Малая РНК

Малые РНК ( мРНК ) представляют собой полимерные молекулы РНК длиной менее 200 нуклеотидов , обычно некодирующие . ^[1] Замалчивание РНК часто является функцией этих молекул, причем наиболее распространенным и хорошо изученным примером является РНК-интерференция (РНКи), при которой эндогенно экспрессируемая микроРНК (миРНК) или экзогенно полученная малая интерферирующая РНК (миРНК) индуцирует деградацию комплементарной информационной РНК. . Были идентифицированы другие классы малых РНК, в том числе piwi-взаимодействующая РНК (piRNA) и ее подвиды , связанные с повторами, малые интерферирующие РНК (rasiRNA). ^[2] Малая РНК «неспособна индуцировать РНКи в одиночку, и для выполнения этой задачи она должна сформировать ядро комплекса РНК-белок, называемого комплексом РНК-индуцированного молчания (RISC), особенно с белком Argonaute». ^[3]^: 366

Малые РНК были обнаружены или секвенированы с использованием ряда методов, в том числе непосредственно путем секвенирования микроРНК на нескольких платформах секвенирования. ^[4]^[5]^[6] или косвенно посредством секвенирования и анализа генома. ^[7] Идентификация микроРНК оценивалась при обнаружении заболеваний человека, таких как рак молочной железы. ^[5] Экспрессия микроРНК мононуклеарных клеток периферической крови (РВМС) изучалась как потенциальный биомаркер различных неврологических расстройств, таких как болезнь Паркинсона , ^[8] Рассеянный склероз . ^[9] Оценка малой РНК полезна для определенных видов исследований, поскольку ее молекулы «не нужно фрагментировать перед подготовкой библиотеки». ^[3]^: 162

Типы малых РНК включают:

микроРНК (миРНК) ^[10]
Piwi-взаимодействующая РНК (piRNA)
малая интерферирующая РНК (миРНК)
малая ядерная РНК (мяРНК), также обычно называемая У-РНК
малая ядрышковая РНК (мяРНК)
малая РНК, полученная из рДНК (срРНК) ^[11]
фрагмент тРНК (тРФ) ^[12]
Малая РНК, производная Y-РНК (ysRNA) ^[13]

В растениях

Первая известная функция растений была обнаружена у мутантов Arabidopsis . В частности, со снижением функциональных мутаций РНК -зависимой РНК-полимеразы и производства DICER-подобной продукции. Это нарушение фактически повысило Arabidopsis устойчивость к Heterodera schachtii и Meloidogyne javanica . , мутанты со сниженной Argonaute функцией —ago1-25 , ago1-27 , ago2-1 и комбинированные мутанты сago1-27 иago2-1 Аналогичным образом — обладали большей устойчивостью к Meloidogyne incognita . В целом это демонстрирует большую зависимость паразитизма нематод от собственных малых РНК растений. ^[14]

