СДТМ

SDTM ( модель табуляции данных исследования ) определяет стандартную структуру для таблиц данных клинических испытаний (исследований) на людях , а также для таблиц данных доклинических исследований, которые должны быть представлены как часть заявки на продукт в регулирующий орган, такой как Управление по контролю за продуктами и лекарствами США. (Управление по контролю за продуктами и лекарствами США). Команда по стандартам подачи данных Консорциума по стандартам обмена клиническими данными (CDISC) определяет SDTM.

21 июля 2004 г. SDTM был выбран в качестве стандартной спецификации для подачи табличных данных в FDA для клинических испытаний и 5 июля 2011 г. для доклинических исследований. В конечном итоге ожидается, что все представляемые данные будут соответствовать этому формату. В результате менеджерам клинических и неклинических данных необходимо будет овладеть SDTM, чтобы подготовить материалы и применить структуры SDTM, где это необходимо, для оперативного управления данными.

Фон

SDTM построен на концепции наблюдений, собранных за субъектами, принимавшими участие в клиническом исследовании. Каждое наблюдение может быть описано рядом переменных, соответствующих строке в наборе данных или таблице. Каждую переменную можно классифицировать в соответствии с ее ролью. Роль определяет тип информации, передаваемой переменной о каждом отдельном наблюдении, и то, как ее можно использовать. Переменные можно разделить на четыре основные роли:

Переменные-идентификаторы, которые идентифицируют исследование, предмет наблюдения, домен и порядковый номер записи.
Тематические переменные, которые определяют фокус наблюдения (например, название лабораторного теста).
Временные переменные, которые описывают время наблюдения (например, дату начала и дату окончания).
Переменные-квалификаторы, которые включают дополнительный иллюстративный текст или числовые значения, описывающие результаты или дополнительные характеристики наблюдения (например, единицы измерения или описательные прилагательные).

Пятый тип роли переменной, Правило, может выражать алгоритм или исполняемый метод. для определения условий начала, окончания или цикла в модели пробного проектирования.

Набор переменных-квалификаторов можно разделить на пять подклассов:

Квалификаторы группировки используются для группировки набора наблюдений в одном домене. Примеры включают CAT и SCAT.
Квалификаторы результата описывают конкретные результаты, связанные с переменной темы для находки. Это ответ на вопрос, заданный переменной темы. Примеры: ORRES, --STRESC и --STRESN. Многие значения в домене DM также классифицируются как квалификаторы результата.
Квалификаторы синонимов указывают альтернативное имя для конкретной переменной в наблюдении. Примеры включают — MODIFY и — DECOD, которые являются эквивалентными терминами для тематической переменной --TRT или — TERM, --TEST и — LOINC, которые являются эквивалентными терминами для --TESTCD.
Квалификаторы записи определяют дополнительные атрибуты записи наблюдения в целом (а не описывают конкретную переменную внутри записи). Примеры включают: REASND, AESLIFE и все другие переменные-флаги SAE (серьезные нежелательные явления) в домене AE; и —BLFL, —POS и —LOC, —SPEC, —LOT, —NAM.
Квалификаторы переменных используются для дальнейшего изменения или описания конкретной переменной в пределах наблюдения и имеют смысл только в контексте переменной, которую они квалифицируют. Примеры включают —ORRESU, —ORNRHI и —ORNRLO, все из которых являются квалификаторами переменных —ORRES, а также —DOSU и —DOSFRM, которые все являются квалификаторами переменных —DOSE.

Например, в наблюдении «У субъекта 101 наблюдалась легкая тошнота, начиная с 6-го дня исследования», значением переменной темы является термин, обозначающий нежелательное явление «ТОШНОТА». Переменная Identifier — это идентификатор субъекта «101». Переменная «Время» — это день исследования начала события, в который фиксируется информация «начиная с 6-го дня исследования», а примером квалификатора записи является серьезность, значение которой равно «MILD».

Дополнительные переменные времени и квалификатора могут быть включены для обеспечения необходимой детализации для адекватного описания наблюдения.

Наборы данных и домены

Наблюдения обычно собираются по всем субъектам в ряде областей. Домен определяется как совокупность логически связанных наблюдений, имеющих общую тематику в отношении субъектов исследования. Логика взаимосвязи может относиться к научному содержанию данных или к их роли в исследовании.

