База данных генома человека GDB

База данных генома человека GDB
Содержание
Типы данных ; захвачен	Данные генетического картирования
Организмы	Мудрый человек
Контакт
Исследовательский центр	Медицинский институт Говарда Хьюза ; Медицинский факультет Университета Джонса Хопкинса ;
Первичное цитирование	ПМИД 2041809
Дата выпуска	1989

База данных генома человека GDB представляла собой коллекцию геномных данных человека, курируемую сообществом. Это была ключевая база данных в проекте «Геном человека». ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} и находился на вооружении с 1989 по 2008 год.

История

В 1989 году Медицинский институт Говарда Хьюза предоставил финансирование для создания центрального хранилища данных генетического картирования человека . В конечном итоге этот проект привел к созданию базы данных генома человека GDB в сентябре 1990 года. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} Чтобы обеспечить высокий уровень качества, записи в GDB подвергались процессу курирования специалистами по генетике человека, включая Комитет по номенклатуре генов HUGO . ^{[ 5 ]}

Основанная под руководством Питера Пирсона и Дика Люсьера, ^{[ 6 ]} GDB получил финансовую поддержку от Министерства энергетики США и Национальных институтов здравоохранения . ^{[ 3 ]} Расположенный в Медицинской школе Университета Джонса Хопкинса , GDB стал источником высококачественных картографических данных, которые были доступны как в Интернете, так и в многочисленных печатных публикациях. ^{[ нужна ссылка ]} Проект получил международную поддержку со стороны ЕС, Японии и других стран.

В свое время у ГБР было несколько директоров. Питер Пирсон, Дэвид Т. Кингсбери, Стэнтли Летовски, Питер Ли и А. Джейми Кутиккья . ^{[ нужна ссылка ]}

Средства Министерства энергетики США, ранее выделявшиеся на GDB, были переведены в 1998 году в связи со смещением акцентов в проекте генома человека. ^{[ 7 ]} Однако в том же году А. Джейми Кутиккья получил финансирование из канадских государственных и частных источников для продолжения деятельности GDB. Хотя обработка данных продолжала осуществляться в Университете Джонса Хопкинса, центральные операции GDB были перенесены в Больницу для больных детей (HSC) в Торонто, Онтарио, Канада. ^{[ 8 ]} В ноябре 2001 года HSC уволил Кутиккью из-за спора по поводу доменного имени веб-сайта GDB. ^{[ 7 ]}

В 2003 году RTI International стала новым хостингом GDB, где она продолжала поддерживаться как общедоступный ресурс; ^{[ 9 ]} GDB был закрыт в 2008 году после того, как контроль над проектом вернулся к Джонсу Хопкинсу. ^{[ 10 ]}

Ссылки

^ «Новости генома человека, сентябрь-декабрь 1995 г.: 7 (3-4): 15» . web.ornl.gov .
^ Гайер, М.С.; Коллинз, Ф.С. (21 ноября 1995 г.). «Как продвигается проект «Геном человека» и что мы уже узнали?» . Труды Национальной академии наук . 92 (24): 10841–10848. Бибкод : 1995PNAS...9210841G . дои : 10.1073/pnas.92.24.10841 . ПМК 40527 . ПМИД 7479895 .
^ Jump up to: ^а ^б Кутиккья, А.Джейми; Фасман, Кеннет Х.; Кингсбери, Дэвид Т.; Роббинс, Роберт Дж.; Пирсон, Питер Л. (1993). «База данных генома человека GDB TM, год 1993» . Исследования нуклеиновых кислот . 21 (13): 3003–3006. дои : 10.1093/нар/21.13.3003 . ПМК 309725 . ПМИД 8332522 .
^ Кутиккья, AJ (27 декабря 1999 г.). «Будущее видение базы данных генома человека GDB» . Человеческая мутация . 15 (1): 62–67. doi : 10.1002/(SICI)1098-1004(200001)15:1<62::AID-HUMU13>3.0.CO;2-R . ПМИД 10612824 . S2CID 25606440 .
^ Летовский С. (1 января 1998 г.). «GDB: База данных генома человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 26 (1): 94–99. дои : 10.1093/нар/26.1.94 . ПМК 147203 . ПМИД 9399808 .
^ Пирсон, Польша (25 апреля 1991 г.). «База данных генома (БГД) — хранилище карт генов человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 19 (приложение): 2237–2239. дои : 10.1093/nar/19.suppl.2237 . ПМК 331357 . ПМИД 2041809 .
^ Jump up to: ^а ^б Бонетта, Лаура (ноябрь 2001 г.). «Увольнения приводят к тому, что база данных генов оказывается в затруднительном положении» . Природа . 414 (6862): 384. Бибкод : 2001Natur.414..384B . дои : 10.1038/35106703 . ПМИД 11719765 .
^ «Новости генома человека, том 10, № 1-2, февраль 1999 г.» . web.ornl.gov . Проверено 3 сентября 2020 г. .
^ Зеевальд, АК (2004). «Рейтинг BioMinT: исследование производительности, локальный поиск и распознавание омонимии». Материалы симпозиума по исследованию знаний в области информатики в области наук о жизни (KELSI 2004) . CiteSeerX 10.1.1.117.8840 . дои : 10.1007/978-3-540-30478-4_10 .
^ Гальперин, М.Ю.; Кокрейн, GR (1 января 2009 г.). «Ежегодный выпуск базы данных исследований нуклеиновых кислот и онлайн-коллекция баз данных по молекулярной биологии NAR в 2009 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (База данных): D1–D4. дои : 10.1093/нар/gkn942 . ПМК 2686608 . ПМИД 19033364 .

