Структура данных визуализации мозга
 | |
| Аббревиатура | СТАВКИ |
|---|---|
| Статус | Опубликовано |
| Год начался | 2015 |
| Последняя версия | 1.8.0 2022-10-29 |
| Сопутствующие стандарты | JSON , ТСВ , НИфТИ |
| Домен | Нейровизуализация |
| Лицензия | CC-BY 4.0 |
| Веб-сайт | ставки |
( Структура данных визуализации мозга BIDS ) — это стандарт для организации, аннотирования и описания данных, собранных в ходе экспериментов по нейровизуализации . Он основан на формализованной структуре файлов и каталогов и файлах метаданных (на основе JSON и TSV ) с контролируемым словарем . [1] Этот стандарт был принят множеством лабораторий по всему миру, а также такими базами данных, как OpenNeuro , SchizConnect, Developing Human Connectome Project и FCP-INDI, и наблюдается рост числа исследований. [2] [3] [4]
Хотя изначально BIDS предназначался для данных МРТ , он был распространен на несколько других методов визуализации, таких как МЭГ , [5] ЭЭГ , [6] и внутричерепная ЭЭГ [7] (см. также «Предложения по расширению BIDS» ).
История
[ редактировать ]Проект является инициативой сообщества. BIDS, первоначально OBIDS (открытая структура данных визуализации мозга), была инициирована во время встречи рабочей группы по обмену данными, спонсируемой INCF (январь 2015 г.) в Стэнфордском университете . Впоследствии его возглавил и поддерживал Крис Горголевски . С октября 2019 года проект возглавляет Управляющая группа. [8] и поддерживается отдельной командой сопровождающих, группой сопровождающих , в соответствии с руководящим документом , одобренным сообществом BIDS путем голосования. BIDS развивалась под руководством и усилиями участников, сообщества исследователей, которые ценят ценность стандартизации данных нейровизуализации для облегчения обмена и анализа.
Предложения по продлению BIDS
[ редактировать ]BIDS может быть расширен с помощью обратной совместимости и со временем развивается. Это достигается с помощью предложений по расширению BIDS (BEP), которые представляют собой процессы, управляемые сообществом в соответствии с согласованными руководящими принципами . Полный список завершенных BEP и находящихся в разработке BEP можно найти на веб-сайте BIDS.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Горголевский, Кшиштоф Ю.; Ауэр, Тибор; Калхун, Винс Д.; Крэддок, Р. Кэмерон; Дас, Самир; Дафф, Юджин П.; Фланден, Гийом; Гош, Сатраджит С.; Глатард, Тристан; Хальченко Ярослав О.; Хандверкер, Дэниел А.; Ханке, Майкл; Китор, Дэвид; Ли, Сянжуй; Майкл, Закари; Момет, Камилла; Николс, Б. Нолан; Николс, Томас Э.; Пеллман, Джон; Полин, Жан-Батист; Рокем, Ариэль; Шефер, Гуннар; Сочат, Ванесса; Триплетт, Уильям; Тернер, Джессика А.; Варокво, Гаэль; Полдрак, Рассел А.; и др. (2016). «Структура данных визуализации мозга, формат для организации и описания результатов экспериментов по нейровизуализации» . Научные данные . 3 : 160044. Бибкод : 2016NatSD...360044G . дои : 10.1038/sdata.2016.44 . ПМЦ 4978148 . ПМИД 27326542 .
- ^ Полдрак, Рассел А.; Конгдон, Элиза; Триплетт, Уильям; Горголевский, Кшиштоф Ю.; Карлсгодт, Кэтрин Х.; Мамфорд, Жанетт А.; Сабб, Фред В.; Фреймер, Нельсон Б.; Лондон, Эдит Д.; Кэннон, Тайрон Д.; Билдер, Роберт М. (2016). «Всестороннее исследование нейронных и когнитивных функций» . Научные данные . 3 : 160110. Бибкод : 2016NatSD...360110P . дои : 10.1038/sdata.2016.110 . ПМК 5139672 . ПМИД 27922632 . S2CID 33368149 .