Обычно каждый домен представлен набором данных, но можно иметь информацию, относящуюся к одной и той же актуальности, распределенную по нескольким наборам данных. Каждый набор данных отличается уникальным двухзначным кодом ДОМЕН, который следует последовательно использовать на протяжении всей отправки. Этот код DOMAIN используется в имени набора данных, значении переменной DOMAIN в этом наборе данных и в качестве префикса для большинства имен переменных в наборе данных.

Структура набора данных для наблюдений представляет собой плоский файл, представляющий таблицу с одной или несколькими строками и столбцами. Обычно для каждого домена предоставляется один набор данных. Каждая строка набора данных представляет одно наблюдение, а каждый столбец представляет одну из переменных. Каждый набор данных или таблица сопровождается определениями метаданных, которые предоставляют информацию о переменных, используемых в наборе данных. Метаданные описаны в документе определения данных под названием «Определить», который передается вместе с данными в регулирующие органы.

Модель метаданных представления использует семь различных атрибутов метаданных, которые необходимо определить для каждой переменной набора данных в документе определения метаданных:

Имя переменной (ограничено 8 символами для совместимости с транспортным форматом SAS System V5)
Описательная метка переменной длиной до 40 символов, которая должна быть уникальной для каждой переменной в наборе данных.
Тип данных (например, является ли значение переменной символьным или числовым).
Набор контролируемой терминологии для значения или формата представления переменной (контролируемые термины или формат).
Происхождение или источник каждой переменной
Роль переменной, которая определяет, как переменная используется в наборе данных. Роли используются для представления таких категорий переменных, как идентификатор, тема, время или пять типов квалификаторов. Поскольку эти роли предопределены для всех доменов, которые соответствуют общим классам, спонсорам не нужно указывать их в своем документе определения данных. В фактических метаданных отправки могут использоваться дополнительные обозначения ролей, и для каждой переменной может быть назначено более одной роли для удовлетворения различных потребностей.
Комментарии или другая соответствующая информация о переменной или ее данных.

Данные, хранящиеся в переменных набора данных, включают как необработанные (первоначально собранные), так и производные значения (например, преобразованные в стандартные единицы или рассчитанные на основе нескольких значений, таких как среднее значение). В SDTM перечислены только имя, метка и тип вместе с набором рекомендаций CDISC, которые предоставляют общее описание каждой переменной, используемой общим классом наблюдения.

Комментарии включаются по мере необходимости в соответствии с потребностями отдельных исследований. Наличие звездочки (*) в столбце «Контролируемые термины или формат» указывает на то, что для этой переменной ожидается доступный дискретный набор значений (контролируемая терминология). Этот набор значений может быть определен спонсором в тех случаях, когда стандартные словари еще не определены (обозначены одним *) или из внешнего опубликованного источника, такого как MedDRA (обозначены **).

Домены специального назначения

Модели предметной области представления данных CDISC версии 3.x включают в себя домены специального назначения с определенными структуру и не может быть расширена какими-либо дополнительными квалификаторами или переменными времени, кроме указанных.

Демографические данные включают набор стандартных переменных, которые описывают каждого субъекта клинического исследования.
Комментарии описывают фиксированную структуру для записи комментариев в виде произвольного текста по теме или комментариев, относящихся к записям или группам записей в других доменах.

Дополнительная фиксированная структура, нерасширяемые домены специального назначения обсуждаются в модели пробного проектирования.

Общие классы предметной области

Большую часть наблюдений, собранных в ходе исследования (кроме тех, которые представлены в областях специального назначения), следует разделить на три общих класса наблюдений: Вмешательства, События или Результаты:

Класс «Вмешательства» охватывает исследуемые методы лечения, терапевтическое лечение и хирургические процедуры, которые намеренно назначаются субъекту (с некоторым фактическим или ожидаемым физиологическим эффектом) либо в соответствии с протоколом исследования (например, «воздействие»), совпадающие с периодом оценки исследования. (например, «сопутствующие лекарства») или другие вещества, которые субъект принимает самостоятельно (например, алкоголь, табак или кофеин)
Класс «События» охватывает события или инциденты, независимые от запланированных оценок исследования, произошедшие во время исследования (например, «нежелательные явления» или «диспозиция») или до начала исследования (например, «история болезни»).
Класс «Выводы» объединяет наблюдения, полученные в результате запланированных оценок для решения конкретных вопросов, таких как наблюдения, сделанные во время физического осмотра, лабораторных тестов, ЭКГ-тестирования, а также наборы отдельных вопросов, перечисленных в анкетах.

В большинстве случаев идентификация общего класса, соответствующего конкретному набору данных по актуальности, не составляет труда. Часто общий класс «Выводы» является лучшим выбором для общих данных наблюдений, собранных в виде измерений или ответов на вопросы. В случаях, когда актуальность может быть не столь очевидной, выбор класса может больше основываться на научных целях протокола или плана анализа или структуры данных.

Все наборы данных, основанные на любом из общих классов наблюдения, имеют общий набор переменных-идентификаторов и переменных времени. При определении того, какой именно переменные для включения в домен:

Один и тот же набор переменных идентификатора применяется ко всем доменам на основе общих классов наблюдения. Необязательный идентификатор может использоваться везде, где это необходимо.
Любую действительную временную переменную можно использовать в любом наборе данных, отправляемых на рассмотрение (например, для описания исследований с более точными временными точками, таких как исследование фармакокинетики), но ее следует использовать последовательно, где это применимо, для всех областей.
В модель предметной области можно добавить любые дополнительные переменные-квалификаторы из того же общего класса.

Стандартные доменные модели CDISC (SDTMIG 3.2)

Домены специального назначения:

Комментарии (СО)
Демография (ДМ)
Предметные элементы (SE)
Тематические посещения (SV)

Вмешательства Общий класс наблюдения:

Сопутствующие лекарства (СМ)
Воздействие в собранном виде (EC)
Экспозиция (EX)
Употребление психоактивных веществ (SU)
Процедуры (ПР)

Общий класс наблюдения за событиями:

Нежелательные явления (НЯ)
Клинические события (CE)
Диспозиция (ДС)
Отклонения протокола (DV)
История болезни (МЗ)
Медицинские встречи (HO)

Выводы Общий класс наблюдения:

Подотчетность за наркотики (DA)
Подробности смерти (ДД)
Результаты ЭКГ-теста (ЭГ)
Критерий включения/исключения не соблюден (IE)
Оценка образцов на иммуногенность (IS)
Результаты лабораторных испытаний (LB)
Микробиологический образец (MB)
Микроскопические данные (МИ)
Морфология (МО)
Тест на микробиологическую чувствительность (MS)
Концентрации ПК (ПК)
ПК-параметры (ПП)
Физический осмотр (PE)
Анкеты (QS)
Результаты репродуктивной системы (RP)
Ответ на заболевание (РС)
Характеристики субъекта (SC)
Статус субъекта (СС)
Идентификация опухоли (ТУ)
Результаты опухоли (TR)
Жизненно важные показатели (VS)

Выводы о:

Выводы о событиях или вмешательствах (FA)
Реакция кожи (SR)

Области пробного проектирования:

Пробное оружие (ТА)
Пробная оценка заболевания (TD)
Пробные элементы (TE)
Пробные визиты (ТВ)
Критерии включения/исключения из исследования (TI)
Резюме испытания (TS)

Наборы данных о взаимоотношениях специального назначения:

Дополнительные квалификаторы — SUPPQUAL
Связанные записи - РЭЛРЕК

Ограничения и критика стандартов

Одним из критических замечаний по поводу стандартов SDTM является то, что они постоянно меняются и часто выпускаются новые версии. CDISC утверждает, что стандарты SDTM обратно совместимы. Но утверждение недостоверно. Невозможно сопоставить данные из СУБД EDC со стандартами SDTM до завершения клинического исследования. Недавно были добавлены новые домены, например домен «экспонирование как собранное» (EC). Однако обратная совместимость с более ранними доменами не всегда возможна. ^[1] Подмножество контролируемой терминологии терминологии Национального института рака. ^[2]

См. также

Ссылки

^ «Руководство по внедрению SDTM – ясно как грязь» (PDF) . Лекс Янсен . ФУЗ . Проверено 17 декабря 2015 г.
^ «Национальный институт рака» . сайт рака . Национальные институты здравоохранения . Проверено 17 декабря 2015 г.

Внешние ссылки

Модель табулирования данных исследования в CDISC

[1] «Руководство по внедрению SDTM – ясно как грязь» (PDF) . Лекс Янсен . ФУЗ . Проверено 17 декабря 2015 г.

[2] «Национальный институт рака» . сайт рака . Национальные институты здравоохранения . Проверено 17 декабря 2015 г.

[1]

[2]