Складывать
 | В этой статье есть несколько проблем. Пожалуйста, помогите улучшить его или обсудите эти проблемы на странице обсуждения . ( Узнайте, как и когда удалять эти шаблонные сообщения )
|
 | |
| Оригинальный автор(ы) | Е Дин и Чарльз Э. Лоуренс |
|---|---|
| Разработчик(и) | Данг Лонг и Чаочун Лю (моделирование приложений); Кларенс Чан, Адам Воленц, Уильям А. Ренни и Чарльз С. Кармак (разработка программного обеспечения) |
| Первоначальный выпуск | 1 апреля 2003 г |
| Репозиторий | github |
| Операционная система | Линукс |
| Веб-сайт | www |
Sfold - это программа, разработанная для прогнозирования вероятных вторичных структур РНК посредством выборки ансамблей структур и предсказания центроидов. [ 1 ] [ 2 ] с акцентом на оценку доступности мишени РНК , [ 3 ] для основных приложений по рациональному дизайну миРНК [ 4 ] в подавлении экспрессии генов и идентификации мишеней для регуляторных РНК, особенно микроРНК . [ 5 ] [ 6 ]
Разработка
[ редактировать ]Алгоритм прогнозирования основной вторичной структуры РНК основан на строгой статистической (стохастической) выборке больцмановского ансамбля вторичных структур РНК, что позволяет статистически охарактеризовать любые локальные структурные особенности, представляющие потенциальный интерес для исследователей-экспериментаторов. В обзоре структуры и предсказания нуклеиновой кислоты [ 7 ] потенциал выборки структуры, описанный в прототипе алгоритма [ 8 ] было выделено. С публикацией зрелых алгоритмов для Sfold [ 1 ] [ 2 ] выборочный подход стал предметом обзора [ 9 ] И метод выборки, и прогнозы центроидов обсуждались в комплексном обзоре. [ 10 ] В качестве прикладного модуля пакета Sfold программа STarMir [ 11 ] широко использовался благодаря своим возможностям моделирования целевой доступности. [ 6 ] STarMir был описан в независимом исследовании по предсказанию мишени микроРНК. [ 12 ] Прогнозы STarMir использовались в попытке получить улучшенные прогнозы. [ 13 ] Предсказания Сфолда привели к новым биологическим открытиям. [ 14 ] Новые идеи ансамблевой выборки и центроидов были приняты другими не только для решения проблем РНК, но и для других фундаментальных проблем вычислительной биологии и геномики . [ 15 ] [ 16 ] [ 17 ] [ 18 ] [ 19 ]
Реализация стохастической выборки была включена в два широко используемых пакета программного обеспечения для РНК: RNA Structure. [ 20 ] и пакет ViennaRNA , [ 21 ] которые также основаны на термодинамических параметрах РНК Тернера. [ 22 ] Сфолд был представлен на обложке журнала Nucleic Acids Research . [ 23 ] и был отмечен в журнале Science NetWatch. [ 24 ] Базовая новая модель STarMir [ 11 ] был представлен в разделе клеточной биологии журнала Nature Research Highlights . [ 25 ]
Распределение
[ редактировать ]Sfold работает на Linux и бесплатно доступен научному сообществу для некоммерческих приложений, а также доступен по лицензии для коммерческих приложений. И исходный код, и исполняемые файлы доступны на GitHub .
Внешние ссылки
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Дин, Ю; Лоуренс, CE (2003). «Алгоритм статистической выборки для предсказания вторичной структуры РНК» . Нуклеиновые кислоты Рез . 15, 31 (24): 7280–301. дои : 10.1093/нар/gkg938 . ПМК 297010 . ПМИД 14654704 .
- ^ Jump up to: а б Дин, Ю; Чан, Калифорния; Лоуренс, CE (2005). «Предсказание вторичной структуры РНК с помощью центроидов во взвешенном ансамбле Больцмана» . РНК . 11 (8): 1157–1166. дои : 10.1261/rna.2500605 . ПМЦ 1370799 . ПМИД 16043502 .
