Список программного обеспечения для компьютерного органического синтеза

Программное обеспечение для органического синтеза с помощью компьютера — это тип прикладного программного обеспечения, используемого в органической химии совместно с вычислительной химией для облегчения задач проектирования, прогнозирования и проведения химических реакций . CAOS стремится идентифицировать серию химических реакций, которые из исходного соединения могут привести к образованию желаемой молекулы . Алгоритмы CAOS обычно используют две базы данных : первую — известных химических реакций, а вторую — известных исходных материалов (т. е. обычно коммерчески доступных молекул). Желательные синтетические планы стоят дешевле, имеют высокую производительность и позволяют избежать использования опасных реакций и промежуточных продуктов. Обычно это рассматривается как проблема планирования, но в CAOS был достигнут значительный прогресс.

Программы CAOS

Spaya — свободно доступный инструмент планирования ретросинтеза, предоставленный Iktos
IBM Rxn - [1]
AiZynthFinder — свободно доступный инструмент ретросинтетического планирования с открытым исходным кодом, разработанный в результате сотрудничества AstraZeneca и Бернского университета. AiZynthFinder прогнозирует синтетические маршруты к заданному целевому соединению и может быть переобучена на собственном наборе данных пользователя, как из общедоступных, так и из частных источников. ^[1]^[2]^[3]

Manifold — инструмент поиска соединений и планирования ретросинтеза, свободно доступный для академических пользователей, разработанный PostEra.
WODCA – без пробной версии; проприетарное программное обеспечение ^[4]
Инструмент исследования органического синтеза (OSET) — программное обеспечение с открытым исходным кодом , заброшенное ^[5]
CHIRON – без пробной версии; проприетарное программное обеспечение ^[6]
SynGen – демо-версия; фирменное программное обеспечение ; уникальная программа автоматической генерации органического синтеза; фокусируется на создании кратчайших и наименее затратных путей синтеза для данного целевого органического соединения и, таким образом, является полезным инструментом для планирования синтеза.
LHASA – демо доступно, но не связано (?); проприетарное программное обеспечение
СИЛЬВИЯ – демо-версия; фирменное программное обеспечение ; быстро оценивает легкость синтеза органических соединений; может расставлять приоритеты тысячам структур (например, созданных в результате экспериментов по проектированию de novo или полученных из больших виртуальных библиотек соединений) в соответствии с их синтетической сложностью ^[7]
ChemPlanner (ранее ARChem – Route Designer) – экспертная система, помогающая химикам разрабатывать жизнеспособные синтетические маршруты для целевых молекул; база знаний о правилах реакций алгоритмически извлекается из баз данных реакций, а коммерчески доступные исходные материалы используются в качестве конечных точек для ретросинтетического поиска.
ICSYNTH – доступна демо-версия; фирменное программное обеспечение ; Инструмент проектирования компьютерного синтеза, который позволяет химикам создавать синтетические пути для целевой молекулы, а также многоэтапное интерактивное дерево синтеза; По своей сути это алгоритмическая база химических знаний с библиотеками преобразований, которые автоматически генерируются из баз данных реакций. ^[8]
Chematica (теперь известная как Synthia)
ASKCOS — набор инструментов для планирования синтеза и вычислительной химии с открытым исходным кодом. ^[9]

См. также

Ссылки

^ AiZynthFinder GitHub
^ Бумага AiZynthFinder
^ AiZynthFinder: наборы данных и их эффективность в статье в области фармацевтики.
^ КОМАНДА
^ ОСЕТ
^ «ХИРОН» . Архивировано из оригинала 16 апреля 2015 г. Проверено 18 февраля 2013 г.
^ СИЛЬВИЯ
^ ИКСИНТ
^ https://askcos.mit.edu/

[1] AiZynthFinder GitHub

[2] Бумага AiZynthFinder

[3] AiZynthFinder: наборы данных и их эффективность в статье в области фармацевтики.

[4] КОМАНДА

[5] ОСЕТ

[6] «ХИРОН» . Архивировано из оригинала 16 апреля 2015 г. Проверено 18 февраля 2013 г.

[7] СИЛЬВИЯ

[8] ИКСИНТ

[9] ttps://askcos.mit.edu/

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]