Трубопровод ЛОНИ
 | Судя по всему, основной автор этой статьи тесно связан с ее предметом. ( Октябрь 2018 г. ) |
 | Эта статья могла быть создана или отредактирована в обмен на нераскрытые платежи Википедии , что является нарушением условий использования . Может потребоваться очистка в соответствии с политикой Википедии в отношении контента , особенно с нейтральной точки зрения . ( октябрь 2018 г. ) |
 | |
 Трубопроводная среда | |
| Разработчик(и) | Сэмюэл Хобель |
|---|---|
| Стабильная версия | 7.0.3 / 3 марта 2020 г. |
| Написано в | Ява |
| Операционная система | Linux , Mac OS X , Microsoft Windows |
| Тип | Система научных рабочих процессов , Среды обработки рабочих процессов |
| Лицензия | Лицензия СЕГОДНЯ |
| Веб-сайт | трубопровод |
LONI Pipeline — это бесплатная распределенная система для проектирования, выполнения, мониторинга и обмена научными рабочими процессами. [1] [2] по архитектуре грид-вычислений . Pipeline позволяет пользователям подключать и запускать любое количество различных программных инструментов, а также удобно визуализировать и загружать результаты.
В отличие от других сред обработки рабочих процессов , Pipeline не требует включения или создания новых инструментов и служб на основе основных библиотек Pipeline. Среда Pipeline ссылается на все данные, службы и инструменты как на внешние объекты. Это позволяет Pipeline работать как легкое промежуточное программное обеспечение, но в то же время ограничивает область его приложений. Например, Pipeline не предоставляет набор внутренних основных библиотек, фильтров и процессов для элементарной обработки изображений (например, добавления изображений). Все инструменты, необходимые для выполнения протокола анализа, сначала должны быть созданы как внешние автономные приложения или службы, методы интерфейса которых затем описываются на языке Pipeline XML. Пользователи могут подключиться к серверу LONI Cranium, чтобы получить быстрый доступ к широкому спектру готовых программных приложений, таких как FSL , AFNI и FreeSurfer , уже описанных в XML как модули и рабочие процессы. Pipeline позволяет пользователям создавать новые описания рабочих процессов, редактировать существующие и делиться своей работой с другими.
Типичные установки сервера конвейера включают набор основных ресурсов, которые доступны всем пользователям, имеющим доступ к конкретному серверу, однако разные серверы будут иметь разные наборы определений модулей по умолчанию и групп модулей (конвейеров). Предыдущий выпуск (версия 5) конвейера LONI. [3] предоставил механизм для интеграции разнородных и несоответствующих данных, включая изображения, клинические карты и демографические метаданные.
У LONI Pipeline сотни пользователей в различных областях (например, геномика, [4] нейровизуализация, [5] и биомедицинская информатика [6] ) из академических учреждений по всему миру.
Функции
[ редактировать ]Pipeline обладает кросс-платформенной совместимостью и возможностью подключения локального клиента к удаленному серверу для выполнения обработки и анализа в других операционных системах.
Pipeline предоставляет разработчикам возможность создавать свои собственные плагины для взаимодействия с различными менеджерами сетки. Пакет Pipeline по умолчанию включает плагины JGDIPlugin и DRMAAPlugin, созданные для Sun Grid Engine, но они могут работать с Oracle Grid Engine, Univa Grid Engine или Son of Grid Engine. Оба плагина расположены в каталогеgridplugins, который является родительским в каталоге dist в установленном пакете Pipeline. Все дополнительные плагины, которые вы хотите использовать, можно загрузить отдельно.
Pipeline Library предоставляет пользователям доступ к сотням предопределенных решений нейровизуализации, включая данные, модули и рабочие процессы, которые регулярно обновляются.
Другими неотъемлемыми особенностями трубопровода LONI являются:
- Распределенная клиент-серверная и платформонезависимая вычислительная инфраструктура
- Надежная, асинхронная и безопасная обработка данных
- Автоматизированное и интеллектуальное преобразование формата данных
- Локальный и удаленный файловый браузер
- Модули обработки изображений и метаданных
- Условные и итерационные модули
- Подробная система преобразования параметров
- Запустите клиент из веб-браузера через Pipeline Web Start.
Разработчики
[ редактировать ]Подарок:
- Сэмюэл Хобель
Прошлое:
- Денис Троцкий
- Дэвид Рекс
- Майкл Пэн
- Селия Чунг
- Пришел Лозев
- Цзя-Вэй Там
- Чжичжун Лю
- Вэй Ян
- Петрос Петросян
- Араш Паян
- Иво Динов
См. также
[ редактировать ]- Лаборатория нейровизуализации
- Система научного документооборота Kepler
- Верстак для таверны
- Системы управления рабочими процессами биоинформатики
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Рекс, DE, Ма, JQ и Тога, AW (2003). «Среда обработки трубопроводов LONI». Нейровизаж, 19(3), 1033-48.
- ^ Рекс, Д.Э., Шаттук, Д.В., Вудс, Р.П., Нарр, К.Л., Людерс, Э., Рем, К., Штольцнер, С.Е., Роттенберг, Д.Э. и Тога, А.В. (2004). «Метаалгоритм извлечения мозга при МРТ». НейроИмидж, 23(2), 625–637
- ^ Динов И.Д., Лозев К., Петросян П., Лю З., Эггерт П., Пирс, Дж., Заманян, А., Чакрапани, С., Ван Хорн, Дж.Д., Паркер, Д.С., Магсипок, Р., Люнг, К., Гутман, Б., Вудс , РП, Тога, АВ. (2010). «Планы исследований нейровизуализации, вычислительный анализ и происхождение данных с использованием конвейера LONI». PLoS ONE 5(9): e13070. дои : 10.1371/journal.pone.0013070 .
- ^ Торри, Ф., Динов, И.Д., Заманян, А, Хобель, С, Дженко, А, Петросян, П, Кларк, А.П., Лю, З., Эггерт, П., Пирс, Дж., Ноулз, Дж.А., Эймс, Дж., Кессельман, К., Тога, А.В., Поткин, С.Г., Ваутер, М.П., Маккарди, Ф. (2012) Анализ последовательностей следующего поколения и вычислительная геномика с использованием рабочих процессов графического конвейера, Гены, 3(3):545-575; doi: 10.3390/genes3030545.
- ^ Ву М.С., Динов, И.Д., Хобель, С., Заманян, А., Чой, Ю.К., Томпсон, П.М., Тога, А.В. и Инициатива по нейровизуализации болезни Альцгеймера (ADNI) (2015). Структурные изменения мозга у субъектов с ранним началом болезни Альцгеймера с использованием Окружающая среда трубопровода LONI. Журнал нейровизуализации., в печати. DOI: 10.1111/jon.12252
- ^ Тога, В.А., Динов, И.Д. (2015) Обмен большими биомедицинскими данными. Журнал больших данных., 2(7):1-12. DOI: 10.1186/s40537-015-0016-1.