- ^ Дин, Ю; Лоуренс, CE (2001). «Статистическое прогнозирование одноцепочечных областей вторичной структуры РНК и применение для прогнозирования эффективных антисмысловых сайтов-мишеней и за его пределами» . Исследования нуклеиновых кислот . 1, 29 (5): 1035–46. дои : 10.1093/нар/29.5.1034 . ПМК 29728 . ПМИД 11222752 .
- ^ Эльбашир, С.М.; Харборт, Дж; Лендекель, В; Ялчин, А; Вебер, К; Туши, Т. (2001). « Дуплексы 21-нуклеотидных РНК опосредуют интерференцию РНК в культивируемых клетках млекопитающих». Nature . 411 (6836): 494–8. : 10.1038 /35078107 . PMID 11373684. . S2CID 710341 doi
- ^ Ли, RC; Фейнбаум, РЛ; Амброс, В. (1993). «Гетерохронный ген lin-4 C. elegans кодирует малые РНК, антисмысловые, комплементарные lin-14» . Клетка . 75 (5): 843–54. дои : 10.1016/0092-8674(93)90529-у . ПМИД 8252621 . S2CID 205020975 .
- ^ Jump up to: а б Лонг, Д; Ли, Р; Уильям, П; Чан, Калифорния; Амброс, В; Дин, Ю (2007). «Мощное влияние целевой вторичной структуры на функцию микроРНК». Nat Struct Мол Биол . 14 (4): 287–94. дои : 10.1038/nsmb1226 . ПМИД 17401373 . S2CID 650349 .
- ^ Цукер, М. (2000). «Расчет вторичной структуры нуклеиновой кислоты». Курс. Мнение. Структура. Биол . 10 (3): 303–310. дои : 10.1016/s0959-440x(00)00088-9 . ПМИД 10851192 .
- ^ Дин, Ю.; Лоуренс, CE (1999). «Байесовский статистический алгоритм для прогнозирования вторичной структуры РНК». Компьютеры и химия . 23 (3–4): 387–400. дои : 10.1016/S0097-8485(99)00010-8 . ПМИД 10404626 .
- ^ Мэтьюз, Дэвид Х. (2006). «Революции в предсказании вторичной структуры РНК» . Журнал молекулярной биологии . 359 (3): 526–532. дои : 10.1016/j.jmb.2006.01.067 . ISSN 0022-2836 . ПМИД 16500677 .
- ^ Ситин, Мэтью Г.; Мэтьюз, Дэвид Х. (2012), «Прогнозирование структуры РНК: обзор методов», Бактериальная регуляторная РНК , Методы молекулярной биологии, том. 905, Тотова, Нью-Джерси: Humana Press, стр. 99–122, doi : 10.1007/978-1-61779-949-5_8 , ISBN 978-1-61779-948-8 , PMID 22736001 , получено 5 декабря 2023 г.
- ^ Jump up to: а б Ренни, Уильям; Лю, Чаочунь; Кармак, К. Стивен; Воленц, Адам; Канория, Шавета; Лу, Джун; Долго, Данг; Дин, Йе (06 мая 2014 г.). «STarMir: веб-сервер для прогнозирования сайтов связывания микроРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (П1): W114–W118. дои : 10.1093/nar/gku376 . ISSN 1362-4962 . ПМК 4086099 . ПМИД 24803672 .
- ^ Вонг, Леон; Ты, Чжу-Хонг; Го, Чжэнь-Хао; Йи, Хай-Ченг; Чен, Чжан-Хэн; Цао, Мэй-Юань (9 июля 2020 г.). «MIPDH: новая вычислительная модель для прогнозирования взаимодействий микроРНК-мРНК с помощью DeepWalk в гетерогенной сети» . АСУ Омега . 5 (28): 17022–17032. дои : 10.1021/acsomega.9b04195 . ISSN 2470-1343 . ПМЦ 7376568 . ПМИД 32715187 .
