Хапловью
Хапловью [1] это широко используемое биоинформатическое программное обеспечение , предназначенное для анализа и визуализации закономерностей неравновесия по сцеплению (LD) в генетических данных. Haploview также может выполнять исследования ассоциаций, выбирая SNP- теги. [2] и оценка гаплотипов частот . Haploview разрабатывается и поддерживается лабораторией доктора Марка Дейли в Массачусетском технологическом институте / Гарвардском институте Броуда .
Haploview в настоящее время поддерживает следующие функции:
- LD и блочный анализ гаплотипов
- Оценка частоты популяции гаплотипов
- Тесты на ассоциацию одиночных SNP и гаплотипов
- Проверка перестановок на значимость ассоциации
- Реализация алгоритма выбора SNP тега Tagger Пола де Баккера.
- Автоматическая загрузка данных поэтапного генотипа из HapMap
- Визуализация и построение графиков результатов ассоциации всего генома PLINK, включая расширенные возможности фильтрации.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Барретт Дж. К.; Фрай Б.; Маллер Дж.; Дейли М.Дж. (2005). «Haploview: анализ и визуализация LD и карт гаплотипов» . Биоинформатика . 21 (2): 263–5. doi : 10.1093/биоинформатика/bth457 . ПМИД 15297300 .
- ^ де Баккер П.И.; Еленский Р.; Пер И.; Габриэль С.Б.; Дейли М.Дж.; Альтшулер Д. (2005). «Эффективность и мощь исследований генетических ассоциаций». Природная генетика . 37 (11): 1217–23. дои : 10.1038/ng1669 . ПМИД 16244653 .