База данных гистонов
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | тщательно подобранная база данных белков-гистонов и их вариантов |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Национальный центр биотехнологической информации |
| Первичное цитирование | Драйзен Э.Дж., Шайтан А.К., Марино-Рамирес Л., Талберт П.Б., Ландсман Д., Панченко А.Р. (2016) [1] |
| Доступ | |
| Веб-сайт | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/HistoneDB2.0 |
База данных гистонов — это комплексная база данных гистонов последовательностей белков , включая варианты гистонов , классифицированные по типам и вариантам гистонов, поддерживаемая Национальным центром биотехнологической информации . К созданию Базы данных гистонов стимулировался рентгеноструктурный анализ структуры нуклеосомного корового гистонового октамера. [2] за которым последовало применение нового метода поиска мотивов к группе белков, содержащих мотив гистоновой складки, в начале-середине 1990 года. [3] Первая версия базы данных Histone была выпущена в 1995 году. [4] и с тех пор было выпущено несколько обновлений. [5] [6] [7] [8] [9] [10] [11]
Текущая версия базы данных гистонов — HistoneDB 2.0 — с вариантами — включает аннотации последовательностей и структур для всех пяти типов гистонов (H3, H4, H2A, H2B, H1) и основных вариантов гистонов внутри каждого типа гистонов. Он имеет множество интерактивных инструментов для изучения и сравнения последовательностей различных вариантов гистонов из разных организмов. Ядро базы данных представляет собой тщательно подобранный набор последовательностей гистонов, сгруппированных в 30 различных подмножеств вариантов с аннотациями, специфичными для конкретного варианта. Курируемый набор дополняется автоматически извлекаемым набором последовательностей гистонов из неизбыточной базы данных белков с использованием алгоритмов, обученных на курируемом наборе. Интерактивный веб-сайт поддерживает различные стратегии поиска в обоих наборах данных: просмотр филогенетических деревьев; создание по требованию множественных выравниваний последовательностей с аннотациями признаков; классификация гистоноподобных последовательностей и просмотр таксономического разнообразия каждого варианта гистонов.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Драйзен Э.Дж., Шайтан А.К., Марино-Рамирес Л., Талберт П.Б., Ландсман Д., Панченко А.Р. (2016). «HistoneDB 2.0: база данных гистонов с вариантами — интегрированный ресурс для изучения гистонов и их вариантов» . База данных: Журнал биологических баз данных и курирования . 2016 : baw014. дои : 10.1093/база данных/baw014 . ПМЦ 4795928 . ПМИД 26989147 .
- ^ Аренц Г, Бурлингейм Р.В., Ван Б.К., Лав МЫ, Мудрианакис Э.Н. (1991). «Октамер нуклеосомного ядра гистонов с разрешением 3,1 А: трехчастная сборка белка и левосторонняя суперспираль» . Proc Natl Acad Sci США . 88 (22): 10148–52. Бибкод : 1991PNAS...8810148A . дои : 10.1073/pnas.88.22.10148 . ПМК 52885 . ПМИД 1946434 .
- ^ Баксеванис А.Д., Аренц Г., Мудрианакис Е.Н., Ландсман Д. (1995). «Различные ДНК-связывающие и мультимерные белки содержат мотив складки гистонов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 23 (14): 2685–91. дои : 10.1093/нар/23.14.2685 . ПМК 307093 . ПМИД 7651829 .
- ^ Баксеванис А.Д., Ландсман Д. (1996). «База данных последовательностей гистонов: сборник высококонсервативных последовательностей нуклеопротеинов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 24 (1): 245–7. дои : 10.1093/нар/24.1.245 . ПМЦ 145601 . ПМИД 8594591 .
- ^ Марино-Рамирес Л., Левин К.М., Моралес М., Чжан С., Морленд Р.Т., Баксеванис А.Д., Ландсман Д. (2011). «База данных гистонов: интегрированный ресурс гистонов и белков, содержащих гистоновые складки» . База данных: Журнал биологических баз данных и курирования . 2011 : бар048. дои : 10.1093/база данных/bar048 . ПМК 3199919 . ПМИД 22025671 .
- ^ Марино-Рамирес Л., Сюй Б., Баксеванис А.Д., Ландсман Д. (2006). «База данных гистонов: комплексный ресурс по гистонам и белкам, содержащим гистоновые складки» . Белки . 62 (4): 838–42. дои : 10.1002/прот.20814 . ПМК 1800941 . ПМИД 16345076 .
- ^ Салливан С., Синк Д.В., Траут К.Л., Макаловска И., Тейлор П.М., Баксеванис А.Д., Ландсман Д. (2002). «База данных гистонов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 30 (1): 341–2. дои : 10.1093/нар/30.1.341 . ПМК 99096 . ПМИД 11752331 .
- ^ Салливан С.А., Аравинд Л., Макаловска И., Баксеванис А.Д., Ландсман Д. (2000). «База данных гистонов: всеобъемлющий WWW-ресурс гистонов и белков, содержащих гистоновые складки» . Нуклеиновые кислоты Рез . 28 (1): 320–2. дои : 10.1093/нар/28.1.320 . ПМЦ 102427 . ПМИД 10592260 .
- ^ Макаловска И., Ферланти Е.С., Баксеванис А.Д., Ландсман Д. (1999). «База данных последовательностей гистонов: последовательности, структуры, посттрансляционные модификации и генетические локусы» . Нуклеиновые кислоты Рез . 27 (1): 323–4. дои : 10.1093/нар/27.1.323 . ПМК 148172 . ПМИД 9847217 .
- ^ Баксеванис А.Д., Ландсман Д. (1998). «База данных последовательностей гистонов: новые члены семейства гистоновых складок» . Нуклеиновые кислоты Рез . 26 (1): 372–5. дои : 10.1093/нар/26.1.372 . ПМК 147196 . ПМИД 9399877 .
- ^ Баксеванис А.Д., Ландсман Д. (1997). «Гистоны и последовательности и структуры складок гистонов: база данных» . Нуклеиновые кислоты Рез . 25 (1): 272–3. дои : 10.1093/нар/25.1.272 . ПМК 146383 . ПМИД 9016552 .