Генотипы
 | Эта статья в значительной степени или полностью опирается на один источник . ( апрель 2011 г. ) |
Генотипы — это таксономическая концепция, предложенная в 2010 году для описания любых генетических последовательностей типовых образцов . [1] [2] Эта номенклатура объединяет молекулярную систематику и термины, используемые в биологической таксономии . Эта номенклатура предназначена для маркировки или обозначения генетических последовательностей, отобранных из типовых образцов. Номенклатура генотипов предполагает, что генетические последовательности из голотипа следует называть «хологенетипом» (от «голотип» и «генотип»), последовательности из топотипа — «топогенетип» и т. д. Кроме того, используемый генетический маркер (ы) должен быть включен в номенклатуру (например, парагенотип ND2).
Номенклатурная система генотипов может использоваться для обозначения последовательностей «золотого стандарта», которые из-за их прямой связи с типовыми образцами будут более достоверными, чем стандартные последовательности, видовая идентификация которых может быть проблематичной. Ошибочные идентификации мешают многим последовательностям в GenBank [ нужна ссылка ] а наличие некоторых последовательностей, связанных с типовыми образцами, поможет обнаружить и устранить ошибки идентификации, а также создать положительно идентифицированные последовательности «золотого стандарта», доступные для сравнения. Предлагается использовать эту номенклатуру в публикациях и базах данных, которые отображают или обсуждают последовательности типовых образцов. [3] [2]
Примеры генотипов включают:
- Лептодермия макрофтальм гологенотип митогеном - AP011500 [4]
- Milyeringa brooksi Парагенотип - HM590595 [5]
- Milyeringa brooksi Парагенотип - HM590607. [5]
Концепция генотипов была заменена концепцией GenSeq , предложенной в 2013 году из-за некоторой путаницы среди исследователей по поводу того, что генотипы эквивалентны номенклатурным типам . [6] [ нужны разъяснения ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Чакрабарти, Просанта (2010). «Генетипы: концепция, помогающая интегрировать молекулярную систематику и традиционную таксономию» (PDF) . Зоотакса . 2632 : 67–68. дои : 10.11646/zootaxa.2632.1.4 .
- ^ Jump up to: а б Харрисон, Ай-Джей; Чакрабарти, П.; Фрейхоф, Дж.; Крейг, Дж. Ф. (май 2011 г.). «Правильная номенклатура и рекомендации по сохранению и каталогизации ваучерного материала и генетических последовательностей» . Журнал биологии рыб . 78 (5): 1283–1290. дои : 10.1111/j.1095-8649.2011.02979.x . ПМИД 21539541 .
- ^ «Инструкция JFB для авторов» . Журнал биологии рыб. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Бюркьедал, Ингвар; Ян Иде Поульсен; Джон Гэлбрейт (2011). « Leptoderma macrophthalmum n.sp., новый вид гладкоголовых (Otocephala: Alepocephalidae) со Срединно-Атлантического хребта» (PDF) . Зоотакса . 2876 : 49–56. дои : 10.11646/zootaxa.2876.1.5 .
- ^ Jump up to: а б Чакрабарти, Просанта (2010). «Статус и филогения Milyeringidae (Teleostei: Gobiiformes) с описанием новой слепой пещерной рыбы из Австралии, Milyeringa brooksi , n. sp» (PDF) . Зоотакса . 2557 : 19–28. дои : 10.11646/zootaxa.2557.1.2 .
- ^ Чакрабарти, Просанта; Уоррен, Мелани; Пейдж, Лоуренс; Болдуин, Кэрол (2013). «GenSeq: обновленная номенклатура и рейтинг генетических последовательностей из типовых и нетиповых источников» . ZooKeys (346): 29–41. дои : 10.3897/zookeys.346.5753 . ПМК 3821064 . ПМИД 24223486 .