Внешние ссылки

https://web.archive.org/web/19970605132915/http://www.gdb.org/ архивная версия сайта GDB (1997 г.)

[1] «Новости генома человека, сентябрь-декабрь 1995 г.: 7 (3-4): 15» . web.ornl.gov .

[hgp-2] Гайер, М.С.; Коллинз, Ф.С. (21 ноября 1995 г.). «Как продвигается проект «Геном человека» и что мы уже узнали?» . Труды Национальной академии наук . 92 (24): 10841–10848. Бибкод : 1995PNAS...9210841G . дои : 10.1073/pnas.92.24.10841 . ПМК 40527 . ПМИД 7479895 .

[nar1993-3] Jump up to: ^а ^б Кутиккья, А.Джейми; Фасман, Кеннет Х.; Кингсбери, Дэвид Т.; Роббинс, Роберт Дж.; Пирсон, Питер Л. (1993). «База данных генома человека GDB TM, год 1993» . Исследования нуклеиновых кислот . 21 (13): 3003–3006. дои : 10.1093/нар/21.13.3003 . ПМК 309725 . ПМИД 8332522 .

[hum-mutat-4] Кутиккья, AJ (27 декабря 1999 г.). «Будущее видение базы данных генома человека GDB» . Человеческая мутация . 15 (1): 62–67. doi : 10.1002/(SICI)1098-1004(200001)15:1<62::AID-HUMU13>3.0.CO;2-R . ПМИД 10612824 . S2CID 25606440 .

[nar1998-5] Летовский С. (1 января 1998 г.). «GDB: База данных генома человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 26 (1): 94–99. дои : 10.1093/нар/26.1.94 . ПМК 147203 . ПМИД 9399808 .

[nar1991-6] Пирсон, Польша (25 апреля 1991 г.). «База данных генома (БГД) — хранилище карт генов человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 19 (приложение): 2237–2239. дои : 10.1093/nar/19.suppl.2237 . ПМК 331357 . ПМИД 2041809 .

[gdb-sackings-7] Jump up to: ^а ^б Бонетта, Лаура (ноябрь 2001 г.). «Увольнения приводят к тому, что база данных генов оказывается в затруднительном положении» . Природа . 414 (6862): 384. Бибкод : 2001Natur.414..384B . дои : 10.1038/35106703 . ПМИД 11719765 .

[canada-move-8] «Новости генома человека, том 10, № 1-2, февраль 1999 г.» . web.ornl.gov . Проверено 3 сентября 2020 г. .

[9] Зеевальд, АК (2004). «Рейтинг BioMinT: исследование производительности, локальный поиск и распознавание омонимии». Материалы симпозиума по исследованию знаний в области информатики в области наук о жизни (KELSI 2004) . CiteSeerX 10.1.1.117.8840 . дои : 10.1007/978-3-540-30478-4_10 .

[closure-10] Гальперин, М.Ю.; Кокрейн, GR (1 января 2009 г.). «Ежегодный выпуск базы данных исследований нуклеиновых кислот и онлайн-коллекция баз данных по молекулярной биологии NAR в 2009 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (База данных): D1–D4. дои : 10.1093/нар/gkn942 . ПМК 2686608 . ПМИД 19033364 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]