МЯЧ

проект ШАР
	BALLView
Разработчик(и)	Команда проекта БАЛЛ
Стабильная версия	1.4.2 / 28 января 2013 г .; 11 лет назад
Предварительный выпуск	1.4.79 / 7 августа 2014 г .; 10 лет назад
Репозиторий	пакеты .debian .org /источник /хрипящий /мяч
Написано в	С++ , Питон
Операционная система	Linux , Unix , MacOS , Windows
Платформа	ИА-32 , x86-64
Доступно в	Английский
Тип	Программная среда
Лицензия	LGPL
Веб-сайт	мяч-проект .org

BALL (Библиотека биохимических алгоритмов) — это платформа классов C++ и набор алгоритмов и структур данных для молекулярного моделирования и вычислительной структурной биоинформатики , интерфейс Python для этой библиотеки и графический пользовательский интерфейс для BALL, средства просмотра молекул BALLView .

BALL превратился из коммерческого продукта в бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом , действующее под лицензией GNU Lesser General Public License (LGPL). BALLView распространяется по лицензии GNU General Public License (GPL).

BALL и BALLView портированы на операционные системы Linux , macOS , Solaris и Windows .

Средство просмотра молекул BALLView, также разработанное командой проекта BALL, представляет собой C++-приложение BALL, использующее Qt и OpenGL с трассировщиком лучей в реальном времени RTFact в качестве серверной части рендеринга . В обоих случаях BALLView предлагает трехмерную и стереоскопическую визуализацию в нескольких различных режимах, а также непосредственное применение алгоритмов библиотеки BALL через графический интерфейс пользователя.

Проект BALL разрабатывается и поддерживается группами Саарского университета , Университета Майнца и Университета Тюбингена . И библиотека, и зритель используются для образования и исследований. Пакеты BALL доступны в проекте Debian . ^[1]

Ключевые особенности

Интерактивное молекулярное рисование и конформационное редактирование
Чтение и запись форматов молекулярных файлов (PDB, MOL2, MOL, HIN, XYZ, KCF, SD, AC)
Чтение вторичных источников данных, например (DCD, DSN6, GAMESS, JCAMP, SCWRL, TRR)
Генерация молекул из выражений SMILES- и SMARTS и сопоставление с молекулами
Оптимизация геометрии
Классы минимайзера и молекулярной динамики
Поддержка силовых полей (MMFF94, AMBER, CHARMM) для подсчета очков и минимизации энергии.
Интерфейс Python и функциональность сценариев
Плагин инфраструктуры (3D Space-Navigator)
Молекулярная графика (3D, стереоскопический просмотр)
обширная документация (Wiki, фрагменты кода, онлайн-документация по классам, система отслеживания ошибок)
комплексные регрессионные тесты
Формат проекта BALL для презентаций и совместного обмена данными
ЯМР
редактируемые ярлыки

БОЛ библиотека

BALL — это среда разработки структурной биоинформатики. Использование BALL в качестве инструментария программирования позволяет значительно сократить время разработки приложений и помогает обеспечить стабильность и корректность, избегая часто подверженной ошибкам повторной реализации сложных алгоритмов и замены их вызовами библиотеки, протестированной многими разработчиками.

Импорт-экспорт файлов

BALL поддерживает молекулярные форматы файлов, включая PDB, MOL2, MOL, HIN, XYZ, KCF, SD, AC, а также вторичные источники данных, такие как DCD, DSN6, GAMESS, JCAMP, SCWRL и TRR. Молекулы также можно создавать с помощью конструктора пептидов BALL или на основе выражений SMILES.

Общий анализ структуры

Дальнейшую подготовку и проверку структуры обеспечивают, например, процессоры Kekuliser, Aromaticity, Bondorder, HBond и Secondary Structure. Библиотека фрагментов автоматически выводит недостающую информацию, например, водороды или связи белка. Библиотека Rotamer позволяет определять, назначать и переключаться между наиболее вероятными конформациями боковой цепи белка. Процессоры трансформации BALL управляют созданием действительных 3D-структур. Его механизм выбора позволяет указывать части молекулы с помощью простых выражений (SMILES, SMARTS, типы элементов). Этот выбор может использоваться всеми классами моделирования, такими как процессоры или силовые поля.