- ^ Улла, Абу З.М. Дайем; Саху, Судхакар; Штайнхёфель, Кэтлин; Альбрехт, Андреас А. (2012). «Производные оценки доступности сайта и ранжирования предсказаний целей микроРНК» . Международный журнал исследований и приложений в области биоинформатики . 8 (3/4): 171–191. дои : 10.1504/ijbra.2012.048966 . ISSN 1744-5485 . ПМИД 22961450 .
- ^ Адамс, Л. (2017). «Обработка Pri-миРНК: структура – это ключ». Обзоры природы Генетика . 18 (3): 145. doi : 10.1038/nrg.2017.6 . ПМИД 28138147 . S2CID 30513706 .
- ^ Хуанг, ФРВ; Цинь, Цзин; Рейдис, Кристиан М; Стадлер, Питер Ф (2009). «Прогнозирование цели и алгоритм статистической выборки для взаимодействия РНК-РНК» . Биоинформатика . 26 (2): 175–181. doi : 10.1093/биоинформатика/btp635 . ПМК 2804298 . ПМИД 19910305 .
- ^ Харманчи, Ариф Озгун; Гаурав, Шарма; Мэтьюз, Дэвид Х (2009). «Стохастическая выборка пространства структурного выравнивания РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (12): 4063–4075. дои : 10.1093/nar/gkp276 . ПМК 2709569 . ПМИД 19429694 .
- ^ Хамада, М; Кирю, Х; Митуяма, Т; Асаи, К. (2009). «Прогнозирование вторичной структуры РНК с использованием обобщенных оценок центроидов» . Биоинформатика . 25 (4): 465–473. doi : 10.1093/биоинформатика/btn601 . ПМИД 19095700 .
- ^ Карвалью, Ле; Лоуренс, CE (2008). «Оценка центроида в дискретных многомерных пространствах с приложениями в биологии» . Proc Natl Acad Sci . 105 (9): 3209–14. Бибкод : 2008PNAS..105.3209C . дои : 10.1073/pnas.0712329105 . ПМК 2265131 . ПМИД 18305160 .
- ^ Ньюберг, Луизиана; Томпсон, Вашингтон; Колан, С; Смит, ТМ; МакКью, Луизиана; Лоуренс, CE (2007). «Оценка центроида в дискретных многомерных пространствах с приложениями в биологии» . Биоинформатика . 23 (14): 1718–27. doi : 10.1093/биоинформатика/btm241 . ПМК 2268014 . ПМИД 17488758 .
- ^ Беллаусов С; Рейтер, Дж. С.; Сетин, М.Г.; Мэтьюз, Д.Х. (2013). «Структура РНК: веб-серверы для прогнозирования и анализа вторичной структуры РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 ((Проблема с веб-сервером)): W471-4. дои : 10.1093/nar/gkt290 . ПМЦ 3692136 . ПМИД 23620284 .
- ^ Грубер, Арканзас; Лоренц, Р; Бернхарт, Ш.; Нойбёк, Р; Хофакер, Иллинойс (2008). «Венский веб-сайт RNA» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (проблема с веб-сервером): W70-4. дои : 10.1093/нар/gkn188 . ПМЦ 2447809 . ПМИД 18424795 .
- ^ Мэтьюз, Д.Х.; Сабина, Дж; Тернер, Д.Х. (1999). «Расширенная зависимость термодинамических параметров от последовательности улучшает предсказание вторичной структуры РНК» . Дж. Мол. Биол . 288 (5): 911–40. дои : 10.1006/jmbi.1999.2700 . ПМИД 10329189 .
- ^ https://academic.oup.com/nar/article/31/24/7280/2904423
- ^ «ИНСТРУМЕНТЫ: Оригами из нуклеиновых кислот». Наука . 300 (5621): 873. 2003. doi : 10.1126/science.300.5621.873d . S2CID 220109027 .
- ^ «Основные исследования» . Природа . 446 (7136): 586–587. 2007. Бибкод : 2007Natur.446..586. . дои : 10.1038/446586a . ISSN 0028-0836 .