Ссылки

^ Шторц Г. (май 2002 г.). «Расширяющаяся вселенная некодирующих РНК». Наука . 296 (5571): 1260–3. Бибкод : 2002Sci...296.1260S . дои : 10.1126/science.1072249 . ПМИД 12016301 . S2CID 35295924 .
^ Гунавардане Л.С., Сайто К., Нисида К.М., Миёси К., Кавамура Ю., Нагами Т. и др. (март 2007 г.). «Опосредованный слайсером механизм формирования 5'-конца ассоциированной с повторами миРНК у дрозофилы» . Наука . 315 (5818): 1587–90. дои : 10.1126/science.1140494 . ПМИД 17322028 . S2CID 11513777 .
^ Jump up to: ^а ^б Мейерс Р.А. (2012). Эпигенетическая регуляция и эпигеномика . Уайли-Блэквелл. ISBN 978-3-527-66861-8 .
^ Лу С., Тедж СС, Луо С., Хауденшильд CD, Мейерс BC, Грин П.Дж. (сентябрь 2005 г.). «Выяснение компонента малой РНК транскриптома». Наука . 309 (5740): 1567–9. Бибкод : 2005Sci...309.1567L . дои : 10.1126/science.1114112 . ПМИД 16141074 . S2CID 1651848 .
^ Jump up to: ^а ^б Ву Ц, Лу З, Ли Х, Лу Дж, Го Л, Ге Ц (2011). «Секвенирование микроРНК нового поколения для выявления рака молочной железы» . Журнал биомедицины и биотехнологии . 2011 : 597145. doi : 10.1155/2011/597145 . ПМК 3118289 . ПМИД 21716661 .
^ Руби Дж.Г., Ян С., Игрок С., Акстелл М.Дж., Ли В., Нусбаум С. и др. (декабрь 2006 г.). «Крупномасштабное секвенирование выявляет 21U-РНК, а также дополнительные микроРНК и эндогенные миРНК у C. elegans» . Клетка . 127 (6): 1193–207. дои : 10.1016/j.cell.2006.10.040 . ПМИД 17174894 . S2CID 16838469 .
^ Виттен Д., Тибширани Р., Гу С.Г., Файр А., Луи В.О. (май 2010 г.). «Обнаружение малых РНК на основе сверхвысокопроизводительного секвенирования и дискретный статистический анализ биомаркеров в коллекции опухолей шейки матки и соответствующих контрольных группах» . БМК Биология . 8 (1): 58. дои : 10.1186/1741-7007-8-58 . ПМК 2880020 . ПМИД 20459774 .
^ Гуй Ю, Лю Х, Чжан Л, Льв В, Ху Х (ноябрь 2015 г.). «Измененные профили микроРНК в экзосомах спинномозговой жидкости при болезни Паркинсона и болезни Альцгеймера» . Онкотаргет . 6 (35): 37043–53. дои : 10.18632/oncotarget.6158 . ПМК 4741914 . ПМИД 26497684 .
^ Келлер А., Лейдингер П., Ланге Дж., Боррис А., Шроерс Х., Шеффлер М. и др. (октябрь 2009 г.). «Рассеянный склероз: профили экспрессии микроРНК точно отличают пациентов с ремиттирующим заболеванием от здоровых людей» . ПЛОС ОДИН . 4 (10): е7440. Бибкод : 2009PLoSO...4.7440K . дои : 10.1371/journal.pone.0007440 . ПМЦ 2757919 . ПМИД 19823682 .
^ Грин, Д; Далмей, Т; Чепмен, Т. (февраль 2016 г.). «Микроохранители и микромессенджеры генома» . Наследственность . 116 (2): 125–134. дои : 10.1038/hdy.2015.84 . ПМЦ 4806885 . ПМИД 26419338 .
^ Вэй Х, Чжоу Б, Чжан Ф, Ту Ю, Ху Ю, Чжан Б, Чжай Ц (2013). «Профилирование и идентификация малых РНК, полученных из рДНК, и их потенциальных биологических функций» . ПЛОС ОДИН . 8 (2): e56842. Бибкод : 2013PLoSO...856842W . дои : 10.1371/journal.pone.0056842 . ПМК 3572043 . ПМИД 23418607 .
^ Грин, Даррелл; Фрейзер, Уильям Д.; Далмай, Тамаш (июнь 2016 г.). «Малые РНК, полученные из транспортной РНК, в транскриптоме рака» . Pflügers Archiv: Европейский журнал физиологии . 468 (6): 1041–1047. дои : 10.1007/s00424-016-1822-9 . ПМЦ 4893054 . ПМИД 27095039 .
^ Биллмейер, Мартина; Грин, Даррелл; Холл, Адам Э.; Тернбулл, Карли; Сингх, Арчана; Сюй, Пин; Моксон, Саймон; Далмай, Тамаш (31 декабря 2022 г.). «Механистический взгляд на процессинг некодирующей Y-РНК» . Биология РНК . 19 (1): 468–480. дои : 10.1080/15476286.2022.2057725 . ПМЦ 8973356 . ПМИД 35354369 .
^ Хевези Т (25 августа 2020 г.). «Эпигенетические механизмы во взаимодействиях нематод и растений». Ежегодный обзор фитопатологии . 58 (1). Годовые обзоры : 119–138. doi : 10.1146/annurev-phyto-010820-012805 . ISSN 0066-4286 . ПМИД 32413274 . S2CID 218658491 .

Эта микробиологии, статья, посвященная незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Шторц Г. (май 2002 г.). «Расширяющаяся вселенная некодирующих РНК». Наука . 296 (5571): 1260–3. Бибкод : 2002Sci...296.1260S . дои : 10.1126/science.1072249 . ПМИД 12016301 . S2CID 35295924 .

[Gunawardane-2] Гунавардане Л.С., Сайто К., Нисида К.М., Миёси К., Кавамура Ю., Нагами Т. и др. (март 2007 г.). «Опосредованный слайсером механизм формирования 5'-конца ассоциированной с повторами миРНК у дрозофилы» . Наука . 315 (5818): 1587–90. дои : 10.1126/science.1140494 . ПМИД 17322028 . S2CID 11513777 .

[Meyers_2012-3] Jump up to: ^а ^б Мейерс Р.А. (2012). Эпигенетическая регуляция и эпигеномика . Уайли-Блэквелл. ISBN 978-3-527-66861-8 .

