ЧТО, ЕСЛИ программное обеспечение
| Оригинальный автор(ы) | Герт Вринд, Крис Сандер , Вольфганг Кабш |
|---|---|
| Разработчик(и) | Университет Гронингена ; EMBL , Гейдельберг ; CMBI , Университет Радбауд в Неймегене ; Медицинский центр Университета Радбауд в Неймегене (Медицинский центр университета Радбауд) ЧТО ЕСЛИ Фонд |
| Первоначальный выпуск | 6 декабря 1987 г |
| Стабильная версия | 6.0 / 2016 |
| Написано в | Фортран , C , OpenGL |
| Операционная система | Линукс |
| Платформа | х86 |
| Доступно в | Английский |
| Тип | Молекулярное моделирование |
| Лицензия | Проприетарное условно - бесплатное ПО для ученых |
| Веб-сайт | быстрый |
ЧТО ЕСЛИ — это компьютерная программа, используемая в широком спектре вычислительных ( in silico ) областей исследования структуры макромолекул. Программное обеспечение обеспечивает гибкую среду для отображения, манипулирования и анализа малых и больших молекул , белков , нуклеиновых кислот и их взаимодействий. [1] [2]
История
[ редактировать ]Первая версия программного обеспечения WHAT IF была разработана Гертом Вриендом в 1987 году в Гронингенском университете , Гронинген , Нидерланды. [2] Большая часть его разработки произошла в 1989–2000 годах в Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL) в Гейдельберге , Германия. Среди других участников — Крис Сандер и Вольфганг Кабш. [3] В 2000 году обслуживание программного обеспечения было перенесено в Голландский центр молекулярной и биомолекулярной информатики (CMBI) в Неймегене , Нидерланды. [1] Он доступен для внутреннего использования или в качестве веб-ресурса. [4] По состоянию на февраль 2022 г. [update], оригинальная статья, описывающая ЧТО ЕСЛИ, была процитирована более 4000 раз.
Программное обеспечение
[ редактировать ]ЧТО ЕСЛИ обеспечивает гибкую среду для отображения, манипулирования и анализа малых молекул , белков, нуклеиновых кислот и их взаимодействий. Одним из примечательных применений было обнаружение многих миллионов ошибок (часто небольших, но иногда катастрофических) в банка данных белков (PDB). файлах [5] ЧТО ЕСЛИ также обеспечивает среду для: моделирования гомологии третичных белков структур и четвертичных ; проверка белковых структур, особенно тех, которые хранятся в PDB; коррекция белковых структур; визуализация макромолекул и партнеров по их взаимодействию (например, липидов , лекарств , ионов и воды ) и интерактивное манипулирование макромолекулами.
ЧТО ЕСЛИ совместимо с несколькими другими пакетами программного обеспечения для биоинформатики , включая YASARA и Jmol . [1]
См. также
[ редактировать ]Внешние ссылки
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с «ЧТО ЕСЛИ домашняя страница» . Проверено 21 февраля 2022 г.
- ^ Перейти обратно: а б Врианд, Г. (март 1990 г.). «ЧТО ЕСЛИ: программа молекулярного моделирования и разработки лекарств». Журнал молекулярной графики . 8 (1): 52–6, 29. doi : 10.1016/0263-7855(90)80070-v . ПМИД 2268628 .
- ^ «А ЧТО ЕСЛИ – Кто мы?» . Проверено 11 августа 2015 г.
- ^ Родригес, Р; Чинея, Г; Лопес, Н; Понс, Т; Врианд, Г. (1998). «Моделирование гомологии, оценка моделей и программного обеспечения: три связанных ресурса» . Биоинформатика . 14 (6): 523–8. дои : 10.1093/биоинформатика/14.6.523 . ПМИД 9694991 .
- ^ Хофт, RW; Вренд, Г; Сандер, К; Абола, Э.Э. (23 мая 1996 г.). «Ошибки в белковых структурах» . Природа . 381 (6580): 272. Бибкод : 1996Natur.381..272H . дои : 10.1038/381272a0 . ПМИД 8692262 . S2CID 4368507 .