Вопрос (программное обеспечение)
| Оригинальный автор(ы) | Йохан Оквист , Джон Марелиус, Пол Бауэр, Линн Камерлин |
|---|---|
| Разработчик(и) | Команда разработчиков Q в Университете Упсалы , Швеция Уппсальская молекулярная механика HB |
| Первоначальный выпуск | 1999 год |
| Стабильная версия | 6.0 / 2017 |
| Написано в | Фортран |
| Операционная система | Linux , macOS , Windows от Cygwin , любая другая Unix. разновидность |
| Платформа | х86 , х86-64 |
| Доступно в | Английский |
| Тип | молекулярной динамики Моделирование |
| Лицензия | с открытым исходным кодом Стандартная общественная лицензия GNU версии 2 ( GPLv2 ) |
| Веб-сайт | github |
Q — это пакет компьютерного программного обеспечения для моделирования молекулярной динамики (МД) (текущая версия: Q6). В отличие от других кодов MD, с момента своего создания (Марелиус и др., 1998) он специализируется на трех конкретных типах расчетов свободной энергии. Эти расчеты основаны на методах: эмпирической валентной связи (EVB), возмущения свободной энергии (FEP) и энергии линейного взаимодействия (LIE), а также, в последнее время, также расчетах интеграла по траектории с использованием разделенного пополам квантового классического пути (BQCP). подход.
Методы, на которых специализируется программа, позволяют производить количественные расчеты энергетического баланса, происходящего в белках и нуклеиновых кислотах . Это может дать представление о ключевых проблемах биохимии, таких как энергетические детали частей механизма трансляции в митохондриальных рибосомах (Линд и др., 2013) или детали ферментативных реакций (Монес и др., 2013) и другие.
Программа похожа на GROMACS тем, что не зависит от силового поля, что означает, что она не создает силового поля, а может использовать общие силовые поля, такие как CHARMM , AMBER , OPLS и GROMOS .
Программное обеспечение предоставляет одну основную утилиту для молекулярной динамики, называемую qdyn , и различные подпрограммы, такие как qprep (для подготовки входных файлов на основе рентгеновских координат), qfep (для обработки расчетов МД для FEP) и другие.
Общая команда для запуска
[ редактировать ]Общая команда для запуска Q очень похожа на команду других программ MD, и ее синтаксис для динамического запуска следующий:
qdyn inputfile.inp > outputfile.out
qdyn – Это название основной программы, которая запускает динамику.
inputfile.inp – Это текстовый файл, в котором указаны все параметры программы, такие как продолжительность моделирования и временные шаги, какая температура моделируется и многие другие.
outputfile.out – Это выходной файл, который дает подробный отчет об энергетических результатах. Подробность информации в выходном файле контролируется во входном файле. В выводе особое внимание уделяется отчетам о несвязанных взаимодействиях, таких как сила Ван-дер-Ваальса и электростатические взаимодействия, в деталях о растворителе , растворе и взаимодействиях между ними.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- Марелиус Дж., Колмодин К., Фейерберг И. и Эквист Дж. (1998). «Вопрос: Программа молекулярной динамики для расчета свободной энергии и эмпирического моделирования валентных связей в биомолекулярных системах», Журнал молекулярной графики и моделирования , 16 , 213-225.
- Линд К., Сунд Дж. и Аквист Дж. (2013). «Специфика чтения кодонов митохондриальных факторов высвобождения и терминации трансляции на нестандартных стоп-кодонах», Nature Communications , 4,2940 .
- Монес Л., Тан В. и Флориан Дж. (2013). «Эмпирическое моделирование валентной связи химического механизма превращения АТФ в цАМФ с помощью фактора отека сибирской язвы», Biochemistry', 52 , 2672-2682.