Орак (программа MD)

Орак
Оригинальный автор(ы)	Массимо Марки, Пьеро Прокаччи
Разработчик(и)	CEA, Сакле, Париж, Франция; Флорентийский университет, ИТ
Первоначальный выпуск	1990 год ; 34 года назад
Стабильная версия	5.4.1 / 2010 ; 14 лет назад
Предварительный выпуск	6.0 / 2016 ; 8 лет назад
Написано в	Фортран
Операционная система	Юникс , Линукс
Платформа	ИА-32 , x86-64 , НУМА
Доступно в	Английский
Тип	Молекулярная динамика
Лицензия	лицензия GPL
Веб-сайт	www .птица .unifi .это /орак

В компьютерном обеспечении программном Orac представляет собой классическую программу молекулярной динамики , предназначенную для моделирования сложных молекулярных систем на атомистическом уровне. В 1989-1990 годах код первоначально был написан Массимо Марчи во время его пребывания в компании International Business Machines ( IBM ), Кингстон (США). В 1995 году код получил дальнейшее развитие в Европейском центре атомных и молекулярных вычислений (CECAM). Он написан на языке программирования Фортран . В 1997 году он был выпущен под лицензией GNU General Public License (GPL). ^[1] Последний выпуск ^[2] Orac может запускаться параллельно с использованием стандартных библиотек интерфейса передачи сообщений (MPI), что позволяет обмен репликами моделировать , метадинамику нескольких пешеходов. ^[3] моделирование и множественная управляемая молекулярная динамика ^[4] неравновесные траектории.

См. также

Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики

Ссылки

^ Прокаччи, П.; Дарден, штат Техас; Пачи, Э.; Марчи, М. (1997). «ORAC: программа молекулярной динамики для моделирования сложных молекулярных систем с реалистичными электростатическими взаимодействиями». Журнал вычислительной химии . 18 (15): 1848–1862. CiteSeerX 10.1.1.554.895 . doi : 10.1002/(SICI)1096-987X(19971130)18:15<1848::AID-JCC2>3.0.CO;2-O .
^ Марсили, С.; Синьорини, Г.Ф.; Челли, Р.; Марчи, М.; Прокаччи, П. (2010). «ORAC: программа моделирования молекулярной динамики для исследования поверхностей свободной энергии в биомолекулярных системах на атомистическом уровне». Журнал вычислительной химии . 31 (5): 1106–1116. дои : 10.1002/jcc.21388 . ПМИД 19824035 .
^ Лайо, А.; Джервасио, Флорида (2008). «Метадинамика: метод моделирования редких событий и реконструкции свободной энергии в биофизике, химии и материаловедении». Отчеты о прогрессе в физике . 71 (12): 126601. Бибкод : 2008РПФ...71л6601Л . дои : 10.1088/0034-4885/71/12/126601 .
^ Исралевиц, Б.; Гао, М.; Шультен, К. (2001). «Управляемая молекулярная динамика и механические функции белков». Современное мнение в области структурной биологии . 11 (2): 224–230. дои : 10.1016/S0959-440X(00)00194-9 . ПМИД 11297932 .

Внешние ссылки

Официальный сайт Флорентийского университета, IT

[1] Прокаччи, П.; Дарден, штат Техас; Пачи, Э.; Марчи, М. (1997). «ORAC: программа молекулярной динамики для моделирования сложных молекулярных систем с реалистичными электростатическими взаимодействиями». Журнал вычислительной химии . 18 (15): 1848–1862. CiteSeerX 10.1.1.554.895 . doi : 10.1002/(SICI)1096-987X(19971130)18:15<1848::AID-JCC2>3.0.CO;2-O .

[2] Марсили, С.; Синьорини, Г.Ф.; Челли, Р.; Марчи, М.; Прокаччи, П. (2010). «ORAC: программа моделирования молекулярной динамики для исследования поверхностей свободной энергии в биомолекулярных системах на атомистическом уровне». Журнал вычислительной химии . 31 (5): 1106–1116. дои : 10.1002/jcc.21388 . ПМИД 19824035 .

[3] Лайо, А.; Джервасио, Флорида (2008). «Метадинамика: метод моделирования редких событий и реконструкции свободной энергии в биофизике, химии и материаловедении». Отчеты о прогрессе в физике . 71 (12): 126601. Бибкод : 2008РПФ...71л6601Л . дои : 10.1088/0034-4885/71/12/126601 .

[4] Исралевиц, Б.; Гао, М.; Шультен, К. (2001). «Управляемая молекулярная динамика и механические функции белков». Современное мнение в области структурной биологии . 11 (2): 224–230. дои : 10.1016/S0959-440X(00)00194-9 . ПМИД 11297932 .

[1]

[2]

[3]

[4]