2018). «Малая РНК OxyS вызывает остановку клеточного цикла, что позволяет восстановить повреждения ДНК» . ЭМБО Дж . 37 (3): 413–426. дои : 10.15252/embj.201797651 . ПМЦ 5793797 . ПМИД 29237698 .
Внешние ссылки
[ редактировать ] | Эта по молекулярной или клеточной биологии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |