EB-глаз

EB-глаз
Поиск ЭБИ
Формирование	2006
Тип	Некоммерческая академическая организация
Услуги	Исследования и услуги в области биоинформатики
Веб-сайт	семья .и .uk

EB -eye , также известный как EBI Search , представляет собой поисковую систему , обеспечивающую единый доступ к ресурсам биологических данных, размещенным в Европейском институте биоинформатики (EBI). ^[1]^[2]

EB-eye – поисковая система EBI для биологических данных

Европейский институт биоинформатики — некоммерческая академическая организация, входящая в состав Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL). EBI — это центр исследований и услуг в области биоинформатики. Институт управляет базами данных биологических данных, включая нуклеотидные последовательности, белковые последовательности и макромолекулярные структуры.

Миссия EBI

Предоставлять научному сообществу свободно доступные данные и услуги биоинформатики таким образом, чтобы способствовать научному прогрессу.
Вносить вклад в развитие биологии посредством фундаментальных исследований в области биоинформатики, проводимых исследователями.
Обеспечить углубленное обучение биоинформатике для ученых всех уровней, от аспирантов до независимых исследователей.
Содействовать распространению передовых технологий в промышленности.

Что такое EB-глаз?

EB-eye — это быстрая и эффективная поисковая система, которая в настоящее время обеспечивает простой и единообразный доступ к ресурсам биологических данных, размещенным в EBI .

Проект был запущен в августе 2006 года и разработан на основе технологии Apache Lucene . Это платформа Java, предоставляющая чрезвычайно мощные возможности индексации и поиска.

Электронный глаз очень просто представляет результаты поиска и действует как шлюз для доступа к биологическим записям и соответствующей информации на специализированных порталах. Одной из ключевых особенностей EB-eye является способность последовательно отображать связи, существующие между различными базами данных, позволяя пользователю перемещаться по этой сети перекрестных ссылок.

Пользователь может выполнять глобальный поиск по всем ресурсам данных EBI с помощью поля «Глобальный поиск» или даже создавать более конкретные запросы к целевым ресурсам с помощью построителя запросов EB-eye.

EB-eye публично предоставляет как веб-интерфейс, так и интерфейс веб-сервисов RESTful- .

Доступ к EB-глазу

Глобальный поиск

Глобальный поиск доступен на веб-сайте EBI . Вы можете просто ввести некоторые условия запроса в поле текстового поиска и нажать кнопку поиска (или нажать Enter). Затем система отображает сводную страницу со списком различных наборов данных и количеством совпадений, найденных в каждом из них.

Примеры глобального поиска

Конструктор запросов

Построитель запросов позволяет пользователям создавать и сохранять сложные запросы на основе доступных данных для получения конкретных результатов поиска. См. раздел примеров сложных запросов .

Что может искать пользователь?

Многие ресурсы EBI индексируются поисковой системой, но некоторые нет.Электронный глаз может искать только ту информацию, которая индексируется. Это означает, что другие поисковые системы, работающие с биологическими данными, могут давать другие результаты. Как правило, поисковая система EB-eye индексирует идентификаторы, имена, описания, ключевые слова и перекрестные ссылки.

Примеры сложных запросов

Поиск по описанию:азурин
Ищите белок парного бокса, НО НЕ фрагмент ИЛИ паксиллин.
Искать по описанию:(парный коробчатый белок) INTERPRO:(IPR001523) в UniProtKB
Поиск (бактерия ИЛИ организм) И (неопознанный ИЛИ некультивируемый) (образцы окружающей среды)
Поиск колебаний кальция (модели колебаний кальция)

Также возможен поиск по перекрестным ссылкам.

Помощь и документация для EB-eye

Дополнительную информацию о том, как использовать эту поисковую систему, можно найти в справке и документации EB-eye.

Программный доступ к EB-глазу

EB-eye также доступен программно через технологии веб-сервисов с использованием интерфейса EB-eye RESTful. EB-eye RESTful WADL ( язык описания веб-приложений ) общедоступен. См. также основные страницы веб-сервисов на EBI .

Другая поисковая система на основе Lucene в области биологии/биоинформатики.

Lucene существует уже некоторое время. Многие центры биоинформатики экспериментируют с его использованием с биологическими данными и базами данных. Новаторскую разработку в этой области возглавляет доктор Дон Гилберт из Университета Индианы под названием LuceGene, которая является частью инициативы GMOD (универсальные программные компоненты для баз данных модельных организмов). Другим примером является поисковая система на веб-сайте UniProt, которая также основана на Lucene и добавляет такие функции, как сортировка больших наборов данных, подзапросы к наборам данных и запросы по группировке. Lucene также используется в QuALM, системе ответов на вопросы для Википедии.

Ссылки

^ Сквиззато С.; Парк Ю.М.; Бусо Н.; Гур Т.; Коули А.; Ли В.; Улудаг М.; Пундир С.; Чам Дж.А.; МакВильям Х.; Лопес Р. (2015). «Поисковая система EBI: обеспечение функций поиска и извлечения биологических данных из EMBL-EBI» . Нуклеиновые кислоты Рез . 43 (П1): W585-8. дои : 10.1093/нар/gkv316 . ПМЦ 4489232 . ПМИД 25855807 .
^ Валентин Ф.; Сквиззато С.; Гужон М.; МакВильям Х.; Паэрн Дж.; Лопес Р. (2010). «Быстрый и эффективный поиск ресурсов биологических данных с использованием электронного глаза» . Краткий Биоинформ . 11 (4): 375–384. дои : 10.1093/bib/bbp065 . ПМК 2905521 . ПМИД 20150321 .

«EMBnet.News (Том 14, № 1, декабрь 2007 г.)» . ЭМБнетНьюс . Декабрь 2007 года . Проверено 1 апреля 2009 г.

Внешние ссылки

[pmid25855807-1] Сквиззато С.; Парк Ю.М.; Бусо Н.; Гур Т.; Коули А.; Ли В.; Улудаг М.; Пундир С.; Чам Дж.А.; МакВильям Х.; Лопес Р. (2015). «Поисковая система EBI: обеспечение функций поиска и извлечения биологических данных из EMBL-EBI» . Нуклеиновые кислоты Рез . 43 (П1): W585-8. дои : 10.1093/нар/gkv316 . ПМЦ 4489232 . ПМИД 25855807 .

[pmid20150321-2] Валентин Ф.; Сквиззато С.; Гужон М.; МакВильям Х.; Паэрн Дж.; Лопес Р. (2010). «Быстрый и эффективный поиск ресурсов биологических данных с использованием электронного глаза» . Краткий Биоинформ . 11 (4): 375–384. дои : 10.1093/bib/bbp065 . ПМК 2905521 . ПМИД 20150321 .

[1]

[2]