[4] Лу С., Тедж СС, Луо С., Хауденшильд CD, Мейерс BC, Грин П.Дж. (сентябрь 2005 г.). «Выяснение компонента малой РНК транскриптома». Наука . 309 (5740): 1567–9. Бибкод : 2005Sci...309.1567L . дои : 10.1126/science.1114112 . ПМИД 16141074 . S2CID 1651848 .

[WuLu2011-5] Jump up to: ^а ^б Ву Ц, Лу З, Ли Х, Лу Дж, Го Л, Ге Ц (2011). «Секвенирование микроРНК нового поколения для выявления рака молочной железы» . Журнал биомедицины и биотехнологии . 2011 : 597145. doi : 10.1155/2011/597145 . ПМК 3118289 . ПМИД 21716661 .

[RubyJan2006-6] Руби Дж.Г., Ян С., Игрок С., Акстелл М.Дж., Ли В., Нусбаум С. и др. (декабрь 2006 г.). «Крупномасштабное секвенирование выявляет 21U-РНК, а также дополнительные микроРНК и эндогенные миРНК у C. elegans» . Клетка . 127 (6): 1193–207. дои : 10.1016/j.cell.2006.10.040 . ПМИД 17174894 . S2CID 16838469 .

[WittenTibshirani2010-7] Виттен Д., Тибширани Р., Гу С.Г., Файр А., Луи В.О. (май 2010 г.). «Обнаружение малых РНК на основе сверхвысокопроизводительного секвенирования и дискретный статистический анализ биомаркеров в коллекции опухолей шейки матки и соответствующих контрольных группах» . БМК Биология . 8 (1): 58. дои : 10.1186/1741-7007-8-58 . ПМК 2880020 . ПМИД 20459774 .

[8] Гуй Ю, Лю Х, Чжан Л, Льв В, Ху Х (ноябрь 2015 г.). «Измененные профили микроРНК в экзосомах спинномозговой жидкости при болезни Паркинсона и болезни Альцгеймера» . Онкотаргет . 6 (35): 37043–53. дои : 10.18632/oncotarget.6158 . ПМК 4741914 . ПМИД 26497684 .

[9] Келлер А., Лейдингер П., Ланге Дж., Боррис А., Шроерс Х., Шеффлер М. и др. (октябрь 2009 г.). «Рассеянный склероз: профили экспрессии микроРНК точно отличают пациентов с ремиттирующим заболеванием от здоровых людей» . ПЛОС ОДИН . 4 (10): е7440. Бибкод : 2009PLoSO...4.7440K . дои : 10.1371/journal.pone.0007440 . ПМЦ 2757919 . ПМИД 19823682 .

[10] Грин, Д; Далмей, Т; Чепмен, Т. (февраль 2016 г.). «Микроохранители и микромессенджеры генома» . Наследственность . 116 (2): 125–134. дои : 10.1038/hdy.2015.84 . ПМЦ 4806885 . ПМИД 26419338 .

[11] Вэй Х, Чжоу Б, Чжан Ф, Ту Ю, Ху Ю, Чжан Б, Чжай Ц (2013). «Профилирование и идентификация малых РНК, полученных из рДНК, и их потенциальных биологических функций» . ПЛОС ОДИН . 8 (2): e56842. Бибкод : 2013PLoSO...856842W . дои : 10.1371/journal.pone.0056842 . ПМК 3572043 . ПМИД 23418607 .

[12] Грин, Даррелл; Фрейзер, Уильям Д.; Далмай, Тамаш (июнь 2016 г.). «Малые РНК, полученные из транспортной РНК, в транскриптоме рака» . Pflügers Archiv: Европейский журнал физиологии . 468 (6): 1041–1047. дои : 10.1007/s00424-016-1822-9 . ПМЦ 4893054 . ПМИД 27095039 .

[13] Биллмейер, Мартина; Грин, Даррелл; Холл, Адам Э.; Тернбулл, Карли; Сингх, Арчана; Сюй, Пин; Моксон, Саймон; Далмай, Тамаш (31 декабря 2022 г.). «Механистический взгляд на процессинг некодирующей Y-РНК» . Биология РНК . 19 (1): 468–480. дои : 10.1080/15476286.2022.2057725 . ПМЦ 8973356 . ПМИД 35354369 .

[Hewezi-2020-14] Хевези Т (25 августа 2020 г.). «Эпигенетические механизмы во взаимодействиях нематод и растений». Ежегодный обзор фитопатологии . 58 (1). Годовые обзоры : 119–138. doi : 10.1146/annurev-phyto-010820-012805 . ISSN 0066-4286 . ПМИД 32413274 . S2CID 218658491 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]