Молекулярная механика

Реализации популярных силовых полей CHARMM, Amber и MMFF94 можно комбинировать с классами минимизации и моделирования BALL (наиболее крутой спуск, сопряженный градиент, L-BFGS и смещенный L-VMM).

Интерфейс Python

SIP используется для автоматического создания классов Python для всех соответствующих классов C++ в библиотеке BALL, чтобы обеспечить одинаковые интерфейсы классов. Классы Python имеют те же имена, что и классы C++, что облегчает перенос кода, использующего BALL, с C++ на Python и наоборот.

Интерфейс Python полностью интегрирован в приложение просмотра BALLView и, таким образом, позволяет напрямую визуализировать результаты, вычисленные скриптами Python. Кроме того, BALLView можно управлять из интерфейса сценариев, а повторяющиеся задачи можно автоматизировать.

BALLView

BALLView — это автономное приложение BALL для моделирования и визуализации молекул. Это также основа для разработки функций молекулярной визуализации.

BALLView предлагает стандартные модели визуализации атомов, связей, поверхностей, а также визуализацию на основе сетки, например, электростатических потенциалов. Большую часть функционала библиотеки BALL можно применить непосредственно к загруженной молекуле в BALLView. BALLView поддерживает несколько методов визуализации и ввода, таких как различные стереорежимы, пространственный навигатор и устройства ввода с поддержкой VRPN.

На выставке CeBIT 2009 BALLView был широко представлен как первая полная интеграция технологии трассировки лучей в реальном времени в инструмент молекулярного просмотра и моделирования. ^[2]

См. также

Ссылки

^ «Debian — Подробная информация о пакете исходного кода в sid» . Проверено 9 августа 2021 г.
^ «BALLView с возможностями трассировки лучей в реальном времени, продемонстрированными на официальной пресс-конференции Intel», веб-сайт BALL, 3 марта 2009 г. Архивировано 25 июля 2011 г. на Wayback Machine, доступ 13 декабря 2010 г.

Дальнейшее чтение

Хильдебрандт, Андреас; Дехоф, Анна Катарина; Рурайнский, Александр; Берч, Андреас; Шуман, Марсель; Туссен, Нора С; Молл, Андреас; Стокель, Дэниел; Никельс, Стефан; Мюллер, Сабина С; Ленхоф, Ганс-Петер; Кольбахер, Оливер (2010). «ШАР — Библиотека биохимических алгоритмов 1.3» . БМК Биоинформатика . 11 : 531 и далее. дои : 10.1186/1471-2105-11-531 . ПМЦ 2984589 . ПМИД 20973958 .
Кольбахер, Оливер; Ленхоф, Ханс-Петер (2000). «BALL — быстрое прототипирование программного обеспечения в вычислительной молекулярной биологии» . Биоинформатика . 16 (9): 815–24. дои : 10.1093/биоинформатика/16.9.815 . ПМИД 11108704 .
Молл, Андреас; Хильдебрандт, Андреас; Ленхоф, Ганс-Петер; Кольбахер, Оливер (2005). «BALLView: инструмент для исследований и обучения молекулярному моделированию» . Биоинформатика . 22 (3): 365–6. doi : 10.1093/биоинформатика/bti818 . ПМИД 16332707 .
Молл, Андреас; Хильдебрандт, Андреас; Ленхоф, Ганс-Петер; Кольбахер, Оливер (2006). «BALLView: объектно-ориентированная среда молекулярной визуализации и моделирования». Журнал компьютерного молекулярного дизайна . 19 (11): 791–800. дои : 10.1007/s10822-005-9027-x . ПМИД 16470421 . S2CID 22875661 .

Внешние ссылки

[debian-1] «Debian — Подробная информация о пакете исходного кода в sid» . Проверено 9 августа 2021 г.

[2] «BALLView с возможностями трассировки лучей в реальном времени, продемонстрированными на официальной пресс-конференции Intel», веб-сайт BALL, 3 марта 2009 г. Архивировано 25 июля 2011 г. на Wayback Machine, доступ 13 декабря 2010 г.

[1]

[2]