- ^ Бигдели-Шамло, Нима; Макейг, Скотт; Роббинс, Кей А. (2016). «Подготовка лабораторных и реальных данных ЭЭГ для крупномасштабного анализа: контейнерный подход» . Границы нейроинформатики . 7 : 10. дои : 10.3389/fninf.2016.00007 . ПМК 4782059 . ПМИД 27014048 .
- ^ Николс, Томас Э.; Дас, Самир; Эйкхофф, Саймон Б; Эванс, Алан С.; Глатард, Тристан; Ханке, Майкл; Кригескорте, Николаус; Милхэм, Майкл П.; Полдрак, Рассел А.; Полин, Жан-Батист; Проал, Эрика; Тирион, Бертран; Ван Эссен, Дэвид С; Белый, Тоня; Йео, Б.Т. Томас (2017). «Лучшие практики анализа и обмена данными нейровизуализации с использованием МРТ» . Природная неврология . 20 (3): 299–303. дои : 10.1038/nn.4500 . ПМЦ 5685169 . ПМИД 28230846 .
- ^ Нисо, Гиомар; Горголевский, Кшиштоф Ю.; Бок, Элизабет; Брукс, Теон Л.; Фланден, Гийом; Грамфор, Александр; Хенсон, Ричард Н.; Джас, Майнак; Литвак, Владимир; Т. Моро, Джереми; Остенвельд, Роберт; Шоффелен, Ян-Матейс; Тадель, Франсуа; Векслер, Джозеф; Байе, Сильвен (19 июня 2018 г.). «MEG-BIDS, структура данных визуализации мозга, расширенная до магнитоэнцефалографии» . Научные данные . 5 : 180110. Бибкод : 2018NatSD...580110N . дои : 10.1038/sdata.2018.110 . ПМК 6007085 . ПМИД 29917016 .
- ^ Перне, Сирил Р.; Аппельхофф, Стефан; Горголевский, Кшиштоф Ю.; Фланден, Гийом; Филлипс, Кристоф; Делорм, Арно; Остенвельд, Роберт (декабрь 2019 г.). «ЭЭГ-BIDS, расширение структуры данных визуализации мозга для электроэнцефалографии» . Научные данные . 6 (1): 103. Бибкод : 2019НатСД...6..103П . дои : 10.1038/s41597-019-0104-8 . ISSN 2052-4463 . ПМК 6592877 . ПМИД 31239435 .
- ^ График команды, Кристофер; Аппельхофф, Стефан; Бикель, Стивен; Бушар, Кристофер; Д'Амброуз, Саша; Дэвид, Оливер; Девинский, Оррин; Дихтер, Бенджамин; Флинкер, Адин; Фостер, Бретт Л.; Горголевский, Кшиштоф Ю.; Гроен, Ирис; Гроппе, Дэвид; Гюндуз, Айсегуль; Гамильтон, Либерти; Дорогая, Кристофер Дж.; Джас, Майнак; Найт, Роберт; Лашо, Жан-Филипп; Лау, Джонатан С.; Ли-Мессер, Кристофер; Лундстрем, Брайан Н.; Миллер, Кай Дж.; Оджеманн, Джеффри Г.; Остенвельд, Роберт; Петриду, Наталья; Пиантони, Джио; Пигорини, Андреа; Пуратян, Надер; Рэмси, Ник Ф.; Столк, Арьен; Суонн, Николь С.; Тадель, Фрэнсис; Войтек, Брэдли; Ванделл, Брайан А.; Винавер, Джонатан; Уитакер, Кирсти; Зель, Люба; Гермес, Дора (декабрь 2019 г.). «iEEG-BIDS, расширяющая спецификацию структуры данных визуализации мозга на внутричерепную электрофизиологию человека» . Научные данные . 6 (1): 102. Бибкод : 2019NatSD... 6..102H дои : 10.1038/ s41597-019-0105-7 ISSN 2052-4463 . ПМК 6592874 . ПМИД 31239438 .
- ^ «Знакомьтесь с руководящей группой BIDS» . 31 декабря 2019 года.
Внешние ссылки
[ редактировать ] | Эта по нейробиологии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |